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bio mol II > cours 8 mcb2399 > Flashcards

cours 8 mcb2399 Flashcards

1
Q

ARNm compte pour quel pourcentage de tous les ARN

A

1-5%

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Q

quelles proportions d’ARN correspondent
les ARNt et ARNr

A

ARNt: 15-20%
ARNr: 80-85%

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3
Q

quel type d’ARN est codant

A

ARNm

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4
Q

quelle est la structure du gène bactérien

A
  • promoteur
  • séquence tête (dans laquelle se trouve RBS)
  • région codante: commençant par AUG
  • séquence de queue (commençant avec codon arrêt)
  • terminateur
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5
Q

quelles sont les modifications post-transcriptionnelles faites sur un gène eucaryote

A
  • ajout coiffe 5’
  • ajout queue poly-A 3’
  • épissage (enlever introns)
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6
Q

quelles sont les différences des gènes procaryote vs eucaryote

A
  • ARNm: pro: instable et polycistronique alors que eu: stable et monocystronique
    -Transcription/traduction: pro: couplée alors que eu: noyau/cystoplasme
  • modifications seulement chez eu
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7
Q

pourquoi ecq ARN difficile à isoler

A
  • facilement dégradable par RNase
  • instable
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8
Q

quelles sont les précautions à prendre afin d’isoler de l’ARN

A
  • matériel RNase free
  • espace réservé
  • gants etc
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9
Q

comment isoler ARN total

A
  1. lyse
  2. extraction
  3. centrifugation
  4. prélever phase aqueuse
  5. précipitation
  6. centrifugation
  7. obtention ARN total
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10
Q

quelles sont les méthodes d’analyse d’ARN

A
  • électrophorèse (visualiser)
  • spectrophotomètre (concentration)
  • fluorescence
  • radioactivité
  • BioAnalyzer
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11
Q

à quoi peut servir l’ARN total isolé

A
  • ARNm
  • protection RNase
  • Hybridation type Northern
  • RT-PCR
  • extension amorce
  • transcriptome et RNA-seq
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12
Q

comment isoler ARNm des eucaryotes

A
  • avec billes magnétiques Oligo d(T) qui capture la queue polyA des ARNm
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13
Q

comment se fait l’hybridation de type Northern

A
  1. extraction ARN
  2. électrophorèse avec gel dénaturant
  3. transfert sur membrane
  4. hybridation à sonde
  5. révélation
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14
Q

quelles sont les applications des Northern

A
  • détection: présence, localisation, détecter formes épissage chez eucaryotes
  • quantification: abondance, mesurer et/ou expression
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15
Q

que permet un gène normalisateur lorsqu’on compare l’expression

A

permet de déterminer la quantité basale exprimée

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16
Q

comment fonctionne la protection à la RNase

A

hybridation avec sonde
permet de protéger et permet de détecter par la suite

17
Q

comment fonctionne la RT-PCR

A

transcriptase inverse: ARN en ADNc
1. mettre tous réactifs pour RT et PCR (amorces, RT, ADN pol, autres)
ou
1. RT: amorces aléatoires, RT pour former ADNc
2. PCR: amorces spécifiques, ADN pol, autres

18
Q

que permet la RT-PCR

A
  • détection gène à partir peu d’ARN
  • expression absolue ou relatif, quantitatif ou qualitatif
19
Q

quel est l’outil le plus puissant, sensible et quantitatif pour détecter ARN

A

q-RT-PCR

20
Q

caractéristiques q-RT-PCR

A
  • RT et PCR quantitatif (fluorescence avec Taqman) permet déterminer nombre de copies
  • utilisation gène normalisateur
21
Q

quels sont les différents ARN non codants

A

non régulateur:
- ARNt et ARNr
régulateur:
- petits ARN
- ARN antisens
- ARN CRISPR
- riboswitch
- ARN interférence

22
Q

quelles sont les caractéristiques des sARN

A
  • 50-500 pb
  • cis ou trans (aidé par Hfq)
  • plusieurs cibles possibles
  • appariement sARN-ARNm dans région non-traduite de ARNm
  • fonction régulatrice
  • activation ou inhibition traduction
  • dégradation ARNm
23
Q

caractéristiques ARN interférance (RNAi)

A
  • régulation
  • dégradation ARN double brin
  • siRNA avec complexe RISC scan l’ARNm et si siARN est complémentaire à ARNm: RISC coupe
24
Q

à quoi peuvent servir les RNAi

A

pour prévenir l’expression de gènes (gene silencing)
si ARNm mutant: siRNA va dégrader cet ARNm mutant pour arrêter progression de maladie

25
Q

que signifie CRISPR

A

clustered regulatory interspaced short palindromic repeats

25
Q

qu’est-ce que la région leader du système CRISPR-Cas

A

région AT riche avec promoteur

site insertion de nouvelles séquences spacer

26
Q

quel est le mécanisme de CRISPR-Cas

A
  1. CRISPR et spacer sont transcrit en ARN
  2. chaque ARN CRISPR/spacer est coupé pour former des crARN
  3. spacer sont complémentaire à ADN viral/plasmidique
  4. quand spacer s’hybride avec ARNg: Cas dégrdation
  5. coupure dans ADN phagique/plasmidique: deadly
27
Q

d’où proviennet les nouveaux spacers

A
  • séq ADN étranger introduit dans locus CRISPR
  • spacer inséré du côté du leader
28
Q

combien y a-t-il de classe et types de CRISPR

A

2 classes et 6 types
le plus important pour le cours: type II de classe II (CRISPR-Cas9)

29
Q

à quoi sert CRISPR-Cas9 chez les bactéries

A
  • typage
  • vaccination contre phages
  • antimicrobien
  • coupure double brin: léthale

ajout recombinase permet édition du génome (pas juste couper)

30
Q

qu’est-ce que la séquence PAM

A

séq de reconnaissance chez Cas9

31
Q

qu’est-ce que l’ARN guide

A

fusion tracrRNA et crRNA + cas9

32
Q

quelles types de manipulation génétiques peuvent être faites avec CRISPR-Cas9

A
  • délétion
  • insertion
  • mutation
  • activation
  • répression
  • visualisation
  • fusion
  • épigénétique
33
Q

à quoi peut servir CRISPR-Cas9 dans le médical

(est-ce vrm important?)

A
  • identification cancer
  • extraction VIH
  • destruction pathogène
  • éliminer paludisme
  • protection plantes
  • production nourriture et biocarburant

bio mol II (12 decks)

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