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Biochimie > Semaine 0 > Flashcards

Semaine 0 Flashcards

1
Q

Citer 3 méthodes pour analyser les bio molécules

A

Chromatographie
Spectrométrie
Centrifugeuse (1. Détruite 2. Séparée)

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Q

De quoi est composé une biomolecule? Cbm de pour-cent

A

-eau 70
-protéine 15
-acide nucléique (DNA 1/ ARN 6)
-polysaccharide 3
-lipide 2
-monomeric (subunits+ intermédiaire) 2
-ions inorganique 1

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3
Q

Qu’est ce qu’une biomolecule ?

A

Joue un rôle essentiel dans le processus biologique des etres vivants (structure, énergie, signalisation, catalyse)

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4
Q

Quels sont les 4 niveaux d’une cellule?

A

L4 -> la cellule et ses organes
L3-> supramolecular complex
L2-> macromolécule
L1-> monomeric units

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5
Q

Quels sont les 3 chaînes d’une cellule?

A

-chromatine>ADN>nucleotid
-plasma membrane> protéine> acide aminé
- cell wall> cellulose> sucre

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6
Q

À quoi sert les interactions moléculaire?

A

Former des structures tridimensionnelles (structure d’une protéine))
-fct des bio molécules (ADN)

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7
Q

Citer les types d’interactions qu’il y a entre les atomes des biomolecules

A

-Interactions covalente (les atomes partage un électron (100kcal/mol)
-Interactions non covalente (kcal/mol moins fort)

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8
Q

Citer des interactions non covalentes

A

-interactions électrostatique
-interactions Van der Waals
-liaisons hydrogène
-effet hydrophobe

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9
Q

Quel loi s’associe avec les interactions électrostatique?

A

Loi de Coulomb E= kq1q2/Dr
3Å= 3Kcal/mol dans l’eau
Le - attire le +

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10
Q

Que vaut l’interaction entre 2 charges séparées dans l’eau?

A

3Å = 3Kcal/mol

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11
Q

De quoi résulte l’interaction de Van der Waals?

A

Résulte d’une asymétrie temporaire de la distribution électronique autour d’un atome/molecule

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12
Q

Que vaut l’interaction de Van der Waals

A

0.5-1kcal/mol

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13
Q

Qu’est ce qu’une liaisons hydrogène ? Quel type est-ce?

A

Une liaison hydrogène et formée entre un hydrogène accepteur/ donneur

Interactions électrostatique, conséquence de la polarisation d l’une liaison X-H

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14
Q

Que vaut une liaison hydrogène?

A

1-5Kcal/mol

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15
Q

Entre quelle atomes une liaisons hydrogène peut il se faire?

A

-alcool + eau
-entre le groupe carbonyle d’une cétone + eau
-entre groupe péptidique dans les polypeptides (entre O - et H+)
-entre les bases complémentaires de l’ADN (exemple thymine+ Adénine) (O et H et N et H)

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16
Q

Qu’est-ce que l’effet hydrophobe?

A

Une cage dans une molécule d’eau -> le plus de molécule d’eau libres, plus c’est favorable car entropie plus élevée

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17
Q

Quelle est la signification du pH?

A

La concentrations des ions hydrogène= potentiel hydrogène

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18
Q

Comment calcule t’on le pH?

A

-log10[H+]

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19
Q

Quelle est la signification du pKA?

A

-Définit l’état de ionisation
-Définit le degré d’acidité d’une molécule
-Log négatif de la Cst de disso acide KA qui mesure la tendance d’un acide à perdre un proton H+ en solution

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20
Q

À quoi sert le plus en biochimie?

A

-aide à comprendre le comportement des biomolecules dans diff conditions de pH
-aide à prédire la charge d’une molécule en fct du pH de l’environnement

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21
Q

Quelle est la formule de calcul du Ka? Et pKA?

A

=[H+][Ac-]\ [HAc]

=-log10(KA)

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22
Q

Comment calcule t’on le rapport [Ac-] au [HAc]?

A

Ka/[H+]

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23
Q

Pourquoi est il intéressant de savoir le rapport de [Ac]/[HAc]?
Comment inerpreter le résultat?

A

Prévoir la forme prédominante d’un acide :

•[A-]/[HA]>1-> [A-] prédomine et pH>pKa
•[A-]/[HA]<1 ->[HA] prédomine et pH< pKa

24
Q

Pour quoi une connaissance du pKa d’un groupe fonctionnel est indispensable?

A

Comprendre et prédire ses interactions avec d’autres molécules

25
Q

À quoi servent les 20 aminoacides naturels?

A

Sont les constituants principaux des protéines

26
Q

Quelles groupes chimiques sont commun dans les acides aminés?

A

Groupe carbonyle
Groupe amine
Un hydrogène

27
Q

Les alpha-aminoacides sont chiraux?

A

Vrai

28
Q

Les alpha-aminoacides sont des isomère que cela signifie t’il?

A

Les images de l’un et l’autre dans un miroir

29
Q

Les 20 aminoacides sont ils des isomère L ou D?

A

L

30
Q

Quel aminoacide n’est pas d’isomères S?

A

La Cysteine

31
Q

À pH neutre les alpha-aminoacides sous trouvent sous formes d’ions apolaire/dipolaire/polaire?

A

Dipolaire

32
Q

Si le pH est entre 0 et 2, comment sont protonés le groupe amine et coboxylique?

Entre 2 et 9 comme appelle-t’on la forme majoritaire?

Entre 9 et 14 comment sont les deux groupes?

A

-Les deux groupes sont protonés
-la forme Zwitterionic. (H3N+ et COO-)
-les deux groupes sont deprotonés

33
Q

Pourquoi les acides aminés ont des chaînes latérales variables?

A

Influencent la structure tridimensionnelle d’une protéine

Influencent les interactions d’une protéine avec des autres molécules

34
Q

Dans les protéines quelques chaînes latérales ont des fonctions particulières lesquels?

A

Aident à catalyser des réactions chimiques

35
Q

Citer les 20 aminoacides naturels

A

Glycine
Alanine
Valine
Leucine
Isoleucine
Methionine

Proline
Phenylalanine
Tyrosine
Tryptophan

Serine
Thréonine
Cysteine
Cystine

Lysine
Arginine
Histidine

Aspartate
Glutamate

Asparagine
Glutamine

36
Q

Qui sont les aminoacides les plus petits?

A

Glycine et Alanine

37
Q

Citer les 4 chaînes latérales hydrocarbonée plus longue?

A

Valine>Leucine=isoleucine> Methionine

38
Q

Quelle spécificité à la proline?

A

Cyclique et donc N+H2 à la place de N+H3

39
Q

Quelle est la chaîne latérale de proline?

A

Chaîne hydrocarboné connecté à l’Amine

Est aussi une chaîne latérale aliphatique

40
Q

Quelle est la chaîne latérale de proline?

A

Chaîne hydrocarboné connecté à l’Amine

Est aussi une chaîne latérale aliphatique

41
Q

Quelle rôle important joue la proline?

A

Un rôle structurel

42
Q

Citer les 3 aminoacides avec des chaînes latérales aromatique?
Quel est leur PKa?

A

Phenylalanine, tyrosin, tryptophan
PKa=10.9

43
Q

Que détermine la tyrosine et le tryptophan?

A

Le spectre UV des protéines

44
Q

Quel est l’état de ionisation dans la chaîne latérale de tyrosine?

A

Ce n’est pas l’amine ou le groupe carboxylique mais hydroxyle qui peut être deprotoné

45
Q

Citer les chaînes latérales avec des groupes hydroxyles?

A

Serine, Threonine

46
Q

Citer les chaînes latérales avec des groupes thiols?
Quel est le PKa?

A

Cysteine
PKa=8.3

47
Q

Comment peut être formé un pont disulfure? que cela signifie?

A

Par oxidation (réversible) c’est un lien covalent

48
Q

Comment se forme la cystine?

A

2 cysteines qui ont perdu 2 H et 2e et donc se forme un pont entre les sulfures

49
Q

Citer les 3 chaînes latérale avec des groupes basiques? Quels sont leur PKa?

A

Lysine (10.8) , arginine (12.5), histidine (6)

50
Q

Quels sont les aminoacides avec une chaîne latérale avec des groupes carboxylates?
Quels sont le PKa?

A

Aspartate, Glutamate
PKa = 4.1

51
Q

À pH neutre quelle est la charge de l’Aspartate et Glutamate?

A

Negatif

52
Q

À pH neutre quelle est la charge de Lysine et Arginine?

A

Positif

53
Q

Citer les 2 chaînes latérales avec des groupes carboxamides?

A

Asparagine, Glutamine

54
Q

Lister les groupes fonctionnels ionisantes des 20 aminoacides? Quel est leur PKa?

A

Terminal alpha-carboxyl group (3.1)
Terminal alpha-amino group(8)
Aspartic acid + Glutamine acid(4.1)
Histidine (6)
Cysteine (8.3)
Tyrosine (10.9)
Lysine (10.8)
Arginine (12.5)

55
Q

Comment est-ce que les acides aminés peuvent être connectés?

A

Par le groupe carboxylique avec un amine = liaisons covalente

56
Q

Dans une chaîne d’aminoacide l’amino-terminal end va à droite et le carboxyl-terminal end va à gauche?

A

Faux c’est l’inverse

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