Les forces maintenant la structure des protéines Flashcards
Quel type de liaisons est la plus forte dans les protéines?
covalente
Combien de temps dure une liaison covalente par rapport à la vie de la protéine?
toute sa vie, à part le pont disulfures
À quoi est équivalent la stabilité structurale typique d’une protéine?
20-60kj.mol-1
somme de seulement quelques interactions non-covalentes
La stabilité d’une protéine est…
une balance délicate entre plusieurs contributions énergétiques faibles
Quel type d’interactions comprennent la majorité des forces entre molécules?
charge-charge
Les forces électrostatiques contribuent sur de ____ distances
longues -> distance entre deux charges
Les forces électrostatiques (augmentent ou diminuent) dans l’eau
diminuent
Vrai ou faux
l’ensemble de plusieurs charges partielles sont assez fortes pour stabiliser un ion chargé enfoui dans le coeur hydrophobe d’une protéine
Vrai
Pourquoi les charges partielles sont comprises dans les forces électrostatiques malgré que leur charge soit plus faible?
Parce qu’elle sont beaucoup plus nombreuses
Le pont hydrogène est une liaison chimique _____, de type ____
non-covalente
dipole-dipole
qu’est ce qu’implique un pont hydrogène?
2 atomes électronégatifs
Un hydrogène entre les 2 atomes électronégatifs
Vrai ou faux
Les ponts hydrogènes constituent des interactions principalement électrostatiques
Vrai
Vrai ou faux
L’énergie d’un pont H peptide-peptide est supérieur à un pont H peptide-eau
Faux, similaire
Vrai ou faux
l’énergie totale reliée à la formation d’un pont H est nettement favorable
Faux, très petite car les groupements peptides sont généralement solvatés
Avec quoi les peptides font-ils des ponts H à :
- la surface
- l’intérieur de la protéine
surface : H2O
Intérieur : peptide, chaine latérale, H2O enfoui
Vrai ou faux l’absence de pont hydrogène n’est pas défavorable
Faux
Définir force de van der waals
Somme des forces d’attractions et de répulsion entre deux entités autre que les forces de liaison covalente, les force électrostatiques et les forces de pont H
Qu’arrive-t-il lorsque deux atomes sont proximaux créant une force de van der waals?
redistribution de la densité électronique
-> Faible attraction entre atome
Vrai ou faux
Les forces de van der waals impliquent tous les atomes
Vrai
Vrai ou faux
Les forces de van der waals ont une contribution totale très importante
Vrai
Vrai ou faux
Les forces de van der waals sont toujours attractives
Faux, répulsive à de très faibles distances
Vrai ou faux
Les groupements hydrophobes sont des forces physiques comprennant des groupements hydrophobes
Faux, pas force physique -> phénomène d’interactions
Qu’arrive-t-il lorsqu’un groupements hydrophobe est présent dans l’eau?
un groupement hydrophobe ne peut pas former de ponts hydrogènes
avec l’eau
• réduction du nombre de ponts hydrogènes pour l’eau environnante.
∘ énergétiquement non favorable
• pour compenser, les molécules d’eau deviennent plus ordonnées et
forment de meilleurs ponts hydrogènes
∘ cause une légère augmentation de l’enthalpie (non favorable)
∘ cause une importante diminution de l’entropie (non favorable)
Les interactions hydrophobes sont le résultat…
Pourquoi?
du système qui minimise les pertes d’énergie
Groupement hydrophobes s’assemblent
- > Minimise l’exposition à l’eau
- > Augmentation des ponts H pour l’eau
- > augmentation de la mobilité de l’eau
Vrai ou faux
Toutes les forces abordés sont directionnelles
Vrai, mais à différents degré
De quoi dépend la force des ponts H?
distance et de l’orientation des groupements impliqués
Vrai ou faux
La coopérativité est une caractéristique importante des protéines
Vrai
À quoi est partiellement attribuable la stabilité d’une protéine en fonction de la température?
- périodicité de sa structure secondaire
- structure tertiaire
Pourquoi il est difficile d’attribuer exactement tous les facteurs contribuant à la coopérativité des protéines?
à cause du problème du repliement des protéines
La formation d’une épingle à cheveux B est…
Coopérative
Qu’est ce qu’impliquerait le processus de repliement en épingle à cheveux B?
- des clusters de groupements hydrophobes qui stabilisent une forme partiellement repliée
- Stabilisation par des ponts hydrogènes
Vrai ou faux
Lors de la formation d’une épingle à cheveux le premier pont H est celui qui est plus favorable
Faux, très instable
Vrai ou faux
Le deuxième pont H de l’épingle à cheveux rend la structure plus stable
Faux, Favorable individuellement, mais encore instable
Qu’implique la coopérativité dans la formation de pont H pour créer une épingle à cheveux B?
Que chaque pont H facilite la formation d’un pont H voisin
Vrai ou faux
La force d’un pont H dépend de la géométrie
Vrai
Vrai ou faux
Les molécules flexible ont tendances à créer des ponts H plus forts
faux, plus faible
Avec l’addition de ponts H, le réseau de ponts H devient plus ___, et les ponts H ont une meilleure ____
rigide
Géométrie
Les ponts H nouvellement créer affaiblisse ou renforce les ponts H déja présent?
Renforce
Vrai ou faux
L’eau est essentielle à la fonction d’une protéine
Vrai
Les protéines comme les enzymes ont besoin de grandes quantités d’eau pour fonctionner efficacement
Faux, très peu
Quels sont les fonctions des ___ molécules d’eau nécessaires à certains enzymes?
50
Enfoui à l’intérieur et solvatation des charges
Pourquoi l’eau de la couche de solvatation est essentielle?
- maintenir structure et polarité du site actif
- Moins mobile que l’eau en vrac
- Plus dense que l’eau en vrac
- Partie intégrante de la protéine
- Souvent impliquée dans la fonction
pourquoi est-il difficile d’expliquer numériquement le changement en énergie libre?
- limite experimentale
- différente théorie
- Quantification de la contribution de l’eau difficile
Vrai ou faux
l’enthalpie et l’entropie sont deux grandes forces qui s’additionne
Faux, opposées
