Parcial 1.2 🧬 Flashcards
alineamiento
no tiene la quality score, no te da la calidad de las secuencias.
FASTA
fragmento de ADN o ARN que se ha amplificado mediante técnicas como la PCR
Amplicon
Secuencias iguales/idénticas de amplicones. Cada uno representa una una comunidad /especie/ genero.
OTTUS
“M”
indica ambigüedad en la secuencia
Forma de organizar las secuencias de DNA , RNA o proteínas. Con el Objetivo de identificar regiones similares entre ellas. Debido a relaciones evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas.
Alineamiento de secuencias
Tipos de Alineamiento de secuencias
Local y global
su objetivo es encontrar la región donde hay mayor similitud de secuencias
Alineamiento Local
contrasta una secuencia (no hay gaps, hay homología parcial)
Alineamiento que pregunta si evolutivamente se parecen, ajusta la secuencia para que sean de la misma longitud.
Alineamiento Global
detecta gaps*ejemplo deleciones
método más simple para identificar similitudes entre dos secuencias.Ideal para características que aparecen en != ordenes.
DOT PLOT
Diagrama de puntos es una representación gráfica de la similitud por pares.
Alineación de dos secuencias de ADN, RNA o proteínas
Alineación en pares
Alineación de tres secuencias (>2)
Alineación de secuencias múltiples
(generalmente es global)
Si tengo este diagrama que muestra regiones hipervariables como resultado evolutivo, podemos interpretar una..
Divergencia
(solo un segmento es homólogo)
Si tengo este diagrama que se muestra desfasado podemos interpretar una..
inserción o deleción
Si tengo este diagrama en el que se interpretan repeticiones podemos asumir que hay..
Elementos repetidos del genoma
(Transposones, Secuencias tandem, Satelital)
Para la optimización del alineamiento global se utiliza el algoritmo
Needleman-Wunch
Para la optimización del alineamiento Local se utiliza el algoritmo..
Smith and Waterman
Condiciones de Needleman-Wunch
Match
Mismatch
Gap
Busca las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias, el alineamiento puede iniciar en cualquier punto.
Smith y Waterman (Local)
La herramienta de búsqueda de alineación local básica, es la herramienta más utilizada para búsqueda de secuencias en bases de datos.
BLAST
Una secuencia de nucleótidos es contrastada contra otra secuencia de nucleótidos de referencia.
BLASTN
Una secuencia proteínica es contrastada contra otra secuencia proteínica de referencia
BLASTP
Todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos se contrasta con una proteínica de referencia.
BLASTX
Secuencia proteínica es contrastada contra todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos de referencia
TBLASTN
Las traducciones de seis marcos de lectura de la secuencia de nucleótidos se busca contra seis marcos traducciones de una base de datos de secuencias de nucleótidos
TBLASTX
¿Que tipo de alineamiento debo de usar si busco alinear secuencias estrechamente relacionadas?
MEGABLAST
¿Que tipo de alineamiento debo utlizar si estoy buscando miembros de una familia de proteínas?
PSI-BLAST
*homólogos remotos
¿Que tipo de alineamiento debo de utilizar para encontrar secuencias de *proteínas con un patrón especifico en la base de datos del NIH?
PHI BLAST
cual de estas es para alineación Global:
BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOS Water.
EMBOSS Needle
*Alineamiento de alta calidad,análisis de residuos por residuos
Características de Alineamiento Local
*A Comparación secuencias sobre longitud total, lineamiento de grandes indels.
Características de Alineamiento Global
