Les interactions in vivo

Question 1

Vrai ou faux

Certaines enzymes catalysent plusieurs réaction sur le même substrat

Answer 1

Vrai

Question 2

Comment sont appeler les enzymes catalysant plusieurs réaction sur le même substrat?
Donne 2 exemples

Answer 2

Processives
ADN polymérase
Cellulase

Question 3

Optimalement, les enzymes processifs ne doivent pas…

Comment cette action est empêchée?

Answer 3

s’éloigner de leur substrat

Long bras pour la proximité

Question 4

Qu’on, en générale, les cellulase en plus de leur domaine catalytique?

Answer 4

un ou plusieurs domaine de fixation au carbohydrate qui préviennent de l’enzyme à son substrat

Question 5

Le fait d’ajouter un domaine de fixation en plus du domaine catalytique minimisent le ____ sur les substrats

Answer 5

off rate

Question 6

Une recherche en 2D est ___ plus ____ que recherche en 3D

Answer 6

150x, plus rapide

Question 7

Une recherche en 1D est ___ plus ___ que recherche en 2D

Answer 7

7x, plus rapide

Question 8

Vrai ou faux

Plus une cellule est grosse, plus une recherche en 3D est avantageuse

Answer 8

Faux, 2D

Question 9

Quelles sont les deux manière que Oct-1 peut se déplacer à différentes partie de l’ADN

Answer 9

déplacer (sliding) le long de l’ADN ou de «sauter» sur une autre partie

Question 10

Vrai ou faux

Bras «collant» est aussi appelé bra polaire

Answer 10

Faux, hydrophobe

Question 11

Que peut permettre l’ajout d’un bras collant?

Answer 11

une liaison plus rapide, pour ensuite rapprocher les partenaires

Question 12

Quelles sont les propriétés particulières du bras hydrophobe?

Answer 12

• Doit être hydrophobe, mais soluble

- Rigide (entropie), mais pas trop (adaptation)

Question 13

Qu’arrive-t-il si un bras collant est très dynamique?

Answer 13

Il y aura une trop grande perte d’entropie lors de la liaison

Question 14

Quel acide aminé est présent en haute fréquence dans les bras collants?

Answer 14

proline

Question 15

Pourquoi la proline est idéal pour un bras hydrophobe?

Answer 15

résidu hydrophobe groupement C=O plus polaire

Question 16

Pourquoi un bras articulé est meilleur qu’un bras rigide?

Answer 16

Le bras rigide serait encombrant et serait emmêlé avec d’autres parties de la cellule. Un bras articulé à une entropie similaire au bras rigide, mais il est beaucoup plus manœuvrable

Question 17

Les bras hydrophobes sont souvent impliqué dans des voies de signalisation. Pourquoi?

Answer 17

Elles nécessitent souvent une réponse rapide -> nécessitent on-rate et off-rate rapide

Question 18

Vrai ou faux

La polyproline II est idéal pour les on-rate et off-rate rapide

Answer 18

Vrai

Question 19

Vrai ou faux

Les bras hydrophobes sont obligatoirement des structures en polyproline II

Answer 19

Faux

Question 20

Vrai ou faux

Plusieurs protéines sont nativement non-structurées

Answer 20

Vrai

Question 21

Pour les mammifères, ___% des protéines sont prédites comme étant nativement non-structurées

Answer 21

25

Question 22

Quelle est la différence entre protéine nativement non-structurées et protéines non-repliées?

Answer 22

non-repliées : protéines ne possédant pas la conformation nécessaire pour accomplir leur fonction

Nativement non-structurées : pas de structure

Question 23

Quelles sont les deux classes de protéines non structurées?

Answer 23

1. Protéines non-structurées en permanence

2. Celles qui adoptent une structure lorsque complexées avec leurs partenaires

Question 24

Vrai ou faux

Il est nécessaire pour la fonction des protéines non structurées de demeurées ainsi

Answer 24

Vrai

Question 25

Quels sont les avantages d'une protéine nativement non-structurée qui adopte une conformation lorsque complexée avec leurs partenaires?

Answer 25

- Bonne spécificité, tout en conservant une bonne rapidité - Liaison spécifique sans lier trop fortement - Liaison de plusieurs différent partenaire (différentes formes) - Possibilité de dégradation plus rapide -> régulation des interactions

Question 26

Vrai ou faux a) certains acides aminés favorisent le désordre b) le type d'acide aminé dépend de la protéine

Answer 26

a) vrai | b) faux, souvent les mêmes

Question 27

Quelles sont les deux fonctions principales des modifications post-traductionnelles?

Answer 27

1. Régulation de l'activité - Souvent réversible - Parfois irréversible -> conversion proenzyme/enzyme - Donner une propriété spécifique 2. Contrôle de la localisation

Question 28

Quelle est la modification post-traductionnelle la plus fréquente?

Answer 28

Phosphorylation

Question 29

Vrai ou faux Certaines modifications ont plusieurs rôles

Answer 29

Vrai

Question 30

Quelles sont les avantages de la phosphorylation?

Answer 30

- Réaction et mécanisme simple - Relativement facile d'évoluer une nouvelle kinase - Les protéines ont plusieurs chaines latérales potentiellement phosphorylables - Cout énergétique minimale - Facilement réversible - Modification importante et facilement identifiable (-2 à pHneutre)

Question 31

Vrai ou faux La phosphorylation d'une protéine est relativement rapide même sans enzyme

Answer 31

Faux, extrêmement lente

Question 32

Combien de kinases contient le génome humain?

Answer 32

518

Question 33

Quelles sont les deux catégories de kinases?

Answer 33

tyrosine kinase et sérine/thréonine kinase

Question 34

Vrai ou faux La majorité des kinases appartiennent à la même famille

Answer 34

Vrai

Question 35

Comment peut-on prédire le rôle biologique d'une kinase?

Answer 35

prédit à partir d'un orthologue avec un rôle commun

Question 36

Vrai ou faux | La cible de la plupart des kinases n'est pas connue

Answer 36

Vrai

Question 37

Vrai ou faux la majorité des kinases sont très spécifiques

Answer 37

Faux

Question 38

Comment une kinase arrive à être très spécifique?

Answer 38

Implique souvent des domaines additionnels aux kinases et aux substrats

Question 39

Vrai ou faux Dans les voies de signalisation cellulaires, les kinases phosphorylent souvent plusieurs sites

Answer 39

Vrai

Question 40

Combien de domaines comportent les kinases?

Answer 40

2

Question 41

À quoi est lié l'ATP présent sur les kinases?

Answer 41

domaine de motif de séquence GXGXXG

Question 42

Vrai ou faux Les résidus nécessaires à la réaction d'une kinase sont présent dans un seul des deux domaines

Answer 42

Faux

Question 43

Ou est lié le substrat dans une kinase? | Avec quoi interagit-il?

Answer 43

crevasse à l'interface des deux domaines et interagit avec la boucle d'activation

Question 44

Vrai ou faux Les kinases sont activées en étant elle-même phosphorylée

Answer 44

Vrai

Question 45

Que permet la structure des kinases?

Answer 45

- De reconnaître le bon substrat | - d'être 100% désactivée lorsque la boucle n'est pas phosphorylée

Question 46

Vrai ou faux Les phosphatases sont plus spécifique que les kinases

Answer 46

Faux

Question 47

Globalement, les phosphatase représentent ___ du nombre de kinases

Answer 47

1/3

Question 48

Pourquoi la méthylation et l'acétylation sont de moins bonnes options que la phosphorylation?

Answer 48

Elles ont des couts peu élevée et sont réversibles, mais moins que la phosphorylation

Question 49

Qu'est ce que la méthylation?

Answer 49

Ajout de 1, 2 ou 3 groupement méthyle sur une lysine

Question 50

Vrai ou faux La méthylation implique un changement de charge

Answer 50

Faux

Question 51

D'ou provient le méthyl lors de la méthylation?

Answer 51

De la S-adénosineméthionine

Question 52

Qu'est ce que l'acétylation? | Est ce que cette réaction est accompagnée d'un changement de charge?

Answer 52

addition d'un groupement acétyle sur une lysine | Oui, -1

Question 53

Qu'est ce que la glycosylation?

Answer 53

Lier de facon covalente un glucide à une protéine

Question 54

Quels sont les principaux résidus glycosylés?

Answer 54

asparagine, sérine, thréonine

Question 55

Vrai ou faux 50% des protéines humaines seraient glycosylées à un moment de leur existence

Answer 55

Vrai

Question 56

Quel est le rôle principal de la glycosylation chez les procaryote? Sur quels types de protéines

Answer 56

Stabilisation des protéines et protection contre la digestion Protéines membranaires et sécrétées

Question 57

Quels sont les rôles principaux de la glycosylation chez les eucaryotes?

Answer 57

- Stabilisation des protéines membranaires - Reconnaissance cellule:cellule - Régulation du repliement et de la sécrétion de protéines

Question 58

Vrai ou faux | Plusieurs protéines ont besoin d'aide pour se replier in vivo

Answer 58

Vrai

Question 59

Vrai ou faux Le repliement est plus conservé que la structure

Answer 59

Faux

Question 60

Vrai ou faux Il existe un mécanisme uniforme de repliement

Answer 60

Faux

Question 61

Décrire le mécanisme général de repliement

Answer 61

1. Les structures secondaires (particulièrement les hélices α) apparaissent temporairement dans la forme non-repliée, et éventuellement se stabilisent entre elles. 2. Formation d'un cœur hydrophobe initial relativement tôt dans le processus (étape rapide, < ms) 3. Étape de recherche pour trouver un arrangement optimal des chaines latérales. 4. Obtention éventuelle d'un état de transition où l'intérieur de la protéine est suffisamment organisé pour terminer le repliement

Question 62

Est ce qu'il est important pour une cellule que les protéines soient correctement replier?

Answer 62

oui, car les protéines non-repliées ne sont pas fonctionnelles et sont potentiellement toxiques pour la cellule

Question 63

Qu'arrive-t-il si un portion hydrophobe d'une protéine est exposée en raison d'un mauvais repliement?

Answer 63

Surfaces hydrophobes exposées interactions indésirables avec d'autres copies de la protéine ⇒ ou avec d'autres composantes de la cellule agrégation possible. ⇒ • Favorise la dégradation protéolytique.

Question 64

Vrai ou faux La protéine peut se repliée au fur et à mesure qu'elle sort du ribosome

Answer 64

Vrai

Question 65

Pour quoi est utile la propyl isomérase?

Answer 65

Pour le repliement de cis proline

Question 66

Certaines protéines ont besoin de modifications ________ pour se replier

Answer 66

post traductionnelles

Question 67

Ou sont transportées les protéines ayant besoin de modifications post-traductionnelles pour se repliée?

Answer 67

au RE

Question 68

Par quoi les protéines sont enveloppées pour prévenir le repliement érroné?

Answer 68

Protéines chaperonnes

Question 69

Quel sont les rôles des protéines chaperons?

Answer 69

principal : envelopper les régions hydrophobes pour empêcher l'aggrégation ou le repliement erroné - Aider au transport vers un environnement propice au repliement - Très abondantes, surtout en situation de stress

Question 70

Que sont les chaperonines?

Answer 70

protéines chaperons qui favorisent activement le repliement des protéines

Question 71

Qu'est ce que la protéine GroEL? | À quoi ressemble sa structure?

Answer 71

Chaperonine | Frome d'un énorme baril contenant deux anneaux. Chacun des anneau contient 7 monomères

Question 72

Comment se nomme le complexe multimérique formant un «couvercle» aux extrémités de GroEL?

Answer 72

GroES

Question 73

Vrai ou faux Les chaperonines accélèrent le processus de repliement

Answer 73

Faux, ralentissent

Question 74

Les chaperonines augmentent...

Answer 74

la proportion de protéines repliées correctement

Question 75

Globalement ____ des protéines ne passeraient pas le contrôle de qualité dans le RE

Answer 75

30%

Question 76

Vrai ou faux Il y a un mécanisme pour marquer les protéines avec leur durée de vie et les détruire lorsqu'elles sont passée date

Answer 76

Vrai

Question 77

Vrai ou faux Les protéines d'entretien ont généralement une courte durée de vie

Answer 77

Faux

Question 78

Quel type de protéines ont une très courtes durées de vie?

Answer 78

Celles qui sont nécessaires pour des courtes durées comme les protéines de signalisation

Question 79

Par quoi sont marquées les protéines pour indiquer leur fin de vie?

Answer 79

par l'ubiquitination

Question 80

À part l'ubiquitination quel autre «marqueur» est un signal pour la dégradation?

Answer 80

La présence d'une séquence PEST

Question 81

Vrai ou faux Le marquage de durée de vie le plus fréquent utilise le résidu C-terminale

Answer 81

faux, N-terminale

Question 82

Est ce qu'une approche de marquage est dominante par rapport aux autres?

Answer 82

Non, il interagissent ensemble

Question 83

Vrai ou faux Il peut y avoir plus d'une stratégie de marquage présente en même temps

Answer 83

Vrai

Question 84

Quel est le rapport entre la stabilité des protéines et la proportion de protéines non-repliées

Answer 84

Quand une protéine est moins stable, la proportion de protéine dépliée est plus grande

Question 85

Quelle protéines ne seront pas dégradées lorsqu'elle ne sont pas repliées selon leur conformation fonctionnelle?

Answer 85

Les protéines nativement non-structurées et les protéines métastables

Question 86

Qu'est ce que sont les fibres amyloides?

Answer 86

Polymère fibreux ou les protéines sont essentiellement constituées de feuillets B

Question 87

Quelles sont les deux principales caractéristiques des fibres amyloides?

Answer 87

- structure en feuillets B croisés | - Insolubles et forme des agrégats

Question 88

Les fibre amyloides sont retrouvées pour au moins __ protéines humaines et sont associées à au moins ___ maladies humaines sérieuses

Answer 88

18, 20

Question 89

Vrai ou faux une structure en fibre amyloide correspond à la structure native de protéines chez certains organismes

Answer 89

Vrai

Question 90

Qu'arrive-t-il à haute concentration de protéine mal repliées (fibre amyloide)?

Answer 90

- + protéine en B - + de probabilité que les protéines en B se rencontrent et forment un dimère - Pour chaque monomère qui s'ajoute au noyau la structure en fibres amyloide devient plus stable

Question 91

La transition vers les fibres amyloides implique...

Answer 91

une période de latence

Question 92

Quels sont les mécanismes potentiels pouvant favoriser la formation de fibres amyloide?

Answer 92

‣ mutation déstabilisation de protéines cellulaires normales. ➔ ‣ aléatoire. ‣ défaillance des mécanismes pour éliminer les protéines non repliées. • amylose plus fréquente chez les personnes âgées. ‣ procédure médicale • ex. : hémodialyse dépliement partiel de la protéine ➔ β2 -microglobuline accumulation ➔ de dépôts de fibres amyloïdes dans les jointures. ‣ peptide Aβ (Alzheimer) est nativement non structuré. • fragment d'une plus grosse protéine • la fonction "normale" de ce fragment (ainsi que du précurseur) n'est pas clair