Sem7 Flashcards
Pk Frances Arnold, George Smith, Gregory Winter ont reçu le prix Nobel de chimie en 2018?
Sur l’évolution en éprouvette permettant d’accélérer la sélection de molécules et de médicaments inédits
Qui a été le premier à observer des espèces vivantes en 1831 lors de son tour du monde?
Charles Darwin
Qui a été le premier à observer des espèces vivantes en 1831 lors de son tour du monde?
Charles Darwin
Quel théorie de Charles Darwin en 1838?
Théorie sur la sélection naturelle
Quand Charles Darwin a écrit l’origine des espèces (livre) ?
1859
Variation avant sélection ou sélection avant variation?
Variation avant sélection
Comment plusieurs espèces se développent d’un seul ancêtre?
Suite à des enchaînement de variations et selection
Qu’est ce qu’un arbre phylogénétique?
Arbre dans la racine à l’ancêtre commun et les différentes branches les différentes espèces. Indiquent les différentes étapes de l’évolution
Quel est ce qu’une évolution divergente?
Des qualités que diff espèces se partagent grâce a un ancêtre commun
Qu’est-ce qu’une évolution convergente?
Une même qualité développé 2 fois différemment pour deux espèces différente
Citer un exemple d’évolution convergente
Les ailes des oiseaux et des chauve-souris
A quoi sont dû les qualités indépendantes?
Évolution convergente
Citer un exemple d’espèce qui continue à évoluer mtnt
Les bactéries -> antibio résistante
Les mutations arrivent par hasard?
Vrai
Pk certain insecticide ne fonctionne plus ?
Mutations d’ADN des insectes-> protéine mutantes qui donne résistance à l’insecticide
Qu’est ce que le phénotype?
Ensemble des caractéristiques observables d’un individu. -> depuis protéine
Qu’est-ce que le génotype ?
L’ensemble des informations génétiques d’un individu. Il désigne les séquence d’ADN de la personne, notamment les allèles présents sur chaque locus pour un gène doné
Comment se passe l’évolution des protéines
Changement de base dans l’ADN = variation
Puis sélection si variation avantageuse
Comment est-ce que les mutations sont introduites dans l’ADN?
Par hasards, mais svt dans la réplication de l’ADN lors de la synthétisation d’un ADN supplémentaire
Quels peuvent être les 2 autres causes de mutations’?
- transformation chimique
- transformation physique
Sur quoi était basé l’arbre phylogénétique avant
Basé sur la morphologie, développement, comportement (comparaison du phénotype)
Sur quoi est basé l’arbre phylogénétique aujourdh’ui?
Basé sur les séquences de l’ADN
(Comparaison des séquence protéines et ADN)
Qui a inventé les arbres phylogénétique?
Svante Pääbo
Qu’à permis l’invention de Svante Pääbo?
Découvrir l’évolution à travers le temps de l’humain mais également géographiquement
Qu’est ce qu’une protéines homologues?
Les protéines homologues descendent d’un ancêtre commun
Qu’est ce que des protéines orthologues?
Citer un exemple
Elles ont des fonctions semblables et d’un même ancêtre
Bovine ribonucléase (vache) et human ribonuclease (humain)
-> enzyme digestive chez les deux
Qu’est-ce qu’une protéine paralogue?
Citer exemple
Même ancêtre mais ont svt des fonctions différentes
Human ribonuclease (enzyme digestive) et angiogenin (stimulates blood-vessel growth)
Regarder shema page 54
Quels sont les buts de la comparaisons de protéines?
- prévoir les fonctions des protéines inconnues
- prévoir la structure tridimensionnelle
- (étudier l’évolution)
Est-ce que l’hémoglobine et la myoglobine sont des homologues ?
Oui
Comment peut on comparer les séquences de l’hémoglobine et de la myoglobine?
On compares les acides aminés de chaque séquence (aminoacides identique)
Qu’est ce que la méthode d’alignement de séquences ?
On peut décaler les séries ces d’aminoacides de 1 à chaque fois, jusqu’à trouver celle avec le plus de aa pareil
L’introduction de quoi à améliorer la méthode d’alignement de séquences?
L’intro de gaps
Qu’est ce qu’un gap?
Un trou dans une séquence qui pourrait refléter la perte ou l’ajout d’acides aminé
Comment trouves t’on les gaps?
Informatique teste toute les possibilité
Comment calcule t’on le score avec les gaps?
«Pt pour chaque aa pareil» x 10 - «nbre de gap» x 25
Si 38 aminoacides identiques sur une longueur de 147 résidus, quel est le pourcentage de séquence identique?
147/38 = 25.9%
Voir tableau page 71
Qu’est ce que la leghémoglobine ?
Hémoprotéine d’une plante
Pk dans le graphe de nbre d’alignement sur le score d’alignement, l’alignement correcte n’est pas celui le plus à droite?
Il faut améliorer la technique en compte et non seulement le aas identiques mais également ceux qui sont similaires
Comment appelle t’on 2 aminoacides qui sont similaires?
Substitution conservatrice
Citer un exemple d’une substitution conservatrice
Isoleucine et leucine
Quelles valeurs dans le tableau du substitutions conservatrices ?
0 ou positif
Citer les aminoacides qui sont les substitutions conservatrices de l’alanine?
- serine
- cysteine
- thréonine
- valine
Si pour les scores sans similitude recevait points pour chaque identité et pénalité pour chaque gaps, qu’ajoute t’on pour améliorer cette méthode?
On ajoute des point pour chaque similitude
Comment savoir si deux protéines sont des homologues?
On espère que %tage d’identité entre les séquences soit le plus haut possible et surtout si la structure ternaire est similaire ou pas
Est ce que l’actin et HSP-70 sont des homologues?
Oui
Est ce que la chymotrypsine et la subtilisine, qui sont des protéases qui peuvent toute deux catalyser l’hydrolyse des liaisons polypeptidiques et contienne tout les deux les mêmes aminoacides dans leur sites actif sont des homologues? Évolution divergente ou convergente ?
Non car structure ternaire extrêmement différente, il s’agit d’une évolution convergente
Comment un alignement de séquences de motifs répétitifs dans une seule protéine peut se developer dans l’évolution? Par ex un protéine avec 2 x presque la même séquence d’acides aminés?
La protéine a sûrement eu un ancêtre composé que d’un que de la première partie et lors de la duplication il y a sans doute eu une erreur et la séquence doublée. Ensuite avec l’évolutions, il y a sans doute eu accumulation de mutation sur les deux parties
Citer un exemple d’une protéine avec 2 régions similiaires dans la séquence d’ADN
TATA-box-binding protein
À quoi sert l’évolution moléculaire dans une éprouvette?
Citer un exemple
Méthode pour générer des protéines ou du DNA auvex des qualités désirable .
Enzymes utilisé dans la lessive
Quelles sont les 3 étapes de l’évolution moleculaire?
- Génération de la diversité
- Sélection de certains membres avec des qualités désirables
3.reproduction afin d’enrichir la population avec les bonnes qualités
Comment est fait la génération de la diversité en éprouvette?
Des polymères de RNA sont synthétisés par chimie combinatoire (ajout de nucleotides au hasard (ATP GTP CTP UTP)) sur 10^12 amorces d’ARN.
Lorsque des polymères d’ARN sont synthétisés par chimie combinatoire, cbm de nucleotides aléatoires par séquence?
Utile à quoi?
120, utile pour la génération de la diversité
Comment sélectionne t’on certains membres avec des qualités désirables?
Grâce à la chromatographie par affinité où de l’ATP est immobilisé donc seulement le molécules modifie reste accroché.
Lors de la chromatographie par affinité, il y en a trop peu, que fait on?
Une réaction PCR afin d’e richir la population avec les bonnes qualités (pt 3)
Donner un exemple de développement de molécules thérapeutiques par évolution moléculaire. 1.Quelle protease veut on modifier? Pk celle la?
L’urokinase car elle dégrade la structure autour des cellules et faciliter ainsi la migration des cellules cancéreuses.
Qu’essaie donc de trouver pour empêcher l’urokinase de faciliter la migration de cellules cancéreuses?
Un inhibiteur spécifique pour l’urokinase, mais difficile de trouver la bonne séquence d’Aas
Comment fait on la synthèse de peptides bi-cyclique?
- Génération de la diversité
- Sélection de certains membres avec des qualités désirable
- Séquence de peptides bi-cyclique
Comment fait on la synthèse de peptides bi-cyclique?
- Génération de la diversité
- Sélection de certains membres avec des qualités désirable
- Séquence de peptides bi-cyclique
Comment fonctionne la génération de la diversité lors de la synthèse de peptide bi-cyclique?
Ajout d’une molécule cyclique de C9H6Br3 dont les Br vont s’accrocher aux cysteine d’un peptide linéaire qui va se cycliser. O
Sur cbm de peptides bi-cyclique faut on la génération de la diversité?
4x10^9
À Whois et les peptides bi-cycliques lors de la sélection de certains membres avec des qualités désirables?
Dans ma colonne chromatographique, ils permettent d’accrocher les urokinases et donc de les bloquer
Qu’utilise t’on actuellement pour cibler l’urokinase de manière sélective, agissant comme des inhibiteurs compétitifs?
Les peptides bicycliques car ils peuvent s’adapter précisément au site de liaison de l’urokinase
Citer 3 mutations conservatrices de la leucine
Valine
Isoleucine
Methionine
Citer 3 mutations conservatrices du glutamate
Aspartate
Glutamine
Lysine
Citer 3 mutations conservatrices de l’asparagine
Aspartate
Histidine
Serine
Citer 3 mutations conservatrices de la tyrosine
Histidine
Phenylalanine
Tryptophane
