RMN Flashcards
C’est quoi la RMN
C’est la manifestation du moment angulaire du spin nucléaire (P)
P = h[I( I + 1)]^1/2
I = spin nucléaire
h = constante de Planck/2pie
C’est quoi la valeurs de I
I = 0 le nombre de masse et le nombre atomique sont pairs
I = nombre entiers * 1/2, A est impair
I = nombre entiers, A est pair et Z est impair
Que sont les trois types de noyaux
I = 0 sont inactif
I > 1/2, ces noyaux possèdent un moment quadrupolaire électrique qui leur confère une relaxation rapide
I = 1/2 sont actifs. Cela inclut H, C, N et le P
C’est quoi le déplacement chimique
Reflète l’environnement électronique des noyaux
C’est quoi le couplage scalaire
C’est l’effet des noyaux proche dans la structure covalente et donne de l’information sur les angles de torsion
C’est quoi l’effet NOE
C’est l’effet des noyaux proches dans l’espace et donne de l’information sur la distance qui les sépare
Qu’est ce qui arrivent au noyaux soumis à un champ magnétique extern (B0)
Ils subissent une précession autour de la direction de ce champ, dont la vitesse angulaire est connue sous le nom de fréquence de Larmor w0
C’est quoi l’équation de la fréquence de Larmor
w0 = -yB0 = 2πν0
y = le rapport gyromagnétique spécifique à chaque noyau
v0 = la fréquence de résonance d’un noyau
C’est quoi l’équation du champ magnétique local (B0i)
B0i = B0(1-oi)
La valeur de la constante de blindage dépend de quoi (oi)
Elle dépend de la densité électronique autour du noyau et est influencé par la présence de groupements fonctionnels vicinaux
C’est quoi l’équation du déplacement chimique
δ = (v - vref)/vref *10^6
Le déplacement chimique dépend de quoi
De la nature des groupements chimiques auquel le H est associé et du repliement de la protéine en solution
C’est quoi l’effet de protons proches dans la structure covalente
C’est que les protons séparés par moins de 3 liens chimiques peuvent avoir une valeur de J qui égale pas 0
Qu’est ce qui relie JAB à l’angle de torsion
Par la relation de Karplus
C’est quoi l’échanges proton-deutérium
C’est un échange de solution aqueuse contenant de l’eau pour une solutions aqueuse contenant de l’eau lourde (D2O)
Qu’est ce qui arrive lors de la purification de protéines
un échantillon typique est de 1 mM dans 250-500 mL ce qui correspond à environ 3-5 mg d’une protéine de 100 résidus
Que sont les expérience fait durant l’attribution des résonances
2D cosy et 2D TOCSY
C’est quoi le spectre de COSY
C’est l’expérience standard pour étudier les corrélations de couplage scalaire J
Que sont les signaux d’intérêt pour le spectre de COSY
Ce sont ceux qui sont disposés symétriquement de chaque côté de la diagonale
C’est quoi le spectre TCOSY
C’est une expérience de couplage scalaire J dans laquelle chaque H d’un système de spin est corrélé à tous autres H de ce système
Que sont les signaux d’intérêt pour le spectre de TCOSY
Ce sont les signaux disposés symétriquement de chaque côté de la diagonale
Quelle aa donne des systèmes de spin identiques qui donne des patrons identique
Cys, Asp et les Glu, Gln et Met
Que sont les limites de la RMN homonucléaire
Le transfert de magnétisation par couplage scalaire J, les signaux se recouvrent dans les spectres et ces méthodes sont limités aux petites protéines
Que sont les avantages de la RMN hétéronucléaire
Permet des transferts de magnétisation par couplage scalaire J plus efficaces, permet une meilleure résolution des signaux par des corrélations hétéronucléaires et de plus grosse protéines peuvent être étudier
Que doit est produites pour les études hétéronucléaires
Des protéines marqués
Comment sont produites les protéines marqués
Par l’expression bactérienne de protéines recombinante dans des milieux de culture qui contiennent comme sources d’azote et de carbone du NH4CL et du glucose
C’est quoi le spectre de NOESY
C’est l’expérience standard pour étudier les corrélations de NOE
Que sont les NOEs
Ce sont des interactions entre protons rapprochés dans l’espace moins ou égale à 5 A
L’intensité des Noes est converti en quoi
Elle convertie en contrainte de distance qui sont utilisés dans les calculs de structures
Que sont les contraintes qui doit être satisfait pour les calculs de structures
Les contraintes dérivées des données de RMN, la structure covalente de la protéine et d’autres contraintes
Que sont les critère d’acceptation des structures
Énergie basse et petits nombres de violation de contrainte
Comment sont présenté les structures acceptées
Comme une superposition qui minimise la RMSD de la position des atomes lourds
Qu’est ce que le diagramme de Ramachandran permet
Elle permet d’analyser la conformation du squelette des protéines sous forme de graphique représentant les valeurs dièdres phi et psi
Que sont les avantages de la détermination de la structure des protéines par RMN
méthode à l’état liquide, utile pou déterminer la structure de petites protéine, utile pour étudier le repliement des protéines et pour cartographier les sites de liaison par changement de déplacement chimiques et des informations sur la dynamique peut être obtenue
Que sont les limites de la détermination de la structure des protéines par RMN
Limité aux petites protéines, une grande quantité de protéine doit être purifier et ne permet pas d’obtenir des détails sur l’emplacement des molécules d’eau et il est difficile de localiser les ions métalliques
Comment H, N et HSQC aide à la découverte de médicaments
Il cartographie des sites de liaison chez les protéines
