Les interactions in vivo Flashcards
Vrai ou faux
Certaines enzymes catalysent plusieurs réaction sur le même substrat
Vrai
Comment sont appeler les enzymes catalysant plusieurs réaction sur le même substrat?
Donne 2 exemples
Processives
ADN polymérase
Cellulase
Optimalement, les enzymes processifs ne doivent pas…
Comment cette action est empêchée?
s’éloigner de leur substrat
Long bras pour la proximité
Qu’on, en générale, les cellulase en plus de leur domaine catalytique?
un ou plusieurs domaine de fixation au carbohydrate qui préviennent de l’enzyme à son substrat
Le fait d’ajouter un domaine de fixation en plus du domaine catalytique minimisent le ____ sur les substrats
off rate
Une recherche en 2D est ___ plus ____ que recherche en 3D
150x, plus rapide
Une recherche en 1D est ___ plus ___ que recherche en 2D
7x, plus rapide
Vrai ou faux
Plus une cellule est grosse, plus une recherche en 3D est avantageuse
Faux, 2D
Quelles sont les deux manière que Oct-1 peut se déplacer à différentes partie de l’ADN
déplacer (sliding) le long de l’ADN ou de «sauter» sur une autre partie
Vrai ou faux
Bras «collant» est aussi appelé bra polaire
Faux, hydrophobe
Que peut permettre l’ajout d’un bras collant?
une liaison plus rapide, pour ensuite rapprocher les partenaires
Quelles sont les propriétés particulières du bras hydrophobe?
- Doit être hydrophobe, mais soluble
- Rigide (entropie), mais pas trop (adaptation)
Qu’arrive-t-il si un bras collant est très dynamique?
Il y aura une trop grande perte d’entropie lors de la liaison
Quel acide aminé est présent en haute fréquence dans les bras collants?
proline
Pourquoi la proline est idéal pour un bras hydrophobe?
résidu hydrophobe groupement C=O plus polaire
Pourquoi un bras articulé est meilleur qu’un bras rigide?
Le bras rigide serait encombrant et serait emmêlé avec d’autres parties de la cellule. Un bras articulé à une entropie similaire au bras rigide, mais il est beaucoup plus manœuvrable
Les bras hydrophobes sont souvent impliqué dans des voies de signalisation. Pourquoi?
Elles nécessitent souvent une réponse rapide -> nécessitent on-rate et off-rate rapide
Vrai ou faux
La polyproline II est idéal pour les on-rate et off-rate rapide
Vrai
Vrai ou faux
Les bras hydrophobes sont obligatoirement des structures en polyproline II
Faux
Vrai ou faux
Plusieurs protéines sont nativement non-structurées
Vrai
Pour les mammifères, ___% des protéines sont prédites comme étant nativement non-structurées
25
Quelle est la différence entre protéine nativement non-structurées et protéines non-repliées?
non-repliées : protéines ne possédant pas la conformation nécessaire pour accomplir leur fonction
Nativement non-structurées : pas de structure
Quelles sont les deux classes de protéines non structurées?
- Protéines non-structurées en permanence
2. Celles qui adoptent une structure lorsque complexées avec leurs partenaires
Vrai ou faux
Il est nécessaire pour la fonction des protéines non structurées de demeurées ainsi
Vrai
Quels sont les avantages d’une protéine nativement non-structurée qui adopte une conformation lorsque complexée avec leurs partenaires?
- Bonne spécificité, tout en conservant une bonne rapidité
- Liaison spécifique sans lier trop fortement
- Liaison de plusieurs différent partenaire (différentes formes)
- Possibilité de dégradation plus rapide -> régulation des interactions
Vrai ou faux
a) certains acides aminés favorisent le désordre
b) le type d’acide aminé dépend de la protéine
a) vrai
b) faux, souvent les mêmes
Quelles sont les deux fonctions principales des modifications post-traductionnelles?
- Régulation de l’activité
- Souvent réversible
- Parfois irréversible -> conversion proenzyme/enzyme
- Donner une propriété spécifique
- Contrôle de la localisation
Quelle est la modification post-traductionnelle la plus fréquente?
Phosphorylation
Vrai ou faux
Certaines modifications ont plusieurs rôles
Vrai
Quelles sont les avantages de la phosphorylation?
- Réaction et mécanisme simple
- Relativement facile d’évoluer une nouvelle kinase
- Les protéines ont plusieurs chaines latérales potentiellement phosphorylables
- Cout énergétique minimale
- Facilement réversible
- Modification importante et facilement identifiable (-2 à pHneutre)
Vrai ou faux
La phosphorylation d’une protéine est relativement rapide même sans enzyme
Faux, extrêmement lente
Combien de kinases contient le génome humain?
518
Quelles sont les deux catégories de kinases?
tyrosine kinase et sérine/thréonine kinase
Vrai ou faux
La majorité des kinases appartiennent à la même famille
Vrai
Comment peut-on prédire le rôle biologique d’une kinase?
prédit à partir d’un orthologue avec un rôle commun
Vrai ou faux
La cible de la plupart des kinases n’est pas connue
Vrai
Vrai ou faux
la majorité des kinases sont très spécifiques
Faux
Comment une kinase arrive à être très spécifique?
Implique souvent des domaines additionnels aux kinases et aux substrats
Vrai ou faux
Dans les voies de signalisation cellulaires, les kinases phosphorylent souvent plusieurs sites
Vrai
Combien de domaines comportent les kinases?
2
À quoi est lié l’ATP présent sur les kinases?
domaine de motif de séquence GXGXXG
Vrai ou faux
Les résidus nécessaires à la réaction d’une kinase sont présent dans un seul des deux domaines
Faux
Ou est lié le substrat dans une kinase?
Avec quoi interagit-il?
crevasse à l’interface des deux domaines et interagit avec la boucle d’activation
Vrai ou faux
Les kinases sont activées en étant elle-même phosphorylée
Vrai
Que permet la structure des kinases?
- De reconnaître le bon substrat
- d’être 100% désactivée lorsque la boucle n’est pas phosphorylée
Vrai ou faux
Les phosphatases sont plus spécifique que les kinases
Faux
Globalement, les phosphatase représentent ___ du nombre de kinases
1/3
Pourquoi la méthylation et l’acétylation sont de moins bonnes options que la phosphorylation?
Elles ont des couts peu élevée et sont réversibles, mais moins que la phosphorylation
Qu’est ce que la méthylation?
Ajout de 1, 2 ou 3 groupement méthyle sur une lysine
Vrai ou faux
La méthylation implique un changement de charge
Faux
D’ou provient le méthyl lors de la méthylation?
De la S-adénosineméthionine
Qu’est ce que l’acétylation?
Est ce que cette réaction est accompagnée d’un changement de charge?
addition d’un groupement acétyle sur une lysine
Oui, -1
Qu’est ce que la glycosylation?
Lier de facon covalente un glucide à une protéine
Quels sont les principaux résidus glycosylés?
asparagine, sérine, thréonine
Vrai ou faux
50% des protéines humaines seraient glycosylées à un moment de leur existence
Vrai
Quel est le rôle principal de la glycosylation chez les procaryote?
Sur quels types de protéines
Stabilisation des protéines et protection contre la digestion
Protéines membranaires et sécrétées
Quels sont les rôles principaux de la glycosylation chez les eucaryotes?
- Stabilisation des protéines membranaires
- Reconnaissance cellule:cellule
- Régulation du repliement et de la sécrétion de protéines
Vrai ou faux
Plusieurs protéines ont besoin d’aide pour se replier in vivo
Vrai
Vrai ou faux
Le repliement est plus conservé que la structure
Faux
Vrai ou faux
Il existe un mécanisme uniforme de repliement
Faux
Décrire le mécanisme général de repliement
- Les structures secondaires (particulièrement
les hélices α) apparaissent temporairement
dans la forme non-repliée, et éventuellement
se stabilisent entre elles. - Formation d’un cœur hydrophobe initial
relativement tôt dans le processus (étape
rapide, < ms) - Étape de recherche pour trouver un
arrangement optimal des chaines latérales. - Obtention éventuelle d’un état de transition
où l’intérieur de la protéine est suffisamment
organisé pour terminer le repliement
Est ce qu’il est important pour une cellule que les protéines soient correctement replier?
oui, car les protéines non-repliées ne sont pas fonctionnelles et sont potentiellement toxiques pour la cellule
Qu’arrive-t-il si un portion hydrophobe d’une protéine est exposée en raison d’un mauvais repliement?
Surfaces hydrophobes exposées interactions indésirables avec d’autres copies de la protéine ⇒
ou avec d’autres composantes de la cellule agrégation possible. ⇒
• Favorise la dégradation protéolytique.
Vrai ou faux
La protéine peut se repliée au fur et à mesure qu’elle sort du ribosome
Vrai
Pour quoi est utile la propyl isomérase?
Pour le repliement de cis proline
Certaines protéines ont besoin de modifications ________ pour se replier
post traductionnelles
Ou sont transportées les protéines ayant besoin de modifications post-traductionnelles pour se repliée?
au RE
Par quoi les protéines sont enveloppées pour prévenir le repliement érroné?
Protéines chaperonnes
Quel sont les rôles des protéines chaperons?
principal : envelopper les régions hydrophobes pour empêcher l’aggrégation ou le repliement erroné
- Aider au transport vers un environnement propice au repliement
- Très abondantes, surtout en situation de stress
Que sont les chaperonines?
protéines chaperons qui favorisent activement le repliement des protéines
Qu’est ce que la protéine GroEL?
À quoi ressemble sa structure?
Chaperonine
Frome d’un énorme baril contenant deux anneaux. Chacun des anneau contient 7 monomères
Comment se nomme le complexe multimérique formant un «couvercle» aux extrémités de GroEL?
GroES
Vrai ou faux
Les chaperonines accélèrent le processus de repliement
Faux, ralentissent
Les chaperonines augmentent…
la proportion de protéines repliées correctement
Globalement ____ des protéines ne passeraient pas le contrôle de qualité dans le RE
30%
Vrai ou faux
Il y a un mécanisme pour marquer les protéines avec leur durée de vie et les détruire lorsqu’elles sont passée date
Vrai
Vrai ou faux
Les protéines d’entretien ont généralement une courte durée de vie
Faux
Quel type de protéines ont une très courtes durées de vie?
Celles qui sont nécessaires pour des courtes durées comme les protéines de signalisation
Par quoi sont marquées les protéines pour indiquer leur fin de vie?
par l’ubiquitination
À part l’ubiquitination quel autre «marqueur» est un signal pour la dégradation?
La présence d’une séquence PEST
Vrai ou faux
Le marquage de durée de vie le plus fréquent utilise le résidu C-terminale
faux, N-terminale
Est ce qu’une approche de marquage est dominante par rapport aux autres?
Non, il interagissent ensemble
Vrai ou faux
Il peut y avoir plus d’une stratégie de marquage présente en même temps
Vrai
Quel est le rapport entre la stabilité des protéines et la proportion de protéines non-repliées
Quand une protéine est moins stable, la proportion de protéine dépliée est plus grande
Quelle protéines ne seront pas dégradées lorsqu’elle ne sont pas repliées selon leur conformation fonctionnelle?
Les protéines nativement non-structurées et les protéines métastables
Qu’est ce que sont les fibres amyloides?
Polymère fibreux ou les protéines sont essentiellement constituées de feuillets B
Quelles sont les deux principales caractéristiques des fibres amyloides?
- structure en feuillets B croisés
- Insolubles et forme des agrégats
Les fibre amyloides sont retrouvées pour au moins __ protéines humaines et sont associées à au moins ___ maladies humaines sérieuses
18, 20
Vrai ou faux
une structure en fibre amyloide correspond à la structure native de protéines chez certains organismes
Vrai
Qu’arrive-t-il à haute concentration de protéine mal repliées (fibre amyloide)?
- protéine en B
- de probabilité que les protéines en B se rencontrent et forment un dimère
- Pour chaque monomère qui s’ajoute au noyau la structure en fibres amyloide devient plus stable
La transition vers les fibres amyloides implique…
une période de latence
Quels sont les mécanismes potentiels pouvant favoriser la formation de fibres amyloide?
‣ mutation déstabilisation de protéines cellulaires normales. ➔
‣ aléatoire.
‣ défaillance des mécanismes pour éliminer les protéines non repliées.
• amylose plus fréquente chez les personnes âgées.
‣ procédure médicale
• ex. : hémodialyse dépliement partiel de la protéine ➔ β2
-microglobuline accumulation ➔
de dépôts de fibres amyloïdes dans les jointures.
‣ peptide Aβ (Alzheimer) est nativement non structuré.
• fragment d’une plus grosse protéine
• la fonction “normale” de ce fragment (ainsi que du précurseur) n’est pas clair
