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cours 4 mcb2399 Flashcards

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Biology 101 flashcards
1
Q

caractéristiques PCR

A
  • amplifier segment spécifique ADN ou ARN à partir amorces
  • amorces 15 à 25 nt
  • rapide
  • produit grande quantité
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Q

quelle étape est nécessaire pour amplification par PCR avec ARN

A

ARN en ADN par RT reverse transcriptase

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3
Q

quel est le contenu général d’un mélange réactionnel pour PCR

A

ADN
amorces
dNTP
Tap pol

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4
Q

quels sont les liens entre les nt des 2 brins d’ADN

A

liens H (liens faibles)

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5
Q

qu’est-ce que le Tm

A

température fusion moléculaire à laquelle 50% molécules sont hybridées-séparées
spécifique à chaque séquence ADN

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6
Q

que doit-on faire pour améliorer la spécificité d’un PCR

A

augmente longeur des amorces

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7
Q

pourquoi est-ce important de tenir compte des Tm des deux amorces

A
  • chaque amorce a son Tm: besoin d’un max de 5 degré de différence
  • si mauvaise température: peut avoir mismatch: amorce va s’hybrider à un endroit pas 100% homologue
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8
Q

à quoi ç sert de mettre un excès d’amorces

A

plus de chances hybridation amorce-ADN et empêche ADN de s’hybrider avec lui-même

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9
Q

un PCR augmente de quelle façon quand on fait plusieurs cycle

A

exponentielle (2^x)

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10
Q

quand on fait un PCR est-ce vraiment une progression exponentielle

A

non fait un plateau
- réactifs épuisés
- polymérase endommagée

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11
Q

quelles sont les applications du PCR

A
  • recherche
  • médecine légale
  • diagnostic maladies héréditaires
  • détection cancer
  • classification organismes
  • détection pathogènes
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12
Q

qu’est-ce qu’un PCR niché

A

2 amplifications
1. avec amorces externes: en dehors de la séq recherchée
2. amorces internes

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13
Q

avantages et inconvénients du PCR niché

A

+: augmentation sensibilité et spécificité
-: risque contaminations et faux positifs

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14
Q

ecq les humains ont des ADN différents

A

identique à 99% 1% qui varie d’un individu à l’autre

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15
Q

comment le PCR est utilisé en médecine légale

A

pour différencier individu: cible région ADN qui varie (le 1%)

source: peau, sang, cheveu, salive

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16
Q

qu’est-ce qu’un STR

A

short tandem repeat (dans un allèle)

17
Q

comment fonctionne le séquençage de Sanger

A

PCR utilisant nt fluorescents
séquençage par électrophorèse capillaire pour détecter fluorescence

18
Q

les arbres phylogénétiques de bactéries sont basés sur quoi/identifié à l’aide de quoi

A

ARNr 16S
(parties conservées et parties variables)

19
Q

dans la mutagénèse dirigée quel est le but d’utiliser des amorces plus longues

A

plus de chances d’hybridation même avec une mutation

20
Q

que permet le PCR en temps réel

A
  • quantifier expression d’un gène
  • vérifiier la présence de SNP (mutations)
  • déterminer présence agents viraux, pathogène, parasitaire etc
21
Q

différence PCR classique et PCR en temps réel

A

classique: permet de dire si j’ai le gène ou pas

temps réel: permet de dire si j’en ai ou pas mais aussi combien (quantifier)

22
Q

quelles sont les méthodes de PCR en temps réel

A
  • agent se liant à ADN double brin
  • balise moléculaires
  • hydrolyse de sondes
23
Q

comment fonctionne PCR en temps réel et qu’est-ce qu’un graphique montre

A

fait plusieurs cycles d’amplifications et à chaque cycle: détection fluorescence

graphique possède Ct: cycle threshold: nombre de cycles nécessaire pour avoir fluorescence plus grande que bruit de fond

permet déterminer quantité: besoin moins de cycle pour arriver au Ct veut dire plus grande concentration, si bcp bcp de cycles: faible concentration

24
Q

en quoi consiste la méthode de PCR en temps réel de l’agent se liant à ADN double brin

A

utilisation SYBR green
1. ADN db dénaturé
2. pendant hybridation: SYBR se lie sur ADN db et émet fluorescence
3. pendant élongation: plusieurs SYBR de liés: bcp de fluorescence

fluorescence mesuré à chaque cycle élongation

25
Q

quel est l’inconvénient et avantage de la méthode agent se liant à ADN double brin du PCR en temps réel

A

moins sensibles et spécifique mais bcp moins cher

26
Q

en quoi consiste les balises moléculaire dans le PCR en temps réel

A

5’: fluorophore qu’on va voir
3’: quencher

ajout sonde qui se fixe entre les deux amorces

quand hybridiation: fluorescence apparait et détectée

27
Q

comment fonctionne la méthode d’hydrolyse de sonde avec le PCR en temps réel

A

utilisation Taq Pol (TaqMan), sonde spécifique et fluorophore/quencher
- sonde s’accroche entre 2 amorces
- sonde hydrolysée(mange) par TaqMan
- libération fluorophore

fluorescence apparait et détectée pendant hydrolyse de la sonde

niveau de fluorescence élevé et facilement détectable

bio mol II (10 decks)

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