La structure secondaire des protéines Flashcards
Comment sont regroupés les acides aminé hydrophobes
Ils sont regroupé a l’intérieure pour former une structure globulaire et donc forment un cœur hydrophobe
La surface est donc hydrophiles
Quelles sont les énergies d’une liaison covalente, hydrophobes, ioniques, liaisons hydrogènes et Van-der-Waals
C-C covalente = 343 kJ/mol^-1 Hydrophobes < 40 kJ/mol^-1 Liaisons ioniques = 20 kJ/mol^-1 Liaisons hydrogenes = 12 - 30 kJ/mol^-1 Van-der-Waals = 0.4 - 4.0 kJ/mol^-1
Ou ce trouve un liaison hydrogènes?
Soit entre O et H
ou N et H
Lesquelles des structures est plus forte dans une liaisons hydrogènes, rectiligne ou coudée?
Rectiligne = liaison forte Coudée = liaison faible
Quelles est la différence entre une liaison disulfure intrachaîne et interchaîne?
Intrachaîne = entre deux cystéines dans la même protéine/peptides Interchaîne = entre deux cystéines entre deux différentes protéines/peptides
Comment dénaturées une liaison disulfure?
Chaleur
pH tres acide ou alcalin (basique)
Concentration elevee en ions
Certains detergents (DTT ou β-mercaptoéthanol – rompre les -S-S-)
Comment ont appel une protéine avec un repliement optimal?
Une proteine native
Dans la structure secondaires, ou ce trouve les liaisons hydrogènes?
Elle se trouve dans le cœur hydrophobe
Pour une hélice α et un brins β, quelles sont le valeur de Phi Φ et Psi Ψ?
- Hélice α : Phi Φ et Psi Ψ voisin sont -57° et -47°
- Brins β : Phi Φ et Psi Ψ voisin sont -90° et + 135°
Comment sont constitué les hélice α?
- Une squelette carboné qui forme la partie interne de l’hélice
- Une chaînes radicales R qui sont rejetées à l’extérieur!!!
- Chaque groupement CO et NH dans une hélice alpha sont engagés dans les liaisons hydrogènes
Dans une hélice α quelles est la valeur de la rotation entre deux acides aminés,
la distance entre deux acides aminés,
le nombre d’acides aminés par tour d’hélice
et le pas de l’hélice (virage)?
rotation entre deux acides aminés: 100°
la distance entre deux acides aminés 1.5 Ä ou 0,15 nm
le nombre d’acides aminés par tour d’hélice: 3.6
et le pas de l’hélice: 5,4 Ä ou 0,54 nm
Pour une hélice α,
Combien d’acides aminés peuvent ont retrouvé dans le cœur des protéines globulaires
dans un segment transmembranaire
dans un protéines fibreuses?
- Cœur des protéines globulaires : 10 AA
- Segment transmembranaire : 20 AA
- Protéines fibreuses : 100 AA
Combien d’acides aminés dans un feuillet β?
Quelles est la distance entre deux pli dans un feuillet β?
Qu’est ce qui stabilise un feuillet β?
Caractéristique d’un feuillet β?
- 5 - 10 AA
- distance : 3.5 Ä ou 0,35 nm
- Ce sont des H qui stabilise le feuillet
- Caractéristique:
- Confèrent une certaine rigidité insolubilité plus retrouvé dans protéines fibreuse
- Repetitive, regulière
- Plane et ondulée
Quelles sont les plus stables les feuillets β parallèle ou antiparallèle?
- Antiparallèles plus stable que Parallèle
Pour lire un feuillet faut-il commencer par Cterm ou Nterm?
Commence toujours par Nterm
Quelles sont les caractéristique des boucles?
- Pas regulière
- Stabilisé par liaison faible
- Exposée (porte site actif)
- Permettent au polymère de se replier
Quelles sont les caractéristique des coudes?
Pas regulière
Aussi appelés turns : petites boucles
existe liaison H caractéristique
épingles à cheveu (hairpins) : petits coudes de 2 AA
Quelles sont les caractéristique communes aux coudes et aux boucles?
entraîne un changement de sens dans la chaîne
résidus globalement hydrophiles
général peu d’AA (20 max)
peu structurés
Définition de motif?
Motif = associations de sous-unités de structure secondaire comme la clé grecque qui va faire partie intégrante du domaine fonctionnel
Définition de domaine fonctionne?
Domaine fonctionnel = élément constitutionnel de la structure tertiaire réalisant la fonction pour laquelle la protéine a été synthétisée
Définition de l’électronégativité?
Tendance d’un atome dans une molécule à attirer les electrons vers lui
Qu’est ce que le modèle de la roue hélicoïdale?
Il correspond à la projection de la position de 18 AA consecutifs, soit 5 tours d’hélices sur un plan perpendiculaire à l’axe de l’hélice
Quelles sont les AA qui est une très forte et une moins forte presence dans les hélices α?
Alanine +++
Glycine, Proline ——
Quelles sont les AA qui est une très forte et une moins forte presence dans les feuillets β?
Valine ++++
Glycine, Proline, Alanine ——
Quelles sont les AA qui est une très forte et une moins forte presence dans les coudes et boucles?
Glycine et Proline ++++++
Alanine, Valine —–
Entre l’hélice α droite et gauche, laquelle est plus fréquente?
L’hélice α droite et plus fréquente
