Parcial 1.2 🧬

Question 1

no tiene la quality score, no te da la calidad de las secuencias.

Answer 1

FASTA

Question 2

fragmento de ADN o ARN que se ha amplificado mediante técnicas como la PCR

Answer 2

Amplicon

Question 3

Secuencias iguales/idénticas de amplicones. Cada uno representa una una comunidad /especie/ genero.

Answer 3

OTTUS

Question 4

“M”

Answer 4

indica ambigüedad en la secuencia

Question 5

Forma de organizar las secuencias de DNA , RNA o proteínas. Con el Objetivo de identificar regiones similares entre ellas. Debido a relaciones evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas.

Answer 5

Alineamiento de secuencias

Question 6

Tipos de Alineamiento de secuencias

Answer 6

Local y global

Question 7

su objetivo es encontrar la región donde hay mayor similitud de secuencias

Answer 7

Alineamiento Local
contrasta una secuencia (no hay gaps, hay homología parcial)

Question 8

Alineamiento que pregunta si evolutivamente se parecen, ajusta la secuencia para que sean de la misma longitud.

Answer 8

Alineamiento Global
detecta gaps*ejemplo deleciones

Question 9

método más simple para identificar similitudes entre dos secuencias.Ideal para características que aparecen en != ordenes.

Answer 9

DOT PLOT
Diagrama de puntos es una representación gráfica de la similitud por pares.

Question 10

Alineación de dos secuencias de ADN, RNA o proteínas

Answer 10

Alineación en pares

Question 11

Alineación de tres secuencias (>2)

Answer 11

Alineación de secuencias múltiples
(generalmente es global)

Question 12

Si tengo este diagrama que muestra regiones hipervariables como resultado evolutivo, podemos interpretar una..

Answer 12

Divergencia
(solo un segmento es homólogo)

Question 13

Si tengo este diagrama que se muestra desfasado podemos interpretar una..

Answer 13

inserción o deleción

Question 14

Si tengo este diagrama en el que se interpretan repeticiones podemos asumir que hay..

Answer 14

Elementos repetidos del genoma
(Transposones, Secuencias tandem, Satelital)

Question 15

Para la optimización del alineamiento global se utiliza el algoritmo

Answer 15

Needleman-Wunch

Question 16

Para la optimización del alineamiento Local se utiliza el algoritmo..

Answer 16

Smith and Waterman

Question 17

Condiciones de Needleman-Wunch

Answer 17

Match
Mismatch
Gap

Question 18

Busca las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias, el alineamiento puede iniciar en cualquier punto.

Answer 18

Smith y Waterman (Local)

Question 19

La herramienta de búsqueda de alineación local básica, es la herramienta más utilizada para búsqueda de secuencias en bases de datos.

Answer 19

BLAST

Question 20

Una secuencia de nucleótidos es contrastada contra otra secuencia de nucleótidos de referencia.

Answer 20

BLASTN

Question 21

Una secuencia proteínica es contrastada contra otra secuencia proteínica de referencia

Answer 21

BLASTP

Question 22

Todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos se contrasta con una proteínica de referencia.

Answer 22

BLASTX

Question 23

Secuencia proteínica es contrastada contra todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos de referencia

Answer 23

TBLASTN

Question 24

Las traducciones de seis marcos de lectura de la secuencia de nucleótidos se busca contra seis marcos traducciones de una base de datos de secuencias de nucleótidos

Answer 24

TBLASTX

Question 25

¿Que tipo de alineamiento debo de usar si busco alinear secuencias estrechamente relacionadas?

Answer 25

MEGABLAST

Question 26

¿Que tipo de alineamiento debo utlizar si estoy buscando miembros de una familia de proteínas?

Answer 26

PSI-BLAST
*homólogos remotos

Question 27

¿Que tipo de alineamiento debo de utilizar para encontrar secuencias de *proteínas con un patrón especifico en la base de datos del NIH?

Answer 27

PHI BLAST

Question 28

cual de estas es para alineación Global:

BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOS Water.

Answer 28

EMBOSS Needle

Question 29

*Alineamiento de alta calidad,análisis de residuos por residuos

Answer 29

Características de Alineamiento Local

Question 30

*A Comparación secuencias sobre longitud total, lineamiento de grandes indels.

Answer 30

Características de Alineamiento Global