Technologies de l'ADN Flashcards
Qu’est ce qu’une nucléase
enzyme qui clive les liaisons phosphodiester de brins acides nucléiques entre deux nucléotides
Types de nucléase
exonucléase
endonucléase
Fonction d’une exonucléase
enzyme qui coupe les acides nucléiques à partid d’une extrémité des deux sens
Fonction d’une endonucléase
enzyme qui coupe au milieu de la chaine d’acide nucléique, prosuisant des fragments
Qu’est ce qu’une endonucléase de restriction
coupent l’ADN bicaténaire à des endroits caractérisés par des séquences de nucléotides spécifiques
Comment appelle on les séquences de nucléotides spécifiques clivés par des endonucléases de restriction
sites de restriction
Pourquoi les bactéries ont des enzymes de restriction
défense contre les virus des bactéries en coupant l’ADN étranger en morceaux
La vaste majorité des enzymes de restrictions/endonucléases de restrictions reconnaissent quel type de séquences
palindromique
Qu’est ce qu’une séquence palindromique
qui se lit de la même facon dans les deux directions
2 types de bouts résultant du clivage par des enzymes de restriction
bouts francs
bouts collants
Comment séparer et identifier les fragments d’ADN coupés après digestion avec des enzymes de restriction
électrophorèse sur gel d’agarose
Pourquoi est ce que l’électrophorèse sur gel d’agarose fonctionne
car l’ADN est négative
Principe de l’électrophorèse sur gel d’agarose
Molécules d’ADN de différentes taille mise sur une plaque contenant du gel d’agarose
On met un courant électrique avec un pole positif et négatif, et on place les ADN sur le coté négatif
Les molécules d’ADN les plus loudes vont moins migré vers le + que les plus légère (ADN est négative)
On peut ensuite déduire la taille par le poids à l’aide d’un témoin
Lors de l’électrophorèse sur gel d’agarose, qu’est ce qui nous permet de voir ou les moécules d’ADN sont sur la plaque
à l’aide ddu bromure d’ethidium et d’une lumière UV (molécule fluorescente s’intercale à l’intérieur de la double hélice)
Quelle enzyme permet de joindre deux morceaux d’ADN ensemble après les avoir digérer par une enzyme de restriction
ligase (processus de ligation) en prenant 2 fragments d’ADN et reformant un lien phosphodiester avec de l’ATP
Quelle ligation est plus efficace entre celles de deux bouts francs et celle de deux bouts collants
et pourquoi
deuc bouts collant
car les deux bouts collants (nucléotide sur les bouts) s’apparient et stabilisent les intéractions, alors que les bouts francs dépendent de collisions aléatoires
Principe du cloning
Perpétuation et production d’ADN recombinant en qte illimité dans un vecteur d’ADN qui peut se répliquer de façon autonome
Qu’est ce qu’un plasmide
cercle d’ADN bicaténaire qui peut se répliquer de façon autonome dans un organisme hote
Qu’est ce qu’un vecteur
plasmide manipulé en laboratoire dans lequel on peut insérer des fragments d’ADN
Comment est ce qu’on insère un gène qu’on veut répliquer dans un plasmide
Insert des enzymes de restriction (comme Eco RI) qui clivent deux sections de l’ADN puis on insert le gène qui est complémentaire à ces deux bouts, pour ensuite les combiner avec une ligase
Qu’est ce qu’une trnasformation
introduction d’un plasmide dans une souche de bactérie ou levure
Comment identifier les cellules qui ont recu le plasmide si l’efficacité n’est pas de 100% (n’acceptent pas tous le plasmide)
utilise un marqueur de sélection, soit un gène qui code pour la résistance à un antibiotique, pour sélectionner les cellules qui ont recu le plasmide
on le met dans un environnement antibiotique et on regarde quelles cellules ont survécues
Comment est ce qu’on amplifie un plasmide
en le mettant dans une bactérie, elle peut se divisé et produire plus de bactéries avec le même plasmide
Utilité de l’amplification d’un plasmide contenant un gène codant pour une protéine
grande production de protéines recombinantes
poursuivre un clonage
Qu’est ce que le GFP
green fluorescent protein qui permet d’étudier différentes structures par sa lumière fluorescente
Comment peut on obtenir un ADN simple brin pour la réplication de l’ADN in vitro (donc à l’extérieur de l’organisme)
dénaturation thermique
Quel type d’appariement de bases azotés complémentaire à besoin d’une moins forte température pour se dénaturer
A-T, car il y a seulement 2 ponts H comparé au G-C
Qu’est ce que l’hybridation
ADN dénaturé simple brin peut se renaturer en ADN double brin lorsqu’il revient aux conditions initiales (baissant la température)
Quelle méthode permet de déterminer la séquence d’ADN d’un gène
méthode de sanger
Différence entre un dNTP et un ddNTP
dNTP: OH 3’ qui permet extension avec une autre molécule dNTP
ddNTP: manque un OH 3’, donc find de l’élongation de la chaine d’ADN
Expliquez les étapes de la méthode de Sanger (méthode de ddNTP)
- séparation des brins d’ADN et ajout d’une amorce pour la polymérase
- 4 tubes contenant chacun un ddNTP, une sorte des 4 acide nucléique et ADN polymérase
- ADN polymérase synthétise comme d’habitude jusqu’à prendre un ddNTP, ce qui bloque la transcription à cause du OH 3’ manquant
- utiliser une analyse par gel et déduire la séquence du gène
Qu’est ce que le PCR
polymerase chain reaction
Principe du PCR (3 étapes)
séparation des brins par hausse de temp
hybridation des amorces par baisse de temp
synthèse par ADN polymérase
ADN polymérase utilisée pour le PCR à basse température
ADN polymérase E coli
ADN polymérase utilisée pour le PCR à haute température
Taql ADN polymérase
Fonction de la réaction PCR
produire beaucoup d’ADN a partir de quelques molécules
Comment est ce qu’on utilise le PCR en médecine légale
détermination du père
identification de cadavre ou suspects
Qu’est ce qu’un SNP (snip)
Single nucleotide polymorphisms
Site ou les individus diffèrent selon une seule base d’ADN et qui est a risque de développement de maladies
Différence entre un SNP et une mutation
SNP sont une variation de base d’ADN simple plus fréquente que des mutations
Qu’est ce que le système CRISPR-Cas9
édition de génome de manière spécifique
