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Biochimie > Sem4 > Flashcards

Sem4 Flashcards

1
Q

Qu’est ce que l’electrophorese de DNA sur gel?

A

Technique utilise pour séparer des molécules en fct de leur taille, de leur charge, de leur forme.

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Q

Pk applique t’on un champ électrique pour l’électrophorese de DNA sur gel?

A

Permet de déplacer les molécules chargées à travers le gel à des vitesses différentes

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3
Q

Pk utiliser un gel d’agarose?

A

Pour séparer les fragments d’ADN ou ARN car:
-Taille des pores adaptée
-Facile à manipuler (thermo stable)
-substance inerte; elle n’interagit pas chimiquement avec les molécules qu’elle sépare
-transparence
-non toxique

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4
Q

En baissant la température comment agit le gel d’agarose?

A

Comme un filet de pêche

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5
Q

Dans quel direction l’ADN migre avec l’éctrophorese sur gel?

A

Vers pôle positif car l’ADN est tjrs chargé négativement

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6
Q

Dans quelle direction les protéines se déplacent dans l’electrophores pour gel?

A

Cela dépend si protéine chargée positivement ou négativement

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7
Q

Qu’ajout t’on pour que les protéines se déplace vers le pôle positif?

A

Du sodium dodecyl sulfate (SDS) (ajoute charge négative)

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8
Q

Lorsque les pièce d’ADN sont séparé sur le gel d’agarose, la relation taille-mobilité est linéaire?

A

Faux

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9
Q

Qu’indique le Marker de l’électrophone de sur gel?

A

Le nbre de nucléotide et donc la taille des fragments

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10
Q

Dans un marker d’électrochoc est sur gel où se situe le pôle négatif? Et le positif?

A

Négatif en haut et positif en bas

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11
Q

Comment le DNA peut être quantifié avec l’électrophone de de gel agarose?

A

Pas compris se renseigner

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12
Q

Comment visualiser le DNA dans un gel d’agarose?

A

Ajouter un colorant

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13
Q

Quel colorant ajoute t’on à l’ADN?

A

Bleu de Coomassie

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14
Q

Quel type de lumière utilise t’on pour voir les fragments d’ADN? Pk elle?

A

Lumière uv car elle excite les électron-> fluorescent

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15
Q

Quel type de lumière utilise t’on pour voir les fragments d’ADN? Pk elle?

A

Lumière uv car elle excite les électron-> fluorescent

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16
Q

Quelle quantité de protéine peut être détectée avec le bleu de Coomassie?

A

0.1 ug ou 100ng

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17
Q

Quelle différence de masse minimum doit il y avoir entre deux protéines pour être séparée?

A

2% (50 et 51kDa)

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18
Q

À quoi servent les enzymes de restriction?

A

-Coupe les deux brins d’ADN?
- réaction d’hydrolyse

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19
Q

Qu’est ce qu’une réaction d’hydrolyse?

A

Une molécule est dissociée en plus petite molécule par l’ajout d’une molécule d’eau

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20
Q

Quelle type de séquence les enzymes de restriction coupent elles toujours?

A

Des séquence palindromiques

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21
Q

Qu’est ce qu’une séquence palindromique?

A

Séquence d’ADN qui se lit de la même façon dans les deux directions sur les deux brins complémentaires

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22
Q

Pk est ce que les enzymes de restrictions coupent tjrs des séquences palindromique?

A

Ces séquences leur permettent de se fixer spécifiquement et de cliver l’ADN de manière précise

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23
Q

Que sont les enzymes de restrictions?

A

Ce sont des homo-dimeres

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24
Q

Qu’est ce qu’un homo-dimeres?

A

Une protéine constitué de deux sous unités identiques en terme de séquence d’aa

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25
Q

En quoi le fait que les enzymes de restriction soient des homo-dimere influencent qu’elle coupent que des séquences palindromique ?

A

La reconnaissance est facilité, chaque sous unité de l’homo-dimere peut se lier à 1 brin d’ADN. Chaque sous unité se lie avec 3 bases sur le brin d’ADN-> forme une structure stable

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26
Q

Citer 5 enzyme de restriction

A

BamHI
EcoRI
Haelll
Hhal
Xhol

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27
Q

D’où viennent les enzymes de restriction? Citer 2 noms précis

A

Des bactéries :

-Escherichia Coli
-Haemophilius aegyptius

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28
Q

Cbm d’enzyme de restriction sont isolés des bactéries?

A

Plus de 1000

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29
Q

Pourquoi les bactéries produisent des enzymes de restriction?

A

C’est un mécanisme de défense contre les agents pathogène

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30
Q

Quelle bactérie produit EcoRI?

A

Escherichia Coli

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31
Q

Pk l’ADN des bactéries n’est pas clivé?

A

Les bactéries produisent des methyltransférase qui ajoutent des groupes méthyle à leur propre ADN. Grâce à ce méthyle, les bactéries peuvent différencier leur ADN autochtone de l’étranger

32
Q

À quoi sert les enzyme de clivage? Comment s’en sert on en biologie?

A

Couper l’ADN à des endroits précis. Permet le clonage, l’assemblage de gène et l’analyse génétique

33
Q

Qui est quand a découvert les enzymes de restriction?

A

Werner Arber et Hamilton O. Smith vers 1978

34
Q

Qui est Daniel Nathans?

A

C’est la première personne à avoir utilisé les enzymes de restriction

35
Q

Pour quel application est-ce qu’on pourrait utiliser les enzymes de restriction

A

-l’analyse de longue molécules d’ADN

36
Q

Comment sont analysées les longues molécules d’ADN?

A

-les fragments d’ADN sont comparés à une échelle de poids moléculaire pour déterminer leur taille
- on créé un profil de restriction

37
Q

À quoi est utile le profil de restriction?

A

Analyse de polymorphisme
Type de souches bactérienne
Comparaisons de variations génétique

38
Q

Cbm de fois l’enzyme BamHI a coupé le DNA du lambda phage?

A

5x, car on trouve la séquence GGATCC 5 fois dans le virus. Par ailleurs sur le marker il y a 5 traits

39
Q

Cbm de fois l’enzyme BamHI a coupé le DNA du lambda phage?

A

5x, car on trouve la séquence GGATCC 5 fois dans le virus. Par ailleurs sur le marker il y a 5 traits

40
Q

Qu’est ce qu’un technologie du DNA recombinant?

A

Technique génétique qui permet de manipuler des gènes en insérant des fragments d’ADN d’une espèce dans le génome d’un autre espèce

41
Q

Quels sont les étapes de la technologie du l’ADN recombinant?

A
  1. Isolement de l’ADN
  2. Utilisation d’enzyme de restriction
  3. Insertion dans un vecteur
  4. Introduction dans une cellule hôte
    5.multiplication et expression du gène
42
Q

Que trouve t’on dans une bactérie?

A

Son adn et des plasmides

43
Q

Qu’est ce que l’ADN génomique de bactérie? Par ex de E.coli?

A

4.6 million de nucléarisés, contient tout les gènes de la bactérie

44
Q

Qu’est ce que le plasmide de l’ADN?

A

ADN circulaire (environ 4000 nucléarisés, peut se répliquer de façon autonome dans la bactérie )

45
Q

Pour recombiner de l’ADN, pk isolé t’on deux brins de plasmides?

A

On s’en sert comme un vecteur ou on va insérer le fragment d’ADN coupé

46
Q

Que va t’il se passer avec le plasmide modifier?

A

Introduit dans une cellule hôte, il va se multiplier en répliquant l’ADN recombinant

47
Q

Si l’ADN inséré contient un gène qui code une protéine que va reproduire la cellule?

A

La cellule va également produire cette protéine en fct des instructions génétiques insérées

48
Q

Grâce à quoi clive t’on le plasmide et l’ADN extérieur?

A

Grâce a des enzymes de restrictions qui crée des extrémités cohésives

49
Q

Qui a découvert la séquence des aminoacides de l’insuline et a developpé une méthode pour séquencer l’ADN?Quand ?

A

Frédérick Sanger en 1953 et 1970

50
Q

Qui a découvert la séquence des aminoacides de l’insuline et a developpé une méthode pour séquencer l’ADN?Quand ?

A

Frédérick Sanger en 1953 et 1970

51
Q

Comment Frédérick Senger séquençait l’ADN?

A
  1. Amplification de l’ADN
  2. Mélange avec des nucléotides et une amorce (amorce et adn polymérase et des nucleotides classiques)
    3.ajout de nucleotides modifiés
  3. Terminaison de la chaîne
  4. Electrophorese en gel
52
Q

Quels sont les 4 types d’ajout nucleotides didesoxyribonucleotides ? (dNTP)

A

dATP
dCTP
dGTP
dTTP

53
Q

L’amorce arrive de quelle sens sur le brin complémentaire du gène à séquencer?

A

5’->3

54
Q

Pk une matrice (brin d’ADN à séquencer) est lié de 3’ vers 5’?

A

La direction alité 5’ vers 3’ est une caractéristique des acides nucléiques et des enzymes que les synthétise comme l’ADN polimerase .
La matrice est donc lié de 3’ vers 5’ pour que la synthèse se fasse de 5’ vers 3’

55
Q

Sur un brin d’ADN où est situé le phosphate libre?

A

Extrémité 5’

56
Q

Sur le brin d’ADN ou se situe le groupe hydrolysée libre?

A

3’

57
Q

Dans quelle sens est l’amorce de l’ADN?

A

5’ vers 3’

58
Q

À quoi servent les ADN polymerase?

A

1.Répare l’ADN et élimine les amorces d’ARN lors de la réplication

  1. Responsable de la réplication de l’ADN chez les bactéries
59
Q

Comment l’ADN polymerase catalyse la location des nucleotides?

A

Elle ajoute des nucleotides complémentaires au brin d’ADN matrice. Repose sur la liaisons phosphodiester entre les nucleotides

60
Q

L’ADN polymerase peut commencer la synthèse de l’ADN à partir de rien?

A

Non besoin d’une amorce avec une extrémité 3’-OH libre

61
Q

L’élongation de el’amorce se fait dans le sens 3’ -> 5’?

A

Nan l’inverse

62
Q

Quelle est la différence entre un dATP et le di-deoxy-ATP?

A

Le ddATP (manque d’un groupe hydroxyde) est utilisé comme terminateur de chaîne dans le séquençage Sanger. Par conséquent, comme ils sont ajoutés en faible quantités,la synthèse de l’ADN s’arrête

63
Q

À quoi sert l’incorporation aléatoire de ddATP ddGTP ddCTP ddTTP dans la chaîne de croissance?

A

Une série de fragment d’ADN s’arrête à chaque position où il y a les bases. Les autre avc les dTP continuent.
On peut déterminer la séquence complète de l’ADN

64
Q

Grâce à quoi voit on les nouveau fragment d’ADN après le séquençage de Sanger?

A

Grâce à l’électrophorese sur gel

65
Q

Si en dessous de A il y a un trait à côté de 8, qu’est ce que cela dit?

A

Il y a un thymidine en position 8 car fragement de 8 nucleotides s’arrête avec un thymidine

66
Q

On lit l’electrophores de bas en haut?

A

Oui

67
Q

Sur l’électrophores sur gel en bas c’est 5’ en haut c’est 3’?

Comment remettre la matrice?

A

Oui mais c’est la séquence inverse de la matrice! Chercher la complémentarité pour 3’ vers 5’

68
Q

Dans les méthode moderne de séquençage de Sanger, comment visualise t’on les fragments d’ADN terminés par un ddTP?

A

Des fluorophores

69
Q

En 1990 comment visualisait t’on les séquence d’ADN avec méthode Sanger?

A

Marqueurs radioactif

70
Q

Quelles est l’avantage des di-deoxy-nucleotides fluorescents?

A

1 seule éprouvette et pas 4 réactions //

71
Q

Quelle couleurs est C?
A?
G?
T?

A

Violet
Vert
Noir
Rouge

72
Q

Comment séquencer un génome humain entier avec la méthode de Sanger? (Génome humain = 3 miliaire de nucleotides)

A

En fragmentant le génome

73
Q

Qui a developé la réaction en chaîne par polymerase (PCR)? Quand?

A

Kary Mullis en 1985

74
Q

Quelles sont les étapes de la PCR?

A
  1. Dénaturation
    1. Chauffer 94-98°
    2. Séparation des 2 brins?

2.hybridation
1. Refroidir 50-65 °
2. Les amorces d’hybride aux brins simple d’ADN

  1. Élongation
    1. Chauffer 72°
    2. Polymerase ajoute des nucleotides aux amorces
      -> synthétise de nouveaux brins d’ADN complémentaires en utilisant les brins simples comme matrice
75
Q

Grâce au PCR cbm de copie d’ADN par cycle?

A

2^ nbre cycle

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