Semaine 0 Flashcards by Caroline Perrin

Citer 3 méthodes pour analyser les bio molécules

Chromatographie
Spectrométrie
Centrifugeuse (1. Détruite 2. Séparée)

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De quoi est composé une biomolecule? Cbm de pour-cent

-eau 70
-protéine 15
-acide nucléique (DNA 1/ ARN 6)
-polysaccharide 3
-lipide 2
-monomeric (subunits+ intermédiaire) 2
-ions inorganique 1

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Qu’est ce qu’une biomolecule ?

Joue un rôle essentiel dans le processus biologique des etres vivants (structure, énergie, signalisation, catalyse)

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Quels sont les 4 niveaux d’une cellule?

L4 -> la cellule et ses organes
L3-> supramolecular complex
L2-> macromolécule
L1-> monomeric units

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Quels sont les 3 chaînes d’une cellule?

-chromatine>ADN>nucleotid
-plasma membrane> protéine> acide aminé
- cell wall> cellulose> sucre

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À quoi sert les interactions moléculaire?

Former des structures tridimensionnelles (structure d’une protéine))
-fct des bio molécules (ADN)

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Citer les types d’interactions qu’il y a entre les atomes des biomolecules

-Interactions covalente (les atomes partage un électron (100kcal/mol)
-Interactions non covalente (kcal/mol moins fort)

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Citer des interactions non covalentes

-interactions électrostatique
-interactions Van der Waals
-liaisons hydrogène
-effet hydrophobe

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Quel loi s’associe avec les interactions électrostatique?

Loi de Coulomb E= kq1q2/Dr
3Å= 3Kcal/mol dans l’eau
Le - attire le +

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Que vaut l’interaction entre 2 charges séparées dans l’eau?

3Å = 3Kcal/mol

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De quoi résulte l’interaction de Van der Waals?

Résulte d’une asymétrie temporaire de la distribution électronique autour d’un atome/molecule

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Que vaut l’interaction de Van der Waals

0.5-1kcal/mol

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Qu’est ce qu’une liaisons hydrogène ? Quel type est-ce?

Une liaison hydrogène et formée entre un hydrogène accepteur/ donneur

Interactions électrostatique, conséquence de la polarisation d l’une liaison X-H

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Que vaut une liaison hydrogène?

1-5Kcal/mol

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Entre quelle atomes une liaisons hydrogène peut il se faire?

-alcool + eau
-entre le groupe carbonyle d’une cétone + eau
-entre groupe péptidique dans les polypeptides (entre O - et H+)
-entre les bases complémentaires de l’ADN (exemple thymine+ Adénine) (O et H et N et H)

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Qu’est-ce que l’effet hydrophobe?

Une cage dans une molécule d’eau -> le plus de molécule d’eau libres, plus c’est favorable car entropie plus élevée

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Quelle est la signification du pH?

La concentrations des ions hydrogène= potentiel hydrogène

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Comment calcule t’on le pH?

-log10[H+]

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Quelle est la signification du pKA?

-Définit l’état de ionisation
-Définit le degré d’acidité d’une molécule
-Log négatif de la Cst de disso acide KA qui mesure la tendance d’un acide à perdre un proton H+ en solution

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À quoi sert le plus en biochimie?

-aide à comprendre le comportement des biomolecules dans diff conditions de pH
-aide à prédire la charge d’une molécule en fct du pH de l’environnement

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Quelle est la formule de calcul du Ka? Et pKA?

=[H+][Ac-]\ [HAc]

=-log10(KA)

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Comment calcule t’on le rapport [Ac-] au [HAc]?

Ka/[H+]

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Pourquoi est il intéressant de savoir le rapport de [Ac]/[HAc]?
Comment inerpreter le résultat?

Prévoir la forme prédominante d’un acide :

•[A-]/[HA]>1-> [A-] prédomine et pH>pKa
•[A-]/[HA]<1 ->[HA] prédomine et pH< pKa

Pour quoi une connaissance du pKa d’un groupe fonctionnel est indispensable?

Comprendre et prédire ses interactions avec d’autres molécules

À quoi servent les 20 aminoacides naturels?

Sont les constituants principaux des protéines

Quelles groupes chimiques sont commun dans les acides aminés?

Groupe carbonyle Groupe amine Un hydrogène

Les alpha-aminoacides sont chiraux?

Vrai

Les alpha-aminoacides sont des isomère que cela signifie t’il?

Les images de l’un et l’autre dans un miroir

Les 20 aminoacides sont ils des isomère L ou D?

Quel aminoacide n’est pas d’isomères S?

La Cysteine

À pH neutre les alpha-aminoacides sous trouvent sous formes d’ions apolaire/dipolaire/polaire?

Dipolaire

Si le pH est entre 0 et 2, comment sont protonés le groupe amine et coboxylique? Entre 2 et 9 comme appelle-t’on la forme majoritaire? Entre 9 et 14 comment sont les deux groupes?

-Les deux groupes sont protonés -la forme Zwitterionic. (H3N+ et COO-) -les deux groupes sont deprotonés

Pourquoi les acides aminés ont des chaînes latérales variables?

Influencent la structure tridimensionnelle d’une protéine Influencent les interactions d’une protéine avec des autres molécules

Dans les protéines quelques chaînes latérales ont des fonctions particulières lesquels?

Aident à catalyser des réactions chimiques

Citer les 20 aminoacides naturels

Glycine Alanine Valine Leucine Isoleucine Methionine Proline Phenylalanine Tyrosine Tryptophan Serine Thréonine Cysteine Cystine Lysine Arginine Histidine Aspartate Glutamate Asparagine Glutamine

Qui sont les aminoacides les plus petits?

Glycine et Alanine

Citer les 4 chaînes latérales hydrocarbonée plus longue?

Valine>Leucine=isoleucine> Methionine

Quelle spécificité à la proline?

Cyclique et donc N+H2 à la place de N+H3

Quelle est la chaîne latérale de proline?

Chaîne hydrocarboné connecté à l’Amine Est aussi une chaîne latérale aliphatique

Quelle est la chaîne latérale de proline?

Chaîne hydrocarboné connecté à l’Amine Est aussi une chaîne latérale aliphatique

Quelle rôle important joue la proline?

Un rôle structurel

Citer les 3 aminoacides avec des chaînes latérales aromatique? Quel est leur PKa?

Phenylalanine, tyrosin, tryptophan PKa=10.9

Que détermine la tyrosine et le tryptophan?

Le spectre UV des protéines

Quel est l’état de ionisation dans la chaîne latérale de tyrosine?

Ce n’est pas l’amine ou le groupe carboxylique mais hydroxyle qui peut être deprotoné

Citer les chaînes latérales avec des groupes hydroxyles?

Serine, Threonine

Citer les chaînes latérales avec des groupes thiols? Quel est le PKa?

Cysteine PKa=8.3

Comment peut être formé un pont disulfure? que cela signifie?

Par oxidation (réversible) c’est un lien covalent

Comment se forme la cystine?

2 cysteines qui ont perdu 2 H et 2e et donc se forme un pont entre les sulfures

Citer les 3 chaînes latérale avec des groupes basiques? Quels sont leur PKa?

Lysine (10.8) , arginine (12.5), histidine (6)

Quels sont les aminoacides avec une chaîne latérale avec des groupes carboxylates? Quels sont le PKa?

Aspartate, Glutamate PKa = 4.1

À pH neutre quelle est la charge de l’Aspartate et Glutamate?

Negatif

À pH neutre quelle est la charge de Lysine et Arginine?

Positif

Citer les 2 AAs avec des chaînes latérales des groupes carboxamides?

Asparagine, Glutamine

Lister les groupes fonctionnels ionisantes des 20 aminoacides? Quel est leur PKa?

Terminal alpha-carboxyl group (3.1) Terminal alpha-amino group(8) Aspartic acid + Glutamine acid(4.1) Histidine (6) Cysteine (8.3) Tyrosine (10.9) Lysine (10.8) Arginine (12.5)

Comment est-ce que les acides aminés peuvent être connectés?

Par le groupe carboxylique avec un amine = liaisons covalente

Dans une chaîne d’aminoacide l’amino-terminal end va à droite et le carboxyl-terminal end va à gauche?

Faux c’est l’inverse