Wykład 14 Flashcards
wiązania w nukleotydach
N-glikozycowe między rybozą a zasadą
estrowe między rybozą a resztą kwasu fosforanowego
wiązanie bezwodnikowe między resztami kwasu
co jest podjednostką strukturalną NDA?
nukleotyd
jakimi wiązaniami są połączone nukleotydy w łańcuchu DNA
3-5 fosfodiestrowe
Reguły Chargaffa
A + G = T + C
Opisz krótko B-DNA, A-DNA, Z-DNA
B-DNA kształt pośredni, prawoskrętna A-DNA najszersza, prawoskrętna Z-DNA najwęższa, lewoskrętna
Co opakowuje chromatynę?
histony
Histony lizyno-bogate
H2A, H2B
Histony arginino-Bogate
H3, H4
Poziomy upakowania DNA
DNA Nukleosomy Solenoid (6/skręt) Pętle (50/skręt) Miniprążek Chromosom
Co to jest Tm?
Temperatura topnienia, w której dochodzi do utraty połowy helikalnej struktury
co ma większą temp. topnienia - dsDNA czy ssDNA?
dsDNA
rodzaje replikacji
Dyspersyjna
semikonserwatywna
konserwatywna
co to jest origin?
Miejsce w cząsteczce DNA, gdzie rozpoczyna się replikacja
Co to jest replikon?
odcinek DNA, zawierający miejsce inicjacji replikacji oraz sekwencje fizycznie do niego przylegające
OriC
miejsce inicjacji replikacji E. Coli (245 pz)
czym jest kompleks preinicjacyjny
widełki replikacyjne wyposażone w komplet białek replikacynych
Helikaza DnaB
rozrywanie wiązań wodorowych za pomocą ATP
przyłączenie prymaty DnaG w OriC i inicjacji fragmentów okazaki
DnaC
funkcja przekaźnika ułatwiającego dołączanie Dna do ssDNA
aktywuje DnaB
Białka SSb
stabilizują jednonaciowe DNA
co to jest ARS?
autonomiczne replikujące się sekwencje drożdży - funkcjonalny odpowiednik OriC
ABF1 i ORC
ABF1 - aktywator replikacji
ORC - białka inicjacyjne
Co potrzeba di syntezy łańcucha DNA?
matryca, starter, dNTP, Mg2+, polimeraza
Replikacja procarionta
co trzeba
topoizomeraza helikaza białka stabilizujące prymaza polimerazy DNA ligaza DNA
funkcja Topoizomerazy DNA
kataliza reakcji przecinania i łączenia polinukleotydowych łańcuchów DNA
usuwanie napięcia torsyjnego
u eukariota przepuszczalność jąder, utrzymywanie struktury chromatyny
Co hamuje aktywność topoizomerjazy II? (bakteryjna gryraza)
nowoybiocyna (wiązanie ATP), kwas nalidyksowy, cyprofloksacyna (ponowne łączenie DNA)
białka SSB
stabilizacja nici,
odpowiednik SSB u Eucariota
białko replikacyjne A
co syntezuje u bakterii startery?
Prymaza (potem Polimeraza III)
co syntezuje u eukariota startery?
Polimeraza alfa (potem polimeraza delta
co to jest prymasom?
kompleks białek zaangażowanych w replikacje DNA
co się składa na prymasom?
helikaza, SSB, prymaza
Aktywność 5-3, 3-5, funkcja
Polimeraza I
II
III
I 3-5, 5-3, usuwa startery naprawa DNA replikacja II 3-5, sprawdzanie poprawności, naprawa DNA III 3-5, głowy enzym replikacyjny
jaka aktywność może być opisana jako korekcyjna?
Aktywność 3-5 egznonukleazy
co robią egznonukleazy 5-3?
usuwają startery, minery pirymidynowe
jak idzie polimeraza?
5-3 (nowa nić)
czym jest replikom?
kompleks białek zaangażowanych w replikację DNA (prymasom + kompleks polimerazy III)
polimeraza alfa beta gamma delta epsilon
alfa - replikacja, synteza starterów
beta - naprawa DNA
gamma - 3-5, replikacja mitochondrialnego DNA
delta, 3-5, główny enzym replikacyjny
epsilon - 3-5, replikacja i sprawdzanie poprawności syntezy DNA
Czemu odpowiada polmeraza
I
II
III
alfa
epsilon
delta
odpoco usuwa startery u eucariota?
FEN1, RNAza H
Czy u eukariota istnieje replikom?
nie - fabryki replikacyjne
jak są replikowane genomy bakteryjne?
dwukierunkowo
czym są białka TUS?
pozwalają na wejście widełek replikacyjnycrh posuwających się w jednym kierunku, ale zatrzymuje widełki przesuwające się drugą stronę - w mechanizm włączona helikaza DnaB
czym eukariota ma odpowiednik bakteryjnych sekwencji terminator owych oraz białek Tus
nie