ENCODE + C. Proteínas 🧪 Flashcards
Pretende identificar regiones codificantes de proteínas, genes no codificantes, elemntos reguladores de la trancripción & secuencias que median la estructura dinamica cromosomica.
ENCODE
Fases del Proyecto Encode
1 piloto - desarrollo tecnologico & computacional. Elección regiones de DNA que transcribian RNA.
- Catálogo inicial de elementos funcionales. Se centró en la identificación de** regiones codificantes y no codificantes.
** - FACTORBOOK: catalogo de** sitios de unión de factores de transcripción** y características epigenéticas.
- Registro online con más de 1.200.000 candidatos a elementos funcionales.
Metodología utilizada ENCODE
Chip and chip
Inmunoprecipitación, se diseñaron anticuerpos que se pegaban ahistonas/cromatina.
Técnica que permite identificar los sitios de unión de las proteínas que se unen al DNA. Como FT, Hstonas, reguladores de cromatina.
Hibridación ChiP-chip
DNA → RNA
Transcripción
* Caja tata (FT) le indica a la polimerasa sitio de inicio.
* Activación transcripción
* Polimerasa comienza a transcribir RNA de 5’-3’
Secuencias Reguladoras
que influyen en la tasa de transcripción
TATA
caja GC
islas CpG
caja CAAT
Secuencia de TA repetidas 25-35 pb rio arriba
Caja TATA
Elemento regulador con secuencia GGGCGG, presente en genes consitutivos.
Caja GC
Indican el inicio de la transcripción, secuencias ricas en CG
Islas CpG
Localización en la posición -80
Puede orientarse en cualquier dirección (5’-3’)(3’-5’)
CAAT
Eliminación de los intrones (regiones no codificantes) & Union de exones (codificantes)
Splicing
Mecanismo de producción de diferentes isoformas de proteinas transcritas por un solo gen.
Splicing alternativo
Estrutura del transcrito primario
mRNA
UTR
5´Cap
Intrones, exones
Cola de poli A (AAAA)
mRNA se asocia a proteínas hnRNP, forma complejo mRNP, que atraviesa los porors nucleares.
Transporte de mRNA por citoplasma
se transcribe en el nucleolo y forma parte esencial de las subunidades ribosomales.
rRNA
(ribosomal)
80% más abundante
