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Médecine moléculaire et microscopique > ADN > Flashcards

ADN Flashcards

1
Q

Structure de l’ADN

A

Polymère de désoxynucléotide
Double brin (bicaténaire)
Double-hélice

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Q

Unité de base de l’ADN et ARN

A

acides nucléiques

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Q

3 composantes d’un acide nucléique

A

phosphate
sucre
base azotée

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Q

Qu’est ce qu’un nucléotide

A

unité de base des acides nucléiques
BASE + SUCRE + PHOSPHATE

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Q

Qu’est ce qu’un nucléoside

A

BASE + SUCRE

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6
Q

3 bases azotées toujours présents ARN et ADN

A

adenine
guanine
cytosine

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7
Q

base azotée propre à l’ADN

A

thymine

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8
Q

base azotée propre à l’ARN

A

uracil

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9
Q

qu’est ce qu’une purine

A

bases azotées plus grandes avec une double bague

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10
Q

2 purines

A

adenine
guanine

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11
Q

qu’est ce qu’une pyrimidine

A

bases azotées plus petites avec une seule bague

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12
Q

3 pyrimidines

A

thymine
cytosine
uracil

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13
Q

Sucre de l’ARN

A

ribose

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14
Q

Sucre de l’ADN

A

désoxyribose

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15
Q

Différence entre structure du sucre de l’ADN et ARN

A

ARN: carbone 2 présente un OH
ADN: carbone 2 ne présente pas un OH

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16
Q

Effet des phosphates sur les nucléotides

A

Donne une charge négative, ce qui permet des intéractions avec les protéines

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17
Q

Par quel lien sont liés les nucléotides dans l’ADN et ARN

A

liens phosphodiester

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18
Q

Entre quelles molécules se fait les liens phosphodiester

A

entre le O du phosphate des carbones 5’ et le OH des carbones 3’ des sucres

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19
Q

sens de lecture de l’ADN

A

5’ vers 3’

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20
Q

Que représente la position 5’ et 3’ du lien phosphodiester

A

5’: carbone du sucre qui tient la molécule de phosphate libre
3’: carbone du sucre qui fait la liaison du nucléotide qui suit

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21
Q

Quel est le brin de l’ADN qui va être lu pour la réplication

A

Brin matrice

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22
Q

Types de nucléotides utilisés dans les lien phosphodiester

A

triphosphate

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23
Q

Pourquoi est ce qu’on utilise des triphosphates lors de la polymérisation des nucléotides

A

relâche 2 phosphates et génère de l’énergie pour les enzymes impliqués dans la réplication

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24
Q

3 caractéristiques des brins d’ADN

A

polarité 5’ - 3’
antiparallèles
complémentaires

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25
Q

Complémentarité des bases azotées

A

adénine - thymine/uracil
guanine - cytosine

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26
Q

Comment se courbe l’hélice de l’ADN

A

intéractions faibles (phosphate -)

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27
Q

Quel liason faible permet le lien entre des bases azotées

A

liens hydrogènes

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28
Q

Que permet la force en hélice de l’ADN

A

permet de se compacter dans le noyau

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29
Q

Différences entre les liaisons entre A-T et G-C

A

A-T: 2 ponts hydrogènes
G-C: 3 ponts hydrogènes

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30
Q

Quelle liaison de bases azotées est plus facile à rompre

A

A-T, car n’a que 2 ponts hydrogènes

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31
Q

Position des bases azotés dans la double hélice ADN

A

à l’intérieur de l’hélice

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32
Q

Position des sucres et phosphate dans la double hélice

A

à l’extérieur de l’hélice

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33
Q

À chaque tour d’hélice, que retrouvons nous

A

2 sillon: un mineur et un majeur
Une dixaine de paires de nucléotide

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34
Q

Les protéines qui se lient à l’ADN sont elles basiques ou acides

A

Basiques (charge positive)

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35
Q

Quelle structure est formée lorsqu’on compacte de lADN

A

chromosomes

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36
Q

Est ce que les paires de chromosomes d’un individu qui ont étés doublés sont parfaitement identiques

A

Non, ils sont similaires par contre (ex: X et Y)

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37
Q

Pourquoi dit ont que la réplication de l’ADN est semi-concervative

A

Car chaque brin se dissocie, réplique et part indépendamment dans chaque cellule fille

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38
Q

Principe de la réplication de l’ADN

A

ADN mère se sépare en deux brins matrices qui vont ensuite servir de modèle pour la réplication de l’ADN des cellules filles

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39
Q

Dans quelle phase du cycle cellulaire a eu lieu la réplication de l’ADN

A

S (interphase)

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40
Q

Rôle du centromère

A

s’attache au fuseau mitotique

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41
Q

Rôle des télomères

A

requis pour préserver l’intégrité des extrémités des chromosomes

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42
Q

3 éléments requis pour répliquer adéquatement un chromosome

A

origine de réplication
centromère
télomères

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43
Q

Où débute la réplication de l’ADN

A

origine de réplication

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44
Q

Vrai ou faux: la synthèse de l’ADN est unifirectionnelle

A

faux, elle est bidirectionnelle

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45
Q

Où se forment les fourches de réplication

A

origine de réplication

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46
Q

Combien de fourches de réplication sont formés par origine

A

2 (créer une bulle de réplication)

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47
Q

Qu’est ce qui décide ou se produit l’origine de réplication

A

Si la séquence d’ADN est riche en lien adénine-thymine, l’ADN est plus simple à ouvrir et donc la fourche va surement se retrouver la (moins stable, 2 pont H au lieu de 3)

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48
Q

Vrai ou faux: il n’y a que une origine de réplication sur un même chromosome

A

Faux

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49
Q

Quelle protéine créer la bulle de réplication

A

hélicase (ouvre l’ADN double brin, dézipe l’ADN)

50
Q

Fonction des protéines d’initiation

A

ouvrent l’hélice en séparant les brins, pour que l’hélicase puisse formé les fourche de réplication

51
Q

Par quelle protéine s’effectue la réplication de l’ADN

A

ADN polymérase

52
Q

3 contrainter de l’ADN polymérase

A

synthétise que dans le sens 5’ -> 3’
requiert une amorce d’ADN ou d’ARN
requiert une ,atrice (à copier)

53
Q

Pourquoi est ce que l’ADN polymérase requiert une amorce pour polymériser

A

elle ne peut pas initier la réplication, doit ajouter un nouveau nucléotide à un bout 3’ (de la matrice) déja existant

54
Q

Comment sont ajoutés les bases azotés sur le brin matrice pour créer le brin amorce

A

de manière complémentaire, du sens antiparallèle (polymérise vers 3’ sur le brin amorce, mais direction 5’ sur le brin matrice)

55
Q

Sur quelle extrémité est ajouté un nucléotide sur le brin amorce

A

3’

56
Q

Vers quelle extrémité du brin matrice se fait les liaisons ponts-H entre les bases-azotés

A

5’

57
Q

Qu’est ce qui fourni l’énergie pour la polymérisation

A

Les nucléotides triphosphates

58
Q

Comment est ce que les nucléotides triphosphates fournissent l’énergie pour la polymérisation

A

en formant des liens phosphodiester sur le brin amorce, l’ADN polymérase couple la libération d’énergie à la réaction de polymérisation en libérant 2 phosphates du nucléotide

59
Q

Quel complexe se trouve aux fourches de réplication

A

complexe hélicase-primase

60
Q

Étapes de la formation du complexe hélicase-primase

A
  1. protéines initiatrices ouvrent l’hélice et liaison de la première hélicase à l’origine de réplication et ouvre l’ADN double brin en formant les fourches de réplication
  2. la deuxième hélicase vient se joindre après sur l’autre fourche de réplication
  3. liaison de la primase à l’hélicase au niveau des fourches pour synthétiser des amorces d’ARN
61
Q

2 types de brins amorce

A

tardif
conducteur

62
Q

Pourquoi est-ce qu’on dit brin conducteur

A

Car la direction de la réplication est dans le même sense que la direction de la synthétisation donc continue

63
Q

Pourquoi est-ce qu’on dit brin tardif/complémentaire

A

Car la direction de la réplication est dans le sens opposé à la direction de la synthétisation donc discontinue

64
Q

Qu’est ce qui fait en sorte qu’un brin ammorce doit se synthétiser de manière discontinue

A

Puisque la double hélice ADN est antiparallèle, quand l’hélicase ouvre la fourche de réplication, les deux brins matrices sont dans des directions opposés
Le brin ammorce a des pôles opposés du brin matrice
Par contre, la direction de réplication se fait du même côté pour les deux, donc il y a un brin sur lequel la direction de réplication est opposé à sa direction de synthétisation

65
Q

Nom des fragments qui résulte de la synthétisation discontinue des brins tardifs

A

fragments d’okasaki

66
Q

Si la fourche droite contient une réplication continue en haut et une réplication discontinue en bas, que ce passe il du côté gauche

A

Réplication discontinue en haut et continue en bas

67
Q

Que retrouve on entre 2 fragments d’okasaki après polymérisation

A

nick

68
Q

Qu’est ce qu’un nick

A

manque d’un lien phosphodiester (brèche dans un brin simple)

69
Q

Quelle enzyme selle la brèche entre les fragments d’okasaki et comment

A

ADN ligase
en créant un lien phosphodiester

70
Q

Chez E coli, quelle enzyme s’occupe de la polymérisation des fragments d’Okasaki

A

polymérase III

71
Q

Chez E coli, quelle enzyme s’occupe de dégrader le brin d’ARN qui a initié l’ammorce et le remplacer par un brin d’ADN

A

polymérase I

72
Q

Est ce que la primase requiert une amorce pour polymériser des ribonucléotides

A

Non

73
Q

Fonction des primases

A

synthétise des amorces ARN à partir d’une matrice ADN

74
Q

Fonction ADN polymérase III

A

utilise amorce ARN sur le brin retardé (plusieurs) et brin conducteur (1 seul) pour synthétiser les fragments d’Okasaki

75
Q

Fonction ADN polymérase I

A

enlève amorce ARN (nucléase)
polymérise petits fragments (nick)

76
Q

Fonction ADN ligase

A

lie deux bouts ADN en créant un lien phosphodiester et en utilisant de l’ATP

77
Q

Est-ce que la ligase à besoin d’ATP

A

oui

78
Q

Fonction sliding clamp

A

Protéine circulaire qui maintient l’ADN polymérase et le brin d’ADN durant la synthèse d’ADN

79
Q

Single stranded binding (SSB) protein fonction

A

fixe l’ADN simple brin pour empêcher le brin de s’apparier avec son brin complémentaire

80
Q

Fonction hélicase

A

sépare les brins

81
Q

Étapes de la réplication de l’ADN

A
  1. Origine contenant majoritairement des liens A-T reconnue par des protéines d’initiation (complexe hélicase et primase)
  2. Première hélicase forme la fourche de réplication en séparant les liens entre les bases azotés de la fourche de réplication (des deux côtés)
  3. Deuxième hélicase vient se placer sur l’autre extrémité de la fourche
  4. Hélicases commence à séparer les deux brins matrices (bidirectionnel)
  5. Simultannément, les primases ajoutent un brin d’ARN sur le brin conducteur et plusieurs au fur et à mesure sur le brin tardif
  6. Brin conducteur: ADN polymérase III synthétise ADN de la même direction que la réplication
  7. Brin tardif: ADN polymérase III synthétise ADN dans la direction opposée que la réplication au fur et à mesure que la primase place des brins d’ARN (fragments d’Okasaki)
  8. Après synthétisation par l’ADN polymérase III, l’ADN polymérase I dégrade les brins d’ARN (primer) et les remplace par des brins d’ADN
  9. Les nick formé entre les fragments d’Okasaki sont remplis par synthétisation d’ADN par les ligases
82
Q

Fonction de la topoiaomérase

A

relâche le stresse résultant d’un super-enroulement en aval de la fourche en faisant une coupure simple-brin dans l’ADN

83
Q

Pourquoi est ce que la réplication des télomères cause problème

A

Après la dégradation des primers/amorce en ARN, il reste un bout de la matrice non répliquée sur le brin tardif puisque l’ADN polymérase ne peut pas démarrer une synthèse d’ADN dans le vide (aucune amorce pour débuter la synthèse)

84
Q

Sur quelle brin y a t’il un boud d’ADN qui n’a pas été synthétiser

A

Brin tardif

85
Q

Quelle enzyme ajoute une séquence d’ADN à l’extrémité OH-3 du brin matrice

A

Télomérase

86
Q

Étapes de la réplication par les télomères

A
  1. Télomérase se lie au brin matrice et rajoute des séquences répétées à l’aide de sa propre composante ARN
  2. Brin tardif complèter par ADN polymérase alpha qui porte une activité primase
87
Q

2 composantes de la télomérase

A

partie protéique
partie ARN

88
Q

Quelle partie de la télomérase a une activité d’ADN polymérase capable d’utiliser l’ARN comme matrice

A

protéique

89
Q

Dans quel type de cellule agit la télomérase

A

Cellules souches et gamettes

90
Q

Quel est la conséquences négatives du raccourcissement des chromosomes par les télomères (autre que souche et gamette)

A

Vieillissement

91
Q

Que ce passe il si la télomérase est active dans des cellules autre que les gamettes et cellules souches

A

Cancer (prolifération incontrolée, plus de sénéscence normale)

92
Q

Quand survient une mutation de l’ADN

A

Quand une erreur dans la séquence d’ADN n’est pas corrigée et elle est transmise

93
Q

Quand est-ce que les mutations dans l’ADN peuvent être hérités

A

lorsqu’elles surviennent dans des cellules germinales (gamètes)

94
Q

Est ce que les mutations dans l’ADN peuvent causer un cancer

A

Oui

95
Q

2 types de mutation

A

somatique
germinale

96
Q

Qu’est ce qu’une mutation somatique

A

toute mutation qui se produit dans une cellule autre qu’un gamète

97
Q

3 mécanismes de réparation de l’ADN

A

Réparation durant la synthèse de l’ADN
Correction post-réplicationnelle des mésappariements
Réparation des lésions par excision

98
Q

Qu’implique la Réparation durant la synthèse de l’ADN

A

vérification et autocorrection par l’ADN polymérase

99
Q

Qu’implique la Correction post-réplicationnelle des mésappariements

A

reconnaissance du nucléotide mal incorporé, excision et réparation

100
Q

Qu’implique la Réparation des lésions par excision

A

bases mutés par déamination, dépurination et radiation UV sont reconnues par de nucléases et excisées

101
Q

Grâce à quelle caractéristique de l’ADN est ce possible de réparer les mutations

A

la nature de la double hélice (mutation cause une déformation de la double hélice à cause des liens faibles pont H)

102
Q

Quelle enzyme vérifie durant la réplication si il y a des erreurs dans la synthèse de l’ADN

A

La polymérase

103
Q

Quelle propriété de la polymérase lui permet de réparer ses erreurs

A

Elle contient deux sites: catalytique et d’édition

104
Q

Que ce passe il dans l’enzyme polymérase si il y a une erreur dans la synthèse de l’ADN

A

si un nucléotide ajouté est incorrect, il se déplace temporairement vers le site d’édition (E) pour correction, puis il se replace

105
Q

De quelle manière est ce que l’ADN polymérase détache le nucléotide qui est erroné (durant réplication)

A

agit en exonucléase par hydrolyse du lien phosphodiester en reculant sur le brin

106
Q

Quand est ce que le mécanisme de correction post-réplicationnelle est mis en action

A

lorsque la polymérase n’a pas détecté la mutation

107
Q

Étapes de la correction post-réplicationnelle de mésappariements

A
  1. Distortion de la double hélice est reconnue par des protéines spécifiques
  2. Ce complexe recrute une exonucléase
  3. Une portion du nouveau brin contenant le nucléotide erroné est dégradée par l’exonucléase
  4. Ce trou dans le brin est réparé par la polymérase et la ligase
108
Q

Comment est-ce que la reconnaissance d’une erreur dans la séquence d’ADN post-réplicationnelle est faite (E coli + autres)

A

car le nouveau brin n’est pas immédiatement méthylé (E coli)
car les nicks aident à identifier

109
Q

Différence entre une endonucléase et exonucléase dans leur action contre les mutations post-réplicationnelles

A

endo: clivent à l’intérieur de la molécule produisant un nick sur un brin ou en produisant une coupure des deux brins
exo: digère brin d’ADN dans la direction 5 - 3 ou 3 - 5

110
Q

Entre l’endonucléase et l’exonucléase, laquelle peut agir à l’intérieur de la molécule d’adn

A

endonucléase (en créant des nicks)

111
Q

Est-ce que l’exonucléase peut réparer un brin sans l’endonucléase

A

non

112
Q

Qu’est ce que la dépurination de l’ADN

A

collision thermiques entre molécules causent la perte de purine (G ou A) et fait des trous dans l’ADN

113
Q

Que ce passe il si la dépurination n’est pas éliminé du brin et répliqué à nouveau

A

La base azoté qui s’associe à cette purine part aussi, et l’ADN est mutée

114
Q

Qu’est ce que la déamination

A

Métabolisme qui cause la perte d’une groupement amino de cytosines causant la transformation en base uracile non complémentaire

115
Q

Est-ce qu’il y a une perte de base dans le cas de la déamination

A

non

116
Q

Problème avec la désamination

A

Cytosine est complémentaire à guanine
Uracil est complémentaire à adénine

117
Q

Que ce passe il si la désamination n’est pas éliminé du brin et répliqué à nouveau

A

La base guanine est remplacé par une base adénine et il y a mutation du gène

118
Q

Comment est ce que les rayons UV du soleil peuvent endommagé l’ADN

A

provoque la formation de liens covalents entre deux thymines adjacentes (dimère)

119
Q

Étapes de la réparation des lésions par excision

A
  1. ADN endommagé est reconnu et portion affectée est excisée par une nucléase (un des 2)
  2. ADN polymérase de réparation se fixe au brin et fait une copie complémentaire du brin comme normal
  3. La cassure existant toujours au niveau du squelette (sucre et phosphate) est reliée grâce à une ADN ligase
120
Q

Pourquoi est ce que l’exonucléase a besoin d’une endonucléase pour fonctionner

A

Exonucléase ne peut qu’agir sur les extrémités, donc besoin d’une endonuclease pour créer un Nick sur le brin pour pouvoir agir

Médecine moléculaire et microscopique (30 decks)

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