Structure des a.a et des peptides Flashcards
Vrai ou faux
Même si l’on ne connait pas sa structure, il est facile de comprendre la fonction d’une protéine
Faux, difficilement comprendre
L’irrégularité et la complexité des protéines sont nécessaires pour…
la spécificité
Vrai ou faux
La structure et la fonction d’une protéine sont le résultat de l’évolution
Vrai
Quels groupements possède un a.a?
D’ou vient le nom acide a-aminé?
Carboxyle et amine
Groupement amine est lié à l’atome de carbone adjacent au COOH (carbone a)
Quel a.a ne possède pas de chaine latérale?
Glycine
Quels groupements font partis de la chaine principale?
N-H, Ca, C=O
Quels sont les a.a non polaire?
glycine, valine, alanine, cystéine,proline, leucine, Isoleucine, methionine, tryptophan, phenylalanine
Quels sont les a.a polaire?
Serine, Threonine, tyrosine, aspargine, glutamine
Quels sont les a.a positif?
Lysine, arginine, histidine
Quels sont les a.a négatif?
acide aspartique et acide glutamique
Comment appelle-t-on la forme oxydée et réduite de la cystine?
oxydée ( S-S) = cystine
Réduite (SH) = cystéine
Quel a.a est responsable de certaines conformations seulement possible avec celui-ci?
Glycine
Vrai ou faux
Tous les a.a sont chirales
Faux, tous sauf la glycine
Vrai ou faux
Les a.a sont retrouvés majoritairement en forme L
Vrai
Quel a.a à une conformation L avec une configuration R?
L-cystéine
Quels facteurs influencent l’occurence moyenne des a.a dans les protéines?
- Différent cout métabolique
- Nombre différent de codons
- Différentes protéines
- Différence entre protéines intracell et protéines membranaires
Qu’est ce qu’une liaison peptidique?
Elle correspond à quelle fonction?
Liaison covalente entre la fonction carboxyle d’un a.a et la fonction amine de l’a.a suivant.
Amide
Il y a perte de quelle molécule lors de la création d’un lien peptidique?
H2O
Vrai ou faux
La liaison peptidique est stabilisée par mésomérie et ne peut subir de libre rotation
Vrai
La résonance (stabilisation par mésomérie) implique…
La planéité de la liaison peptidique
Vrai ou faux
Toutes les valeurs de phi et psi sont favorables
Faux, Certaines conduisent à des contacts trop rapprochés entre atome
Quels sont les deux régions principales favorisés?
Y a-t-il une troisième région?
Hélice a avec un min d’énergie à (-64, -41)
Feuillet B avec un min d’énergie à (-121, +128)
Oui, hélice gauche
Vrai ou faux
les régions favorisées sont différentes pour les glycines et proline
Vrai
Vrai ou faux
Certaines conformations sont favorisées dans les chaines latérales
Vrai
Vrai ou faux
Les différences d’énergie entre les conformations des chaines latérales favorisées et non sont souvent élevées
Faux
Il est possible d’adopter différentes conformations ______
Si nécessaire
Les longues chaines latérales à la surface des protéines sont _______
Souvent désordonnées
Quelle est la région du diagramme de ramachandran la plus peuplée?
Que contient cette région?
Région des feuillets B
Résidus qui sont dans une conformation étandue, y compris les feuillets B
À partir de quoi sont formés les feuillets B?
plusieurs chaines de polypeptides -> brins B
Les brins B sont…
Ils s’alignent…
de longueur variables (5-10)
Côte-à-côte (2-10) pour former un feuillet B
À quelles régions appartiennent souvent les feuillets B?
Régions souvent éloignées dans la structure primaires de la protéine
Les feuillets B forment des plaque relativement ___ qui constituent _____
rigides
armature de la protéine
Vrai ou faux
Les feuillets parallèles sont les plus fréquents?
faux, antiparallèles
Les feuillets courts sont presque toujours…
antiparallèle
Pourquoi les feuillets ____ sont plus fréquents?
antiparallèles
Plus facile à former
Vrai ou faux
Les feuillets parallèles et antiparallèles ont une énergie et une géométrie similaire
Vrai
Vrai ou faux
Les feuillets entièrement formé de brins parallèles sont fréquents
Faux
Vrai ou faux
Les feuillets B sont souvent tordus
Vrai
Quelles sont les différents types d’hélices?
- l’hélice a (3.610)
- Les hélices 310 et hélice pi
Quelles types d’hélices sont énergiétiquement beaucoup moins favorables?
-Les hélices 310 et hélice pi
La longueur des hélices a est…
Très variable 4-40 moyenne = 10 (3 tours)
Vrai ou faux
Tous les groupement N-H et C=O sont impliqués dans des liaisons hydrogènes (hélice a)
Faux, tous sauf les trois premier groupement n-h et les trois dernier c=o
Les hélices a sont droite ou gauche?
droite
Chaque tour d’hélice a idéale est composé de…
3.6 résidus pour un total de 13 atomes (11 atomes de la chaine principale + l’O du carbonyle du résidu n et l’H du résidu n+4)
Un tour d’hélice équivaut à un déplacement de combien d’amstrong?
5.4 soit 1.5 par résidu
Les liaisons hydrogènes sont presque ____ à l’axe de l’hélice
parallèle
Les liaisons C=O sont orienté vers…
l’extrémité C-terminale, mais un peu vers l’extérieur
À quoi est du le moment dipolaire d’une hélice a?
Que tous les ponts hydrogènes sont orientés dans la même direction suivant l’axe de l’hélice
Pourquoi l’asparagine est préférée à la position N-cap des hélices?
Parce que sa chaine latérale peut imiter la géométrie de la chaine principale du polypeptide, et former un pont H entre son C=O et le N-H libre du résidu n+2
Quelles a.a ont une préférence marquée pour la position N-cap?
aspargine, aspartate, sérine, thréonine
Quelles a.a ont une préférence marquée pour la position C-cap?
aucun
À quoi est souvent associé les random coil?
aux boucles présentes entre entre deux hélices ou feuillets
Vrai ou faux
Les random coil sont une absence de structuration
Faux
Donne 2 exemples de random coil
Hormones et toxines polypeptidiques
Les random coil ne sont pas une forme précise, mais plutôt…
une répartition statistique
Vrai ou faux
Certaines protéines ne possèdent aucun élément de structure secondaire régulière, mais sont stables
Vrai
Quels sont les facteurs déterminants pour la structure d’une protéine?
- Association des groupements hydrophobes
- Groupements polaires et chargés forme des ponts H
- Chaque résidu possède une liaison peptidique polaire
La structure secondaire régulière adoptée par une protéine est donc déterminée par…
- le besoin d’adopter une conformation favorable dans le diagramme de ramachandran
- Le besoin de former des ponts H entre les liaisons peptidique
Qu’est ce que le Pka d’une protéine?
Valeur de pH ou un groupement est 50 protoné et 50 déprotoné
Comment le Pka d’un a.a peut être altéré?
- Environnement hydrophobe -> forme neutre
- Environnement chargé -> forme chargé
Quelles a.a sont normalement chargé (pH = 7)
asp, glu, lys, arg
Quel a.a possède un pKa moyen?
his
