Conceptos & Secuenciación 🧪 Flashcards
estudia a los genes , conjunto de secuencias de adn que se traducen en rasgos
genética
estudia la función y composición de los genes, individuales. Estudia los genes codificantes.
genética
fenotipo biológico del envejecimiento
telómeros
(secuencias de adn en los extremos del cromosoma).
estudia el conjunto de adn o ARN que contiene un organismo. epistasis, interacción entre genes entre sí.
Genómica
rasgo que aparece en el 100% de la primera generación. blanca y morada.
dominante
rasgo que aparece en la segunda generación. rasgo que aparece en menor proporción.
Recesivos
postulado de mendel
se cruzan dos líneas puras (homocigotos), con alelos diferentes., toda la descendencia de la generación F1 es idéntica y heterocigota.
Ley de la uniformidad
cada persona posee dos copias de dos genes para una determinada característica, solo uno de los cuales se transmite a la nueva generación.
se decide al azar.
* Durante la fecundación,
Ley de la segregación
los alelos de diferentes genes se heredan independientemente unos de otros. la herencia de un rasgo no afecta la herencia de otro rasgo.
Ley Transmisión Independiente
evolución
selección natural
la habilidad de un organismo para sobrevvvir y reproducirse
match entre : soy resistente al frio & estoy en islandia.
aptitud
gen que hace que una gran parte de la población tenga una predisposición.
deriva
rasgo que mejora la habilidad de en organismo para sobrevivir ey reproducirse en un medio ambienete
adaptacioin
muy presisa para secuencias largas(>900) como plásmidos o amplicones. (productos de PCR punto final). Se utilizo para secuenciar el genoma humano. Es altamente precisa. Pero bastante costosa.
1st Gen sequencing - Sanger
amplifican una región de un genoma. Gen de resistencia a una betalactamino. p<roducto de PCR.
los amplicones
Utiliza
desoxirribonucleótidos - dNTPs
Dideoxinucleotidos - ddNTP´s
Master mix - polimeraza
Sanger
Se le hace una electroforecis capilar.* cada nucleotido imite una flourescencia, y lo registra en forma de un electroferograma.***
Sanger
2nd Gen sequencing
Secuenciación por síntesis.
Ilumina & ION TORRENT
detecta incorporación de nucleótidos marcados con flourescencia. Afectamos el grupo funcional hidroxilo, en posición 3´.
ilumina
ato rendimiento, bajo costo, por base, ideal para estudios de re-secuenciación y análisis de variantes. Las desventajas: longitud de lectura limitada (150-300 pares de pases.) traves de un electroferograma obtenemos los datos de secuenciación.
ilumina
Tiene unas perlas que tienen adaptadores pegados, llega el adn a los adaptadores, y en una solución se realiza la síntesis de la snuevs moléculas de DNA.
detección de nucleótidos por iones
ion torrent
Cuando se incorporan los nucleótidos se van al liberar hidorgenos del extremo 3 prima para formar el enlace entre nucleótidos. Cambia el PH (potencial de hidrógeno).
ion torrent
tipos de secunciación de molécula única.
PAC BIO-Secuenciación en Tiempo real Molécula única (SMRT)
Oxford - Nanopore
3rth Gene sequencing
se forman unos pliegues de DNA “Repair ends”, como unas Orquilas. La polimerasa detecta las Orquillas, y comienza a sintetizar ahí.
secuecniación 3 gen.
Secuenciación en Tiempo real Molécula única (SMRT)
PAC BIO
gen ortologo, gen más utilizado para estudios filogenia y taxonomía (bacteriana). tiene 9 regiones hipervariables..a partir de ellos s eproducen amplicones.
gen s 16 ribosomal RNA
V3 & V4
Regiones Hipervariables (son 9 en el gen 16 s),
SOn más precisas, para secuencias secuencias largas. en lugar de 200 -300 pares de bases, se pueden secuenciar desde 2000 a 50000 pares de bases.
3 gen s
unidades operacionales taxonómicas- Secuencias iguales/idénticas de amplicones. cada … representa una una comunidad /especie/ genero de bacterias. como strep, staph, ectc.
OTTU
no tiene la quality score
Fasta
escala FRED
una calidad mayor o igual a 30 es aceptable
el algoritmo quiere encontrar la región en donde hay mayor similitud de secuencias.
LOCAL
pregunta si evolutivamente s eparecen, , lo ajusta para que sean de la misma longitud. detecta gaps- en este ejemplo deleciones.
GLOBAL
Método de secuenciación que no utiliza gel de acrilamida, se utiliza para fragmentos de 200-400 pb. Se basa en agregar un nucleótido a la cadena de DNA & se libera pirofosfato (Pp1). Los ssNTPs no usados se degradan por la aspirasa.
Pirosecuenciacion
Se realiza en presencia de pirofosfato, el DNA se alisa, fragmenta, liga a adaptadores & queda una hebra secillla unida a microesferas.
Cuandos e incorpora un nucleótido, se toma una imagen para registrar el color y se elimina el gpo bloque & tinte para agregar otro.
la secuenciación va en ciclos de incorporación, imágenes y escisión.
Illumina: “SOLEXA”
Amplificación “en puente” o cluster PCR
Método de secuenciación en 1977
Por Sanger
Basado en poner ddNTPs
Explica Sanger según Marisela
ADN polimerasa amplifica cadena sencilla, fragmentos de 50-300 nucleótidos. Proceden a ser separados por tamaño ddNTPS (electroforesis)
permite secuenciar de manera masiva y paralela diferentes fragmentos de DNA
Segun Marisela
Next generation sequencing (NGS)
Hibridación (ilumina & pirosecuenciación SOLID Roche)
SMRT (secuencia de una sola molécula en tiempo real)
2 Caracteristicas de NGS
cobertura (nro. lecturas)
profundidad (secuecniaciones)
