prédiction de structures Flashcards
Pourquoi prédire la structure des protéines plutôt que expérimentalement?
- Couts
- Temps
- Proportion de protéines connues pour lesquelles il y a une structures
- Plusieurs protéines ne peuvent pas être étudiés aisémant par les méthodes exp
Séquence + ___ + ___ -> structure 3D
connaissances, calculs
Vrai ou faux
Le nombre de conformations potentielle d’une protéine est très large
Vrai
Quelles sont les trois catégories de structures secondaires prédites?
-hélice a
Feuillet b
-Autres (coil)
quelles sont les 8 catégories prédites par certaines méthodes?
- hélice 310
- hélice a
- Hélice pi
- brin b étendu au sein d’un feuillet parallèle ou antiparallèle
- Résidu isolé dans un pont b
- coude fermé par une liaison H
- coude sans liaison H
- Autres
Sur quoi sont basées les prédiction de structures secondaires?
sur des données statistiques accumulées àpartir de structures connues
Décrire les 3 générations d’algorithmes de prédiction de structures secondaires
1 : basées sur le types d’a.a -> 1 a.a à la fois
2 : basées sur des segments d’a.a -> 11-21
3 : basées sur des familles de séquence -> utilise également des segments d’a.a -> utilise les séquence de plusieurs protéines homologues
Vrai ou faux
La prédiction des brins b est supérieur à la prédiction des hélices a
Faux, contraire
Pour quelles types de protéines les méthodes de prédiction de structures secondaires sont très efficace?
Pour quelles elles le sont moins?
- > Protéines globulaires
- > Protéines transmembranaires
- > Environnement différent
Quelles sont les utilisations des prédictions de structures secondaires?
- Guider les prédictions de structures tertiaires
- Complémente certaines données exp comme DC
- Aide à identifier les séquences de protéines homologues
- Aide à la classification des protéines
- PPeut guider un experimentaliste dans le laboratoire
Pourquoi la structure à haute résolution des protéines transmembranaires et leur mécanisme d’action sont moins connus?
- Difficile à surexprimer, à cristalliser et à solubiliser
- < 2% des prots dans PDB
- RMN des solides
Comment est fait l’analyse du profil hydrophobe d’une protéine?
- utilise une des échelles d’hydrophobicité
- Utilise une fenêtre de 15-25 résidus
- > nb de résidus nécessaires pour traverser une membrane
- Lorsque l’hydrophobicité moyenne excède une valeur le segment est prédit comme étant une hélice transmebranaire
Quelles sont les trois catégories de prédiction de la structure tertiaire?
- Par homologie
- > structure homologue connue, identité > 40%
- reconnaissance du repliement
- > Aucune structure d’homologue n’est connue, prots non homologue possédant un repliement similaire
- Nouveau repliement (ab initio)
- > pas d’homologue, prédiction du repliement à partir de la séquence
Quelles sont les étapes de modelage par homologie?
- alignement de la séquence de la protéine à modeler avec la séquence de la structure connue
- sélection des régions pour construire le squelette de la structure
- > hélice a ou feuillet b - Construction de certaines chaines latérales
- Construction des boucles
- Rafinement du modèle
- Validation du modèle
Vrai ou faux
La méthode de modelage par homologie est encore jeune
Faux, méthode mature