TT aantekeningen Flashcards

1
Q

Wat laat circulair dichroisme (CD) zien

A

de secundaire structuur van een eiwit is zichtbaar door CD van de amidebinding

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Tot welke golflengte vertonen de zijgroepen absorptie

A

Fenylalanine tot 270 nm
tyrosine tot 295 nm
tryptofaan tot 310 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Als er dimeren/trimeren te zien zijn, kan je het dan nog toedienen?

A

Trimeren zijn geen aggregaten en zijn veel KLEINER.
- zijn niet immunogeen dus ja, is in principe veilig
(alleen als er ook geen afbraakproducten/aggregaten zijn te zien)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Verwacht je dat er veel aggregatie heeft plaatsgevonden in de charge?

A

op basis van deze resultaten kun je dat niet zeggen, omdat SDS-page en eventueel opkoken van de samples kan leiden tot weer in oplossing komen van de aggregaten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat zijn alpha granules?

A

bevatten verschillende stollingseiwitten.
- o.a. factor 5, fibronectin en VWF echter is niet echte bron van factoren.

Patient heeft ziekte waarin alpha granules verminderen:
Stolling zal dus verminderen, maar niet extreem. Is afhankelijk van de afname van alpha granules

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Patient heeft neutraliserende antilichamen ontwikkeld en spiegel is niet detecteerbaar, kan je dan omzetten naar een biosimilar?

A

nee, het heeft geen zin om bij de aanwezigheid van neutraliserende antilichamen patienten over te zetten op de biosimilar vanwege de gelijkwaardigheid. (dezelfde primaire structuur als referentiemiddel)

Antilichamen zullen ook de biosimilar neutraliseren
- Een alternatief is een andere TNF-alfa remmer zoals adalimumab

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hulpstoffen

A

Aluminium hydroxide: adjuvans
natriumchloride: isotonie
sucrose: lyoprotectans tijdens vriesdroogproces/stabilisator
eagles minimum essential medium: nodig in kweekmedium voor antigen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

ELISA wat is niet waar

A

waar;

  • biologisch actieve fractie van het monoclonale antilichaam wordt gemeten
  • niet-neutraliserende antistoffen hebben geen effect op de analyse (kan nog binden)
  • neutraliserende antistoffen interfereren met de assay

niet waar:
is alleen geschikt voor antilichamen die binden aan soluble targets (kan dus ook bij solide targets, meet hoeveelheid geneesmiddel in bloed)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Vd van een stof die gepegyleerd is, is veel kleiner dan een eiwit dat Fc-gedeelte heeft WAAROM?

A

door de fc-gedeelte kan het eiwit zich ook verdelen over de endotheelcellen die de bloedvaten bekleden, mbv de FcRN-receptor. Vandaar is de VD hoger bij Fc-fusie eiwit (want die kan binden aan FcRN)

PEG kan NIET aan FcRN receptor binden –> kortere halfwaardetijd en LAGERE VD

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

OP welke manieren kan een surfactant aggregatie reduceren in een eiwitformulering?

A

door bezetting grensvlak, binding aan hydrofobe domeinen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Onderscheid chemische modificaties en fysische modificaties

A

chemische modificaties zijn covalente bindingen of splitsingen, fysische modificaties zijn non-covalente modificaties

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Wanneer is een middel een biosimilar en wanneer een biobetter

A

biosimilar: als het op fysisch chemische eigenschappen hetzelfde is als het referentieproduct
biobetter: als het nieuwe eiwit beter is dan het afgeleide

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

je maakt nieuwe formulering: concentratie wordt van 2 mg/ml verhoogd naar 150 mg/ml, moeten de hulpstoffen ook verhoogd worden?

A

dinatriumfosfaat dihydraat: eiwit zelf heeft ook een bepaalde bufferwerking, zeker bij hoge concentraties. concentratie buffer kan mogelijk omlaag

natriumchloride: als het alleen gaat om isotonie, kan in theorie omlaag omdat een hogere conc eiwit ook bijdrage levert aan de isotonie. Echter is een eiwit groot, dus totaal aantal deeltjes toename is weer relatief klein –> ongewijzigd laten

polysorbaat 80: in theorie, bij CMC, grensvlakken verzadigd, dus ongewijzigd laten. Sommige artikelen geven aan dat bij hogere concc eiwit eventueel hogere conc surfactant nodig kunnen zijn. indien eiwit gaat ontvouwen en surfactant bindt aan eiwit (conc vrij surfactant daalt dan)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Bij SEC vindt scheiding plaats op basis van:

A

Hydrodynamic range

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

wat doet een adjuvant

A

het versterkt de immuunrespons tegen antigenen in het vaccin

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hoe bevordert polysorbaat de stabiliteit van een eiwit?

A

Surfactanten zoals polysorbaten bevorderen stabilisatie op verschillende manieren:

  • door preventie toegang eiwit tot het grensvlak/materiaaloppervlak
  • binding aan de native state van het eiwit.

Een langere hydrofobe staart is beter in staat om deze hydrofobe domeinen te bedekken en daardoor aggregatie te beperken.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hoe kan hoge conc NaCL zorgen voor precipitatie

A

zouten verhogen de oppervlaktespanning van water. Een te hoge NaCL conc kan het eiwit laten uitzouten/neerslaan

Zouten houden water “vast” wat daardoor niet beschikbaar is voor het in oplossing gaan van een eiwit.

18
Q

Hoe kan een te lage buffer conc zorgen voor precipitatie

A

Buffer instellen pH; kan leiden tot bijvoorbeeld deaminering, racimisatie of b-eliminatie m.a.g. ontvouwing van het eiwit en aggregatie

19
Q

Hoe kan het dat een gehumaniseerde moab meer immunogeen is dan een andere niet gehumaniseerde moab

A
  • Adalimumab wordt subcutaan gegeven
  • Hogere activiteit immuunsysteem bij patienten die adalimumab krijgen
  • Adalimumab heeft ‘soluble target’ (TNF-alfa), pembrolizumab heeft solide target (cel)
  • Hogere keerdosis adalimumab (5 mg/kg versus 2 mg/kg)
20
Q

Wat is een biosimilar

A
Een biosimilar is een geneesmiddel dat zo is ontwikkeld dat het gelijkwaardig is met een bestaand
biologisch geneesmiddel (het ‘referentiegeneesmiddel’).

De werkzame stof van een biosimilar en die van het referentiegeneesmiddel zijn in beginsel dezelfde
biologische stof. Toch kan er sprake kan zijn van kleine verschillen als gevolg van de complexe aard
ervan en de gehanteerde productiemethoden

21
Q

Uitleg grafiek DLS (Z-waarde, PDI)

A

je ziet de z-average en PI na 3 dagen duidelijk toenemen. Bij 50 °C dit is een indicatie voor de groei van de deeltjes. Na drie dagen stijgt de PI sterk (toename spreiding deeltjesgrootte) een duidelijke indicatie voor verschillende deeltjesgrootte en daarmee de start van het vormen van aggregaten. En een toename van de gemiddelde deeltjesgrootte wat de pdi onderbouwt. Echter op dag 7 neemt de pdi af, duidt op grote aggregaten met een lage spreiding in grootte.

22
Q

Verschil vaccins en andere biofarmaceuticals

A
  • het wordt profylactisch ingezet (andere therapeutisch)
  • het is bedoeld voor alle patienten (andere alleen zieke)
  • frequentie (vaccin wordt maar 1/2/3 keer gegeven)
23
Q

hoe vergroot arginine de oplosbaarheid van eiwitten

A

Arginine is in staat om eiwitten in oplossing te houden, effect op elektrostatische interacties en kan daardoor precipitatie tegengaan

24
Q

Overstappen op een biosimilar, zorgt dat voor meer immunogeniciteit?

A

NEE, Onderwerpen die terug moeten komen in het antwoord zijn de hoge mate van gelijkwaarheid waardoor geen verschil in immunogeniciteit is te verwachten (en de studies welke tot op heden geen verschil hebben laten zien)

25
Q

Hoe werkt rituximab bij zowel MS als reuma?

A

RA en MS zijn beide auto immuunziekten, waarbij cd20 positieve B cellen een rol hebben in de productie van auto antilichamen (2 pnt). Rituximab is een antilichaam gericht naar de CD20 receptor wat via het Fc-domein immunologische effectorfuncties resulterend in celdood van B-cellen. M.a.g. lagere productie auto-antilichamen (2 pnt).

26
Q

Geef van de onderstaande technieken aan of je hiermee de primaire, secundaire, tertiaire, en/of quaternaire structuur van eiwitten en/of veranderingen daarin kunt meten. Geef ook een korte toelichting.

  • peptide LC-MS/MS
  • SEC-UV
  • Fluorescentie (intrinsieke)

primaire structuur –> dus je wilt de AMINOZUURVOLGORDE vaststellen

A
  • peptide LC-MS/MS
    Je kunt de aminozuurvolgorde vaststellen door de verschillende peptiden in de collision cell per aminozuur te laten afbreken (fragmentatie). Veranderingen in de primaire structuur kun je dus ook vaststellen. Over het algemeen kun je uit de MS/MS gegevens zelf geen secundaire, tertiaire of quaternaire structuur deduceren.
  • SEC-UV
    Met SEC kun je alleen de natieve grootte van een eiwit bepalen, dus zeker niet de aminozuurvolgorde. Wanneer er voldoende van het eiwit afgesplitst wordt is dit wel te detecteren met SEC. Verandering in de conformatie is theoretisch mogelijk, maar dan moet de hydrodynamische straal voldoende veranderen. Ditzelfde geldt ook voor veranderingen in tertiaire en quaternaire structuur.
  • Fluorescentie (intrinsieke)
    Pur sang kan de primaire structuur niet vastgesteld worden, maar wel als veranderingen in de primaire structuur een effect hebben op tryptofaan zelf of de directe omgeving ervan. Als een secundaire verandering wederom effect heeft op de omgeving van tryptofaan kun je dat met fluorescentie terug zien (geldt ook voor 3 en 4 structuur). Fluorescentie geeft dus geen absolute informatie.
27
Q

Geef van de onderstaande technieken aan of je hiermee de primaire, secundaire, tertiaire, en/of quaternaire structuur van eiwitten en/of veranderingen daarin kunt meten. Geef ook een korte toelichting.

  • CD
  • SDS-PAGE met Coomassie kleuring (algemene eiwitkleuring)
A
  • CD
    Over de primaire structuur kun je niets zeggen met CD. Hooguit als een wijziging in de primaire structuur leidt tot een verandering in een effect heeft op de secundaire of tertiaire structuur (zie hierna). Met farUV CD kun je wel iets zeggen over de secundaire structuur van een eiwit in het algemeen. Er kan een redelijke schatting van het aandeel van de verschillende structuren (alfahelix, beta sheets, random coil) in het eiwit gemaakt worden. Bij farUV kijk je naar de backbone van het eiwit. Een gerede verandering is meestal ook goed waar te nemen. De tertiaire structuur zelf is niet direct af te lezen uit near UV CD, maar een verandering wel. Bij nearUV CD kijk je naar een aantal aminozuren (tryptofaan, tyrosine, fenylalanine en cysteine). Veranderingen in de quaternaire structuur kunnen ook opgepikt worden als deze effect hebben op de genoemde aminozuren en dat geldt natuurlijk zeker voor cysteines die een rol kunnen spelen bij de koppeling van de verschillende peptiden.
  • SDS-PAGE met Coomassie kleuring (algemene eiwitkleuring)
    Met SDS-PAGE bekijk je de molecuulgrootte dus de primaire structuur vind je niet. Een verandering in de primaire structuur zie je wel terug als de grootte (voldoende) veranderd is. Over het algemeen zal je de secundaire en tertiaire structuur (verandering) niet oppikken met SDS-PAGE. Als de quaternaire structuur veranderd is doordat zwavelbruggen gereduceerd zijn dan zie je dat in een niet-gereduceerde SDS-PAGE wel terug.
28
Q

Noem 3 technieken waarmee je aggregaten kunt kwantificeren

A

SEC,
SDS-PAGE,
lichtverstrooiing (DLS of met Fluorimeter)

29
Q

Geef aan welke van deze gebeurtenissen met SEC-UV aan te tonen zijn en licht dit kort toe

A
  • Fosforylering: Nee, want de toename in molmassa is te gering. Wanneer fosforylering dimerisatie zou blokkeren dan zou dat wel te zien zijn.
  • Aggregatie : Ja, verdubbeling of multmerisatie wordt zeker door SEC aangetoond (als de kolom juist gekozen is).
  • Deamidering: Nee, weer een te geringe verandering in molmassa.
  • Digestie : Ja, als er voldoende van een eiwit afvalt zie je dat terug met SEC.
  • Verbreken van S-bruggen: Nee, tenzij daardoor een eiwit in meerdere peptiden uiteenvalt (IgG bv) of de hydrodynamische straal daardoor veel verandert.
  • Verandering van conformatie: Nee, tenzij de hydrodynamische straal daardoor veel verandert.
30
Q

Geef aan waarom er bij proteomics vaak gebruik wordt gemaakt van trypsine om de identiteit van een eiwit te bepalen. Verklaar ook waarom er soms andere enzymen (bijv lys-C) worden gebruikt.

A

Trypsine knipt het eiwit in peptiden en deze peptiden geven in een MS spectrum een (vaak) unieke ‘fingerprint’ voor een eiwit. M.b.v. een database search kan dan een eiwit meestal geïdentificeerd worden. Het voordeel van trypsine is dat het altijd positief geladen peptiden geeft (doordat het na een arginine of lysine knipt). Het is mogelijk dat een bepaald enzym (bv trypsine) zo knipt dat er bv erg hydrofobe of slecht ioniseerbare peptiden ontstaan. Gebruik van een ander enzym kan dan helpen, omdat er dan ook andere peptiden ontstaan die beter oplosbaar/ioniseerbaar kunnen zijn.

31
Q

Aan welke formuleringseisen moet je voldoen

A
  • steriliteit
  • isotonie
  • pH van de oplossing (buffer nodig)
  • de oplosbaarheid
  • conservering
  • anti-oxidantia (indien nodig)
32
Q

Ga je vriesdrogen?

A

voeg dan een cryoprotectant toe (5 of 10% sucrose of mannitol)

isotonie is dan geen punt meer, let op dat je buffer dan te veel is en vervangen moet worden

33
Q

Noem 4 maatregelen, toegepast op het niet gemodificeerde eiwit, die genomen kunnen worden om de stabiliteit van een eiwit in oplossing te bevorderen.

A
  • Preventie van adsorptie
  • voorkomen blootstelling aan lucht
  • pH optimalisatie
  • toevoegen cosolvents (glycerol/polyethyleenglycol)
34
Q

Noem een drietal voorbeelden, waar het mis kan gaan in je monstervoorbewerking.

A
  • Bij filtreren
  • Bij verdunnen of concentreren (andere conc kan andere vouwing geven)
  • bij schudden (aggregaatvorming, schuim)
  • bij gebruik van (kunststof) materiaal voor bewerken (adsorptie)
35
Q

definitie van fysische instabiliteit?

A

een verandering is de conformatie (ruimtelijke structuur), waarbij er geen verandering in de chemische samenstelling optreed

bij chemische instabiliteit gaat het om denaturatie en ontleding van de aminozuren

36
Q

Wat zijn de verschikken tussen de opvolgende generaties van recombinant factor 8 producten

A

Generatie 1: factor VIII producerende cellen gekweekt met dierlijke of humane eiwitten, FVIII
geformuleerd met albumine

Generatie 2: factor VIII producerende cellen gekweekt met dierlijke of humane eiwitten (of de
antistoffen gebruikt voor de zuivering), FVIII wordt niet meer geformuleerd met albumine

Generatie 3: Factor VIII wordt geproduceerd en geformuleerd zonder gebruikt te maken van dierlijke
en human eiwitten

Generatie 4: Biobetters van FVIII.

37
Q

Wat kan er met een vaccin gebeuren indien dit voor langere tijd bij hoge temperatuur en
blootgesteld aan licht bewaard wordt?

A

denaturatie
aggregatie
chemische ontleding (oxidatie, deaminatie)
adsorptie aan verpakking

38
Q

Geef 2 manieren waarop je de secundaire structuur van rhThrombine zoals de experimenten
uitgevoerd zijn zou kunnen bepalen. Geef de mogelijke problemen die je tegenkomt bij de 2
door jou voorgestelde methoden.

A

De secundaire structuur kun je bepalen met CD en FTIR. Voor FTIR moet je erg hoge
concentraties hebben om in opgeloste toestand de secundaire structuur te bestuderen. Andere
stoffen kunnen het FTIR signaal in de Amide I regio storen. Voor CD moet bij lage golflengte
gemeten worden en ook hier kunnen andere stoffen een grote storing geven. In de oplossingen
vermeld in het artikel zitten erg veel storende stoffen (bv 50-400 mM NaCl en Pluronic).

39
Q

Waarom wordt SEC voornamelijk gebruikt voor het bestuderen van aggregatie en niet degradatie?

A

SEC is vooral geschikt om (grote) veranderingen in molecuulgewicht waar te nemen. Degradatie veroorzaakt vaak maar kleine verandering, op basis waarvan SEC niet kan scheiden

40
Q

Welke groepen zijn gevoelig voor deamidering?

A

asparagine en glutamine

41
Q

Hoe werkt enzymactiviteit bij hyaluronidase

A

Hyaluronzuur wordt gemeten door zijn vermogen om troebelheid te vormen met een zure albumine-oplossing. Troebelheid is een functie van hyaluronzuurconcentratie en kan daarom verband houden met enzymactiviteit

oiv hyaluronidase wordt het –>
Di and monosaccharides + smaller hyaluronic acid fragments