Complément Enzymologie

Question 1

Que permet la cristallographie?

Answer 1

La cristallisation d’une enzyme, seule ou associée a un substrat, un cofacteur… permet de déterminer sa structure 3d et notamment celle de son site actif

Question 2

Qu’est ce que l’étude de l’effet de mutation?

Answer 2

C’est une mutagénèse dirigée : on va aligner les séquences primaires de différentes espèces pour voir les acide aminés très conservés. Ceux qui sont très conservés sont souvent impliqués dans l’activité de l’enzyme. On cherche a préciser l’implication d’un AA dans la liaison d’un substrat et dans la catalyse

Question 3

Qu’est ce que l’allostérie?

Answer 3

L’allostérie est un mode de régulation par modification de la conformation de l’enzyme accompagnant la fixation réversible (non covalente) d’un ligand

Question 4

Les enzymes allostérique sont de quelle type de structure?

Answer 4

Structure quaternaire

Question 5

C’est quoi un ligand?

Answer 5

Un ligand est un molécule qui se fixe a l’enzyme : il peut être un substrat (transformé en produit) ou un effecteur (régulateur, potentiellement allostérique)

Question 6

Les ligands responsable d’une transition allostérique peuvent être quoi?

Answer 6

Soit:
le substrat lui-même
ou
un effecteur différent du substrat : activateur ou inhibiteur

Question 7

Quelles sont les deux états conformationnels d’une enzyme allostérique?

Answer 7

• Par convention:
  
  • -La forme R (relachée) : est plus efficace : affinité pour S ou Vmax la plus élevée
  • -La forme T (tendue) est la moins efficace
• La fixation non covalente d’un ligand peut favoriser une conformation par rapport à une autre : on a alors un transconformation ou transition allostérique
  
  • -activation ou inhibition de l’enzyme, selon le ligand fixé

Question 8

Une enzyme allostérique peut se fixer sur quelle type de ligands?

Answer 8

substrat(s), qui se fixe(nt) au site catalytique (dans le site actif)
effecteur(s) allostérique(s), se fixant sur un (des) site(s) régulateur(s) différent(s) du site actif (car les effecteurs sont stériquement différents des substrats)

Question 9

Une enzyme allostérique possède des sites de fixations comment?

Answer 9

des site de fixation distincts et distants

• Activateur (favorisent la forme R) : augmentation de l’efficacité de l’enzyme
• Inhibiteur (favorisent la forme T) : diminution de l’efficacité de l’enzyme

Question 10

Qu’est ce qui se passe dans un système K?

Answer 10

le substrat S augmente l’affinité de l’enzyme pour lui-même (effet homotrope positif) : ce phénomène de coopérativité se traduit par la forme sigmoide de la courbe v = f[S]

Question 11

Qu’est ce qui se passe dans un système V?

Answer 11

la fixation de S n’est pas cooperative (pas d’effet homotrope positif de S) : la représentation de v = f[S] ne donne pas une courbe sigmoïde mais une hyperbole

Dans un système V, les effecteurs modifient Kcat et donc la Vmax :

• -un activateur de système V se fixe uniquement sur la forme R, donc la favorise, ce qui augmente la Vmax
• un inhibiteur de système V se fixe uniquement sur la forme T et donc la favorise, ce qui diminue la Vmax