T5. Estructura secundaria de las proteínas Flashcards
Las principales fuerzas que estabilizan las estructuras secundarias de las proteínas son puentes de hidrógeno entre las cadenas laterales.
FALSO
Son puentes de hidrógeno entre los grupos péptido.
Las principales fuerzas que estabilizan las estructuras secundarias de las proteínas son puentes de hidrógeno entre los grupos péptido.
VERDADERO
La estructura secundaria consiste en un ordenamiento espacial de la cadena polipeptídica debido a interacciones ente residuos de aminoácidos relativamente distantes en la secuencia
FALSO
Son aminoácidos próximos en la secuencia
Coils y loops son estructuras secundarias ordenadas pero no repetitivas, puesto que aunque presentan ángulos de torsión permitidos carecen de la característica de repetición
FALSO
Coils y loops son estructuras secundarias no ordenadas
Un enlace de hidrógeno es una interacción direccional, puesto que es más fuerte si los átomos que intervienen se encuentran alineados
VERDADERO
Entre los parámetros que definen a una hélice a nivel estructural, “h” hace referencia a la distancia que se recorre por cada vuelta de hélice
FALSO
“h” es la distancia a lo largo del eje que hay entre 2 residuos de aminoácido consecutivos
La distancia por cada vuelta de hélice se llama “p” o paso de rosca.
Cuando hacemos referencia a una hélice desde el punto de vista estructural, n es el número de residuos aminoacídicos por cada vuelta de hélice
VERDADERO
En las hélices alfa, los puentes de hidrógeno se dan entre el H del grupo amino del residuo “n” y el O carbonílico del residuo “n+4”
FALSO
Se dan entre el el O carbonílico del residuo “n” y el H del grupo amino del residuo “n+4”
En una hélice alfa únicamente encontraremos residuos de prolinas en la primera vuelta de rosca.
VERDADERO
Debido a que su N amídico no puede formar puentes de hidrógeno (cuando forma enlace peptídico pierde su único H), pero su O carbonílico sí, puede encontrarse como uno de los 4 primeros residuos, que solo establecen un pdH y lo hacen como aceptores.
La secuencia de aminoácidos de una cadena polipeptídica es irrelevante para la estabilidad de una hélice alfa, puesto que esta se estabiliza gracias a la formación de enlaces de H entre el esqueleto polipeptídico
FALSO
La secuencia de aminoácidos es importante a la hora de estabilizar una hélice alfa, puesto que cada 3-4 residuos las cadenas laterales se encuentran alineadas y pueden establecer interacciones o se pueden repeler
El interior de una hélice alfa se encuentra estrechamente empaquetado y es relativamente rígido
VERDADERO
Las hélices alfa anfipáticas presentan un interior con predominancia de residuos hidrofóbicos mientras y un exterior donde abundan los residuos hidrofílicos
FALSO
El interior de las hélices es compacto y solo presenta el esqueleto polipeptídico.
Las hélices anfipáticas presentan una cara con residuos hidrofóbicos y otra en la que predominan residuos hidrofílicos
Las hélices son poco estables salvo que se encuentren en entornos hidrofóbicos, como el interior de una membrana: en tal caso están muy estabilizadas.
VERDADERO
En un entorno polar, por ejemplo disolución acuosa, el agua compite con los residuos para formar puentes de hidrógeno. En cambio en un entorno apolar la hélice solo establece interacciones consigo misma, lo que la estabiliza.
Cuando hablamos de una estructura helicoidal definiéndola por medio de la notación n “sub m” (nm):
n es el número de restos por vuelta de hélice;
m es el número de átomos implicados en el anillo cerrado por el pdH, sin tener en cuenta el H
FALSO
m tiene en cuenta el H
En las hélices 3 “sub 10” los puentes de hidrógeno no alineados se establecen entre el residuo 1 y el 3, el 2 y el 4…
FALSO
Se establecen entre el residuo n y el n+3, es decir, entre el 1 y el 4, el 2 y el 5…
Las hélices pi son las que presentan los enlaces de H menos alineados. Estos se establecen cada n+5 residuos, formando así una hélice amplia y achatada
VERDADERO
Las hélices alfa presentan una h = 5,4 Å; p = 1,5 Å; y n = 4 residuos por vuelta
FALSO
Las hélices alfa presentan
n = 3,6 residuos/vuelta
p = 5,4 Å
h = 1,5 Å
Las hélices sintéticas de poliprolina presentan características muy similares a las de las hélices de colágeno, como por ejemplo su sentido de rotación levógiro. Por eso sirven como modelo para el estudio del colágeno.
VERDADERO
Podremos afirmar que una proteína presenta determinada estructura secundaria cuando encontremos residuos con ángulos de enlace en la región del diagrama de Ramachandran característica de dicha estructura.
FALSO
Puede haber residuos que presenten ángulos de torsión característicos de una estructura, pero para que se de la estructura estos ángulos se deben repetir y estar próximos.
Las láminas beta se forman por asociación de diversas cadenas beta mediante la formación de puentes de H entre el H amídico del residuo de una cadena y el O carbonílico de un residuo de la cadena adyacente
VERDADERO
Los valores de los ángulos diedros de las láminas beta son:
phi = + 100º
psi = - 100º
FALSO
En las láminas beta
phi = -100º
psi = +100º
En las hélices alfa los valores característicos de los ángulos diedros son
phi = -57º
psi= -47º
VERDADERO
De entre las posibles disposiciones de las láminas beta (paralela, antiparalela o mixta) la antiparalela es la más estable gracias a que presenta los enlaces de H más alineados.
VERDADERO
Los giros beta pueden interpretarse como imperfecciones en láminas beta, debidas a la presencia de uno o más residuos en una de las cadenas que no forman enlaces de H con la cadena adyacente, lo cual genera una curvatura
FALSO
La estructura descrita es una protuberancia beta
Generalmente todos los giros beta presentan una Pro en posición 2, pero solo los de Tipo II presentanuna Gly en posición 3
VERDADERO
Lo que distingue los 2 tipos de giros beta es que los de tipo I presentan el O carbonílico del residuo 2 sobre el plano mientras que los de tipo II lo presentan bajo el plano
FALSO
Tipo I lo presenta bajo el plano y tipo II por encima
En los giros gamma se forma un puente de hidrogeno entre dos residuos separados por uno de prolina
VERDADERO
Las estructuras suprasecundarias de tipo hélice-loop-hélice consisten en dos hélices alfa dispuestas en paralelo y separadas por un loop de longitud variable
FALSO
Las hélices se disponen perpendicularmente.
Las superhélices formadas por “coiled coils” o enrollamientos enrollados consisten en la asociación longitudinal de hélices alfa por interacciones entre residuos hidrofóbicos
VERDADERO
Es frecuente que las cadenas beta paralelas estén conectadas entre sí por una hélice alfa dispuesta en su mismo plano, dando lugar así a la estructura supersecundaria conocida como “motivo beta-alfa-beta”
FALSO
Si la hélice se dispusiese en el plano de la lámina beta las cadenas no podrían establecer interacciones. La hélice se encuentra sobre o bajo dicho plano
Las conexiones entre cadenas beta suelen ser de tipo “horquilla” en el caso de cadenas antiparalelas y de tipo “conexiones cruzadas” en el caso de ser paralelas.
VERDADERO
El motivo formado por dos cadenas beta antiparalelas y conectadas por un loop se conoce como “unidad beta-beta” u “horquilla”
VERDADERO
Los meandros beta son una estructura suprasecundaria en que las uniones entre cadenas beta incluyen conexiones que no son en horquilla y que permiten disponer adyacentemente cadenas beta que no son consecutivas en secuencia
FALSO
Estas estrucutras son las llaves griegas, en los meandros todas las conexiones so en horquilla y por ende todas las cadenas quedan adyacentes a sus cadenas consecutivas en secuencia
El motivo “barril beta” consiste en una lámina beta formada por varias cadenas beta antiparalelas conectadas por loops de forma cilíndrica
VERDADERO
Las unidades beta-beta o los motivos beta-alfa-beta pueden encontrarse repetidos o combinados con otros motivos para dar estructuras más complejas como el pliegue de Rossman de la LDH
VERDADERO
Los psi loops consisten en dos cadenas beta antiparalelas y consecutivas en la secuencia, unidas por puentes de hidrogeno, entre las que se intercala una tercera cadena beta
FALSO
Dado que la tercera cadena se encuentra entre las otras dos, no se establecen enlaces de H entre ellas, si no entre la intercalada y cada una de las otras dos.
