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Protéines > Structure des a.a et des peptides > Flashcards

Structure des a.a et des peptides Flashcards

1
Q

Vrai ou faux

Même si l’on ne connait pas sa structure, il est facile de comprendre la fonction d’une protéine

A

Faux, difficilement comprendre

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Q

L’irrégularité et la complexité des protéines sont nécessaires pour…

A

la spécificité

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3
Q

Vrai ou faux

La structure et la fonction d’une protéine sont le résultat de l’évolution

A

Vrai

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4
Q

Quels groupements possède un a.a?

D’ou vient le nom acide a-aminé?

A

Carboxyle et amine

Groupement amine est lié à l’atome de carbone adjacent au COOH (carbone a)

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5
Q

Quel a.a ne possède pas de chaine latérale?

A

Glycine

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6
Q

Quels groupements font partis de la chaine principale?

A

N-H, Ca, C=O

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7
Q

Quels sont les a.a non polaire?

A

glycine, valine, alanine, cystéine,proline, leucine, Isoleucine, methionine, tryptophan, phenylalanine

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8
Q

Quels sont les a.a polaire?

A

Serine, Threonine, tyrosine, aspargine, glutamine

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9
Q

Quels sont les a.a positif?

A

Lysine, arginine, histidine

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10
Q

Quels sont les a.a négatif?

A

acide aspartique et acide glutamique

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11
Q

Comment appelle-t-on la forme oxydée et réduite de la cystine?

A

oxydée ( S-S) = cystine

Réduite (SH) = cystéine

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12
Q

Quel a.a est responsable de certaines conformations seulement possible avec celui-ci?

A

Glycine

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13
Q

Vrai ou faux

Tous les a.a sont chirales

A

Faux, tous sauf la glycine

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14
Q

Vrai ou faux

Les a.a sont retrouvés majoritairement en forme L

A

Vrai

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15
Q

Quel a.a à une conformation L avec une configuration R?

A

L-cystéine

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16
Q

Quels facteurs influencent l’occurence moyenne des a.a dans les protéines?

A
  • Différent cout métabolique
  • Nombre différent de codons
  • Différentes protéines
  • Différence entre protéines intracell et protéines membranaires
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17
Q

Qu’est ce qu’une liaison peptidique?

Elle correspond à quelle fonction?

A

Liaison covalente entre la fonction carboxyle d’un a.a et la fonction amine de l’a.a suivant.

Amide

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18
Q

Il y a perte de quelle molécule lors de la création d’un lien peptidique?

A

H2O

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19
Q

Vrai ou faux

La liaison peptidique est stabilisée par mésomérie et ne peut subir de libre rotation

A

Vrai

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20
Q

La résonance (stabilisation par mésomérie) implique…

A

La planéité de la liaison peptidique

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21
Q

Vrai ou faux

Toutes les valeurs de phi et psi sont favorables

A

Faux, Certaines conduisent à des contacts trop rapprochés entre atome

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22
Q

Quels sont les deux régions principales favorisés?

Y a-t-il une troisième région?

A

Hélice a avec un min d’énergie à (-64, -41)
Feuillet B avec un min d’énergie à (-121, +128)

Oui, hélice gauche

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23
Q

Vrai ou faux

les régions favorisées sont différentes pour les glycines et proline

A

Vrai

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24
Q

Vrai ou faux

Certaines conformations sont favorisées dans les chaines latérales

A

Vrai

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25
Q

Vrai ou faux

Les différences d’énergie entre les conformations des chaines latérales favorisées et non sont souvent élevées

A

Faux

26
Q

Il est possible d’adopter différentes conformations ______

A

Si nécessaire

27
Q

Les longues chaines latérales à la surface des protéines sont _______

A

Souvent désordonnées

28
Q

Quelle est la région du diagramme de ramachandran la plus peuplée?

Que contient cette région?

A

Région des feuillets B

Résidus qui sont dans une conformation étandue, y compris les feuillets B

29
Q

À partir de quoi sont formés les feuillets B?

A

plusieurs chaines de polypeptides -> brins B

30
Q

Les brins B sont…

Ils s’alignent…

A

de longueur variables (5-10)

Côte-à-côte (2-10) pour former un feuillet B

31
Q

À quelles régions appartiennent souvent les feuillets B?

A

Régions souvent éloignées dans la structure primaires de la protéine

32
Q

Les feuillets B forment des plaque relativement ___ qui constituent _____

A

rigides

armature de la protéine

33
Q

Vrai ou faux

Les feuillets parallèles sont les plus fréquents?

A

faux, antiparallèles

34
Q

Les feuillets courts sont presque toujours…

A

antiparallèle

35
Q

Pourquoi les feuillets ____ sont plus fréquents?

A

antiparallèles

Plus facile à former

36
Q

Vrai ou faux

Les feuillets parallèles et antiparallèles ont une énergie et une géométrie similaire

A

Vrai

37
Q

Vrai ou faux

Les feuillets entièrement formé de brins parallèles sont fréquents

A

Faux

38
Q

Vrai ou faux

Les feuillets B sont souvent tordus

A

Vrai

39
Q

Quelles sont les différents types d’hélices?

A
  • l’hélice a (3.610)

- Les hélices 310 et hélice pi

40
Q

Quelles types d’hélices sont énergiétiquement beaucoup moins favorables?

A

-Les hélices 310 et hélice pi

41
Q

La longueur des hélices a est…

A

Très variable 4-40 moyenne = 10 (3 tours)

42
Q

Vrai ou faux

Tous les groupement N-H et C=O sont impliqués dans des liaisons hydrogènes (hélice a)

A

Faux, tous sauf les trois premier groupement n-h et les trois dernier c=o

43
Q

Les hélices a sont droite ou gauche?

A

droite

44
Q

Chaque tour d’hélice a idéale est composé de…

A

3.6 résidus pour un total de 13 atomes (11 atomes de la chaine principale + l’O du carbonyle du résidu n et l’H du résidu n+4)

45
Q

Un tour d’hélice équivaut à un déplacement de combien d’amstrong?

A

5.4 soit 1.5 par résidu

46
Q

Les liaisons hydrogènes sont presque ____ à l’axe de l’hélice

A

parallèle

47
Q

Les liaisons C=O sont orienté vers…

A

l’extrémité C-terminale, mais un peu vers l’extérieur

48
Q

À quoi est du le moment dipolaire d’une hélice a?

A

Que tous les ponts hydrogènes sont orientés dans la même direction suivant l’axe de l’hélice

49
Q

Pourquoi l’asparagine est préférée à la position N-cap des hélices?

A

Parce que sa chaine latérale peut imiter la géométrie de la chaine principale du polypeptide, et former un pont H entre son C=O et le N-H libre du résidu n+2

50
Q

Quelles a.a ont une préférence marquée pour la position N-cap?

A

aspargine, aspartate, sérine, thréonine

51
Q

Quelles a.a ont une préférence marquée pour la position C-cap?

A

aucun

52
Q

À quoi est souvent associé les random coil?

A

aux boucles présentes entre entre deux hélices ou feuillets

53
Q

Vrai ou faux

Les random coil sont une absence de structuration

A

Faux

54
Q

Donne 2 exemples de random coil

A

Hormones et toxines polypeptidiques

55
Q

Les random coil ne sont pas une forme précise, mais plutôt…

A

une répartition statistique

56
Q

Vrai ou faux

Certaines protéines ne possèdent aucun élément de structure secondaire régulière, mais sont stables

A

Vrai

57
Q

Quels sont les facteurs déterminants pour la structure d’une protéine?

A
  • Association des groupements hydrophobes
  • Groupements polaires et chargés forme des ponts H
  • Chaque résidu possède une liaison peptidique polaire
58
Q

La structure secondaire régulière adoptée par une protéine est donc déterminée par…

A
  • le besoin d’adopter une conformation favorable dans le diagramme de ramachandran
  • Le besoin de former des ponts H entre les liaisons peptidique
59
Q

Qu’est ce que le Pka d’une protéine?

A

Valeur de pH ou un groupement est 50 protoné et 50 déprotoné

60
Q

Comment le Pka d’un a.a peut être altéré?

A
  • Environnement hydrophobe -> forme neutre

- Environnement chargé -> forme chargé

61
Q

Quelles a.a sont normalement chargé (pH = 7)

A

asp, glu, lys, arg

62
Q

Quel a.a possède un pKa moyen?

A

his

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