cristallographie Flashcards
Pourquoi est utilisée la cristallographie à rayon X?
révéler la structure 3D de molécule au niveau atomique
Vrai ou faux
La cristallographie est très utile dans la recherche scientifique et dans le dev de nouveaux médicaments
Vrai
Pourquoi utiliser les rayons x?
- Détails moléculaires sont de l’ordre de la distance entre les atomes (10^-10)
- > Pour voir les atomes il faut utiliser une lumière avec une longueur d’onde près de cette distance
- > Les interactions entre les rayons X et la matière se fait par des électrons qui sont autour du noyau, donc la distribution électronique nous indique ou sont les noyaux atomiques
Pourquoi utiliser les cristaux?
- pas de lentille pour focaliser les rayons X afin de voir une molécule
- > signal d’une molécule est bcp trop faible pour être observer
- > crital contient des centianes de milliers de molécules ordonnées dans des orientations identiques qui peuvent amplifier le signal
Donnée quelques propriétés des cristaux de protéines
- généralement petits, fragiles comparativement aux cristaux inorganiques
- contient une quantité significative d’eau
- > Molécule d’eau qui occupent l’espace entre les protéines
- > des molécules d’eau ordonnées liées fortement aux molécules de protéines
Vrai ou faux
Les structures de protéines en solution et celles de cristaux sont similaires
Vrai
Vrai ou faux
Les protéines conservent leur fonctions dans le cristal
Vrai
Vrai ou faux
Les structures de cristaux de différentes formes sont la plupart du temps différentes
Faux
Quelles sont les étapes générales d’un projet de cristallographie de protéines?
Clonage Purification Cristallisation Diffraction du cristal Déphasage modèle structural
Quelles sont les méthodes pour déterminer la pureté, l’hétérogénicité et la monodispersité d’une protéine?
-electrophorèse sur gel
Chromato d’exclusion stérique
Diffusion dynamique de la lumière
Spectrométrie de masse
De quoi dépend la qualité de l’échantillon de protéine?
La méthode de préparation
Vrai ou faux
La pureté complète de la protéine est obligatoire pour la cristallisation
Faux
Quelle quantité et concentration de protéines est requise pour les tests initiaux?
quantité en milligramme et concentration 5-25 mg/ml
Donne une méthode de cristallisation
Diffusion à la vapeur
-Précipite la protéine de la solution de façon organisée
Que faire quand on obtient pas de cristaux?
- Diminuer l’hétérogénéité de la protéine
- Changer [protéine], tampon, [sel], pH du tampon, la T de cristallisation
- Penser à la biochimie du système : substrats, cofacteurs, etc
- Méthylation des lysines = stratégie de sauvetage pour changer les propriétés de la surface
- Enlever les étiquettes de purification
- Déterminer les limites des domaines par protéolyse limitée suivi de spectrométrie de masse ou séquence amino-terminal
- Avoir un meilleur talisman
Définir cristal
Solide 3D composé d’un arrangement d’atomes, de molécules et d’ions qui sont régulièrement répétés à travers le volume solide
Définir maille unitaire
Motif de base des répétitions périodiques translationnelles pour reconstituer le cristal en entier
Définir réseau cristallin
arrangement périodique et systématique de mailles unitaires
Définir unité asymétrique
Plus petite entité nécessaire pour construire la maille unitaire
Quels sont les 7 systèmes cristallins?
cubique, quadratique, orthorhombique, hexagonal, trigonal, monoclinique, triclinique
Quels sont les trois types de base de symétrie?
Quels possède les protéines?
Pourquoi?
rotation, miroir ou inversion, translation
miroir ou inversion pas présente parce que les a.a sont chiraux
Que sont les points dans un patron de diffractions de rayon X?
des réflexions
Par quoi sont déterminées les positions dans un patron de diffractions?
par les paramètres de la maille unitaire
Par quoi sont déterminées les intensités dans un patron de diffraction?
déterminées par la structure de la protéine
Ou la résolution est-elle la plus élevée dans un patron de diffraction?
à la fronctière
Quelles sont les trois étapes majeures pour le traitement de données?
- indexer
- intégrer
- fusionner
La distribution de densité électronique de structure moléculaire et le patron de diffraction produit sont…
Des transformées de Fourier l’un de l’autre
Vrai ou faux
Avec un détecteur on peut mesurer l’intensité des réflexions et l’information à propos des phases
Faux, info à propos des phases perdue
Quelles sont les méthodes pour résoudre le problème de phase?
Méthodes computationnelles -> remplacement moléculaire -> méthode directe Méthode exp de mise en phase ->remplacement isomorphe ->diff anomale
Pourquoi le remplacement moléculaire réduit le temps et l’effort requis?
parce qu’il n’est pas nécessaire de préparer des dérivés d’atomes lourds
Construction de modèle simplifier -> peu ou pas de tracés de chaines sont requis
Quel est la limitation du remplacement moléculaire?
applicable seulement si une structure similaire existe déja et si la séquence d’identité est habituellement >25%
Comment fonctionne le remplacement moléculaire?
- mettre le modèle connu dans la maille unitaire de la nouvelle molécule
- Rotation et translation
- Trouver l’orientation du modèle -> rotation
- Trouver le lieu du modèle orienté -> translation
