Repliement des protéines Flashcards
Comment est ce que les protéines sont dénaturées
par les altérations d’interactions non-covalentes de faible énergie
C’est quoi un des déterminants du repliement des protéines
le calcul de levinthal
Comment ce fait le calcul de levinthal
Pour une protéine avec 2^n angles de torsion, il existe 10^n conformations possibles (n= résidus dans la protéine)- Il n’est pas possible pour la protéine d’explorer toutes les possibilités (~ 10^13 conformations par second)
t = 10^n /10^13
C’est quoi l’influencce des résidus internes
- ils déterminent son repliement vers la conformation native
- Le repliement des protéines est sous la dépendance de forces hydrophobes
- Il existe de nombreuses manières, pour les résidus internes d’une protéine, de se rassembler efficacement
C’est quoi l’influence des hélices et feuillets sur le repliement
- Les hélices et les feuillets prédominent dans les protéines
- La formation des hélices et des feuillets sont la conséquence de contraintes au sein des polymères compacts
- Les hélices est les feuillets sont essentiellement des entités compactes
- Ce sont des forces moins prépondérantes mais plus spécifiques qui choisissent la structure native
Comment ce fait le repliement
1) Formation de courts segments de structure secondaire
2) Les sous-domaines de repliement forment les domaines
3) Les domaines forment une état de globule fondu
4) Après beaucoup de petits changements, la globule fondue forme la conformation native.
5) multimérisation
Que sont les caractéristiques des globule fondue
- La taille du polypeptide est plus petite que celle d’une « pelote statistique» (random coil) et marginalement plus grande que celle du polypeptide natif
- Le contenu global en structure secondaire (mesurée par spectroscopie de dicrhoïsme circulaire (DC)), est identiques à ceux de l’état natif
- Les enzymes dans l’état globule fondu sont sans activité
- Au contraire dans l’état complètement replié, les chaînes se trouvent dans des environnements différents et asymétriques à l’intérieur de l’état replié
Que sont les méthodes pour la dénaturation des protéines
La température, le pH et les agents chaotropiques
Comment fonctionne la température pour la dénaturation
Avec un changement de température, les caractéristiques spectrales de la protéine changent dramatiquement
Comment fonctionne le pH pour la dénaturation
Le changement de l’état d’ionisation de la protéine produit un changement dans la distribution des charges et dans les liaisons hydrogène
Comment fonctionne les agents chaotropiques pour la dénaturation
Dénaturent les protéines par la perte de liaisons hydrophobe
Comment la spectroscopie de DC identifie un changement de structure
Quand il y a un changement dans le spectre il y a un changement de structure secondaire présent après les conditions de dénaturation
Comment fonctionne la spectroscopie de DC
- La spectroscopie de DC utilise la lumière circulaire polarisée (LCP) comme source de radiation. La spectroscopie de DC donne de l’information sur les molécules chirales
- Le DC mesure la différence d’absorption (DA) résultant de l’exposition alternative à la LCP à droite et à gauche.
Que sont les avantages de la spectroscopie de DC
- Elle permet de déterminer la composition en structures secondaires de façon qualitative ou semi-quantitative
- Utile pour observer des changements de structures secondaires
- Seulement de petites quantités d’échantillon sont nécessaire et l’échantillon n’est pas détruit par la prise de donnée
Que sont les limites de la spectroscopie de DC
- La spectroscopie de DC donne des informations globales sur la protéine, mais pas d’information précise sur un site en particulier dans la protéine
- La protéine dans la conformation native donne les mêmes spectres que la protéine dans la conformation du globule fondu.
- La spectroscopie de DC donne de l’information sur l’ensemble des protéines en solution, elle ne permet pas d’évaluer si la protéine peut adopter plus d’une conformation
- Les analyses sont basées sur les valeurs expérimentales de systèmes modèles. Il n’existe pas de modèle théorique très précis
Quand est ce que la protéines se replient
Après la sortie complète du ribosome
Ets ce que le repliement in vivo est spontanée
Non
C’est quoi le mécanisme de repliement
1) DnaK/HSP70 lient préférablement les polypeptides de plus de 25 kDa
2) Les grosses protéines (> 60 kDa) qui ne peuvent entrer dans la cavité centrale de la chaperonine (GroEL/Tric) constituent une fraction importante des substrats du système DnaK/HSP70
3) Le temps de repliement par le système DnaK/HSP70 est proportionnel à la taille moléculaire
4) Dans le cas des grosses protéines, le repliement est accompli par plusieurs complexes de DnaK/HSP70
C’est quoi des chaperonines
Ce sont de gros complexes à deux anneaux d’environ 800 kDa
Il existe deux classes de chaperonines qui possèdent une architecture similaire, mais diffèrent par leur séquence:
Classe 1: GroEL- fonctionne en complexe avec le cofacteur GroES. C’est le système des procaryotes
Classe 2: TRiC- Ils ne dépendent pas de GroES. C’est le système des eucaryotes
C’est quoi une protéine disulfure isomérase/PDI
C’est une enzyme très importante pour faciliter le repliement de protéines qui se dénaturent en absence de leurs ponts disulfures natifs
Que contient le site actif de PDI
Il contient le motif de séquence C-G-H-C.
Que fait PDI sous sa forme réduite
elle catalyse les réactions d’échange entre liaisons disulfures
Que fait PDI sous sa forme oxydée
elle catalyse la synthèse de ponts disulfures
Quelle quantité des eucaryotes contiennent des régions désordonnées ou non structurées
50%
Les régions désordonnées sont caractérisées par quoi
par une haute concentration d’acides aminés polaires (poly-Q,- N,-S/T,-P, E/D)
Les régions désordonnées sont fréquentes chez quoi
les facteurs de transcription, les protéines impliquées dans les voies de signalisation et les protéines virales
Que font les régions désordonnées
- Des régions désordonnées se replient souvent lors de la liaison avec une autre protéine
- Des régions désordonnées sont impliquées dans beaucoup de maladies neurologique comme les amyloïdoses
C’est quoi l’amyloidoses
C’est une famille de maladies qui sont solubles et qui se transforment en fibrilles insolubles ou plaques
C’est quoi la particularité de la forme final des amyloïdose
Leurs formes finales ont une forme fibrillaire de nature bien définie et nommée amyloïde, car il ressemblent au amidon
