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protéines > Les forces maintenant la structure des protéines > Flashcards

Les forces maintenant la structure des protéines Flashcards

1
Q

Quel type de liaisons est la plus forte dans les protéines?

A

covalente

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Q

Combien de temps dure une liaison covalente par rapport à la vie de la protéine?

A

toute sa vie, à part le pont disulfures

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3
Q

À quoi est équivalent la stabilité structurale typique d’une protéine?

A

20-60kj.mol-1

somme de seulement quelques interactions non-covalentes

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4
Q

La stabilité d’une protéine est…

A

une balance délicate entre plusieurs contributions énergétiques faibles

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5
Q

Quel type d’interactions comprennent la majorité des forces entre molécules?

A

charge-charge

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6
Q

Les forces électrostatiques contribuent sur de ____ distances

A

longues -> distance entre deux charges

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7
Q

Les forces électrostatiques (augmentent ou diminuent) dans l’eau

A

diminuent

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8
Q

Vrai ou faux

l’ensemble de plusieurs charges partielles sont assez fortes pour stabiliser un ion chargé enfoui dans le coeur hydrophobe d’une protéine

A

Vrai

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9
Q

Pourquoi les charges partielles sont comprises dans les forces électrostatiques malgré que leur charge soit plus faible?

A

Parce qu’elle sont beaucoup plus nombreuses

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10
Q

Le pont hydrogène est une liaison chimique _____, de type ____

A

non-covalente

dipole-dipole

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11
Q

qu’est ce qu’implique un pont hydrogène?

A

2 atomes électronégatifs

Un hydrogène entre les 2 atomes électronégatifs

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12
Q

Vrai ou faux

Les ponts hydrogènes constituent des interactions principalement électrostatiques

A

Vrai

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13
Q

Vrai ou faux

L’énergie d’un pont H peptide-peptide est supérieur à un pont H peptide-eau

A

Faux, similaire

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14
Q

Vrai ou faux

l’énergie totale reliée à la formation d’un pont H est nettement favorable

A

Faux, très petite car les groupements peptides sont généralement solvatés

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15
Q

Avec quoi les peptides font-ils des ponts H à :

  • la surface
  • l’intérieur de la protéine
A

surface : H2O

Intérieur : peptide, chaine latérale, H2O enfoui

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16
Q

Vrai ou faux l’absence de pont hydrogène n’est pas défavorable

A

Faux

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17
Q

Définir force de van der waals

A

Somme des forces d’attractions et de répulsion entre deux entités autre que les forces de liaison covalente, les force électrostatiques et les forces de pont H

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18
Q

Qu’arrive-t-il lorsque deux atomes sont proximaux créant une force de van der waals?

A

redistribution de la densité électronique

-> Faible attraction entre atome

19
Q

Vrai ou faux

Les forces de van der waals impliquent tous les atomes

A

Vrai

20
Q

Vrai ou faux

Les forces de van der waals ont une contribution totale très importante

A

Vrai

21
Q

Vrai ou faux

Les forces de van der waals sont toujours attractives

A

Faux, répulsive à de très faibles distances

22
Q

Vrai ou faux

Les groupements hydrophobes sont des forces physiques comprennant des groupements hydrophobes

A

Faux, pas force physique -> phénomène d’interactions

23
Q

Qu’arrive-t-il lorsqu’un groupements hydrophobe est présent dans l’eau?

A

un groupement hydrophobe ne peut pas former de ponts hydrogènes
avec l’eau
• réduction du nombre de ponts hydrogènes pour l’eau environnante.
∘ énergétiquement non favorable
• pour compenser, les molécules d’eau deviennent plus ordonnées et
forment de meilleurs ponts hydrogènes
∘ cause une légère augmentation de l’enthalpie (non favorable)
∘ cause une importante diminution de l’entropie (non favorable)

24
Q

Les interactions hydrophobes sont le résultat…

Pourquoi?

A

du système qui minimise les pertes d’énergie

Groupement hydrophobes s’assemblent

  • > Minimise l’exposition à l’eau
    • > Augmentation des ponts H pour l’eau
    • > augmentation de la mobilité de l’eau
25
Q

Vrai ou faux

Toutes les forces abordés sont directionnelles

A

Vrai, mais à différents degré

26
Q

De quoi dépend la force des ponts H?

A

distance et de l’orientation des groupements impliqués

27
Q

Vrai ou faux

La coopérativité est une caractéristique importante des protéines

A

Vrai

28
Q

À quoi est partiellement attribuable la stabilité d’une protéine en fonction de la température?

A
  • périodicité de sa structure secondaire

- structure tertiaire

29
Q

Pourquoi il est difficile d’attribuer exactement tous les facteurs contribuant à la coopérativité des protéines?

A

à cause du problème du repliement des protéines

30
Q

La formation d’une épingle à cheveux B est…

A

Coopérative

31
Q

Qu’est ce qu’impliquerait le processus de repliement en épingle à cheveux B?

A
  • des clusters de groupements hydrophobes qui stabilisent une forme partiellement repliée
  • Stabilisation par des ponts hydrogènes
32
Q

Vrai ou faux

Lors de la formation d’une épingle à cheveux le premier pont H est celui qui est plus favorable

A

Faux, très instable

33
Q

Vrai ou faux

Le deuxième pont H de l’épingle à cheveux rend la structure plus stable

A

Faux, Favorable individuellement, mais encore instable

34
Q

Qu’implique la coopérativité dans la formation de pont H pour créer une épingle à cheveux B?

A

Que chaque pont H facilite la formation d’un pont H voisin

35
Q

Vrai ou faux

La force d’un pont H dépend de la géométrie

A

Vrai

36
Q

Vrai ou faux

Les molécules flexible ont tendances à créer des ponts H plus forts

A

faux, plus faible

37
Q

Avec l’addition de ponts H, le réseau de ponts H devient plus ___, et les ponts H ont une meilleure ____

A

rigide

Géométrie

38
Q

Les ponts H nouvellement créer affaiblisse ou renforce les ponts H déja présent?

A

Renforce

39
Q

Vrai ou faux

L’eau est essentielle à la fonction d’une protéine

A

Vrai

40
Q

Les protéines comme les enzymes ont besoin de grandes quantités d’eau pour fonctionner efficacement

A

Faux, très peu

41
Q

Quels sont les fonctions des ___ molécules d’eau nécessaires à certains enzymes?

A

50

Enfoui à l’intérieur et solvatation des charges

42
Q

Pourquoi l’eau de la couche de solvatation est essentielle?

A
  • maintenir structure et polarité du site actif
  • Moins mobile que l’eau en vrac
  • Plus dense que l’eau en vrac
  • Partie intégrante de la protéine
  • Souvent impliquée dans la fonction
43
Q

pourquoi est-il difficile d’expliquer numériquement le changement en énergie libre?

A
  • limite experimentale
  • différente théorie
  • Quantification de la contribution de l’eau difficile
44
Q

Vrai ou faux

l’enthalpie et l’entropie sont deux grandes forces qui s’additionne

A

Faux, opposées

protéines (15 decks)

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