ELEKTROFORESIS DNA DI GEL AGAROSA

Question 1

Kegunaan elektroforesis
1. Memeriksa DNA hasil …
2. Memperkirakan … secara cepat menggunakan DNA pembanding misanya …
3. Memperkirakan … menggunakan pembanding ukuran misalnya …
4. Isolasi fragmen DNA spesifik untuk
5. Transfer DNA ke membran untuk analsis lebih lanjut misalnya

Answer 1

1. Isolasi, PCR, hasil pemotongan
2. kuantitas DNA, DNA I
3. Ukuran DNA, Lamda DNA/HindIII, DNA Ladder 50 bp, 100 bp, 1 kb dll
4. Pengklonan DNA
5. hibridisasi southern

Question 2

Migrasi DNA di gel

1. DNA bermigrasi ke
2. Memerlukan
3. Menggunakan arus listrik
4. Penanda migrasi

Answer 2

1. Kutub positif
2. Buffer elektroda (TAE/TBE 1x)
3. Searah / arus DC
4. Loading dye (bromofenol biru, xylene cyanol)

Question 3

Perbedaan TAE dan TBE

Answer 3

TAE > Tris-Asetat-EDTA
TBE > Tris-Borat-EDTA (lebih tahan panas atau arus tinggi)

Question 4

Laju migrasi dipengaruhi oleh beberapa faktor dan migrasi akan semakin cepat bila

Answer 4

1. Ukuran DNA kecil
2. Kerapatan gel rendah
3. Bentuk DNA sirkuler
4. Arus listrik tinggi
5. Konsentrasi buffer tinggi

Question 5

Loading dye
1. Komposisi
2. Fungsi

Answer 5

1. -Dyes > bromophenol blue/orange G/xylene cyanyl/FF
   - Ficoll/glycerol (bisa juga sukrosa)
   - Air / buffer Tris-EDTA
2. Menambah densitas, memudahkan ketika memasukkan DNA ke dalam sumur, tanda migrasi

Question 6

1. Ficoll/glycerol (dan sukrosa) … dari pada buffer Tris
2. Laju bromofenol biru ~

Answer 6

1. Lebih berat
2. DNA 300 bp

Question 7

VIASUALISASI DNA DI GEL

Answer 7

1) Gel hasil elektroforesis direndam di dalam larutan EtBr,
2) Kemudian gel direndam di dalam air (untuk menghilangkan EtBr
yang menempel secara tidak spesifik, misalnya menempel pada gel)
3) Gel diletakkan di atas UV transilluminator

Question 8

Prinsip kerja EtBr

Answer 8

• DNA mengikat Etidum bromida (EtBr)
• EtBr menangkap UV sehingga berpendar
• DNA-EtBr dapat dilihat dengan UV

Question 9

o paling luas penggunaannya, paling banyak diketahui
o Karsinogenik shg harus ditangani dengan hati-hati

Answer 9

Ethidium Bromide : dipakai dalam praktikum

Question 10

SYBR Gold (SYBR = Synergy Brands, Inc):.
o Alternatif pertama pengganti …
o Lebih sensitif: … lebih fluoresen pd UV
o Fluoresensi sangat lemah pada molekul yg … shg tidak memerlukan
tahap ….
o Dapat digunakan untuk …
o Dapat digunakan pada gel …

Answer 10

o EtBr
o 1000 x
o tidak berikatan, destaining.
o staining DNA utas ganda, DNA utas tunggal, dan RNA
o formaldehid

Question 11

SYBR Green:
o SYBR Green I dan II masih digolongkan sebgai …
o SYBR Green I sensitive untuk …
o SYBR Green II sensitive untuk …

Answer 11

SYBR Green:
o mutagen shg harus ditangani dengan
hati-hati
o DNA utas ganda
o DNA utas Tunggal dan RNA

Question 12

SYBR Safe:
o Alternatif yang lebih aman dari pada …
o Limbahnya dianggap …
o Visualisasi dapat menggunakan …

Answer 12

SYBR Safe:
o EtBr dan SYBR Stain yang lain
o tidak berbahaya
o “blue-light transilluminator”

Question 13

Eva Green:
o Menghasilkan …
o Sangat cocok untuk …
o Stabil pada …
o Sitotoksisitas atau mutagenisitasnya …

Answer 13

Eva Green:
o fluorescen hijau
o quantitative real-time PCR
o suhu tinggi
o rendah

Question 14

➢ Hubungan yang sama (panjang fragmen vs jarak migrasi)
juga dapat digambarkan dengan kurva (persamaan) linier:
o Data sumbu Y (…) dikonversi menjadi log
o Data sumbu X (…) tetap non-logaritmik

Answer 14

o panjang fragmen DNA
o jarak migrasi

Question 15

Kelebihan grafik skala log

Answer 15

o Mudah dibuat dengan kertas semi-log
o Mudah dihitung dengan tangan
o Mudah menggambar dan menghitung kemiringan > tren grafik berbentuk lurus

Question 16

Bakteri Rhizobium dipotong dengan

Answer 16

BamHI

Question 17

Pada hasil elektroforesis pemotongan DNA jika terdapat RNA maka terlihat seperti

Answer 17

Droplet air besar di daerah paling bawah dan terang (sebab -RNAse)