Kortfrågor molekylärbiologi Flashcards
Vilken del av den dubbelsträngade DNA-helixen binder vanligtvis transkriptionsfaktorer till?
Major groove.
Var i en gen hittar man oftast TATA-boxen?
25-30 nukleotider uppströms om transkriptionsstartplatsen.
Ange ett strukturellt motiv som man kan hitta i DNA-domänen hos aktivatorer av transkription? (x3)
Helix-turn-helix.
Vad heter den DNA-sekvens till vilken en repressor binder?
Operator.
Vad är mediatorns huvudsakliga uppgift?
Länkar de generella transkriptionsfaktorerna till de genspecifika transkriptionsfaktorerna som reglerar genuttryck.
Vad är och gör en insulator?
Det är DNA-sekvenser som delar in kromosomerna i oberoende domäner och motverkar enhancers från att verka på promotorer i närliggande domäner.
Vilken typ av RNA bildas då RNA-polymeras II transkriberar DNA? (x2)
mRNA. (?)
Vilken del av RNApol II fosforyleras av TFIIH vid initiering av transkription? (x3)
CTD-svansen.
Vilken är den första modifikationen som sker på pre-mRNA
5’-capping, d.v.s. lägga till en 7-metylguanosincap i mRNA:ts 5’-ände.
Vad är spliceosomen uppbyggd av?
snRNA och proteiner (5snRNA i komplex med snRNP).
Vad gör SR-proteiner? (x2)
Styr spliceosomen till korrekt splicesite och rekryterar U1 och U2.
Ge två exempel/varianter på alternativ splicing, d v s händelser som leder till förändrar bortklippning av intron.
Exonskipping, alternative splicesite.
Vad kallas det RNA som ligger före och efter open reading frame i ett mRNA?
5’-UTR före och 3-‘UTR efter.
Hur kan proteinet IRE-BP (aconitas) påverka mRNA-stabilitet?
IRE-BP är vid låga järnkoncentrationer ett aktivt RNA-bindande protein, som stabiliserar mRNA och därigenom tillåter järnupptag. Vid höga järnkoncentrationer destabiliserar aktivt aconitas mRNA.
Vad gör P-bodies? (x3)
Decapping och degradering av mRNA.
Vilken aminosyra kodar startkodonet AUG för? (x2)
Metionin.
Vilken initieringsfaktor för med sig initierings-tRNA till ribosomer?
eIF2.
Vad kallas den mekanism som gör att ribosomen kan binda till mRNA-molekyler utan hjälp av initieringsfaktorer? (x2)
Internal recognition. (Cap-independent initiation, t ex IRES).
Vilken enzym kopplar rätt aminosyra till rätt tRNA-molekyl?
Aminoacyl-tRNA-syntetaser.
Vad utför aminoacyl-tRNA-syntetaser för funktion?
Kopplar rätt aminosyra till rätt tRNA.
Vad binder till stoppkodon i translationen?
eRF1 tillsammans med eRF3.
Vad har S6-kinaset för funktion? (x2)
Kontrollera translation genom att fosforylera det ribosomala proteinet S6 på lilla subenheten vilket möjliggör translationen.
Vad kännetecknar signalpeptiden för intransport i det endoplasmatiska retiklet? (x2)
Det är en sekvens bestående av 5-10 hydrofoba aminosyror på N-terminalen.
Hur styrs syntesen av sekretoriska proteiner till det endoplasmatiska retiklets yta?
SRP binder till proteinets signalpeptid och guidar det till ER.
Var äger den kvävebundna (N-linked) glykosyleringen rum? (x2)
I rough endoplasmatiska retiklet.
Vilken typ av proteiner veckar aktivt oveckade proteiner?
Chaperoner (chaperoniner)
Vad innebär “unfolded protein response”?
Det aktiveras av BiP som svar på ackumulering av oveckade proteiner i endoplasmatiska retiklet. Generell inhibition av proteinsyntes, ökat uttryck av chaperoner, ökad degradation av mRNA som koder för protin som deltar i den sekretoriska vägen, ökad proteasomaktivitet och, om det är otillräckligt, apoptos.
Vad är amyloid för något?
Felveckade protein som bildat olösliga fibrösa proteinaggregat.
Vad utför proteasomen för funktion?
Bryter ned ubikvitinmärkta proteiner.
Hur märks proteiner ut för destruktion i proteasomen?
De ubikvitineras m h a E1, E2 och E3.
Vilket protein snörper av sekretoriska vesiklar från membran?
Dynamin.
Vad har små GTP-bindande proteiner för roller i vesikulär transport?
Coatrekryterande GTPaser kontrollerar uppbyggandet och isärplockandet av coats. Rab-proteinet är ett GTPas som genom hydrolys ger energi till fuseringen.
Vilken är receptorn för lysosomala proteiner (i golgiapparaten)? (x2)
Mannos-6-fosfatreceptorn (MPR).
Vad innebär “cisternal maturation model”?
Vesiklar från ER fuserar med varandra och formar en cistern vid cis-Golgisidan, vilken progressivt mognar och rör sig genom golgi när nya cisterner formas vid cis-sidan.
I vilken del av mRNA:t sitter signalen för transport till rätt del av cellen?
I 3’-ändan.
Vad sker med proteiner som har transporterats in i mitokondriens matrix?
Presekvensen klyvs bort av MPP och proteinet veckas av matrix-Hsp70-chaperoner.
Vad kännetecknar signalpeptiden för intransport till mitokondriens matrix?
Den är amfipatisk, d v s både laddad och icke-polär.
Vilket protein binder den nukleära lokalisationssignalen för transport av proteiner in i cellkärnan? (x2)
Importin.
Vad innebär parakrin signalering?
När en cell uttrycker en ligand som binder till en närliggande cells receptor.
Vad innebär autokrin signalering?
Att cellen som utsöndrar signalmolekylen också är målet för signalmolekylen.
Nämn en intracellulär sekundär budbärare som tillhör kolhydratfamiljen.
IP3.
Vilken signalväg aktiveras av cytokinreceptorerna? (x2)
Jak/STAT.
Vilken signalväg aktiverar TGFbeta-receptorn?
SMAD-vägen.
Vad gör GEF respektive GAP i samband med G-proteinsignalering?
GEF aktiverar G-protein genom att stimulera frisättningen av GDP för att tillåta inbindandet av GTP. GAP inaktiverar G-protein genom att stimulera hydrolys av GTP till GDP.
CREB är en viktig transkriptionsfaktor. Vilka intracellulära budbärare aktiverar CREB? (x2)
PKA och CaM-kinas. (Även S6-kinas, MSK1 och MSK2).
Vad gör koleratoxinet?
ADP ribosylerar Gs-alfa som blir kontinuerligt aktiv, vilket ökar cAMP-halten hundrafaldigt.
Vilken intracellulär budbärare aktiverar proteinkinas A? (x2)
cAMP.
Vad har mTOR för funktion?
mTORC2 fosforylerar och aktiverar PKB (Akt), medan mTORC1 reglerar cellstorlek.
Vilka faktorer behövs för att proteinkinas C ska aktiveras? (x2)
Ca2+, DAG och en IP3.
Vad gör inositoltrifosfat (IP3) för något?
Signalerar frisättandet av kalcium från intracellulära lager.
Vad gör PTEN-fosfataset?
Defosforylerar PIP3, vilket motverkar aktiviteten hos PI3-kinas och Akt/PKB.
Vad binder SH2-domäner till?
Fosforylerat tyrosin.
Vilken proteindomän binder fosforylerat tyrosin?
SH2.
Vad binder SH3-domäner till?
Prolinrika sekvenser.
Vilken proteindomän är det som kan binda till prolinrika sekvenser?
SH3.
Vad binder pleckstrin homology-domänen till? (x2)
Fosfoinositider.
Vilken proteindomän binder till fosfoinositider?
Pleckstrin homology-domänen.
Vad gör homeodomänproteiner?
Medverkar i regleringen av genuttryck i samband med morfogenes och utveckling.
Vilka signalvägar aktiveras av receptortyrosinkinaset?
PI3K/PKB, (PI3K/PKC), Ras/MAP-kinas.
Hur stängs receptortyrosinkinassignaleringen av?
Fosfataser inaktiverar snabbt tyrosinkinaserna.
Vad gör SOS (son-of-sevenless) i receptortyrosinkinassignaleringen?
Stimulerar guaninnukleotidutbyte, vilket resulterar i bildandet av det aktiva Ras-GTP-komplexet.
Hur aktiveras Ras vid receptortyrosinkinasaktivering?
Genom att SOS binder in och stimulerar utbytet av GDP mot GTP bundet till Ras.
Vad aktiverar det monomera G-proteinet Ras för signaleringskaskad?
MAP-kinasvägen.
Vad gör scaffold-proteiner i den intracellulära signaleringen? (x2)
Hjälper till att moterka crosstalk mellan parallella MAP-kinasmoduler.
Namnge två “early response genes”.
C-fos, c-myc, c-jun.
Vad är de ungefärliga kalciumkoncentrationerna på utsidan och insidan av en cell?
1 mM extracellulärt, 0,1 microM intracellulärt.
Hur stor är den ungefärliga vilopotentialen i en elektriskt exciterbar cell? (x2)
-70 mV.
Vilken jon bestämmer oftast storleken på vilopotentialen i en elektriskt exciterbar cell?
Kalium.
Vad är en pyrimidin? (x2)
En heterocyklisk aromatisk ring, vars derivat är cytosin, tymin och uracil.
Vilken nukleotid basparar A med i DNA och vilken nukleotid basparar U med i RNA? (x2)
A basparar med T (tymin) i DNA och U basparar med A (adenin) i RNA.
Vilken del av den dubbelsträngade DNA-helixen binder vanligtvis histoner till?
Minor groove (helst nukleotiderna AA, TT, TA).
Vilka kovalenta modifieringar sker vanligtvis på histoner? (x3)
Acetylering/deacetylering, metylering, fosforylering.
Hur många histonproteiner ingår i en nukleosom? (x2)
8.
Vilka histonproteiner ingår i en nukleosom? (x2)
H2A, H2B, H3, H4.
Vad är “CG-rich islands”?
Begränsade genomiska områden som innehåller en hög frekvens av baserna cytosin och guanin.
Vad menas med att DNA-replikationen är semi-konservativ? (x2)
Att en modermolekyl bildar två dottermolekyler som var och en har en gammal och ny DNA-sträng i sig.
Vad gör ett topoisomeras?
Tvinnar upp och tillbaka DNA-kedjan vid t ex DNA-replikation.
Vad måste ske direkt innan DNA-polymeraset kan binda till origin of replication?
Primas måste binda och syntetisera en primer. cdc6 och cdt1 måste fosoryleras och släppa från DNA.
Vilken DNA-reparationsmekanism reparerar tymin-tymin-dimerer? (x2)
Nucleotide excision repair (NER).
Ge två exempel på tillfällen då homolog DNA-rekombination äger rum i cellen.
Vid reparation av dubbelsträngsbrott i DNA samt under meiosen.
Vad är cDNA?
Komplementärt DNA (utan introner) som bildas när omvänt transkriptas katalyserar en reaktion där RNA omvandlas till DNA.
Hur är telomerer uppbyggda? (x2)
Av tusentals korta repeterande nukleotidsekvenser i linjära kromosomers ändar.
Vad är en haplotyp? (x2)
En kombination av alleler (DNA-sekvenser) vid olika platser (loci) på kromosomen som överförs tillsammans.
Vad gör ett restriktionsenzym?
Klyver DNA specifikt, d v s vid en särskild sekvens av baspar.
Vad är ett Hollyday junction?
En mobil korsning mellan fyra DNA-strängar vid homolog rekombination.
Vad gör enzymet DICER?
Klyver dsRNA och miRNA till korta, dubbelsträngade RNA-fragment (siRNA).
Vad är siRNA?
Kort, dubbelsträngat RNA involverat i bl a RNA-interference (RNAi) som stör genuttrycket.
Vilken är den viktigaste signaleringsvägen för inträde i G1-fasen?
MAP-kinasvägen.
När kommer första checkpointen i cellcykeln? (x2)
Restriction point i slutet av G1.
Vilken uppgift fyller SCF och när utför den denna funktion?
Kontrollerar cellcykelövergångarna G1/S och G2/M genom att ubikvitinera protein.
Ange tre produkter som aktivt E2F ger transkription av? (x2)
CyklinA, cyklinE, E2F, myc.
Vad händer när pRB (retinoblastomproteinet) fosforyleras av G1-cyklin/cdk (cyklin D/cdk4)?
Det dissocierar från E2F som sedan börjar transkribera sina målgener.
Vilka två kinaskomplex är huvudsakligen ansvariga för fosforylering av Rb-proteinet?
Cdk4,6/cyklinD följt av Cdk2/cyklinE.
Vilket kinas aktiveras av ATR om oreplikerat DNA kvarstår när M-fasen annars är redo att starta för att förhindra att M-fasen verkligen initieras?
Chk1-
För att M-cyklin/cdk (B-cyklin/cdk1) ska bli fullt aktivt måste åtminstone en aminosyra defosforyleras. Vilket fosfatas är i huvudsak ansvarigt för detta?
CDC25.
Vad sker under profas i en vanlig mitos? (x2)
Kromosomkondensation, kärnmembranupplösning, spolkroppsbildning.
Vad händer då caspaser aktiveras i samband med apoptos? (x3)
En kaskaskaskad påbörjas, där kaspaser klyver andra prokaspaser till aktivera kaspaser, vilket leder till att cellstrukturen förstörs och cellen dör.
Hur hämmar IAP-proteiner apoptos? (x3)
Genom att binda kaspaser och därmed hindra att de aktiveras.
Vilka proteiner ingår i apoptosomen? (x2)
Cytokrom c (cyt c), Apaf-1 och prokaspas 9.
Vilken proteinfamilj kontrollerar mitokondriens frisättning av pro-apoptotiska faktorer? (x4)
Bcl2-familjen.
Vad är en nukleol? (x3)
En icke-membranbunden struktur av proteiner och nukleinsyror som finns i cellkärnan.
Vad är ett ribozym?
Ett enzym där RNA står för den katalytiska aktiviteten istället för proteinet.
Nämn de intracellulära filamentsystemen.
Mikrofilament (aktinfilament), intermediära filament, mikrotubuli.
Ge exempel på proteiner som bygger upp mikrotubuli, mikrofilament och intermediärfilament.
Mikrotubuli (tubulin, dynein, kinesin), mikrofilament (aktin), intermediärfilament (laminin, keratin).
Vilken cellskelettstruktur är det som börjar vid centrosomen (MTOC) och sprider sig därifrån ut till olika delar av cellen?
Mikrotubuli.
Vad gör kinesin och dynein?
Medierar (anterograd respektive retrograd) transport (av ex organeller) längs mikrotubuli.
Vilka egenskaper hos ett protein avgör hur det separeras på tvådimensionell polyakrylamidgelelektrofores? (x2)
Hur stort proteiner är och dess laddning.
Med vilka två metoder kan man studera ett proteins veckning?
Equilibrium unfolding och protein-NMR-spektroskopi.
Vad studerar man med Western blotting-tekniken?
Proteiner.
Vad mäter man med Northern blotting-tekniken?
Genuttryck genom detektion av mRNA.
Nämn en teknik som mäter huruvida en transkriptionsfaktor har blivit aktiverad eller ej. (x2)
DNA-mikroarray.
Vad är expressionsvektorer?
Plasmider som skapats för att producera stora mängder mRNA som effektivt kan translateras till protein i den transfekterade cellen.
Vad är en transgen mus? (x2)
En mus som blivit genetiskt modifierad genom geninsättning, genborttagning eller genutbyte.
