cristallographie Flashcards
Comment on fait la détermination de structure par cristallographie
Un faisceau de rayons X dirigés sur un cristal est diffracté et l’analyse du diagramme de diffraction qui permet de retrouver la structure tridimensionnelle des macromolécules biologiques avec une résolution quasi-atomique
Que sont les étapes de la détermination de structure par cristallographie
Purification de la protéine, préparation d’un cristal, collection des spectres de diffraction, détermination des phases, construction du modèle préliminaire, affinement du modèle préliminaire et validation
Qu’est ce qui arrive durant la purification par filtration sur gel
La filtration sur gel permet de changer de tampon et de se débarrasser des
protéines agrégées
C’est quoi l’étape la plus longue de la détermination de structure par cristallographie
L’obtention des cristaux
Comment arrive la cristallisation par batch
La protéine est mélangé avec une grande quantité de solution mère qui contient les ingrédients nécessaires à la cristallisation
C’est quoi la première étape de la cristallisation par diffusion
Une petite quantité de protéine est déposée sur une lamelle de verre
C’est quoi la deuxième étape de la cristallisation par diffusion
une quantité équivalente de solution mère est ajouté à la goutte
C’est quoi la troisième étape de la cristallisation par diffusion
la solution se mélange avec la solution mère
C’est quoi la quatrième étape de la cristallisation par diffusion
la lamelle est scellée sur le dessus d’un puit contenant la solution mère
C’est quoi la cinquième étape de la cristallisation par diffusion
il y a équilibration entre la goutte pendant et la solution mère la goutte se concentre en protéine et en solutés
C’est quoi la dernière étape de la cristallisation par diffusion
Les protéines interagissent entre-elles pour former des noyaux qui grandissent pour donner naissance à des cristaux
Que sont les facteurs modifiable pour cristalliser la protéine d’intérêt
Tampon utilisé, agent précipitant, présence d’ions, nature du solvant, présence de ligand, température, concentration et la protéine
Qu’est ce que la robotisation permet
Elle permet de tester rapidement un grand nombre de conditions de cristallisation
C’est quoi un rayon X
Ce sont des radiations électromagnétiques de courte longueur d’onde émises lorsque les électrons perdent de l’énergie
Que sont les sources de rayons X
Des tubes à hautes tensions dans lesquels une plaque de métal est bombardée par des électrons accélérés ce qui provoque l’émission d’un faisceau de rayons X d’une longueur d’onde précise
C’est quoi l’information donnée par un patron de diffraction
L’espacement entre les taches donne de l’information sur la taille de l’unité élémentaire, l’intensité des taches donnent l’information sur la structure des protéines et la résolution
C’est quoi le principe fondamentale de la diffraction des rayons X
Les rayons X interagissent avec les électrons de la matière en dispersion du faisceau lumineux
Est ce qu’un atome lourd produit plus de rayons
Oui les atome lourd déviera plus de rayons X qu’un atome léger
Qu’est ce qui donne naissance aux patrons de diffraction
Des atomes espacées vont diffracter les rayons X de manière constructive qui donne naissance aux patrons de diffraction
Que fait la loi de Bragg
Elle définit les conditions pour lesquelles une interférence constructive sera observée lors de l’interaction de rayons x avec un cristal
Comment on interprète les taches en termes des positions atomiques dans le cristal
On utilise un outil mathématique nommé transformée de Fourier
Que sont les trois paramètre qui défini les ondes des faisceaux diffractés
L’amplitude, la longueur d’onde et la phase
Qu’est ce qui arrive à l’amplitude
C’est mesuré par l’intensité du rayonnement diffracté et qui est proportionnelle à l’intensité de la tache
Qu’est ce qui arrive à la longueur d’onde
Elle est fixée par la source des rayons X
