cours 8 mcb2399

Question 1

ARNm compte pour quel pourcentage de tous les ARN

Answer 1

1-5%

Question 2

quelles proportions d’ARN correspondent
les ARNt et ARNr

Answer 2

ARNt: 15-20%
ARNr: 80-85%

Question 3

quel type d’ARN est codant

Answer 3

ARNm

Question 5

quelle est la structure du gène bactérien

Answer 5

• promoteur
• séquence tête (dans laquelle se trouve RBS)
• région codante: commençant par AUG
• séquence de queue (commençant avec codon arrêt)
• terminateur

Question 6

quelles sont les modifications post-transcriptionnelles faites sur un gène eucaryote

Answer 6

• ajout coiffe 5’
• ajout queue poly-A 3’
• épissage (enlever introns)

Question 7

quelles sont les différences des gènes procaryote vs eucaryote

Answer 7

• ARNm: pro: instable et polycistronique alors que eu: stable et monocystronique
  -Transcription/traduction: pro: couplée alors que eu: noyau/cystoplasme
• modifications seulement chez eu

Question 8

pourquoi ecq ARN difficile à isoler

Answer 8

• facilement dégradable par RNase
• instable

Question 9

quelles sont les précautions à prendre afin d’isoler de l’ARN

Answer 9

• matériel RNase free
• espace réservé
• gants etc

Question 10

comment isoler ARN total

Answer 10

1. lyse
2. extraction
3. centrifugation
4. prélever phase aqueuse
5. précipitation
6. centrifugation
7. obtention ARN total

Question 11

quelles sont les méthodes d’analyse d’ARN

Answer 11

• électrophorèse (visualiser)
• spectrophotomètre (concentration)
• fluorescence
• radioactivité
• BioAnalyzer

Question 12

à quoi peut servir l’ARN total isolé

Answer 12

• ARNm
• protection RNase
• Hybridation type Northern
• RT-PCR
• extension amorce
• transcriptome et RNA-seq

Question 13

comment isoler ARNm des eucaryotes

Answer 13

• avec billes magnétiques Oligo d(T) qui capture la queue polyA des ARNm

Question 14

comment se fait l’hybridation de type Northern

Answer 14

1. extraction ARN
2. électrophorèse avec gel dénaturant
3. transfert sur membrane
4. hybridation à sonde
5. révélation

Question 15

quelles sont les applications des Northern

Answer 15

• détection: présence, localisation, détecter formes épissage chez eucaryotes
• quantification: abondance, mesurer et/ou expression

Question 16

que permet un gène normalisateur lorsqu’on compare l’expression

Answer 16

permet de déterminer la quantité basale exprimée

Question 18

comment protéger ARN total des Rnases

Answer 18

hybridation avec sonde
permet de protéger et permet de détecter par la suite

Question 19

comment fonctionne la RT-PCR

Answer 19

transcriptase inverse: ARN en ADNc
1. mettre tous réactifs pour RT et PCR (amorces, RT, ADN pol, autres)
ou
1. RT: amorces aléatoires, RT pour former ADNc
2. PCR: amorces spécifiques, ADN pol, autres

Question 20

que permet la RT-PCR

Answer 20

• détection gène à partir peu d’ARN
• expression absolue ou relatif, quantitatif ou qualitatif

Question 21

quel est l’outil le plus puissant, sensible et quantitatif pour détecter ARN

Answer 21

q-RT-PCR

Question 22

caractéristiques q-RT-PCR

Answer 22

• RT et PCR quantitatif (fluorescence avec Taqman) permet déterminer nombre de copies
• utilisation gène normalisateur

Question 24

quels sont les différents ARN non codants

Answer 24

non régulateur:
- ARNt et ARNr
régulateur:
- petits ARN
- ARN antisens
- ARN CRISPR
- riboswitch
- ARN interférence

Question 25

quelles sont les caractéristiques des sARN

Answer 25

• 50-500 pb
• cis ou trans (aidé par Hfq)
• plusieurs cibles possibles
• appariement sARN-ARNm dans région non-traduite de ARNm
• fonction régulatrice
• activation ou inhibition traduction
• dégradation ARNm

Question 26

caractéristiques ARN interférance (RNAi)

Answer 26

• régulation
• dégradation ARN double brin
• siRNA avec complexe RISC scan l’ARNm et si siARN est complémentaire à ARNm: RISC coupe

Question 27

à quoi peuvent servir les RNAi

Answer 27

pour prévenir l’expression de gènes (gene silencing)
si ARNm mutant: siRNA va dégrader cet ARNm mutant pour arrêter progression de maladie

Question 28

que signifie CRISPR

Answer 28

clustered regulatory interspaced short palindromic repeats

Question 28

qu’est-ce que la région leader du système CRISPR-Cas

Answer 28

région AT riche avec promoteur

site insertion de nouvelles séquences spacer

Question 29

quel est le mécanisme de CRISPR-Cas

Answer 29

1. CRISPR et spacer sont transcrit en ARN
2. chaque ARN CRISPR/spacer est coupé pour former des crARN
3. spacer sont complémentaire à ADN viral/plasmidique
4. quand spacer s’hybride avec ARNg: Cas dégrdation
5. coupure dans ADN phagique/plasmidique: deadly

Question 30

d’où proviennet les nouveaux spacers

Answer 30

• séq ADN étranger introduit dans locus CRISPR
• spacer inséré du côté du leader

Question 31

combien y a-t-il de classe et types de CRISPR

Answer 31

2 classes et 6 types
le plus important pour le cours: type II de classe II (CRISPR-Cas9)

Question 32

à quoi sert CRISPR-Cas9 chez les bactéries

Answer 32

• typage
• vaccination contre phages
• antimicrobien
• coupure double brin: léthale

ajout recombinase permet édition du génome (pas juste couper)

Question 33

qu’est-ce que la séquence PAM

Answer 33

séq de reconnaissance chez Cas9

Question 34

qu’est-ce que l’ARN guide

Answer 34

fusion tracrRNA et crRNA + cas9

Question 35

quelles types de manipulation génétiques peuvent être faites avec CRISPR-Cas9

Answer 35

• délétion
• insertion
• mutation
• activation
• répression
• visualisation
• fusion
• épigénétique

Question 36

à quoi peut servir CRISPR-Cas9 dans le médical

(est-ce vrm important?)

Answer 36

• identification cancer
• extraction VIH
• destruction pathogène
• éliminer paludisme
• protection plantes
• production nourriture et biocarburant