Génétique 11 Flashcards
Définition de la déficience intellectuelle selon DMS-5?
A. Déficits des fonctions intellectuelles confirmés par une évaluation clinique et des tests d’intelligence individualisés et standarisés
- ex: raisonnement, résolution problèmes, planification, apprentissage académique et par l’expérience
B. Déficits des fonctions adaptatives qui entraînent une incapacité à répondre aux normes développementales et socioculturelles d’indépendance personnelle et de responsabilité sociale.
- ex: communication, participation sociale, vie autonome à la maison/école/communauté
C. Début des déficits intellectuels et adaptatifs pendant la période de développement.
Comment est distribué le QI dans la population?
- Loi normale
- Moyenne de 100
Prévalence statistique de la DI?
2,3%
Prévalence observée en Occident de la DI?
1-3%
Pourquoi la DI est le problème socio-économique le plus important en Occident?
- les coûts les plus importants de tous les diagnostics de l’ICD-10 9
- coût à vie estimé à > 1M$ par individu en Europe et en Amérique du Nord
Cause de 20% de la DI?
Facteurs environnementaux
Nomme 4 facteurs environnementaux de la DI.
- syndrome alcoolo-fœtal
- grande prématurité
- anoxie
- infections
Cause de 50% de la DI?
causes génétiques identifiées
Cause de 30% de la DI?
Cas inexpliqués probablement principalement causés par facteurs génétiques non-identifiables
Forme syndromique de la DI?
caractérisée par la présence d’anomalies structurales ou métaboliques additionnelles (ex: syndrome de Down)
Forme non-syndromique de la DI?
Caractérisée par l’absence d’anomalies additionnelles
Quels sont les critères DSM-5 du retard global du développement?
- Individus de moins de 5 ans qui ne peuvent pas subir d’évaluations systématiques du fonctionnement intellectuel
- Individus qui ne parvient pas à atteindre les étapes de développement attendues dans plusieurs domaines du fonctionnement intellectuel
- Nécessite une réévaluation après une certaine période
__% des sujets autistes présentent aussi une DI
50
__% des sujets autistes sont épileptiques
20
__% des sujets avec DI sont épileptiques
20-80
Nomme les 4 sortes de variants.
- Single nucleotide variant (SNV)
- Indel
- Variants structuraux
- Séquences répétées en tandem et éléments transposables
Décrit les SNV.
Substitution d’un nucléotide pour un autre (présent dans moins de 1% de la population)
SNP?
SNV qui a une fréquence d’au moins 1% dans la population
3 types de SNV dans une région codante?
- Synonyme
- Non-synonyme
- Non-sens
Décrit Indel.
- insertion ou délétion de 50 paires de base ou moins
- indels dans régions codantes peuvent induire un changement de cadre de lecture (frameshift) si l’indel n’est pas un multiple de trois
Décrit les variants structuraux.
- réarrangements génomiques de plus de 50 paires de base
- délétions ou duplications (copy number variant)
- translocations et inversions équilibrées
% des mutations affectant le nb de copies qui sont identifiables au caryotype?
5%
14% des mutations affectant le nb de copies sont identifiable grâce à __________?
hybridation génomique sur micropuces
Type de transmission des mutations affectant le nb de copies?
De novo le plus souvent, mais elles peuvent être transmise/hérités
Cause génétique la plus fréquente de DI?
Trisomie 21
Quelle est la prévalence des variations de nombre de copies (CNV) de novo dans le pop? Chez qui c’est plus élevé?
1-2%
10% chez individus avec des formes sporadiques d’autisme ou de schizophrénie
Nomme les 2 types de mutations ponctuelles.
- Lié à X
- Autosomique
Décrit les mutations ponctuelles de la DI liées à X.
- plus de 100 gènes sur le chromosome X associés à la DI
- expliquent 10% des cas de DI chez les garçons
Exemple de mutation ponctuelle liée à X?
X fragile (cause monogénique de DI la plus fréquente)
Décrit les mutations ponctuelles autosomique.
- plus de 200 gènes connus
- soit récessif ou dominant (de novo ou transmises)
On estime qu’il y a plus de ____ gènes associés à la DI. La grande majorité de ces gènes sont ___________.
800
autosomiques
Taux de mutation de novo dans le lignée germinale?
~1.0 x 10^-8 par nucléotide par génération
Environ __ mutations de novo par génome diploïde
60
(3x10^9 nucléotide/génome haploïde = 6x10^9 nucléotide/diploïde)
Régions codantes (exome) représentent environ __% du génome
2
Sites CpG sont associés à un taux de mutation ___ X plus grand
10
Nomme les taux de mutations pour un individu.
- 0.01- 0.02 variations de structure (>100 kb)
- 0.16 variations de structure (>20 bp)
- 2.94 in/dels (1-20 bp)
- 60-70 SNVs (1 SNV/exome)
Qu’est-ce qui aurait permis au projet du génome humain de se faire plus rapidement?
Séquençage de nouvelle génération
Que permet de détecter le séquençage du génome?
Toutes les mutations dans l’ensemble du génome
Pour quelles modalités est utile le caryotype?
Réarrangement équilibré
Pour quelles modalités est utile la micro-puce?
CNV de moins de 5 Mb
Pour quelles modalités est utile l’exome?
- CNV (de moins de 5 Mb et de moins de 10 Mb)
- Mutations ponctuelles régions codantes
- Expansion de triplets
Pour quelles modalités est utile le génome short-read et long-read?
- CNV (de moins de 5 Mb et de moins de 10 Mb)
- Réarrangement équilibré
- Mutations ponctuelles (codantes et non-codantes)
- Expansion de triplets
- Méthylation (seulement long-read)
Identification de mutations de novo dans le même gène par l’étude de ______________.
multiples patients (ex: trio parents-enfant)
___________________ pour l’exploration/séquençage des enfants avec déficience intellectuelle sévère
Séquençage de l’exome en trio parents-enfant
Identification de mutations de novo par l’étude de _______________.
cas uniques / cas index
Une fraction importante des cas de déficiences intellectuelles serait causée par quelles sortes de mutations?
De novo monogénique (délétères ou non)
Par quoi peut-être identifié les mutations de novo?
Séquençage des exomes ou des génomes de trios parents-enfant
De quels facteurs devons-nous tenir compte dans l’analyse des trios?
Quand ont veut savoir si CNV est pathologique ou bénignes
- impact de la mutation sur la structure et l’activité de la protéine
- fréquence des mutations dans la population cible vs population générale
- correspondance entre le phénotype du patient et les manifestations cliniques associées au gène d’intérêt
Décrit l’haploinsuffisance.
- Haploinsuffisance = mutation amorphique
- Perte complète de la fonction de la protéine (allèle nul)
- Sensibilité du gène à l’effet de dosage
Décrit le dominant-négatif.
C’est une mutation antimorphique: la protéine mutante agit de façon antagoniste sur la protéine sauvage
Exemple de dominant-négatif?
- Syndrome de Marfan
- Ostéogénèse imparfaite type II
Décrit le gain de fonction.
Mutation néomorphique: acquisition d’une activité aberrante
Exemple de gain de fonction?
Mutations de FGFR3 associées à l’achondroplasie, l’hypochondroplasie et la dysplasie thanatophore
Décrit les troubles du spectre de l’autisme selon DSM-5.
- Altération qualitative des interactions sociales
- Altération qualitative de la communication
- Caractère restreint, répétitif et stéréotypé des comportements, des intérêts et des activités
- Retard ou caractère anormal du fonctionnement, débutant avant l’âge de trois ans
Décrit la contribution des mutations de novo au TSA.
Plus on a de novo, plus on a de chance d’avoir un TSA
Taux de mutation de novo selon l’âge paternel?
Augmentent
Comment identifie-on génétiquement les troubles du spectre de l’autisme?
Séquençage de l’exome de quatuors familiaux
Qu’est-ce que le mosaicisme?
Deux sortes de cellules dans le corps
Quel est le risque de transmission d’une mutation de novo à un membre de la fraterie?
1,3%
Qu’est-ce que la pénétrance?
Proportion des individus possédant un génotype donné qui exprime le phénotype correspondant
Qu’est-ce que l’expressivité?
Manifestation phénotypique de l’anomalie génétique ou chromosomique
Décrit le cas de la microdélétion 16p12.1 (520 kb).
Dans 95% des cas, la microdélétion est transmise par un parent sans DI
Facteurs à considérer dans l’évaluation de la pathogénicité d’un CNV?
- Transmission: de novo vs hérité
- Données empiriques: fréquence CNV contrôle vs individus avec DI
- Caractéristiques du CNV
Vrai ou faux? Un CNV de novo est pathogénique.
Faux (pas nécessairement)
Quel modèle peut expliquer une variabilité de l’expressivité?
Oligogénique = plusieurs gènes
- donc besoin de “hit” plusieurs gènes pour exprimer le phénotype complet
Nomme les caractéristiques du CNV pour évaluer sa pathogénicité.
- Taille
- Contenu en gènes
% homme avec DI de plus que les femmes?
25%
Quels sont les risques combinés de SNV et CNV dans les troubles du spectre de l’autisme?
- De novo ou hérité et impact mono/oligo/polygénique
Gènes de DI liée au X: >___
100
Incidence du syndrome du X Fragile: ________
1/6000
Mutations du chromosome X n’expliquent que __% des cas de DI chez les garçons/hommes
10
Pourquoi les filles sont-elles moins atteinte dans les désordres du neuro-développement?
,car besoin d’avoir CNV pathologique de plus grande taille avant de présenter le phénotype de la maladie
Quel est le but du dépistage prénatal?
Diagnostiquer une pathologie chez un foetus à risque (ou non à risque) de prime abord
Pourquoi faire un dépistage prénatal?
- Rassurer un couple à risque
- Permettre de débuter la grossesse avec l’option de connaître la condition de l’enfant
- Permettre des choix informés quant à la grossesse
- Permettre un suivi de grossesse particulier
- Permettre un meilleur traitement prénatal ou post-natal
Nomme 3 situations de situation d’évaluation en génétique prénatale.
- Histoire personnelle, familiale ou enfant antérieur
- Femme enceinte avec condition tératogène
- Fœtus à risque élevé
Décrit l’histoire personnelle, familiale ou enfant antérieur.
- Anomalie chromosomique, malformation congénitale ou de maladie génétique chez l’un des conjoint (porteur ou atteint)
- Origine ethnique ou consanguinité
Décrit un foetus à risque élevé.
- Anomalie fœtale décelée à l’échographie
- Dépistage risque élevé pour aneuploïdie foetale