Génétique 4: cytogénétique Flashcards
Qu’est-ce que le caryotype et ses objectifs?
Classement des chromosomes selon un ordre établi par une entente internationale
permet de:
- analyser la structure des chromosomes
- comparer les chromosomes homologues
- 22 paires autosomes
- 1 paire gonosome XX ou XY
Quelles sont les étapes pour établir le caryotype d’un individu?
- compter le nbr nombre de chromosomes
- analyse des chromosmes basé sur:
- leur taille; classé du plus grand au plus petit (1-22) et la 23e paire = gonosome
- leur forme
- le marquage particulier de chacun
De quoi dépend la morphologie des chromosomes et quelles sont-elles?
morphologie dépend de la position du centromère:
- chaque paire de chromosome homologue a la même morphologie, mais la elle varie d’une paire à l’autre
3 types:
1. métacentrique: centromère au centre donc les deux bras sont de la même longueur
- submétacentrique: position du centromère entraine deux bras asymétriques
- acrocentriques: position du centromère à une extrémité faisant en sorte qu’un des bras est extrêmement petit
Quelle est l’anatomie du chromosome et comment nomme-t-on une région?
télomère: région aux extrémités
bras p = bras court
bras q = bras long
centromère: région divise les 2 bras
ex: région: 7p11.2
- chromosome 7, bras p, région 11.2
Comment se fait le marquage chromosomique?
marquage des bandes GTG ou bandes G (bandes sombres)
- même marquage dans une paire de chromosome; varie d’une paire à l’autre
- obtenu par traitement trypsine et coloration Giesma
- bandes +/- bien digérés par la tryspine = bandes foncées et bandes digérés = bandes claires
Quels sont les prérequis pour obtenir les chromosomes pour faire un caryotype?
Cellules doivent être en métaphase de la mitose, car c’est la phase où les chromosomes sont les plus condensés de la division cellulaire
se fait spontanément pour:
- fibroblastes de la peau
- amniocytes
- cellules tumorales
se fait par stimulation pour:
- lymphocytes T sanguins
- ils sont hors du cycle cellulaire donc besoin d’être stimulée par la PHA (phytohématoglutinine)
Comment obtient-on les chromosomes pour le caryotype?
Nécessite:
1. culture cellulaire
2. arrêt de la division cellulaire en métaphase par un inhibiteur du fuseau mitotique (Colcemid)
3. récolte des chromosome après un traitement hypotonique de la cellule (permet de libérer les chromosome de la membrane cytoplasmique)
Quelle est la formule chromosomique et l’information qu’elle contient?
Formule chromosomique = composition chromosomique d’une cellule donnée:
- nombre total de chromosomes
- gonosomes
- indication d’une anomalie s’il y en a une
ex:
- si pas d’anomalie: 46,XX ou 46,XY
- si anomalie: 47,XX,+13 (= trisomie 13 chez une fille)
Qu’est-ce que la constitution chromosomique?
composition chromosomique = composition en chromosome de l’ensemble des cellules d’un individu
- 10 cellules = suffisant pour la déterminer
- normale: 46,XX ou 46,XY
- anormale: 47,XX,+ 13 (trisomie 13), 45X (syndrome de turner), etc.
Quelle est la différence entre la constitution chromosomique homogène et non-homogène/mosaïque?
homogène:
- toutes les cellules proviennent de la même lignée cellulaire
- toutes les cellules sont normales ou elles sont toutes anormales
non-homogène/mosaïque:
- les cellules proviennent de deux lignées ou plus
- cellules normales et anormales
- provient d’un même zygote
- anomalie dans la ségrégation des chromosomes pendant la mitose
-ex: mosaïque 47,XX,+13/46,XX (certaines lignées sont trisomiques et d’autres sont normales)
Qu’est-ce qu’une anomalie chromosomique?
anomalie qui touche l’euchromatine des chromosomes, c’est-à-dire la partie des chromosomes où l’on retrouve des gènes
- anomalies visibles sur le chromosome au microscope et touchent plusieurs gène
- anomalie qui modification dans la quantité d’euchromatine dans le génome = un effet sur le phénotype
- anomalie touche l’hétéchromatine = variant chromosomique sans aucun effet sur le phénotype
Quels sont les 2 types d’anomalies chromosomiques?
- anomalie de nombre
- anomalie de structure
Quels sont les 2 types d’anomalie de nombre?
Polyploïdie: ajout d’un ou plusieurs compléments haploïdes, c’est-à-dire ajout de jeux complet de chromosomes
- triploïdie: 69XXY ou 69XXX (3n)
- tétraploïdie: 92 XXXX (4n)
- etc.
Aneuploidie: modification du nombre de chromosome dans une seule paire de chromosomes homologues (ajout ou perte)
- trisomie: ajout d’un chromosome (47,XY,+21)
- monosomie: perte d’un chromosome (45,X)
Quelles sont les 3 formes de triploïdies, laquelle est la plus fréquente et quels sont les symptomes?
Triploïdie:
- digyny: 69,XXX
- diandry: 69,XXY ou 69,XYY (+rare)
Diandrie:
2 causes
1. dispermie; 2 spermatozoïdes (cause la plus fréquente = 84%)
2. 1 spermatozoïde diploïde (avec 46 chromosomes)
- symptômes: retard de croissance, kystes du placenta, peu viable
Digynie:
1 cause
- 1 ovule diploïde (avec 46 chromosomes)
- symptômes: placenta hypotrophique, retard de croissance important, syndactylie 2-3 (fusion doigts 2-3)
Qu’est-ce qu’une aneuploïdie? Comment peuvent elles être causées? Quel type n’est pas viable et quel est un des facteurs de risques?
Aneuploidie: anomalie dans le nombre de chromosome d’une paire de chromosome homologue
Causée par des erreurs de répartition des chromosomes dans la division cellulaire
- si homogène = erreur pendant méiose
- si non-homogène/mosaique = non-dysjonction pendant la mitose
Monosomie d’un chromosome ne sont pas viables
- sauf si l’atteinte est sur le chromosome X
Facteur de risque: âge maternel avancé:
- plus de 35ans = plus a risque d’avoir des aneuploÏdie
Comment la mauvaise réparation des chromosomes se fait-elle en méiose?
- non-dysjonction pendant la méiose 1
- division réductionnelle
- paire de chromosomes homologues dédoublé
- non-dysjonction = paire de chromosome homologue dans la même gamète et l’autre gamète est vide
- plus fréquent - non dysjonction pendant méiose 2
- division équationnelle
- non-séparation des chromatides soeurs; la paire se sépare, mais les 2 chromatides demeurent dans la même gamète et l’autre gamète est vide
Quel est l’effet de l’âge maternel sur les trisomies et quels sont les non-dysjonctions associées à chacune des trisomies?
90% des trisomie sont d’origine maternelle, âge maternel avancé = plus d’erreur de répartition des chromosomes
non-dysjonction pendant méiose 1: trisomie 21, 13
non dysjonction pendant méiose 2: trisomie 18
- erreur pendant la méiose 1 est plus fréquente (effet de l’âge maternel cause des erreurs autant pour la méiose 1 que la méiose 2)
Pourquoi l’âge augmente les risques de trisomies?
ovocyte bloqué en phase dictyotène de la méiose 1 jusqu’à l’ovulation et parfois sans recombinaison avant de faire sa méiose 1 et 2
- absence de recombinaisons et les recombinaisons télémoriques diminuent les chances de ségrégation
- facteurs de risque à tout âge, même si pire pour âge maternel avancé
- recombinaisons pendant la méiose 1
- bivalent reste ensemble (non-dysjonction des bivalents) - recombinaison péricentromériques diminuent les chances de ségrégation
- facteurs de risques surtout pour la femme plus âgée
- pendant la méiose 2
- interfère avec la cohésion normale des chromatides soeur, augmente cohésion = plus de chance de non-dysjonction
en génétal: vieillissement du fuseau mitotique dans les ovules de la femme = mauvaise ségrégation des chromosomes pendant la méiose
Quels sont les aneuploidies les plus fréquentes et la constitution chromosomique des cellules?
- syndrome de turner: 45,X
- syndrome de klinefelter: 47,XXY
- triple X (47,XXX)
- 47,XYY
- trisomie 21 (47,XX,+21 ou 47,XY,+21)
- trisomie 13 (47,XX,+13 ou 47,XY,+13)
- trisomie 18 (47,XX,+18 ou 47,XY,+18)
Concernant le syndrome de turner, décris:
- formule chromosomique
- % conception
- % avortements spontanés et phénotypes associés
- cause
- prévalence
- phénotype (signe principaux et autres)
- 45,X
- 2% conception
- 90% avortement spontané, car phénotype sévère-
- phénotyope: hydropos = oedème généralisé de l’embryon/foetus
- cause: non-dysjonction dans la méiose des gamètes paternels
- prévalence: 1/2000 FILLES
phénotype:
1. féminin
2. Intelligence normale (peut avoir des difficulté spatio-temporelle et d’attention)
2. courte taille proportionnée
3. insuffisance ovarienne par dysgénésie gonadique: absence/non-complétion puberté, aménorrhée primaire, infertilité
4. autres:
- hydrops foetale (accumulation liquide dans foetus)
- oedème du dos des mains/pieds
- cou palmé par hygroma kystique (kystes autour tête embryon/foetus)
- oreille basse
- thorax large et mamelons éloignés
- anomalie cardiaques
- anomalies rénales
- cubitus valgus; déviation axe avant bras
Quelle est l’étiologie cytogénétique du syndrome de turner?
Formule chromosomique 45,X causée par:
- 55%: aneuploidie homogène
- 20% aneuploidie non-homogène/mosaique; 2 lignées cellulaires (une 46,XX ou 46,XY et l’autre 45,X)
- 25%: 2e chromosomes X avec anomalie de structure homogène ou mosaïque (ex: isochromosome Xq: deux bras long, délétion, etc)
Concernant le syndrome de Klinefelter, décris:
- formule chromosomique
- prévalence
- phénotype
- 47,XXY
- prévalence de 1/500 chez les GARCONS
phénotype:
1. masculin
2. intelligence normale avec difficultés d’apprentissage
3. grande taille
4. hypogonadisme (petits testicules)
- infertilité
- risque gynécomastie (hypertrophie du tissu glandulaire mammaire)
- caractères sexuels secondaires peu développés
Concernant le syndrome du triple X, décris:
- formule chromosomique
- prévalence
- phénotype
- 47, XXX
- prévalence: 1/1000 filles
phénotype:
- féminin
- intelligence normale avec difficultés d’apprentissage par rapport à la fratrie
- grande taille
- aucune dysmorphie ou malformation
- fertilité normale (parfois insuffisance ovarienne)
Concernant le syndrome XYY, décris:
- formule chromosomique
- prévalence
- phénotype
- 47, XYY
prévalence: 1/900 garcons
phénotype:
- masculin
- intelligence normale, mais légèrement réduite par rapport à la fraterie (difficulté d’apprentissage fréquentes et impulsivité possible)
- grande taille
- fertilité normale
Concernant la trisomie 21, décris:
- synonyme
- formule chromosomique
- prévalence
- cause
- phénotype
- syndrome de down
- 47,XX,+21 ou 47,XY,+21
- prévalence: 1/600 (augmente avec l’âge: 1/24 à 45ans)
cause:
- 95% non-dysjonction pendant la méiose maternelle (surtout méiose 1)
- 2,5% translocation robertsonnienne 14-21
- 2,5% mosaïcisme (erreur mitose)
phénotype:
- retard mentale léger à modéré
- bon comportement
- hypotonie: tonus musculaire diminué
- traits physiques:
1. protusion de la langue
2. occiput plat
3. visage rond
4. replis épicanthique (yeux)
5. fentes palpérables vers haut
6. clinodactylie; 5e doigt en crochet
7. plis palmaires transverses
- malformations cardiaques: 40% (canal auriculo-ventriculaire)
- 12% malformation gastro-intestinales (atrésie duodénale ou oesophage)
- environ 1% de risque de leucémie
Concernant la trisomie 13, décris:
- synonyme
- formule chromosomique
- prévalence
- phénotype
- survie
- syndrome de patau
- 47,XX,+13 ou 47,XY,+13
- prévalence 1/5000
phénotype:
- retard mental sévère
- malformation cérébrale sévère (holoproencéphalie)
- polydactilie
- fente labio-palatine
- malformations cardiaques, rénales, autres
survie:
- anomalie létale le plus souvent
- survie médiane de 7 jours
- 91% meurent la 1e année
- 5-10% vivent à long terme
Concernant la trisomie 18, décris:
- synonyme
- formule chromosomique
- prévalence
- phénotype
- survie
- syndrome d’edward
- 47,XX,+18 ou 47,XY,+18
- prévalence 1/6000-1/8000
phénotype:
- retard mental sévère
- retard de croissance
- main fermée: 2e sur 3e doigt et 5e sur 4e doigt
- pied en piolets
- malformation cardiaques rénales et digestives, fréquentes
survie:
- anomalie létale le plus souvent
- survie médiane 14,5 jours
- 5-10% survivent la première année
Qu’est-ce une anomalie de structure, la cause et les issues possibles?
- anomalie/modifications dans la forme des chromosomes
cause: souvent due à une cassure transversale
- une ou plusieurs sur un chromosome
- des cassures peuvent survenir sur différents chromosomes en même temps
issues:
- fragment de cassure peut se perdre
- points de cassures ont tendance à se recoller entre eux, soit au même endroit et de la même manière qu’avant la cassure ou à un endroit différent ou de manière différente
- si le fragment non-recollé possède un centromère, il persiste dans la cellule et va se transmettre à la cellule fille
Quelles sont les différentes mutations chromosomiques causées par des cassures?
une cassure:
- délétion terminale
deux cassures:
- délétion interstitielle
- inversion paracentrique
- inversion péricentrique
- translocation réciproque
- translocation robertsonienne
Qu’est-ce que la délétion terminale? Donne un exemple.
- une seule cassure sur un chromosome
- perte du fragment qui ne contient pas de centromère
- perte de matériel génétique
- cellules filles conservent le chromosome cassé (le fragment avec le centromère)
ex: syndrome du Cri-du-Chat
- délétion terminale du bras court du chromosome 5
- entraine miaulement à la naissance
- retard mental et de croissance
Qu’est-ce que la délétion intestitielle?
- deux cassures dans un même chromosmes
- fragment coupé entre les 2 cassures (fragment acentrique) qui ne contient pas de centromère est perdu
- deux sites de cassures se recollent/fusionnent ensemble
- perte de matériel génétique
Qu’est-ce que l’inversion paracentrique?
- deux cassures sur le même bras dans le chromosome (soit dans le bras court p ou le bras long q)
- il n’y a pas de perte de matériel (même si segment contient pas de centromère)
- fragment coupé se recolle à l’envers sur le bras
Qu’est-ce qu’une inversion péricentrique?
- deux cassures sur deux bras différents dans une même chromosomes (1 cassure de part et d’autre du centromère)
- fragments coupé se retourne et se recolle à l’envers sur le bras inverse
- change la position du centromère (, car les extrémité d’une part et d’autre change de longueur)
Qu’est-ce que le principe de la translocations et quels sont les 2 types possibles?
- deux cassures sur 2 chromosomes différents (une cassure sur chaque chromosome)
- fragment se recolle sur le mauvais chromosome cassé = échange de matériel chromosomique
2 types:
1. translocation réciproque
2. translocation robertsonienne
- peuvent être équilibrées ou déséquilibrés
Qu’est-ce que le principe la translocation réciproque équilibrée et les risques de non-équilibre associés?
translocation réciproque équilibrée:
- cassure sur le bras long des 2 chromosomes non-homologues
- échange de fragments = formation de nouveaux chromosomes transloqués noté der(11;22)
- affecte par le nombre de chromosome
- aucune perte de matériel chromosomique
- aucun effet sur le phénotype
risque de ségrégation non-équilibré lors de la méiose = risque de:
- phénotype anormal chez les descendants
- infertilité
- fausse couche
Quelles sont les possibilités de gamètes chez le porteur d’une translocation réciproque équilibrée et comment peut-il transmet une translocation réciproque non-équilibrée (et les conséquences)?
les gamètes du porteur peuvent avoir:
1. 2 chromosomes transloqués (mais équilibrés)
2. 2 chromosomes normaux
3. 1 chromosome transloqué et l’autre normal = translocation/ségrégation non-équilibré
translocation réciproque non-équilibrée provoqué par la transmission d’un chromosome transloqués et d’un autre normal
- manque de matériel génétique
- entraine une monosomie et une trisomie partielles combinées (trop de matériel d’un chromosome et manque de matériel de l’autre) = phénotype anormal si viable
Comment se nomme les issues de la méiose pour un porteur d’une translocation réciproque équilibrée?
ségrégation alterne = phénotype normal
- 2 chromosomes transloqués: porteur
- 2 chromosmes normaux: non-porteur
ségrégation adjacente = phénotype anormal
- 1 chromosome normal et un transloquée
Qu’est-ce que la translocation roberstonienne équilibrée et les risques de non-équilbrée associés?
équilibré:
cassure au niveau des centromères de deux chromosomes acrocentriques (chromosome avec un bras extrêmement court au-dessus du centromère); ex: chromosome 13,14,15,21,22
- recollement des 2 bras longs des différents chromosomes acocentriques qui contiennent le centromère entre eux = fusion centrique des 2 chromosomes (fusion centromère)
- fait varier le nombre de chromosome (45 chromosomes)
- petite perte de matériel chromosomique (bras très courts des chromosomes) qui sont formés d’hétérochromatine = aucun effet sur phénotype
risque de ségrégation/translocation déséquilibré pendant la méiose = augmente le risque de:
- phénotype anormal chez les descendants
- fausse couche
- infertilité
Quels sont les possibilités de gamètes d’un porteur d’une translocation roberstonienne équilibrée?
ségrégation alterne (phénotype normale):
- 2 chromosomes normaux
- un chromosome transloqué
ségrégation adjacente (phénotype anormale):
- un chromosome transloqué et un ou l’autre du chromosome normal (trisomie)
- un chromosome normal (monosomie)
*le chromosome transloqué = informations de 2 chromosomes différents
Concernant la translocation roberstonienne non-équilibré qui cause la trisomie 21, décris:
- formule/chromosome en jeu
- % des trisomie en cause
- risque de récidive pour parent si aneuploidie vs translocation
- risque de récurrence femme vs homme s’ils sont porteurs
- importance de savoir le caryotype chez les parents
- translocation roberstonienne entre les chromosomes 14 et 21
- le parent transmet une gamètre contenant le chromosome transloqué 14-21 et le chromosome normal 21 = trisomie 21 (46, XX, +21 ou 46, XX, +21)
- 2,5% des trisomie 21 causé par translocation roberstonienne
récidive pour parent:
- 1% si aneuploidie ou forme libre
- moins de 1% si translocation roberstionnienne non-équilibrée de novo (selon le statut de porteur du parent)
risque de récurrence de trisomie 21 pour le parent porteur:
- 15% pour la femme
- 1% pour l’homme
- caryotype du parent important si enfant à une trisomie par translocation pour déterminé translocation est à quel % dans gamète (de novo ou partout)
Quels sont les autres anomalies de structures chromosomiques?
- duplication d’un segment
- insertion
- isochromosome; 2 bras identiques
- chromosome en anneau
- chromosome dicentrique; 2 centromères
- etc.
Que permet la cytogénétique moléculaire? Donne 2 techniques.
permet d’analyser et d’étudier le génome humain de facon plus fine que la caryotype standard
2 techniques:
- hybridation in situ fluorescence (FISH)
- hybridation génomique comparative sur micropuce
Qu’est-ce que la méthode FISH et sur quel chromosome est-elle utilisée?
appariement de:
1. une séquence d’ADN connues d’acide nucléiques (la sonde) qui est marquée en fluorescence
2. une séquence d’ADN complémentaire à étudier (celle du patient)
se fait sur chromosomes:
- en métaphase
- dans des noyaux interphasiques de cellules fixées, de frottis, d’empreinte ou sur section de tissu
Quels sont les principes de base de l’hybridation et qu’elle est la condition spécifique de l’hybrydation FISH?
- se base sur la structure de l’ADN:
- molécules d’ADN est une double hélice replié et condensé formé de 2 brins complémentaire
- chaque brin est formé d’un polymère de désoxyribose lié à une base azotée (purine ou pyrimidine)
- brin s’apparient entre eux par les liaison hydrogène entre bases azotées AT/GC - hybridation est le processus de dénaturation et de renaturation de l’ADN
- dénaturation: séparation des 2 brin complémentaire par rupture des liaisons hydrogène entre les bases azotées = formation adn simple brin
- renaturation: appariement des brins complémentaire d’ADN par formation des lien h entre bases
dans FISH:
ADN simple brin d’une séquence connue (la sonde) s’apparie à une séquence ADN complémentaire qu’on veut étudier
- condition spécifiques d’hybridation
Quelles sont les étapes de la méthode FISH?
- dénaturation de la sonde et de l’ADN génomique
- hybridation des 2 ADN simple brin et renaturation
- visualisation au microscope en fluorescence
Quelles sont les résolutions de la sonde FISH vs caryotype et qu’est-ce que la sonde FISH apporte de plus?
caryotype standard: 10mb
caryotype haute résolution: 2-5mb
FISH: 100-150 kb
- sonde FISH permet la détection d’anomalies fines inframicroscopiques qui sont non visible avec le caryotype
Quels sont les 3 types de sonde FISH?
- peinture chromosomique: sonde représente un chromosome complet
- sondes à séquences répétitives
- sondes centromériques
- sondes télomériqiues
*télomère et centromère sont formée de régions répétées - sondes à séquence unique: séquence d’une région spécifique (ADN non répétitif)
Qu’est-ce qu’une sonde à séquence unique et à quoi sert elle?
- sonde qui représente une séquence spécifique du génome composé d’ADN non répétitif
- permet de diagnostiquer des syndromes de micro-délétions ou de micro-duplication
Quelles sont les 3 applications cliniques de la sonde FISH? Explique.
- détection d’anomalie vue en cytogénétique classique qui n’a pas pu être identifiée précisément en raison de sa complexité
- caryotype normale
- données cliniques permettent de choisir le type de sonde - détection de micro-remaniement récurrents invisible au carotype
- micro-délétion et micro-duplication chromosomique récurrente ou remaniements cryptiques de d’autres régions
- données cliniques permettent de choisir le type de sonde - diagnostique rapide en phase interphasique
Donne deux exemples de microdélétions classiques.
- syndrome de velo-cardio-facial (= syndrome de di george)
- syndrome de williams
Concernant le syndrome de di George, décris:
- prévalence
- cause
- phénotype
- prévalence: 1/4000
- cause: délétion intersitielle
phénotype:
- dysmorphie
- cardiopathie conotroncale (ex: tétralogie de fallot, transposition gros vaisseaux, persistance tronc commun)
- anomalie du palais (ex: fente palatine ouverte)
- retard de croissance et retard psychomoteur (déficience intellectuelle; difficulté apprentissage)
- hypoparathyroidie
- hypoplasie du thymus (déficit immunitaire possible)
Quel est le pourcentage de la délétion dans le syndrome de di george qui survenu de novo et quel est risque de transmission pour un individu atteint?
93% survient de novo
50% risque de transmission
Quel est le mécanisme des microdélétions récurrentes?
provoquée par des séquences répétées similaires à l’extérieur de la région fréquemment délétée
pendant la recombinaison de la méiose, il y aura une recombinaison entre 2 région non-allélique (pensant qu’elle est au même endroit/ sur la même allèle)
- provoque une délétion sur un chromosome et une duplication de la séquences répétés sur l’autre (une gamète ce retrouve avec une micro-délétion et l’autre avec une micro-duplication)
Concernant le syndrome de williams, décris:
- prévalence
- cause
- phénotype
- origine et risque de transmission
- prévalence: 1/7500
- cause: délétion interstitielle
phénotype:
- défience intellectuelle
- retard de croissance
- lèvre proéminentes
- iris étoilée
- sténose aortique ou pulmonaire
origine: habituellement de novo
- 50% de risque de transmission pour les atteints
Quels sont les réciproques des syndromes de micordélétions de di George et de williams et leur phénotypes?
syndrome de microduplications (dup) = réciproques des syndrômes de microdélétions
au même endroit, mais sur l’autre chromosome
- dup(22)(q11.2q11.2): réciproque de di George
- dup(7)(q11.23q11.23): réciproque de williams
phénotypes :
- moins distinctifs et moins typés
- moins sévère
- plus difficile à suspecter en clinique a priori
Quelle est la particularité de l’utilisation de FISH en interphase à quel moment est-ce utile?
Analyse la formule chromosomique de la cellule en interphase sans culture cellulaire
permet de détecter anomalie de nombre ou de structure pour:
- cellules avec faible taux mitotiques (cellules néoplasique)
- diagnostic rapide (ex: prénatal, oncologie)
- diagnostique de mosaïcisme/clone faible pour aneuploidie ou anomalie clonale précises
*le choix de sonde repose sur les données cliniques
Quels sont les types de sondes utilises pour FISH interphasique et quels sont les 2 avantages?
toutes les sondes sauf peinture chromosomique et les sondes télomériques (donc on utilise: sonde centromérique et à séquence unique)
avantages
1. interphase = pas besoin de cellule en division cellulaire = pas besoin de culture cellulaire = échantillon traité immédiatement
- permet d’analyser un grand nombre de cellule = analyse rapide
Comment FISH est-il utilisé pour détecter une translocation 9;22 impliquant une fusion des gènes BCR et ABL? Quels sont les conséquences de cette translocation?
- sonde FISH interphasique utilisé sur les noyaux interphasiques
- une sonde pour le gène BCR et l’autre pour le gène ABL
- si présence d’une couleur mélangé des deux sondes = présence de translocation (chromosomes contient les deux gènes)
- utilité pour diagnostique et pronostique de leucémie myéloide chronique et aigue lymphoblastique
Concernant l’hybridation génomique sur micropuce, décris:
- objectif
- principe de base
- préparation
but: comparer l’ADN d’un patient à un ADN contrôle
principe:
- hybridation des deux ADN marqués par une fluorescence différentes sur un support d’ADN (micropuce)
- hybrydation par dénaturation/renaturation
- logiciel va évaluer l’intensité de la fluorescence des 2 ADN hybridés (ou non) sur la micropuce
préparation:
- préparation chromosomique de contrôle
- préparation d’une micropuce avec les fragments d’ADN à étudier
À quoi sert la micropuce dans hybridation génomique sur micropuce?
plusieurs séquences d’ADN fractionnées qui représentent l’entièreté du génome qui permet à l’ADN simple brin contrôle et du patient se s’hybrider si la séquence est complémentaire avec celle sur la micropuce
- micropuce représente tout le génome alors utile quand on ne sait pas sur quelle région du génome l’anomalie se situe
permet de comparer ADN patient et contrôle sur la micropuce:
- surplus de séquences du patient par rapport à l’ADN de référence à un endroit = microduplication pour le patient
- perte de séquences du patient par rapport à l’ADn de référence à un endroit = microdélétion pour le patient
Quelles sont les étapes de l’hybridation génomique sur micropuce?
- préparation des 2 échantillons d’ADN (patient et controle) chacun marqué par une fluorescence de couleur différente
- ADN contrôle et du patient sont déposés sur la micropuce pour s’hybrider aux séquences fractionnées de la micropuce si elles sont complémentaires
- logiciele mesure le degré d’intensité des différentes fluorescence pour créer un patron sur graphique
- analyse tiré:
- couleur jaune (mélange des 2 fluorescence) = ADN patient et ADN contrôle ont hybridé sur la micropuce
- couleur patient proéminente = microduplication, car ADN du patient s’hybride plus sur la micropuce que ADN contrôle
- couleur contrôle domine = microdélétion du patient, car ADN du patient s’hybride moins sur la micropuce que ADN contrôle
Quels sont les 2 types de micropuces?
- BACs
- sondes avec des séquences d’ADN de même longueur que la sonde FISH
- résolution de l’analyse moins grande - Oligonucléotides
- séquences d’ADN d’environs 60pb
- meilleure résolution que BACs = résultat plus fiable et rapide
- avec ou sans marqueurs de SNPs (single nucleotide polymorphismes)
- SNPs = segments d’ADN où 2 chromosomes diffèrent seulement par un nucléotide; permet de détecter les allèles différentes (homo/hétérozygote)
Quel est le lien entre l’analyse sur micropuce et les CNV?
CNV: copy number variation
- déséquilibre chromosomique de plus de 1kb présent dans 5-13% du génome (perte ou surplus de matériel génétique)
- généralement sans effet phénotypiques; non pathogénique (région qui ne touche pas des gènes)
micropuce permet de détecter les CNV pathogéniques pour expliquer le phénotype du patient
- la micropuce contient des régions chromosomiques codant pour des gènes (détectent anomalie sur gène = pathogéniques)
Quels sont les 4 avantages de la micropuce?
- analyse plus raffiné parce que résolution de qlq dizaines de kb; plus de diagnostic (25% patient)
- plus sensible à détecter micro-duplication que FISH
- allie précision de FISH tout en pouvant analysant le génome complet
- pas besoin de cibler une séquence d’ADN
- FISH: cible séquence qu’on suspecte anormal chez patient (doit avoir des indices cliniques qui nous permet de cibler certaines régions du génome à analyser) - pas besoin de division cellulaire; pas de culture (extraction d’ADN)
- analyse les cellules en interphase, car on regarde directement l’ADN et non les chromosomes dans leur entièreté
Pour quelles investigations l’utilisation de l’analyse sur micropuce est-elle conseillée?
- retard intellectuelle et retard de développement
- trouble spectre de l’autisme
- anomalie congénitales, dysmorphies
Quels sont 5 les désavantages/limites de la méthode sur micropuce?
- permet pas de détecter remaniement équilibrés; translocation, inversion
- permet pas de “voir” l’organisation cytogénétique du remaniement (comme dans le caryotype)
- limité pour détection des mosaïques (20% et + = détectables)
- polymorphismes sans conséquences/phénotypes détecté ou parfois jamais vu sont trouvés
- phénotypes pas clair - risque de détecter d’autres anomalie pathogéniques non reliée
Quels sont les critères pour détecter une pathogénécité en lien avec une microdélétion ou duplication?
- taille du remaniement
- survenu de novo
- 1% des contrôles
- parents avec mutation, mais expressivité faible ou non pénétrance - gène impliquée dans remaniement et effets du gène sur phénotype
- effet du remaniement semblable décris dans littérautre
- remaniement est dans une région de polymorphisme connue
Quelles sont les recommandations pour une analyse de micropuce?
utilisé pour
- déficience (retard mental ou de développement)s
- autisme
- malformations
- confirmer le remaniement avec fish, caryotype ou autre mtéhode
- conseil génétique pré-test ou post-test
pas besoin pour:
- remaniement équilibrés; pas détectables
- phénotype clair de syndrome/maladie
Quelles sont les indications pour faire un caryotype?
- recherche remaniements chromosomiques équilibrés chez:
- parents avec fausses couches/avortement spontanés répétés
- infertilité
- histoire familiale d’un tel remaniement - recherche de mosaïcisme chromosomique
- phénotype clair
