T16. Interaccions Acids nucleics-Proteina Flashcards
Los complejos proteína ácido nucleico se estabilizan por pdH e interacciones de tipo covalente
F
pdH, fuerzas electrostáticas e interacciones hidrofóbicas
Entre ÁN y proteínas, las fuerzas electrostáticas se establecen entre gupos con cargas opuestas: siempre grupos con carga (+) de la proteína y grupos con carga - del ÁN
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ÁN: fosfato
Proteína: cadenas laterales de His, Lys o Arg
Todas las interacciones DNA-proteína participan en la especificidad de secuencia de la unión
F
Fuerzas electrostáticas se establecen con los fosfatos que se encuentran en toda la secuencia de todos los ÁN
pdH entre enlaces peptídicos o cadenas laterales de aa polares y esqueleto de azúcar- fosfato
interacciones hidrofóbicas: cadenas laterales aromáticas que se intercalan entre las BN
En las interacciones ÁN-proteína, los puentes de H son interacciones específicas, porque se dan entre las BN y las cadenas laterales de los aa
F
pueden darse con el esqueleto peptídico y en tal caso no son tan específicas
Todos los grupos de un nt (fosfato, BN y pentosa)pueden establecer pdH con proteínas
V
Las interacciones hidrofóbicas entre BN y las cadenas laterales apolares y aromáticas de los residuos de aa son más importantes en el caso de ÁN de cadena simple que en ÁN biatenarios
V
La interacción proteína-án no distorsiona la estructura por tanto en un dsDNA, en que las bases se encuentran en el interior de la hélice la posibilidad para una proteína de acceder e interaccionar con ellas va a se menor que en ssDNA
Los nucleosomas son estructuras formadas por 8 histonas: (H2A, H2B, H3 y H4)x2
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Las 8 histonas forman un octámero de histonas, el nucelosoma hace referencia a dicho octámero + el DNA que lo rodea
Las histonas son proteínas de bajo peso molecular con gran densidad de residuos básicos que les permiten establecer enlaces iónicos con el DNA
V
EN un octámero de histonas:
- 2 H2A y 2 H2B forman el núcelo/tetrámero central
- 2 H3 y 2 H4 se sitúan formando dímeros en los extermos
F
Al revés
En los nucleasomas el DN da 1,8 vueltas al octámer, formando una superhélice levógira.
V
Extremos N-ter de H3 y H4 susceptibles de modificación, lo cual es importante para regulación
V
El solenoide presenta 6 nucelosomas por vuelta y una tasa de empaquetamiento de 40
V
H1 tiene un importante papel en la formación del solenoide, pues envita que dos nucleasomas consecutivos establezcan interacciones entre si
F
Promueve la interacción entre nucleosomas
Las sirtuinas regulan la expresión gñenica mediante remodelaciones en la estructura de la cromatina que son consecuencia de su actividad de metilación
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Sirtuinas = desacetilasas
Acetilación de Lys en las H3 y H4 = más actividad transcripcional
V
menor compactación de la cromatina (se neutralizan cargas (+) de las histonas, impidiendo la compactación)
Descetilación de Lys en las H3 y H4 = más actividad transcripcional
F
Los acetilos neutralizaban cargas de las Lys, al eliminarlos se recuperan las cargas + y aumentan las interacciones histona-DNA, haciéndolo menos accesible a la maquinaria transcripcional
Las histonas son exclusivas de eucariotas, puesto que el DNA procariota no se encuentra unido a proteínas.
F
En procariotas no se han descubierto equivalentes a las histonas pero el DNA-procariota se une a otras proteínas como el DNA-binding protein II (HU)
DNA-binding protein II es un oligómero pequeño que induce superenrollamientos en el DNA procariota gracias a su forma de cuña
V
En la estructura secundaria de la proteína gen-5 del bacteriófago fd, encargada de unirse al ADN viral para protegerlo de la degradación por nucleasas, predominan las hélices alfa
F
cadenas beta con
- residuos con q+ que forman interacc salinas con los fosfatos
- residuos que permiten estabilizar la cadena al formar pdH
- residuos aromáticos que pueden apilarse con las BN del DNA viral de ss
Los factores de transcripción son las únicas proteínas capaces de establecer interacciones específicas con el ADN
F
también nucelasas, proteínas implicadas en recombinación…
El reconocimiento de secuencia se establece desde fuera de la hélice, con grupos químicos de lsa BN accesibles desde los surcos
V
Para dar interacciones específicas, en primer lugar se debe formar un complejo por interacciones no específicas que permiten acercar las moléculas para que tenga lugar el reconocimiento de secuencia
V
La mayoría de prots que interacc específicamente lo hacen por el surco mayor.
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V
La mayoría de prots que interacc específicamente lo hacen por el surco mayor ya que al haber más grupos expuestos es más fácil discriminar.
Los factores de transcripción suelen actuar como monómeros para introducirse con más facilidad en los surcos
F
La mayoría de FT actuan como dímers/tetrámeros: se unen a surcos consecutivos, aumentando así la especificidad (+ capacidad de discriminación)
El reconocimiento/especificidad de las interacciones DNA-proteína se debe fundamentalente a las características estructurales del DNA
F
Principalemente se debe a secuencia, pero es cierto que la estructura 3D del DNA puede manifestar ligeras alteraciones que son reconocidas por FT
A diferencia de las interacciones no específicas entre ÁN-proteínas, las interacciones específicas solo implican pdH
F
La mayoría de grupos interaccionan por pdH pero algunos (p.ej. metilos T) pueden establecer interacc hidrofóbicas
Las proteínas que reconocen secuecias concretas de DNA tienen mayoritariamente hélices alfa que se acomodan en el surco menor del DNA-B
F
EN el surco mayor
Algunas proteínas que reconocen secuencias concretas de DNA tienen láminas beta antiparalelas que se acomodan en el surco menor del DNA-B
V
En relación a los motivos estructurales de los dominios de unión al ADN
Mientras que en eucariotas hay una gran variedad de motivos enstructurales, en procariotas todos los T presentan motivos beta-alfa-beta
F
Helix-turn-helix
Todos los FT de procariotas presentan el motivo hélice-giro-hélice
V
