Les domaines protéiques Flashcards
Vrai ou faux
L’évolution des protéines fonctionne en terme de structure primaire à quaternaire
Faux
Qu’est ce qu’un domaine protéique?
Une chaine de polypeptide complète ou partiel qui peut se replier de manière indépendante en une structure tertiaire stable et compacte
Vrai ou faux
Le domaine est l’unité fondamentale pour la structure et l’évolution des protéines
Vrai
Qu’est ce que le module?
Séquence hautement conservée qui est observée dans différents contextes dans des protéines multidomaines
- Toujours des séquences de peptides continues
- Début et fin bien définis
- Entourés de différentes séquences dans différentes protéines
Qu’est ce qu’un repliement?
Un arrangement en trois dimensions d’éleéments de structure secondaire
- Un domaine ou module adopte un type de repliement
- Limites ne sont pas bien définies
- Classification hierarchique des structure e protéines
Quelles sont les deux classification hiérarchiques principales?
SCOP et CATH
Quels sont les différents niveaux de la classification hiérarchique?
- Structure secondaire
- Le type de repliement
- entre 1000-2000 types - La superfamille
- Ex : orthologue, paralogue
Quelles catégorie sont basées sur la structure? Sur l’évolution?
- Root
- class
- Fold
- Superfamily
- Family
- Protéine
- Espèce
- PDB/ref
4 premier structure
4 dernier évolution
Vrai ou faux
La définition de domaines est universelle
Faux, peut varier selon les auteurs
Vrai ou faux
a) les domaines ont souvent des fonctions très claires
b) Le repliement de type rossmann a comme fonction de lier les ions Ca
c) Plusieurs protéines ont 2 repliement de rossmann
d) Dans la structure du repliement de type rossmann les feuillets B protège les deux hélice a ouvert et tordu
a) vrai
b) Faux, lier des nucléotides comme NADP+ et ATP
c) vrai
d) Faux, contraire
Quel motif a le repliement de rossmann?
b-a-b-a-b
Nommer une caractéristique du repliement de type rossmann
Deux brins b adjacent situés à l’intérieur du feuillet qui font chacun une connexion avec le brin suivant en sens opposé. Le tout constitue une fente qui constitue le site de liaison d’un substrat
Vrai ou faux
Le baril TIM a une fonction spécifique
Faux, repliement conservé avec fonctions diverses
Que constitue un baril b?
8 brins b parallèles
___ % des enzymes ont un baril TIM
10
Vrai ou faux
La position du site actif du baril TIM est conservée et facile à prédire
Vrai
Ou est positionné le site actif du baril TIM?
dans une crevasse définie par les boucle à l’extrémité C-terminale
Ou sont fréquents les motif hélice-virage-hélice?
Quel est leur rôle?
Dans les protéines bactériennes qui lient l’ADN
Quels sont les domaines du répresseur lac complet?
- Domaine de liaison à l’ADN de type HTH
- Hélice de liaison à l’ADN
- Deux domaines structuraux
- Hélice pour former un tétramère
Vrai ou faux
La majorité des protéines contiennent plusieurs domaines
Vrai
Vrai ou faux
Les sites actifs des enzymes sont souvent sur un domaine
Faux, à l’interface entre deux domaines
Vrai ou faux
a) un domaine peut souvent être considéré comme une identité fonctionnelle transférable
b) Les domaines peuvent seulement être utilisés combinés à d’autres domaines
c) Les domaines sont des composantes flexible reliés à des régions relativement rigides
a) Vrai
b) faux, seul ou combiné
c) Faux, contraire
Vrai ou faux
Les modules sont plus fréquents chez les procaryotes
Faux, eucaryote
Vrai ou faux
Les modules peuvent agir seul ou combiné
Faux, ils semblent agir individuellement, peu d’interactions entre modules