Structure tertiaire des acides nucléiques Flashcards
À quoi ressemble la forme globale de l’ARN
à une galette dont l’épaisseur est celle d’une ou de plusieurs doubles hélices
Que font les liaisons hydrogènes et l’empilement de base
Joue un rôle énergétique très important dans la formation des doubles hélices et des autres éléments de structures secondaires qui sont très stable
Que sont les interactions stabilisante impliqué par la formation de structure tertiaires
la structure des régions non pairées, l’empilement coaxial: empilement de bases bout-à-bout de doubles hélices et des interactions qui empaquettent les hélices
Comment les charges négatives des phosphates stabilisent la structure de l’ARN
Ils se retrouvent à l’extérieur en contact avec le milieux aqueux
Que font les ions métalliques
Ils neutralisent les interactions de répulsion entre charges négatives
Comment ce forme les régions simples brin
A basse temp et à de haute concentration en sels, les bases s’empilent, les riboses adoptent des conformations C3’-endo et la forme hélicoïdale est à droite
Qu’est ce qui arrive quand la temp augmente et la C baisse dans les régions simple brin
L’empilement des bases devient moins important
Que sont les tendance de l’empilement des régions simple brin
a, G > C> U
Que sont les extrémités des hélices
Ce sont des prolongements simple brin d’une hélice qui stabilisent les duplexes
Qu’est ce qui est spécial de l’extrémités 3’
Ils sont thermodynamiquement plus stable que ceux en 5’
Qui stabilisent plus les purines ou les pyrimidines
les purines
C’est quoi le motif U-Turn
Cest le premier motif de boucle terminale
Le motif U-turn est généralement dans quoi
Dans les boucles anticodon, TpsiC des ARNT et chez l’ARNr
C’est quoi la séquence consensus du motif U-turn
UNR (N est un nucléotide, R c’est une purine)
Que sont les caractéristiques structurales du motif U-TURN
Pont H entre U1 H3 et R3 3’PO4
Pont H entre U1 2’OH et R3 N7
Angles particulier entre U1 et N2
Que sont les tétra-boucles
GNRA, UNCG et CUYG qui forment des structure compactes relativement rigides et stabilisantes
Que sont les caractéristiques de la boucle GNRA
Paire de base G-A, pont H entre G1H1 et R3 3’PO4 et entre G1 2’OH et R3 N7, empilement NRA, tournant entre G1 et N2 et C3’-endo pour G1 et A4 , c2’-endo pour A2 et A3
Que font les boucles GNRA
Ils ont un rôle dans la reconnaissance de l’ARN et des protéines
C’est quoi a séquence consensus de CUYG
G1C2U3Y4G5C6
Que sont les caractéristiques structurales de CUYG
Paire de base C2-G5 Watson-Crick, U3 est dans le sillon mineur et C2, U3, Y4 et G5 sont C2’-endo
Est ce que la boucle UNCG peut remplacer la boucle GNRA
Oui
Que sont les caractéristiques structurales de UNCG
paire de base U1-G4, pont H entre C3 NH2 et U1 PO4, C3 empilé sur U1 et C3’-endo pour U1 et G4, C2’-endo pour N2 et C3
Que sont les protubérances
Ce sont des boucles internes avec des nucléotides non appariés sur un des deux brins
C’est quoi une protubérance à un nucléotide
la base non appariées s’intercale dans l’hélice ou se retourne vers l’extérieur tout dépendant du type de base, du contexte et des facteurs interne
Que font les boucle internes symétriques à 2 nucléotides
Ils forment souvent des paires de bases non-canoniques. Ces bases déstabilisent les hélices d’ARN. Elles créent des distorsion dans l’hélice de type A qui deviennent des potentiels pour des ligands
Que font les boucle internes symétriques à 4 nucléotides
Ils forment des paires de base non-canoniques, ces paires non-canonique stabilisent ou déstabilisent les hélices d’ARN, puis parmi les plus stables on retrouve les empilements de purine inter-brins
C’est quoi la paires de base non-canonique la plu stable
5’-UG-3’/3’-GU-5’
C’est quoi l’empilement inter-brins
C’est un empilement qui se fait entre les brins opposés, donc A sur A et G sur G
Que font les boucles internes asymétriques
Ils forment des structures stables, flexibles ou on retrouve des paires de bases non-cnoniques
Que sont les caractéristiques structurales du Motif boucle E
Empilement entre 2 A, parie de base G-A, triplet de base G-U-A, G libre, squelette déformé
C’est quoi une jonction
Régions où les tiges des boucles hélices interconnectées se retrouvent
C’est quoi le rôle des jonctions
positionnement des domaines hélicaux et ils déterminent la conformation globale des molécules d’ARN
que fait l’empilement coaxial entre deux hélices
il stabilise les jonctions
Que cause la densité des groupes phosphate
le présence de sites de liaison des métaux divalents
Que sont les méthodes de prédiction de la structure secondaire
Calculs thermodynamiques, analyses comparative de séquences et base de connaissance
Qu’est ce que les études de dénaturation à la chaleur avec des oligoribonucléotides permettent
De mieux comprendre les énergies impliquées dans la formation des structures ce qui aident à leur prédiction
Que sont les 4 types d’énergie considérées lors de calculs thermodynamiques
énergie d’empilement, des boucles terminales, des boucles internes et des jonction et bases libres
Comment est calculée l’énergie totale
par la somme des énergies d’empilement
Qu’est ce qui est ajouté pour les hélices intermoléculaires
une énergie libre d’initiation de +4.10 cal/mol est ajouté
D’où provient les séquences de la collecte de données
de la sélection naturel ou de mutant produits in vitro
Qu’est ce qui est important pour l’analyse comparative de séquences
la quantité et la diversité des séquences, puis que toutes les séquences sont fonctionnelles
Qu’est ce ACS fournit
un modèle de la structure secondaire des ARN et un modèle pour la classification des espèces
Que sont les effets de l’arbre phylogénétique universel
soutient une charpente évolutionnaire et définit les archées
Que font les nucléases
Elles coupent le squelette ribose phosphate de l’ARN
C’est quoi l’avantages des nucléases
il permet de déterminer la structure secondaire dans des conditions semi-dénaturantes
C’est quoi l’inconvénient des nucléases
La grosse taille des nucléases entraîne un problème d’encombrement stérique chez les gros ARN repliés et ne permet donc pas la détermination de structures tertiaires
Que font les réactifs des bases
Ils permettent de distinguer les nucléotides appariés de ceux qui ne sont pas appariés
Que font les réactifs du squelette ribote phosphate
Ils permettent aussi de cartographier les surfaces d’interaction dans les complexes ARN-métaux, ARN-ligands, ARN-protéines.
C’est quoi un agent de pontage
composé chimiques réagissant avec 2 cibles rapprochées qui permet l’identification d’interactions tertiaires
Que sont les méthodes de détection de l’attaque de l’ARN par des composés chimiques
Détection du clivage de squelette ribose-phosphate d’un ARN marqué au P32 en 5’ ou 3’ et Détection d’une modification chimique qui ne cause pas le clivage du squelette
Que sont les méthodes biochimiques modernes
méthode shape et l’étude à l’échelle génomique in vitro et in vivo
