Cancro e medicina de precisão – caracterização molecular da doença

Question 1

variantes e terapeutica

Answer 1

actionable mutations
- biomarcadores sensibilidade ou resistencia
- driver muations c alvos terapeuticos

variantes acionaveis
- específicas, com evidência de que são preditivas da resposta terapêutica
-
————————–
- dif var, dif farmaco
- farmaco inibe ptn mitadas cod p oncogenes, inibem variantes c ganho de funcao…
- ha paineis dirigidos a genes especificos (mutacoes conhecidas)

Question 2

Avaliacao perfil tumoral

Answer 2

fish
- amplificacao genica

pcr; rt pcr

IHQ
- avalia presenca ptn

NGS
- Sensível, quantitativa, identifica diferentes tipos de variantes

Mapeamento óptico do genoma

Question 3

(slide 8, ex cancro do pulmao)

Answer 3

• quase todas variantes ident p NGS
  (exceto pdl1 P IHQ)
• caract tumor deve ser realizada incluindo ident variantes acioaveis

Question 4

Carga mutacional do tumor (Tumor Mutation Burden)

Answer 4

• se grande carga, responde mais

NGS
- n mutacoes somaticas p megabase em seq codif
- mais mutacoes, mais provavel formacao neoantigenios, estimulacao SI

aumenta se
- Exposição a genotóxicos
- Alteração da expressão da APOBEC (enzima necessária à editação de RNA)
- Insuficiência dos sistemas de reparação do DNA
- n e bom marcador p todos cancros e todos farmacos

Question 5

Identificação de défice do sistema de reparação de erros de emparelhamento,
(mismatch repair ou MMR) – marcador de resposta à imunoterapia

Answer 5

• se defice, mais carga mutacional, melhor resposta
• falencia sistema
  a) aumenta mutacoes
  b) + ou - str (instabilidade microsatelites,IMS, marcador de inatiavao do sistema MMR)
  c) neoantignios
  d) mais reconhecimento p SI
• defice p
  a) var germinativa
  b) var somaticas (maioria)

identificar o défice do sistema MMR
IHQ
- + usado
- ident defice e qual o gene envolvido
- n existe ptn, gene mutado, defice MMR

INST MICROSSATELITES
- presenca de dif comp de repeticoes microsatelites
- int 2 ou + locus

NGS p identi instabilidade
- estuda n seq e compara com tecido normal
- se 30% apresenta dif rep, considerado defice mmr

defice MMR no tumor
- imunoterapia
- SE ESPETRO LYNCH
a) estudo GERMINATIVO tumor
b) se defice mmr e variante gene mmr for germinativom confirma LYNCH

Question 6

Identificação de défice do sistema de reparação por recombinação
homóloga (HRR)

Answer 6

• HRR: e reparação de roturas da dupla cadeia do
• defice leva acumulacao de variantes e transf celular
• tumores c defice HRR respondem a IPARP
  a) PARP imp na reparacao rotura cadeia simples
  b) IPARP logo sem reparacao, pode transf rotura dupla cadeia
  c) se defice HRR, roturas dupla cadeia nao sao reparads
  d) eventual apoptose
• IPARP mais eficaz p
  a) var somaticas ou germinativas genes HRR cancro ovario e prostata
  b) var germ cancro mama e pancreas

marcadores defice HRR
1) var germ ou som genes HRR (princip BRCA1 E 2)
2) instabilidade genomica no tumor, c alterações genómicas extensas (CNVs)
( se +, excluir var germ p ngs no sangue)

Question 7

Efeito sintético letal:

Answer 7

refere-se à indução de morte celular na presença simultânea de mutações em dois
genes diferentes, sendo que a presença isolada de cada mutação é insuficiente para induzir a morte celular

Question 8

Estudo único do tumor Tumor-only study

Answer 8

• avaliar perfil molecular
• exoma ou painel alargado
• ident var somaticas e germ (intencional ou achado nao primario)

CANCRO HEREDITARIO
- alelo mutado em todas as cels e no tumor temos essa mutacao e outras
- var germ em 50% cels tumor e normais

NAO HEREDITARIO
- cels n tumorais sem variante
- var somatica

consentimento informado
- smp q estudo inclua var e genes q podem ser germ
(associados a sindromes tumorais hereditarios)
- achado incidental: gene implicado estiver na lista dos que estavam a ser analisados
- achado secundario: gene envolvido não estava nessa lista dos genes a avaliar e foi ativamente pesquisado

dificuldades
- qnt amostra disponivel
- % cels cancerosas no tecido (falsos -)
- resultados pouco fiaveis p algumas var
- pode falhar na identificação de variante germinativa clinicamente acionáveis
- heterogenidade alelica (genes mutados nao sao os mm em todo o tumor logo % var somatica sera sempre baixo

crtierios ngs exientes
- tecidos parafinados n fiaveis p CNVS (fazer estudo germ)
- Verificar a identificação de variantes específicas como inserção de retrotransposões
( fzr estudo germ)
- critérios de cobertura das sequências e de profundidade

Question 9

Biópsia líquida – sequenciação do DNA tumoral livre em líquidos biológicos

Answer 9

DNA de origem tumoral no sangue periférico
- fragmentos, maioria fora das cels
- extrair dna, sequenciar e ident var SOMATICAS do tumor
- frag varios focos logo mais prov arranjar terapia boa p todos eles sem ser preciso biopsia de todos os focos
- permite acompanhar evolucao do tumor e genes resistentes
- % dna depende volume, local, vasc do tumor e clearance renal

VANTAGEM
- menos invasivo
- variedade molecular de diferentes focos tumorais
- mt sensivel

atencao
- Distinguir da avaliação do DNA dos leucócitos do sangue periférico para identificação de variante germinativa

Question 9

distinguir uma variante germinativa de entre as muitas variantes somáticas identificadas

Answer 9

freq variante
- 50 % compativel p germ em hetero
- somaticas n presentes em todas cels do tumor (heterogeneidade tumoral) c inf 30%

gene envolvido

comrpovando presenca da var em tecido nao tumoral
- se somatica, so esta no tumor
- se germ, hetero no tecido normal
- se mosaico, % dif em tecidos normais