ANALISIS RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Question 1

• … mengembangkan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dengan menggunakan primer …
• Fragmen RAPD dapat dipisahkan dan digunakan sebagai

Answer 1

• Williams et al.(1990), primer 10 basa yang sangat pendek menghasilkan fragmen acak dari DNA template
• penanda genetik atau semacam sidik jari DNA

Question 2

RAPD meliputi teknik terkait :

• DNA Amplification Fingerprinting (DAF))- Caetano-Anolles et al.
  (1991) menggunakan …
• Arbitrary Primed PCR (AP-PCR)- Welsh dan McClelland (1990)
  menggunakan …

Answer 2

• primer yang sangat pendek (delapan nukleotida).
• primer yang lebih panjang, namun menurunkan kekuatan primer annealing > priming di banyak tempat

Question 3

Keuntungan RAPD
* Tidak memerlukan …
* Terdistribusi secara …
* Jumlah DNA yang dibutuhkan …
* Dilakukannya …
* Efisien untuk menghasilkan …
* Tersedia primer komersial yang dapat digunakan untuk …
* Mempunyai potensi untuk …
* Pita RAPD dapat …
* Harganya

Answer 3

• Informasi urutan DNA
• Acak di seluruh genom
• Sedikit (5-20 ng)
• Mudah dan cepat
• Banyak marker
• Berbagai spesies
• Otomatisasi
• Diklon dan diurutkan untuk
  membuat penanda SCAR (sequence characterized amplified region)
• Murah

Question 4

Kelemahan

Answer 4

• Penanda dominan (tidak bisa membedakan
  antara genotipe homozigot dan heterozigot
• Sensitif terhadap perubahan kondisi reaksi, yang
  mempengaruhi keberulangan pola pita
• Rendah keberulangannya
• Pita-pita yang sama dapat berbeda alel atau
  lokusnya

Question 5

Perbedaan komponen Reaksi PCR dan RAPD

Answer 5

RAPD
Konsentrasi Mg tinggi untuk mengurangi annealing stringency
1 primer pendek (10bases) yang tidak diketahui menempel pada bagian tertentu dari DNA cetakan

Question 6

Modifiksi Thermal Cycler ketika RAPD selesai

Answer 6

1. Suhu anil umumnya sangat rendah, sekitar 36 °C - Hal ini memungkinkan primer yang sangat pendek untuk menempel pada DNA cetakan
2. Lebih banyak siklus termal yang digunakan, biasanya 45 - Ini mengimbangi inefisiensi yang diakibatkan oleh penggunaan primer yang pendek.

Question 7

• Alel polimorfik=
• Alel monomorfik=
• Ukuran populasi=
• Jumlah alel=

Answer 7

• tidak dimiliki oleh semua individu
• dimiliki oleh semua individu
• DI;ihat secara horizontal (wall)
• Dilihat secara vertikal (ukuran DNA)