La structure secondaire des protéines

Question 1

Comment sont regroupés les acides aminé hydrophobes

Answer 1

Ils sont regroupé a l’intérieure pour former une structure globulaire et donc forment un cœur hydrophobe
La surface est donc hydrophiles

Question 2

Quelles sont les énergies d’une liaison covalente, hydrophobes, ioniques, liaisons hydrogènes et Van-der-Waals

Answer 2

C-C covalente = 343 kJ/mol^-1
Hydrophobes < 40 kJ/mol^-1
Liaisons ioniques = 20 kJ/mol^-1
Liaisons hydrogenes = 12 - 30 kJ/mol^-1
Van-der-Waals = 0.4 - 4.0 kJ/mol^-1

Question 3

Ou ce trouve un liaison hydrogènes?

Answer 3

Soit entre O et H

ou N et H

Question 4

Lesquelles des structures est plus forte dans une liaisons hydrogènes, rectiligne ou coudée?

Answer 4

Rectiligne = liaison forte
Coudée = liaison faible

Question 5

Quelles est la différence entre une liaison disulfure intrachaîne et interchaîne?

Answer 5

Intrachaîne = entre deux cystéines dans la même protéine/peptides
Interchaîne = entre deux cystéines entre deux différentes protéines/peptides

Question 6

Comment dénaturées une liaison disulfure?

Answer 6

Chaleur
pH tres acide ou alcalin (basique)
Concentration elevee en ions
Certains detergents (DTT ou β-mercaptoéthanol – rompre les -S-S-)

Question 7

Comment ont appel une protéine avec un repliement optimal?

Answer 7

Une proteine native

Question 8

Dans la structure secondaires, ou ce trouve les liaisons hydrogènes?

Answer 8

Elle se trouve dans le cœur hydrophobe

Question 9

Pour une hélice α et un brins β, quelles sont le valeur de Phi Φ et Psi Ψ?

Answer 9

• Hélice α : Phi Φ et Psi Ψ voisin sont -57° et -47°

- Brins β : Phi Φ et Psi Ψ voisin sont -90° et + 135°

Question 10

Comment sont constitué les hélice α?

Answer 10

• Une squelette carboné qui forme la partie interne de l’hélice
• Une chaînes radicales R qui sont rejetées à l’extérieur!!!
• Chaque groupement CO et NH dans une hélice alpha sont engagés dans les liaisons hydrogènes

Question 11

Dans une hélice α quelles est la valeur de la rotation entre deux acides aminés,
la distance entre deux acides aminés,
le nombre d’acides aminés par tour d’hélice
et le pas de l’hélice (virage)?

Answer 11

rotation entre deux acides aminés: 100°
la distance entre deux acides aminés 1.5 Ä ou 0,15 nm
le nombre d’acides aminés par tour d’hélice: 3.6
et le pas de l’hélice: 5,4 Ä ou 0,54 nm

Question 12

Pour une hélice α,
Combien d’acides aminés peuvent ont retrouvé dans le cœur des protéines globulaires
dans un segment transmembranaire
dans un protéines fibreuses?

Answer 12

• Cœur des protéines globulaires : 10 AA
• Segment transmembranaire : 20 AA
• Protéines fibreuses : 100 AA

Question 13

Combien d’acides aminés dans un feuillet β?
Quelles est la distance entre deux pli dans un feuillet β?
Qu’est ce qui stabilise un feuillet β?
Caractéristique d’un feuillet β?

Answer 13

• 5 - 10 AA
• distance : 3.5 Ä ou 0,35 nm
• Ce sont des H qui stabilise le feuillet
• Caractéristique:
  
  • • Confèrent une certaine rigidité insolubilité plus retrouvé dans protéines fibreuse
  • • Repetitive, regulière
  • • Plane et ondulée

Question 14

Quelles sont les plus stables les feuillets β parallèle ou antiparallèle?

Answer 14

• Antiparallèles plus stable que Parallèle

Question 15

Pour lire un feuillet faut-il commencer par Cterm ou Nterm?

Answer 15

Commence toujours par Nterm

Question 16

Quelles sont les caractéristique des boucles?

Answer 16

• Pas regulière
• Stabilisé par liaison faible
• Exposée (porte site actif)
• Permettent au polymère de se replier

Question 17

Quelles sont les caractéristique des coudes?

Answer 17

Pas regulière
Aussi appelés turns : petites boucles
existe liaison H caractéristique
épingles à cheveu (hairpins) : petits coudes de 2 AA

Question 18

Quelles sont les caractéristique communes aux coudes et aux boucles?

Answer 18

entraîne un changement de sens dans la chaîne
résidus globalement hydrophiles
général peu d’AA (20 max)
peu structurés

Question 19

Définition de motif?

Answer 19

Motif = associations de sous-unités de structure secondaire comme la clé grecque qui va faire partie intégrante du domaine fonctionnel

Question 20

Définition de domaine fonctionne?

Answer 20

Domaine fonctionnel = élément constitutionnel de la structure tertiaire réalisant la fonction pour laquelle la protéine a été synthétisée

Question 21

Définition de l’électronégativité?

Answer 21

Tendance d’un atome dans une molécule à attirer les electrons vers lui

Question 22

Qu’est ce que le modèle de la roue hélicoïdale?

Answer 22

Il correspond à la projection de la position de 18 AA consecutifs, soit 5 tours d’hélices sur un plan perpendiculaire à l’axe de l’hélice

Question 23

Quelles sont les AA qui est une très forte et une moins forte presence dans les hélices α?

Answer 23

Alanine +++

Glycine, Proline ——

Question 24

Quelles sont les AA qui est une très forte et une moins forte presence dans les feuillets β?

Answer 24

Valine ++++

Glycine, Proline, Alanine ——

Question 25

Quelles sont les AA qui est une très forte et une moins forte presence dans les coudes et boucles?

Answer 25

Glycine et Proline ++++++

Alanine, Valine —–

Question 26

Entre l’hélice α droite et gauche, laquelle est plus fréquente?

Answer 26

L’hélice α droite et plus fréquente