T9. Predicción de la estructura de proteínas Flashcards
El hecho de que una proteína desnaturalizada consiga recuperar su plegamiento y funcionalidad demuestra que la secuencia de aminoácidos contiene la información necesaria para conseguir la estructura 3D
VERDADERO
Las restricciones generadas por el enlace peptídico y las cadenas laterales determinan que cada proteína solo pueda adoptar una sola conformación.
FALSO
A pesar de dichas restricciones sigue habiendo muchas conformaciones teóricamente posibles de las cuales, en la práctica, solo se adopta una.
La multitud de conformaciones teóricas para cada proteína y la elevada diferencia de energía entre sus estados nativo y desnaturalizado dificultan la predicción de la estructura 3D
FALSO
Entre las forma nativa y desnaturalizada la diferencia de energía es muy poca, de ahí si inestabilidad, que es la que dificulta la predicción.
El número de entradas depositadas sobre secuencias de aminoácidos y nucleótidos es muy superior al de entradas de estructuras conocidas
VERDADERO
Debido a que las técnicas de elucidación estructural son muy laboriosas y presenntan limitaciones.
En los últimos años se han realizado grandes esfuerzos para caracterizar la secuencia de todas las proteínas, lo que ha permitido igualar el número de entradas de secuencia al de entradas relativas a la estructura
FALSO
Los esfuerzos que se están realizando son para caracterizar la estructura, no la secuencia, y pese a ello las entradas relativas a la secuencia siguen rebasando a las relativas a la estructura
Los aminoácidos presentan una tendencia a formar parte de estructuras secundarias determinadas, lo que permite realizar predicciones sobre la estructura tridimensional que adoptará un polipéptido
VERDADERO
Los aminoácidos presentan una tendencia a formar parte de estructuras secundarias determinadas, lo que permite realizar predicciones muy precisas sobre la estructura tridimensional que adoptará un polipéptido
FALSO
Las predicciones basadas en secuencia tienen tan solo un 60% de precisión (una misma secuencia puede dar distintas estructuras en distintas proteínas en función de su entorno.
Las secuencias ricas en residuos con cadena lateral voluminosa tienen mayor tendencia a formar láminas beta que hélices alfa.
VERDADERO
Porque la disposición en láminas les permite tener más espacio, mientras que en las hélices alfa se establecen más impedimentos/repulsiones
Si la variación de energía libre de transferencia de un fragmento de proteína de membrana de un entorno hidrofílico a uno hidrofóbico es superior a 0, podemos predecir que se encontrará formando una hélice transmembrana.
FALSO
Es la energía libre de transferencia del fragmento desde un entorno hidrofóbico a uno hidrofílico (si la energía es positiva quiere decir que la secuencia era más estable en el entorno apolar, como el interior de la bicapa lipídica)
¿Por qué realizamos el sumatorio de la variación de energía libre de transferencia de segmentos de precisamente 20 aa para realizar un diagrama hidropático?
Porque la región hidrofóbica de una membrana mide 30 Angstroms.
Y en las hélices alfa la distancia entre residuo y residuo es h = 1,5 Angstroms.
Luego (30Å)/(1,5Å/residuo) = 20 residuos
La glicoporina es una proteína que presenta 7 hélices transmembrana
FALSO
La glicoporina presenta una única hélice transmembrana; es la bacteriorodopsina la que tiene 7.
Los diagramas hidropáticos presentan limitaciones a la hora de detectar hélices transmembrana.
VERDADERO
No detectan hélices transmembrana anfipáticas (como las que constituyen algunos poros.
Y puede identificar como trasmembrana a hélices hidrofóbicas de proteínas globulares o que se corresponden a regiones externas a la membrana.
Los métodos computacionales de predicción de estructuras permiten realizar modelados por homología si se identifican proteínas de estructura secundaria conocida con un mínimo del 30% de homología de secuencia respecto a la proteína completa
VERDADERO
La predicción por homología de secuencia requiere:
* conocer la secuencia de aa
* realizar asumpciones teóricas como que la conformación nativa de una proteína es siempre la más estable
FALSO
Estos requisitos se corresponden a las predicciones de novo.
Las principales ventajas de la predicción de estructuras de novo son que dan buenos resultados con secuencias cortas y que permiten resolver la estructura de proteínas con plegamientos totalmente nuevos.
VERDADERO
