Les Enzymes Flashcards
Qu’est ce qu’un enzyme?
Enzymes = quasiment toutes des protéines mais attention exceptions comme ribozyme ou abzymes
Qu’est ce que le rôle et c’est caractéristique d’un enzyme?
Rôle : catalyseur biologiques
Caractéristiques:
-Immense pouvoir catalytique
-Grande spécificité (peut prendre qu’un type de substrat et faire qu’un type de produit, rien d’autre)
-Capacité de régulation
-régulation allostérique
-régulation par modification covalente
-protéines régulatrices
-adaptation de la concentration de l’enzyme
Combien d’enzymes en tout?
Ils sont répartie en combien de classes et quelles sont ces classes?
plus de 6000 enzymes 7 classes Classe 1 : Oxydoréductases Classe 2 : Tranférases Classe 3 : Hydrolases Classe 4 : Lysases Classe 5 : Isomérases Classe 6 : Ligases Classe 7 : Translocases Les trois première classes sont les classes majoritaire
Comment est la réaction enzymatique?
Comment s’appelle K1, K2 ?
Comment s’appelle K-1, K-2 ?
K1 K2
E+S ⇆ ES ⇆ EP
K-1 K-2
K1, K2 : constante d'association
K-1, K-2 : constante de dissociationQuelle est la nature d’une courbe produit en fonction du temps : P(t) ?
Explique …
Comment calculer la vitesse?
courbe sigmoïde
- phase pré stationnaire : [ES] ; enzyme se charge
- phase stationnaire : [S]»_space; [E] : la vitesse est constante (sur cette partie qu’on peut calculer la vitesse)
- Effet du produit : [EP] : produit s’accumule donc ralentit la réaction (loi d’action de masse)
- Équilibre : la concentration du produit reste constante
v = Δ[P] / Δt (ont prélève les coordonnées sur la phase stationnaire)
Comment influent la concentration d’enzymes sur la courbe?
Plus il y a d’enzyme, plus la réaction est rapide par contre cela ne change pas l’équilibre (max de produit formé)
Quelle est la nature d’une courbe vitesse en fonction du substrat : v(S)
- très vite au début mais atteint à un moment donné la vitesse maximum (car enzymes finie par saturé)
- Plus il y a de substrat, plus l’enzyme est rapide (loi d’action de masse)
- A faible concentration la vitesse est linéaire en fonction de la concentration du substrat
- Cette courbe peut être aussi appelle une courbe cinétique classique des enzyme Michaelienne
Comment calculé la constante de dissociation Kd ?
Kd = ( [E] x [S] ) / [ES] Kd = K-1 / K1
Comment calculé la constante de Michaelis-Menten Km ?
Km = ( K-1 + K2 ) / K1
Plus Km diminue plus l’affinité (enzyme plus efficace) augmente
Km est une caractéristique du couple substrat/enzyme
Km est le reflet de l’affinité de l’enzyme pour son substrat. Plus Km est petit, plus l’affinité (efficacité) est grandes et vice versa
Dans un repere (x ; y) : respectivement : (Km ; Vmax / 2)
Quelles est l’équation de Michaelis-Menten?
v = ( Vmax * [S]ini ) / ( Kd + [S]ini )
C’est quoi la constante catalytique aussi appelé activité spécifique moléculaire?
Kcat : nombre de molécules de S transformées en P par UNE molécule d’enzyme et par unité de temps quand E est saturée par S (généralement en minute)
Kcat = K2
Comment calculé Kcat ?
Kcat = nombre de molécules de substrat transformées en produit / 1 molécule d’enzyme / temps (min^-1)
Quand E saturée par S alors v = Vmax => Kcat élevée => transformation de S en P = rapide
Quelle est la relation entre Km et Kcat ?
efficacité = Kcat / Km
Si Kcat ↗ et Km ↘ alors efficacité ↗↗
Quelle est la relation entre Km, Kcat, [E]t, [S] et la vitesse quand [S] est faible?
v ≈ ( Kcat / Km ) x [E]t x [S]
C’est quoi l’activité totale?
AT = AE dans totalité de l’échantillon
-AT diminue au cours d’une purification
AT : μmol/min^-1
activité un peu la même chose que vitesse
C’est quoi l’activité enzymatique?
AE = quantité de substrat transformé / min
AE = AT / Volume
-Utilisée lorsqu’on ne connaît pas la concentration en enzyme
AE : μmol/min^-1/mL^-1
C’est quoi l’activité spécifique?
AS = AT / masse
AS = évalue la proportion de protéine d’intérêt dans le milieu
-Elle augmente donc au cours d’une purification
AS : μmol/min^-1/mg^-1
C’est quoi l’activité spécifique moléculaire?
Vmax = Kcat x [E]t Si l'enzyme est pure: Kcat = AS x MM (masse moleculaire) 1 Da = 1 g/mol^-1 Kcat : temps^-1
Faire attention aux représentation des doubles inverse!!
Pour vitesse c’est inverse de ce qu’on le pense voir page “Autre détermination graphique de Km et Vm”
Aussi faire attention pour les courbes ou il y a présence d’inhibiteur (généralement courbe au dessu a présence d’un inhibiteur: soit baisse d’affinité mais vitesse ne bouge pas (IC) ou vice versa (INC) ou deux courbes parallele (IUC))
Comment ce nomme les deux sites dans une enzyme?
Site de liaison et site catalytique
Quelles sont les 3 différentes types d’inhibiteur et leur caractéristique?
Inhibiteur compétitif (IC) : prend place du substrat
Inhibiteur incompétitif (IUC) : ce lie après que le substrat est rentré dans l’enzyme
Inhibiteur non compétitif (INC) : ce lie sur l’enzyme mais pas a l’endroit ou ce lie le substrat
Quelle est la relation entre inhibiteur et vitesse?
Si inhibiteur ↗ alors vitesse ↘
C’est quoi l’IC50 ?
IC50 : concentration d’inhibiteur pour laquelle v(50%) = 1/2 * v
Comment calculé IC50 pour un inhibiteur compétitif?
IC50 = (Ki / Km) * [S] + Ki
IC50 se rapproche de Ki aux faibles [S]
Efficacité de I diminue quand [S] augmente
Comment calculé IC50 pour un inhibiteur non compétitif pur?
IC50 = Ki
Efficacité indépendante de [S]
Comment calculé IC50 pour un inhibiteur incompétitif?
IC50 = ((Ki * Km) / [S]) + Ki
IC50 se rapproche de Ki aux grandes [S]
Efficacité de I augmente avec [S]
Quelles sont les caractéristiques du site actif (SA) de l’enzyme?
- Il ne représente en général qu’un faible pourcentage du VOLUME de l’enzyme
- C’est une structure tridimensionnelle
- Il constitue un micro-environnement particulier (poche hydrophobe)
- Le substrat est positionné correctement grâce à de nombreuses liaisons faibles
- La spécificité de liaison est tres dependante de la disposition des atomes au sein du site actif (SA)
Quelles sont les deux manières qu’un substrat se fixe t’elle?
Modèle clef-serrure : Fischer (majorité des cas)
Modèle de l’ajustement induit : Koshland
VOIR LA DOUBLE PAGE DU COURS DE PIOT SUR LES DIFFÉRENTES INHIBITEURS ET LEUR RELATION AVEC LES CONSTANTE D’ASSOCIATION ET DISSOCIATION!!!
TRÈS BIEN EXPLIQUER
Que fait la Pepsine?
Pepsine : coupe en N-terminal les aromatique et la leucine sauf si proline avant!
Que fait la Chymotrypsine?
Chymotrypsine : coupe en C-terminal les aromatique et la leucine sauf si proline avant!
Que fait la Trypsine?
Trypsine : coupe en C-terminal de Arginine et Lysine sauf si proline avant!
