cristallographie

Question 1

Pourquoi est utilisée la cristallographie à rayon X?

Answer 1

révéler la structure 3D de molécule au niveau atomique

Question 2

Vrai ou faux

La cristallographie est très utile dans la recherche scientifique et dans le dev de nouveaux médicaments

Answer 2

Vrai

Question 3

Pourquoi utiliser les rayons x?

Answer 3

• Détails moléculaires sont de l’ordre de la distance entre les atomes (10^-10)
• > Pour voir les atomes il faut utiliser une lumière avec une longueur d’onde près de cette distance
• > Les interactions entre les rayons X et la matière se fait par des électrons qui sont autour du noyau, donc la distribution électronique nous indique ou sont les noyaux atomiques

Question 4

Pourquoi utiliser les cristaux?

Answer 4

• pas de lentille pour focaliser les rayons X afin de voir une molécule
• > signal d’une molécule est bcp trop faible pour être observer
• > crital contient des centianes de milliers de molécules ordonnées dans des orientations identiques qui peuvent amplifier le signal

Question 5

Donnée quelques propriétés des cristaux de protéines

Answer 5

• généralement petits, fragiles comparativement aux cristaux inorganiques
• contient une quantité significative d’eau
• > Molécule d’eau qui occupent l’espace entre les protéines
• > des molécules d’eau ordonnées liées fortement aux molécules de protéines

Question 6

Vrai ou faux

Les structures de protéines en solution et celles de cristaux sont similaires

Answer 6

Vrai

Question 7

Vrai ou faux

Les protéines conservent leur fonctions dans le cristal

Answer 7

Vrai

Question 8

Vrai ou faux

Les structures de cristaux de différentes formes sont la plupart du temps différentes

Answer 8

Faux

Question 9

Quelles sont les étapes générales d’un projet de cristallographie de protéines?

Answer 9

Clonage 
Purification 
Cristallisation 
Diffraction du cristal 
Déphasage 
modèle structural

Question 10

Quelles sont les méthodes pour déterminer la pureté, l’hétérogénicité et la monodispersité d’une protéine?

Answer 10

-electrophorèse sur gel
Chromato d’exclusion stérique
Diffusion dynamique de la lumière
Spectrométrie de masse

Question 11

De quoi dépend la qualité de l’échantillon de protéine?

Answer 11

La méthode de préparation

Question 12

Vrai ou faux

La pureté complète de la protéine est obligatoire pour la cristallisation

Answer 12

Faux

Question 13

Quelle quantité et concentration de protéines est requise pour les tests initiaux?

Answer 13

quantité en milligramme et concentration 5-25 mg/ml

Question 14

Donne une méthode de cristallisation

Answer 14

Diffusion à la vapeur

-Précipite la protéine de la solution de façon organisée

Question 15

Que faire quand on obtient pas de cristaux?

Answer 15

• Diminuer l’hétérogénéité de la protéine
• Changer [protéine], tampon, [sel], pH du tampon, la T de cristallisation
• Penser à la biochimie du système : substrats, cofacteurs, etc
• Méthylation des lysines = stratégie de sauvetage pour changer les propriétés de la surface
• Enlever les étiquettes de purification
• Déterminer les limites des domaines par protéolyse limitée suivi de spectrométrie de masse ou séquence amino-terminal
• Avoir un meilleur talisman

Question 16

Définir cristal

Answer 16

Solide 3D composé d’un arrangement d’atomes, de molécules et d’ions qui sont régulièrement répétés à travers le volume solide

Question 17

Définir maille unitaire

Answer 17

Motif de base des répétitions périodiques translationnelles pour reconstituer le cristal en entier

Question 18

Définir réseau cristallin

Answer 18

arrangement périodique et systématique de mailles unitaires

Question 19

Définir unité asymétrique

Answer 19

Plus petite entité nécessaire pour construire la maille unitaire

Question 20

Quels sont les 7 systèmes cristallins?

Answer 20

cubique, quadratique, orthorhombique, hexagonal, trigonal, monoclinique, triclinique

Question 21

Quels sont les trois types de base de symétrie?
Quels possède les protéines?
Pourquoi?

Answer 21

rotation, miroir ou inversion, translation

miroir ou inversion pas présente parce que les a.a sont chiraux

Question 22

Que sont les points dans un patron de diffractions de rayon X?

Answer 22

des réflexions

Question 23

Par quoi sont déterminées les positions dans un patron de diffractions?

Answer 23

par les paramètres de la maille unitaire

Question 24

Par quoi sont déterminées les intensités dans un patron de diffraction?

Answer 24

déterminées par la structure de la protéine

Question 25

Ou la résolution est-elle la plus élevée dans un patron de diffraction?

Answer 25

à la fronctière

Question 26

Quelles sont les trois étapes majeures pour le traitement de données?

Answer 26

1. indexer
2. intégrer
3. fusionner

Question 27

La distribution de densité électronique de structure moléculaire et le patron de diffraction produit sont…

Answer 27

Des transformées de Fourier l’un de l’autre

Question 28

Vrai ou faux

Avec un détecteur on peut mesurer l’intensité des réflexions et l’information à propos des phases

Answer 28

Faux, info à propos des phases perdue

Question 29

Quelles sont les méthodes pour résoudre le problème de phase?

Answer 29

Méthodes computationnelles
-> remplacement moléculaire
-> méthode directe 
Méthode exp de mise en phase 
->remplacement isomorphe 
->diff anomale

Question 30

Pourquoi le remplacement moléculaire réduit le temps et l’effort requis?

Answer 30

parce qu’il n’est pas nécessaire de préparer des dérivés d’atomes lourds
Construction de modèle simplifier -> peu ou pas de tracés de chaines sont requis

Question 31

Quel est la limitation du remplacement moléculaire?

Answer 31

applicable seulement si une structure similaire existe déja et si la séquence d’identité est habituellement >25%

Question 32

Comment fonctionne le remplacement moléculaire?

Answer 32

• mettre le modèle connu dans la maille unitaire de la nouvelle molécule
• Rotation et translation
• Trouver l’orientation du modèle -> rotation
• Trouver le lieu du modèle orienté -> translation