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Biochimie > Semaine 2 > Flashcards

Semaine 2 Flashcards

1
Q

Quelle est la structure primaire des protéines

A

Les aminoacides

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Q

Quelle est la structure secondaire des protéines?

A

Hélice alpha

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3
Q

Quelle est la structure tertiaire des protéines?

A

Chaîne polypeptidique

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4
Q

Quelle est la structure quaternaire des protéines

A

Sous-unités assemblée

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5
Q

Combien de protéines différentes est-ce qu’il y a dans un organisme ?

A

10’000-100’000

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6
Q

Cbm de gêne dans l’Humain?

A

25’000

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7
Q

Comment peut on extraire les protéines d’un organisme?

A
  1. Extraction de la protéine de la cellule
    2.Purification des protéines
  2. Analyser des protéines
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8
Q

Avec quoi peut on rompre les cellules?
Quels sont les 3 culots qu’il restent

A

Un homogénéiseur

  1. Nucleus, membrane
  2. Petites organelles ( mitochondrie)
  3. Très petites structures (microsome)
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9
Q

Comment peut on séparer une protéine spécifique dans un mélange de protéines?

A

Grâce à la chromatographie

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10
Q

Quels sont les 3 méthodes pour la purification des protéines? Et par quelle principe?

A

Chromatographie par gel-filtration (taille)
Chromatographie par échange d’ions (charge)
Chromatographie d’affinité (affinité spécifique)

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11
Q

Chromatographie par gel filtration: séparations fondée sur la taille des protéines. Quel materiel avons nous besoins?

A

Coline de chromatographie et billes poreuses

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12
Q

Comment fonctionne la chromatographie par gel-filtration?

A

Les petites molécules peuvent pénétrer dans les billes mais pas les grosses et donc les grosses molécules s’écoulent plus vite.

La protéine la plus grosse migrera donc la plus vite

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13
Q

De quoi avons nous besoins pour la chromatographie par échange d’ions?

A

Colonne de chromatographieavec des billes chargées grâce aux groupe chargés (carboxymethyl group (chargé -)/ Diethylaminoethyl group)(chargé +)

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14
Q

Comment fonctionne la chromatographie par échange d’ions?

A

On choisit la bille chargé +(Diethylaminoethyl group) si on veut que la protéine chargée positivement migré plus vite
Ou la bille chargé - si on veut que les protéines chargé négativement migré plus vite.

En ajoutant des billes chargées, elles attirent les protéines chargée inversement et donc les ralentissent.

Fonctionne par principe d’attraction des charges

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15
Q

De quel matériel avons nous besoins pour la chromatographie d’affinité?

A

Colonne chromatographie
Billes avec des groupes chimiques (glucose)

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16
Q

Comment fonctionne la chromatographie d’affinité?

A

Un protéine qui a par exemple une affinité pour la glucose va s’attacher au billes qui contiennent du glucose.

Ensuite on ajoutera énormément de glucose pour que les chemine covalente qui sont très dynamique se détachent et donc la protéine voulue se sera détachée

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17
Q

Quels sont les différentes méthode pour analyser des protéines?

A

-mesurer la concentration
-électrophorèse sur gel de polyacrylamide
-séquencer des protéines
-detection avec des anticorps
-Spectrométrie de masse
-Structure tridimensionnelle

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18
Q

Quelle est l’unité de concentrations d’une protéine?

A

Mol/l

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19
Q

Comment peut on mesurer la concentration d’une protéine?
Quel loi utilise t’on?

A

Grâce à la spectroscopie-> on mesure l’absorption de la lumière

Loi de Beer-Lambert :
E= -log (Intensité lumière sortante/ intensité lumière incidente)= coefficient d’extinction •concentration•diamètre de l’éprouvette

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20
Q

Quels sont les aminoacides qui absorbent le plus fort la lumière à une longueur d’onde de 280nm?

A

Tryptophan et tyrosin

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21
Q

Quels sont les valeurs de coefficient d’extinction du Tryptophane et Tyrosine?

A

Tryptophan = 5500 M-1cm-1
Tyrosine = 1490 1/Mol•cm

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22
Q

Comment peut on voir si on a une ou plusieurs protéines dans une éprouvette? Avec quelle méthode peut on déterminer la composition d’un échantillon de protéine ?

A

On a besoins de séparer les molécules
Electrophorèse sur gel de polyacrylamide

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23
Q

De quoi est composé le gel de polyacrylamide? Comment le surnommé t’on?

A

Une fine plaque de polyacrylamide composé d’acrylamide et bisacrylamide qui forment des liaisons croisée grâce à une réaction de polymérisation (polymérisation d’acrylamide) initié par un radical et fonctionne comme un filet de pêche et chimiquement inerte qui ne laisse passer que les petites protéines

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24
Q

Comment est le résultat final sur la feuilles d’Electrophorèse sur gel?

A

Plus les molécules sont grosses, plus elles restent en haut

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25
Q

Quel est la formule pour connaître la vitesse de migration des protéines sur l’electrophorese sur gel?

A

V= Ez/f

E force électrique
Z charge nette de la protéine
F coefficient de friction (taille de la protéine, gel)

26
Q

Quelle molécule ajoute t’on sur l’electrophorese sur gel pour que la mobilité des protéines soit proportionnelle au logarithme de leur masse?

A

Sodium dodecyl sulfate (SDS) -> SDS-page

27
Q

Que fait d’autre les molécule de SDS sur les protéines? Comment la molécule SDS est elle chargé ?

A

-Elles se lient aux protéine avec des interactions non covalente
-Les protéines sont dénaturées
-Toutes les protéines sont chargées négativement
-Environ 1 molécule SDS par 2 aminoacides

Elle est chargé negativment

28
Q

Comment sont séparée les protéines sur un SDS-PAGE ?

Comment fait on pour voir les protéine?

A

Uniquement en fonction de leur taille

On ajoute une molécule colorée

29
Q

Quelle est le nom de la molécule qui colore les protéine sur les SDS-PAGE?

A

bleu de Coomassie

30
Q

Grâce au bleu de Coomassie, quel quantité de protéines peut on détecter?

Et avec quelle différence de masse différente?

A

0.1 ug

Différence de masse de 2%

31
Q

Comment pourrait on améliorer la résolution des protéines sur un gel SDS-PAGE?

A

Électrophorese en 2 dimensions

32
Q

Lors d’une electrophorese en deux dimensions quelles sont les 2 séparations?

A
  1. Séparé sur la base du point isoélectrique
  2. Séparée sur la base de la taille
33
Q

Qu’est ce que le point isoélectrique?

A

Le pH auquel la charge globale d’une protéine est égal à 0

34
Q

Comment fct la focalisation isoélectrique (séparation 1)?

A

1.Un gel avec un gradient de pH est préparé (9 à 3) au pH 9 charge négative au pH 3 charge positive
2. Les protéines migrent dans un champ électrique et s’arrête où leur charge globale est 0

35
Q

Comment peut on déterminer la Composition en aminoacide d’un peptide ou d’une protéine ?

A

1 hydrolyse du peptide avec de l’acide chlorhydrique (HCL, 6M), 100°C, 24h00

  1. Séparation des aminoacides par chromatographies liquide à hauteur pression (HPLC)
36
Q

Qu’est-ce que la chromatographie liquide à haute pression (HPLC)

A

-séparation des aminoacides avec une colonne chromatographie et l’identité d’un aminoacide est révélée par le temps d’élution.

Permet d’avoir les pics de couleur correspondant aux Cys, Ser, Tyr

37
Q

Dans un graphique HPLC, que trouvons nous sur l’axe Y ET X?

A

Y-> absorbante en md
X-> temps d’élution en mm:ss

38
Q

Comment peut déterminer la séquence d’aminoacide d’un peptide ou d’une protéine?

A

Grâce à la dégradation de Edman

39
Q

Qui est Pehr Edmann?

A

Un biochimiste de Suède
en 1950 il avait développé une méthode pour déterminer les séquences de protéines

40
Q

Comment fonctionne la dégradation de Edmann?

A

Le résidu N-terminal est marqué.
-> grâce à l’isothiocyanate

Ensuite le résidu marqué est séparé
-> l’iso libéré un aminoacide et laisse le peptide amputé d’un aminoacide

Ça recommence avec 2 eme aminoacide usw….

Finalement l’identité du résidu est analysé par HPLC (chromatographie à haute pression)

41
Q

Peut on séquencer des protéines entières par la méthode Edman?

A

Non environ 50 aminoacides peuvent et dans chaque étape seulement 98% des protéines libèrent le résidu N-terminal

42
Q

Après 60 tours quelle est la proportion des aminoacides sont libérés correctement?

A

30%

43
Q

Comment peut-on cliver des protéines sur des aminoacides spécifiques

A
  1. Méthode chimique
    -> méthionine + bromure de cyanogène (CNBr) —> Homoserine lactone + a.a
  2. Méthode enzymatique en utilisant des protéides (p.ex trypsin)
    • lysine ou Arginine + trypsin—> lysine ou Arginine (chargé neg) + a.a
44
Q

Comment peut-on établir l’ordre de ces segments après clivage?

A

Lorsqu’une protéine lysozyme est clivée en deux réactions séparées (trypsin et chymotrypsine(clive les polypeptides après phe,Trp, Tyr)) il y a deux groupes de segments peptidiques sont obtenus

Mis ensemble on peut retrouver l’ordre

45
Q

Qu’est-ce qu’un anticorps?

A

Protéines synthétisée par un animal en réponse à l’introduction d’une substance étrangère

46
Q

Comment s’appelle Les anticorps avec une affinité spécifique pour des protéines?

A

Antigène

47
Q

Quels sont les méthodes utilisés pour détecter des protéines basées sur des anticorps?

A

Application d’anticorps : Western Blot

48
Q

Comment fonctionne les western Blot?

A

On peut identifier des protéines spécifiques sur un gel polyacrylamide

  1. On transfère des protéines sur une feuille
  2. Ajouter anticorps spécifique et laver pour enlever les anticorps non-lié.
    3.photographié le film exposer et developer

Il reste que la bande de protéine détectée par l’anticorp spécial

49
Q

Comment fonctionne la spectrométrie de masse?

A

Matrix-assisted laser desorption-ionization Time of flight; MALDI-TOF

  1. Placer la protéine
  2. Laser détache la protéine
  3. Champ électrique ou la protéine se cache
    4.on mesure le temps qu’il faut pour que les protéines arrivent (masse proportionnelle à la taille)
50
Q

Dans un graphique MALDI-TOF, quelles sont les axe y et X

Qui a créé ça ?

A

Y-> intensité
X-> mass/charge

Koichi Tanaka
Prix Nobel en 2002

51
Q

Comment obtient on la structure tridimensionnelle d’une protéine?
Quels sont les étapes ?

A

Cristallographie par rayons X

  1. Obtenir des cristaux
  2. Diffractions des rayons X par le cristal
    3.calcul d’une carte de densité électronique
52
Q

Comment obtient on des cristaux de myoglobine?

A

Myoglobine dans tampons dilués et addition de (NH4)SO4 et ensuite on patiente plusieurs jours

53
Q

Comment fait on la diffraction des rayons X par le cristal?

A

On mesure la diffraction

54
Q

À quoi ressemble une carte de densité électronique?

A

Des cartes avec courbe comme ligne altitudes

55
Q

À quoi ça sert de mesurer la concentration?

A

Quantifier une protéine pure

56
Q

À quoi sert l’électrophorese de sur gel de polyacrylamide?

A

Analyser des protéines dans un mélange

57
Q

À quoi sert de séquencer des protéines?

A

Analyser la séquence primaire

58
Q

À quoi ça sert de détecter avec des anticorps ?

A

Identifier des protéines spécifiques dans un mélange

59
Q

À quoi ça sert la spectrométrie de masse?

A

Déterminer la masse moléculaire d’une protéine

60
Q

À quoi sert la Cristallographie par rayon X?

A

Structure tridimensionnelle

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