Ny metodik: SNP-microarrays & NGS Flashcards
Vad går SNP-microarrays ut på och hur mycket skiljer sig SNP:ar mellan individer generellt?
SNP-arrays→ kollar förekomsten av homozygota/heterozygota SNP:ar. I snitt skiljer sig individer cirka 1 SNP/1000bp, majoriteten av dessa ligger utanför kodande gener och har ingen påverkan på fenotyp.
Mikrosatelliter kan också användas vid kopplingsanalys men detta kräver mycket mer arbete.
Vilka multifaktoriella sjukdomar är SNP:ar involverade?
SNP är involverade i multifaktoriella sjukdomar. Har man många riskalleler har man en ökad chans att få stroke, hjärt-kärlsjukdom, depression, autoimmuna sjukdomar etc. För att få detta krävs dock en samverkan med miljöfaktorer.
Hur många olika prober finns det för SNP:ar?
De arrey (platta med probes på) vi använder oss av just nu har ungefär 750 000 olika prober för olika SNP:ar, och för varje SNP finns det 2 varianter→ alltså 1,5 miljoner probar. Men sedan har vi ännu mer prober alltså finns cirka 3 miljoner probar per array.
Hur går SNP-microarrays till steg för steg?
Steg för steg går processen ut som följer:
- Man fragmenterar DNA med hjälp av restriktionsenzymer,
- DNA:t märks med flouroscens,
- Man adderar DNA:t till arrayen och vänder det om och om→ det snurrar runt så det kan hitta rätt probe.
- DNA:t som inte hittat till någon probe sköljs bort.
- En scanner ser vart DNA:t bundit in→ man ser vilka SNP:ar som finns.
Beroende på om SNP:en som finns har en deletion/insertion kommer de signalera olika starkt. Därför jämför man signaleringen man fått från patient-provet med en kontroll (utan deletioner etc.).
Jacobsens syndrome→ dessa patienter har contiguous gene syndrome som beror på deletation av flera gener bredvid varandra.
Vad säger analysen om det?
I bilden visas en genomisk prolifiering. Om allt ligger på 0 (som i det övre) innebär det att det finns två kopior→ en på varje kromosom. Men om det ser ut som på den undre beror de på deletion i 11q.
Vad är neuroblastom och vad för symptom får man?
SNP-arrays kommer även till användning vid neuroblastom. Neuroblastom är tumörer i sympatiska nervsystemet, antingen vid sympatiska gränssträngen eller binjurarna, detta drabbar små barn. Symtomen är ganska vaga och består av:
➔ Feber,
➔ Viktförlust,
➔ Ont i kroppen,
➔ Blodbrist.
Men om tumörerna finns i binjurarna kan man utsöndra stresshormon och få:
➔ Hypertoni,
➔ Svettning,
➔ Hjärtklappning,
➔ Diareé
Hur ser stadierna ut för neuroblastom?
Det värsta stadiet i neuroblastom är stadie 4. Då har tumörerna spridit sig till vävnad långt ifrån original tumören. Vid detta stadiet krävs operation, kemoterapi, strålning, hög dos av vitamin A och benmärgstransplantation.
Om man har stadie 1 kan man avvakta med behandling då neuroblastom är den vanligaste cancern som läker av sig själv.
Vad kan genomet säga om prognosen för neuroblastom?
Genom att kolla genomet kan man få en ungefärlig bild av framtida prognos. Om man ser varierande intensitet på olika kromosomer är det en god prognos. Men om man däremot ser att det mesta är normalt men det finns en amplifiering av MYCN och ett 17q-gain är det ett tecken på ett allvarligt neuroblastom. Även deletion av 11q är tecken på ett allvarligt neuroblastom.
Vad säger MYCN, TERT, FANCA, ALK-genen och FBP1-brist om neuroblastom prognosen?
MYCN→ kraftig onkogen.
En annan sak som kan tyda på dålig prognos för neuroblastom är strukturella förändringer av gener nära TERT. TERT→ telomeras omvänt transkriptas, ingår alltså i telomeraskomplexet.
FANCA→ Gen som är involverad i att laga dubbelsträngsbrott. Vissa personer med cancer har mutationer i denna gen vilket gör att de ej kan laga dubbelsträngsbrott helt korrekt. Detta gör att de får allvarliga biverkningar av kemoterapi då kemoterapins syfte är just att inducera dubbelsträngsbrott.
ALK-genen→ annan gen som kan vara muterad i neuroblastom. Driver cancern. Mot denna typ av cancer kan man använda läkemedel som tystar ALK-genen.
FBP1-brist→ Fruktos-1,6-bisfosfat brist är en recessiv sjukdom. Kan orsakas av deletion på kromosom 9, nonsensmutation etc.
Vad innebär pair end sequencing?
Pair-end sequencing→ innebär att man sekvenserar åt båda håll, alltså från 2 ändar av fragmenten.
Nämn 3 användningsområden för NGS.
- NGS tillåter oss att upptäcka translokationer. Detta genom att man exempelvis kommer ha flera reads som tyder på att man läst ett område från chr7 på chr15→ transolaktion.
- Man använder NGS för att sekvensera bakterier etc. Och kolla vilka bakterier som finns vart. Detta går rätt fort då det är små genom. Därför kan man snabbt få information om vilken infektion man drabbats av.
- Man kan även använda NGS för att spåra olika virusutbrott och om viruset muteras. Man kan även identifiera förändringar som bidrar till resistens.
Hur kan man använda NGS för att kolla vilka generp53 kontrollerar?
Med NGS kan man även kolla exempelvis vilka gener som p53 kontrollerar, detta går till som följer:
- DNA:t och transkriptionsfaktorn fixeras ihop,
- Man fragmenterar DNA:t,
- En antikropp läggs mot den transkriptionsfaktor man vill studera→ i detta fall p53.
- Kromatin och DNA som inte är bundet sköljs bort.
- Protein och DNA separeras.
- De DNA-fragment som finns kvar sekvenseras och mappas mot genomet.
När görs CNV-analys och hur går det till?
CNV-analys→ man tar ett prov från en tumör/sjuk person och jämför antalet reads på en viss position mot en kontroll. Saknas material får man färre reads medan om det finns överrepresenterade får man fler jämfört med kontrollen. Translokationer ses som ett par reads som inte alls matchar med referensen.
Vilka 4 problem finns det med NGS?
➔ Datahantering,
➔ Funktionell evaluering av fynd,
➔ Bifynd,
➔ Etisk selektion→ bara för du har dessa gener kan du inte utföra detta jobbet, spela denna sporten etc.
