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Biochimie > Sem7 > Flashcards

Sem7 Flashcards

1
Q

Pk Frances Arnold, George Smith, Gregory Winter ont reçu le prix Nobel de chimie en 2018?

A

Sur l’évolution en éprouvette permettant d’accélérer la sélection de molécules et de médicaments inédits

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Q

Qui a été le premier à observer des espèces vivantes en 1831 lors de son tour du monde?

A

Charles Darwin

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Q

Qui a été le premier à observer des espèces vivantes en 1831 lors de son tour du monde?

A

Charles Darwin

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4
Q

Quel théorie de Charles Darwin en 1838?

A

Théorie sur la sélection naturelle

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5
Q

Quand Charles Darwin a écrit l’origine des espèces (livre) ?

A

1859

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6
Q

Variation avant sélection ou sélection avant variation?

A

Variation avant sélection

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7
Q

Comment plusieurs espèces se développent d’un seul ancêtre?

A

Suite à des enchaînement de variations et selection

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8
Q

Qu’est ce qu’un arbre phylogénétique?

A

Arbre dans la racine à l’ancêtre commun et les différentes branches les différentes espèces. Indiquent les différentes étapes de l’évolution

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9
Q

Quel est ce qu’une évolution divergente?

A

Des qualités que diff espèces se partagent grâce a un ancêtre commun

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10
Q

Qu’est-ce qu’une évolution convergente?

A

Une même qualité développé 2 fois différemment pour deux espèces différente

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11
Q

Citer un exemple d’évolution convergente

A

Les ailes des oiseaux et des chauve-souris

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12
Q

A quoi sont dû les qualités indépendantes?

A

Évolution convergente

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13
Q

Citer un exemple d’espèce qui continue à évoluer mtnt

A

Les bactéries -> antibio résistante

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14
Q

Les mutations arrivent par hasard?

A

Vrai

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15
Q

Pk certain insecticide ne fonctionne plus ?

A

Mutations d’ADN des insectes-> protéine mutantes qui donne résistance à l’insecticide

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16
Q

Qu’est ce que le phénotype?

A

Ensemble des caractéristiques observables d’un individu. -> depuis protéine

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17
Q

Qu’est-ce que le génotype ?

A

L’ensemble des informations génétiques d’un individu. Il désigne les séquence d’ADN de la personne, notamment les allèles présents sur chaque locus pour un gène doné

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18
Q

Comment se passe l’évolution des protéines

A

Changement de base dans l’ADN = variation
Puis sélection si variation avantageuse

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19
Q

Comment est-ce que les mutations sont introduites dans l’ADN?

A

Par hasards, mais svt dans la réplication de l’ADN lors de la synthétisation d’un ADN supplémentaire

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20
Q

Quels peuvent être les 2 autres causes de mutations’?

A
  • transformation chimique
  • transformation physique
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21
Q

Sur quoi était basé l’arbre phylogénétique avant

A

Basé sur la morphologie, développement, comportement (comparaison du phénotype)

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22
Q

Sur quoi est basé l’arbre phylogénétique aujourdh’ui?

A

Basé sur les séquences de l’ADN
(Comparaison des séquence protéines et ADN)

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23
Q

Qui a inventé les arbres phylogénétique?

A

Svante Pääbo

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24
Q

Qu’à permis l’invention de Svante Pääbo?

A

Découvrir l’évolution à travers le temps de l’humain mais également géographiquement

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25
Q

Qu’est ce qu’une protéines homologues?

A

Les protéines homologues descendent d’un ancêtre commun

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26
Q

Qu’est ce que des protéines orthologues?
Citer un exemple

A

Elles ont des fonctions semblables et d’un même ancêtre

Bovine ribonucléase (vache) et human ribonuclease (humain)
-> enzyme digestive chez les deux

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27
Q

Qu’est-ce qu’une protéine paralogue?
Citer exemple

A

Même ancêtre mais ont svt des fonctions différentes

Human ribonuclease (enzyme digestive) et angiogenin (stimulates blood-vessel growth)

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28
Q

Regarder shema page 54

A
29
Q

Quels sont les buts de la comparaisons de protéines?

A
  • prévoir les fonctions des protéines inconnues
  • prévoir la structure tridimensionnelle
  • (étudier l’évolution)
30
Q

Est-ce que l’hémoglobine et la myoglobine sont des homologues ?

A

Oui

31
Q

Comment peut on comparer les séquences de l’hémoglobine et de la myoglobine?

A

On compares les acides aminés de chaque séquence (aminoacides identique)

32
Q

Qu’est ce que la méthode d’alignement de séquences ?

A

On peut décaler les séries ces d’aminoacides de 1 à chaque fois, jusqu’à trouver celle avec le plus de aa pareil

33
Q

L’introduction de quoi à améliorer la méthode d’alignement de séquences?

A

L’intro de gaps

34
Q

Qu’est ce qu’un gap?

A

Un trou dans une séquence qui pourrait refléter la perte ou l’ajout d’acides aminé

35
Q

Comment trouves t’on les gaps?

A

Informatique teste toute les possibilité

36
Q

Comment calcule t’on le score avec les gaps?

A

«Pt pour chaque aa pareil» x 10 - «nbre de gap» x 25

37
Q

Si 38 aminoacides identiques sur une longueur de 147 résidus, quel est le pourcentage de séquence identique?

A

147/38 = 25.9%

38
Q

Voir tableau page 71

A
39
Q

Qu’est ce que la leghémoglobine ?

A

Hémoprotéine d’une plante

40
Q

Pk dans le graphe de nbre d’alignement sur le score d’alignement, l’alignement correcte n’est pas celui le plus à droite?

A

Il faut améliorer la technique en compte et non seulement le aas identiques mais également ceux qui sont similaires

41
Q

Comment appelle t’on 2 aminoacides qui sont similaires?

A

Substitution conservatrice

42
Q

Citer un exemple d’une substitution conservatrice

A

Isoleucine et leucine

43
Q

Quelles valeurs dans le tableau du substitutions conservatrices ?

A

0 ou positif

44
Q

Citer les aminoacides qui sont les substitutions conservatrices de l’alanine?

A
  • serine
  • cysteine
  • thréonine
  • valine
45
Q

Si pour les scores sans similitude recevait points pour chaque identité et pénalité pour chaque gaps, qu’ajoute t’on pour améliorer cette méthode?

A

On ajoute des point pour chaque similitude

46
Q

Comment savoir si deux protéines sont des homologues?

A

On espère que %tage d’identité entre les séquences soit le plus haut possible et surtout si la structure ternaire est similaire ou pas

47
Q

Est ce que l’actin et HSP-70 sont des homologues?

A

Oui

48
Q

Est ce que la chymotrypsine et la sbtilisine, qui sont des protéases qui peuvent toute deux catalyser l’hydrolyse des liaisons polypeptidiques et contienne tout les deux les mêmes aminoacides dans leur sites actif sont des homologues? Évolution divergente ou convergente ?

A

Non car structure ternaire extrêmement différente, il s’agit d’une évolution convergente

49
Q

Comment un alignement de séquences de motifs répétitifs dans une seule protéine peut se developer dans l’évolution? Par ex un protéine avec 2 x presque la même séquence d’acides aminés?

A

La protéine a sûrement eu un ancêtre composé que d’un que de la première partie et lors de la duplication il y a sans doute eu une erreur et la séquence doublée. Ensuite avec l’évolutions, il y a sans doute eu accumulation de mutation sur les deux parties

50
Q

Citer un exemple d’une protéine avec 2 régions similiaires dans la séquence d’ADN

A

TATA-box-binding protein

51
Q

À quoi sert l’évolution moléculaire dans une éprouvette?
Citer un exemple

A

Méthode pour générer des protéines ou du DNA auvex des qualités désirable .

Enzymes utilisé dans la lessive

52
Q

Quelles sont les 3 étapes de l’évolution moleculaire?

A
  1. Génération de la diversité
  2. Sélection de certains membres avec des qualités désirables
    3.reproduction afin d’enrichir la population avec les bonnes qualités
53
Q

Comment est fait la génération de la diversité en éprouvette?

A

Des polymères de RNA sont synthétisés par chimie combinatoire (ajout de nucleotides au hasard (ATP GTP CTP UTP)) sur 10^12 amorces d’ARN.

54
Q

Lorsque des polymères d’ARN sont synthétisés par chimie combinatoire, cbm de nucleotides aléatoires par séquence?
Utile à quoi?

A

120, utile pour la génération de la diversité

55
Q

Comment sélectionne t’on certains membres avec des qualités désirables?

A

Grâce à la chromatographie par affinité où de l’ATP est immobilisé donc seulement le molécules modifie reste accroché.

56
Q

Lors de la chromatographie par affinité, il y en a trop peu, que fait on?

A

Une réaction PCR afin d’e richir la population avec les bonnes qualités (pt 3)

57
Q

Donner un exemple de développement de molécules thérapeutiques par évolution moléculaire. 1.Quelle protease veut on modifier? Pk celle la?

A

L’urokinase car elle dégrade la structure autour des cellules et faciliter ainsi la migration des cellules cancéreuses.

58
Q

Qu’essaie donc de trouver pour empêcher l’urokinase de faciliter la migration de cellules cancéreuses?

A

Un inhibiteur spécifique pour l’urokinase, mais difficile de trouver la bonne séquence d’Aas

59
Q

Comment fait on la synthèse de peptides bi-cyclique?

A
  1. Génération de la diversité
  2. Sélection de certains membres avec des qualités désirable
  3. Séquence de peptides bi-cyclique
60
Q

Comment fait on la synthèse de peptides bi-cyclique?

A
  1. Génération de la diversité
  2. Sélection de certains membres avec des qualités désirable
  3. Séquence de peptides bi-cyclique
61
Q

Comment fonctionne la génération de la diversité lors de la synthèse de peptide bi-cyclique?

A

Ajout d’une molécule cyclique de C9H6Br3 dont les Br vont s’accrocher aux cysteine d’un peptide linéaire qui va se cycliser. O

62
Q

Sur cbm de peptides bi-cyclique faut on la génération de la diversité?

A

4x10^9

63
Q

À Whois et les peptides bi-cycliques lors de la sélection de certains membres avec des qualités désirables?

A

Dans ma colonne chromatographique, ils permettent d’accrocher les urokinases et donc de les bloquer

64
Q

Qu’utilise t’on actuellement pour cibler l’urokinase de manière sélective, agissant comme des inhibiteurs compétitifs?

A

Les peptides bicycliques car ils peuvent s’adapter précisément au site de liaison de l’urokinase

65
Q

Citer 3 mutations conservatrices de la leucine

A

Valine
Isoleucine
Methionine

66
Q

Citer 3 mutations conservatrices du glutamate

A

Aspartate
Glutamine
Lysine

67
Q

Citer 3 mutations conservatrices de l’asparagine

A

Aspartate
Histidine
Serine

68
Q

Citer 3 mutations conservatrices de la tyrosine

A

Histidine
Phenylalanine
Tryptophane

Biochimie (14 decks)

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