enzymy Flashcards
jak dzielimy enzymy?
białka proste np. większość enzymów przewodu pokarmowego
białka złożone holoenzym -> kofaktor + apoenzym
jakie są kofaktory?
- grypa prostetyczna związana na trawle z apoenzymem np. fosforan pirydoksalu w aminotransferazach, FMN, FAD, difosforan tiaminy, biotyna
- koenzym nie związany na trwale z apoenzymem np. NAD+, NADP+, CoA, THF
- aktywatory - jony, najczęściej metali: Co, Cu, Mn, Mg, Zn
czy wszystkie kofaktory są syntezowane w organizmie?
nie
które koenzymy są endogenne?
biopteryny, kwas liponowy
jakie są mechanizmy reakcji dwusubstratowych?
1) sekwencyjny uporządkowany -> charakterystyczny dla NAD(P)-zależnych oksydoreduktaz np. dehydrogenaza jabłczanowa
2) sekwencyjny o dowolnej kolejności - charakterystyczny dla reakcji katalizowanych przez wiele kinaz np. kinaza kreatynowa
3) typu ping-pong - charakterystyczny ślą aminotransferaz i proteaz serynowych np. alat i aspat
enzymy monomeryczne
enzym złożony z jednego łańcucha polipeptydowego
zbudowane z dwu lub więcej łańcuchów polipeptydowych połączonych kowalencyjnie np. mostkami disiarczkowymi (powstające z jednego łańcucha peptydowego) np. insulina
enzymy oligomeryczne
zbudowane z dwu lub więcej podjednostek połączonych wiązaniami niekowalencyjnymi (np. oddziaływaniami hydrofobowymi)
mogą być regulowane przez polimeryzację i depolimeryzację
kompleksy wieloenzymowe
np. kompleksy dehydrogenaz 2-oksokwasów, kompleks dehydrogenazy pirogronianowej (dehydrogenaza pirogronianowa, acetylotransdferaza liponvianowa, dehydrogenaza liponianowa)
enzymy wielofunkcyjne
np. synteza kwasów tłuszczowych, mutaza bisfosfoglicerynianowa/fosfataza 2,3-bisfosfoglicerynianu, synteza pirymidyn
izoenzymy
odmienne formy molekularne enzymu (różne sekwencje aminokwasów w białku enzymu) katalizujące taką samą reakcję
- najczęściej są produktami różnych genów
- mogą się różnić składem podjednostkowym
- wykazują różnice we właściwościach np. wrażliwość na czynniki regulatorowe, powinowactwo do substratów (np. heksokinaza i glukokinaza)
- często występują w różnych typach komórek
- profil izoenzymów może zmieniać się pod wpływem czynników środowiska, różnicowania komórek, procesów patologicznych
co to jest LDH i jaka reakcję katalizuje?
dehydrogenaza mleczanowa
pirogronian –> mleczan
NADH+H+ –> NAD+
gdzie występuje LDH1?
w sercu
gdzie występuje LDH5?
mięsień szkieletowy
jak klasyfikuje się enzymy? od klasy 1 do 6
oksydoreduktazy
transferazy
hydrolazy
liazy
izomerazy
ligazy (syntetazy)
jakie istnieją modele miejsca katalitycznego?
- model zamka i klucza (sztywny model matrycowy)
- model wzbudzonego dopasowania (model ręki i rękawiczki)
jakie są wiązania uczestniczące w powstawaniu kompleksu enzym-substrat?
oddziaływania elektrostatyczne
wiązania wodorowe
siły van der Waalsa
oddziaływania hydrofobowe
wiązania kowalencyjne
czym jest entalpia swobodna (deltaG)?
określa kierunek i stan równowagi reakcji chemicznej
jeśli entalpia swobodna tworzenia produktów jest mniejsza od entalpii swobodnej substratów to oznacza że reakcja jest reakcją spontaniczną
reakcja egzoergiczna
energia swobodna produktów jest niższa niż substratów - tylko taka reakcja przebiega samorzutnie
reakcja endoergiczna
energia swobodna produktów jest wyższa niż substratów - aby taka reakcja zaszła musi być sprzężona z reakcją egzoergiczną - jedną z dróg sprzężenia jest przeniesienie energii poprzez przenośnik bogatoenergetyczny (np. ATP)
w jaki sposób enzymy przyspieszają reakcje chemiczne?
zmniejszają energię aktywacji
do zajęcia reakcji niezbędne jest powstanie zaktywowanego kompleksu przejściowego o większym zasobie energii swobodnej niż substraty i produkty
Co to energia aktywacji?
najniższa energia potrzeba do utworzenia produktów
czym jest RÓWNANIE Michaelisa-Menten?
równaniem opisującym zależność reakcji enzymatycznej od stężenia substratu
czym jest Km?
jest to takie stężenie substratu, przy którym prędkość początkowa reakcji stanowi połowę prędkości maksymalnej osiąganej przy danym stężeniu enzymu
czym jest wykres Linewaevera-Burka?
wykresem tego równania jest prosta o nachyleniu względem osi odciętych Km/vmax
czym jest kooperatywność?
- dotyczy wiązania ligandów (substrat, aktywator, inhibitory) przez białka enzymatyczne i nieenzymatyczne
- o kooperatywności mówimy wtedy, kiedy wiązanie cząsteczki ligandu z enzymem wpływa na wiązanie następnej cząsteczki ligandu przez ten enzym
- jest to cecha enzymów (białek) multimerycznych, które wiążą substrat w więcej niż jednym miejscu cząsteczki
efekt homotropowy
kiedy ligand wpływa na wiązanie cząsteczek tego samego ligandu (oddziaływanie pomiędzy tymi samymi ligandami)