Polymorphismes, traits complexes et pharmacogénétique Flashcards
Qu’est-ce que la variabilité génétique?
tous les individus sont uniques dans leur apparence, leur réponse à l’environnement et leur susceptibilité à la maladie
- variabilité est en lien avec la variabilité génétique inter-individuelle
- variabilité génétique peut être néfaste, bénéfique ou neutre
Quel est le taux et le nombre de différences génétiques interindividuelles entre les humains?
génome = 3 milliards de pb
- 99,8% du génome est identiques entre 2 individus
- 0,2% = différences génétiques interindivuelles (éqivaut à 6 millions de variation chez un individu par rapport au génome de référence)
50% moins de variations chez les humains vs autres espèces malgré une population plus grande
Quel est le taux des SNP fréquents dans la population humaine et qu’est-ce que ca veut dire?
- quel le taux de variation dans une population vs entre 2 population?
- quelle populations possèdent le plus de variation?
les SNP fréquents qui forment les allèles mineurs se retrouvent dans plus de 5% de la population dans plusieurs continents
- reflète la migration et le flux génétique entre les populations = origine récente de l’espèce humaine, parce que plusieurs personnes possèdent les mêmes SNP
si on prend 100% de la variation chez les humain:
- 85-90% de cette variation est trouvé au sein d’une même population
- 10% supplémentaire = variation entre 2 populations
population africaine possède plus de variations parce que le flux migratoire a commencé en Afrique
Pourquoi y a t il des variatons présentes dans une seule population (2)?
- apparition récente de variation
- ex: hémochromatose dans population caucasienne p/r population asiatique - sélection naturelle dans un environnement spécifique
- ex: persistance de l’activité de la lactase dans les populations qui ont continué à boire de produits laitiers
Quels sont les 3 types de polymorphisme?
- CNV
- microstallites; 1 à chaque kb
- SNP; 1 à chaque 100pb
Y-a-til différents types de SNP?
Oui, dans différentes régions de l’ADN
- rSNP; dans le promoteur d’un gène
- cSNP; snp codant
- iSNP; snp dans intron
- gSNP; snp génomique; entre les gènes
SNP codant et non-codant
*non codant peut modifier expression génétique
Comment évolue la fréquence d’une variation selon l’effet bottleneck
- hypothèse de l’origine de l’espèce humaine; bottle neck fort
- migration des populations africaine vers les contient s
- partie de la population partie = pas tous les allèles qui ont suivi
- reproduction dans la nouvelle population transmet seulement les allèles qui ont suvi
- évènement entrainent insertion et retrait d’allèle selon l’environnement (reproduction entre individu) - bottleneck sérié; dans un même lieu géographique
- mort de certaines personnes en réponse à l’envrionnemnt
- reproduction entre ceux qui survivent = transmettent leur traits allylique
- plusieurs bottleneck = plusieurs migrations = diminution de la variabilité génétique - population croit très vite
- impact sur la fréquence des allèles qui augmentent parce que tout le monde se reproduit rapidement
Quel est le lien entre la résistance au VIH, l’environnement/emplacement et la variation allélique?
VIH nécessite les récepteurs CCR5 et CXCR4 pour avoir un effet:
- plus de 20 variations du gène CCR5
10% de la pop en Europe est hétérozygote de la délétion 32 du gène CCR5
- ralentit l’évolution de la maladie (effet protecteur des population contre le VIH)
1% pop européenne est homozygote pour la délétion 32 du gène CCR5
- résistent au VIH
variation développée en Europe du Nord suite aux épidémie de varioles et de peste; allèle muté transmise sur 700 ans
- porteur des 2 allèles = résistant au VIH
absence de la variaiton dans pop Asie et Afrique, car pas soumis aux mêmes épidémies; donc pas de mutations
- pas de résistance au VIH
Qu’est-ce qu’un haplotype?
groupe de SNP liés dans un même segment chromosomique
- segment transmis ensemble
Qu’est-ce qu’un génotype?
- combinaison d’allèles dans un ou plusieurs gènes
- allèle majeur = fréquent dans la pop (allèle sauvage)
- allèle mineur = rare dans la pop
3 combinaisons:
- hétérozygotes
- homozygotes allèle majeur
- homozygote allèle mineur
Qu’est-ce que le concept d’ancestry en lien avec l’histoire?
on utiliser la variation génétiques des allèles dans différentes populations pour retracer les différents évènements de l’histoire qui ont contribué à la diversité génétique dans une même population et entre 2 populations
Qu’est-ce que la généalogie génétique/ancestry et quels sont ses utilités?
si on analyse suffisamment de marqueurs, on peut retracer/inférée aproximativement l’ascendance d’une personne;
ex; 80% européen, 5% asiatiques, etc.
utilisation récréatives:
- fournit estimation des origines ethniques
- permet de déterminer relations avec individu et permettre un premier contact
- accéder aux données brute pour analyse par le client via des outils autres (GED match, genetic génie, promethease)
Quels sont les 2 éléments clés du spectre de variations génétiques?
variants rare; peu fréquents dans la population
- associé à des maladies monogéniques
variants fréquents dans la population (+ de 5%); SNP fréquente dans des allèle mineurs
- pas associé une maladie (ou cause une maladie commune)
- variants peut avoir une association à une maladie/traits complexes = combinaison de plusieurs facteurs
Quelles sont les différences entre une malade monogénique et un trait complexe?
- maladie monogénique:
- associé à un gène qui cause la maladie
- gène unique
- mode de transmission défini
- maladies rares - traits complexes:
- gène modifie le risque de la maladie, mais le cause pas complètement
- prises en compte de plusieurs gènes et des facteurs environnementaux (multifactoriel)
- pas de mode de transmission clairement identifiable
- maladies fréquentes dans la population (ex: diabète, cardiaque, etc.)
Donne des exemples de maladie monogénique vs traits complexes.
maladie monogénique:
- dystrophie musculaire de duchenne
- huntington
- fibrose kystique
- anémie falciforme
etc
traits complexes:
- diabète
- maladie cardiaque
- obésité
- asmthe
- taille
Comment est-il possible de faire une analyse génétique des trait complexes?
évaluer la fréquence de co-ségrégation (lien) entre le trait/maladie et les gènes, marqueurs et régions spécifique du génome
Quelles sont les 2 études d’associations et leur principe général/objectif?
- étude du gène candidat
- basé sur une hypothèse: association d’un gène au trait/maladie
- faible besoin de génotypage, car on cible 1 gène
- bcp de cible manquée, mais peu de faux positif - études d’association pangénomique
- pas d’hypothèse
- génotypage complet; $$$
- bcp de faux positif, mais peu de cibles manquées
- on fait une corrélation entre la présence de SNP à certains endroit le génome qui sont récurrent chez les personnes atteintes d’un trait/condition
Quel est le but des études d’association et quels sont les 3 groupes impliqués?
permet d’établir un lien entre les variations génétiques et la maladie fréquente
- groupe controle
- groupe cas
- groupe mélangé
- permet de voir si des variations surviennent aux mêmes endroit chez les groupes cas vs chez les groupes contrôles
Quels sont les prérequis de l’études d’association pangénomique (GWAS) et ce qu’ils permettent de faire?
Prérequis:
- identifer/caractériser un grand nombre SNP dans le génome
- avoir les outils pour tester la présence d’un grand nombre SNP simultanément chez un grand nombre de patients
Objectif:
- faire des associations entre la présence de SNP (marqueurs) et la maladie
