Dx de laboratoire des infections Flashcards
3 phases du cheminement dx en infectiologie
- phase pré-analytique
- phase analytique
- phase post-analytique
Phase pré-analytique (5)
- Patient consulte avec des symptômes/signes d’une maladie
infectieuse - Diagnostic clinique tentatif
- Prescription de prélèvements de culture
- Prélèvements identifiés au nom du patient (de 2 façons) puis acheminés au laboratoire avec la demande d’analyses
- Réception des prélèvements au laboratoire
Phase analytique (8)
- Examen direct sur le prélèvement
- Rapport partiel émis au médecin : interprétation
- Mise en culture du prélèvement
- Incubation des milieux ensemencés
- Lecture des milieux (le lendemain)
- Identification bactérienne
- Rapport partiel: interprétation
- Finalisation de l’identification
Phase post-analytique (2)
- Émission du rapport final
- Interprétation finale du médecin
Raisons d’effectuer un examen direct (4)
- Quantifier les globules blancs présents dans le prélèvement: ceci nous informe sur la réponse inflammatoire et la « purulence » de l’échantillon.
- Dans certains cas, exprimer en valeur relative la quantité de polynucléaires présents dans le prélèvement
- Observation de micro-organismes pour poser un dx présomptif
- Évaluation de la qualité du prélèvement pour décider si le résultat final sera fiable
Examens directs
- sans coloration (4)
- avec coloration (2)
SANS COLORATION
- sérum physiologique
- Hydroxyde de potassium
- Iode
- Fond noir
AVEC CLORATION
- Gram
- Ziehl-Nielssen
Examens directs
- sans coloration (4)
- avec coloration (2)
- But des examens directs
SANS COLORATION
- sérum physiologique
- Hydroxyde de potassium
- Iode
- Fond noir
AVEC COLORATION
- Gram
- Ziehl-Nielssen
peut donner une petite idée de la cause et indique la qualité de l’échantillon donné par la personne
Sérum physiologique
- permet d’observer quoi (2)
- permet d’observer la mobilité de certains micro-organismes
- permet d’évaluer rapidement les micro-organismes avec des formes particulières, ex.: levures, structures parisitaires, etc
Hydroxyde de potassium
- fonctionne comment
- utilité
- KOH 10 % digère la kératine
- utile pour diagnostiquer des éléments mycéliens (champignons) à
partir de prélèvement
d’ongles, peau, cheveux
**surtout demander par dermato
Iode
- fonctionnement
- utilité
- colore les noyaux et organelles cytoplasmiques
- utile pour colorer rapidement les selles d’un patient et diagnostiquer la présence de protozoaires (ex.: amibes)
Fond noir
- utilité
- utile pour mettre en évidence des micro-organismes mal visualisés en microscopie optique standard et qui se colore difficilement
(ex. : spirochète)
Coloration de Gram - Principe
La teneur en lipide de la paroi cellulaire des bactéries est
variable.
Les parois pauvres en lipides retiennent plus le colorant cristal
violet (Gram positif).
Quand la paroi est riche en lipides, le cristal violet ne s’imprègne pas de façon permanente. Le décolorant le déloge (Gram négatif).
Technique de la coloration de Gram (10 étapes)
1- étaler sur une lame une couche mince du prélèvement à
colorer
2- fixer à la chaleur
3- cristal violet (1 minute)
4- laver
5- iode (1 minute) pour bien fixer le cristal violet
6- décolorer quelques secondes à l’acétone alcool
7- laver
8- safranine (1 minute)
9- laver, assécher
10- lire au microscope
Interprétation de la coloration de Gram
- couleur bleue
- couleur rose
—-Bactérie de couleur bleue
Le cristal violet n’a pas été décoloré par l’acétone alcool: la
contre-coloration à la safranine (rose) a été inefficace. La couleur
finale de la bactérie est bleue ce qui implique une paroi pauvre (POvre = POsitif)
en lipide
= bactérie Gram positif (ex. : Staphylococcus).
—-Bactérie de couleur rose
La paroi est riche en lipides. Le cristal violet est facilement libéré
de la paroi par le décolorant. La contre-coloration avec la
safranine est possible car la paroi est libre de colorant :
=bactérie
Gram négative
(ex. : Escherichia coli).
Utilité de la coloration de Gram (4)
- Permet de reconnaître rapidement le ou les bactéries possiblement pathogènes présentes dans le prélèvement et
d’en informer rapidement le clinicien. - Permet d’évaluer la présence ou l’absence de flore normale quand le prélèvement provient d’un site non stérile.
- Permet d’évaluer la réponse inflammatoire car les globules blancs sont colorés dans le processus.
- Permet de quantifier de façon relative les polynucléaires versus les cellules mononucléées. Ceci aide dans certains cas à distinguer les infections bactériennes des infections
virales.
Principe de la Coloration de Ziehl-Neelsen
La paroi de certains micro-organismes est épaisse et cireuse et
ne se colore pas facilement. Une fois les parois colorées, par
contre, elles résistent à la décoloration par un solvant tel l’acide-alcool.
Ces bactéries sont appelées par conséquent « bacilles
acido-alcoolo résistants » ou B.A.A.R.
Technique de la coloration de Ziehl-Neelsen (8)
1- préparer une lame à partir du prélèvement comme la coloration de Gram 2- « carbol fuchsin » 3- laver 4- acide-alcool 5- laver 6- bleu de méthylène 7- laver, assécher 8- lire au microscope
Interprétation de la coloration de Ziehl-Neelsen
- bactérie rose
- bactérie bleue
—-Bactérie de couleur rose
La paroi épaisse et cireuse a capté le premier colorant de la
coloration de Ziehl-Neelsen (« carbol fuchsin ») et a résisté au décolorant. La contre-coloration au bleu de méthylène s’est avérée inefficace. La couleur finale est rose.
= bacille acido-alcoolo résistant (BAAR)
—-Bactérie de couleur bleue
La paroi plus mince de la bactérie, moins imperméable que dans
le cas précédent, a pris le « carbol fuchsin » (rose) mais n’a pas
résisté au décolorant. La contre-coloration avec le bleu de
méthylène a été possible. La couleur finale est bleue.
= PAS bacille acido-alcoolo résistant.
Ex de bacilles acido-alcoolo résistant
- les mycobactéries ++
(mais pas juste elles, d’autres microbes peuvent être des BAAR) - Nocardia
Utilité de la coloration de Ziehl-Neelsen (2)
- Permet l’identification présomptive des mycobactéries sans
pouvoir les identifier à l’espèce. - D’autres germes sont des B.A.A.R., ex.: Nocardia
Culture: caractéristiques macroscopiques pertinentes à regarder (4)
- forme de la colonie
- couleur de la colonie
- grosseur de la colonie
- présence ou non d’hémolyse autour de la colonie
Est-il possible de faire une identification préliminaire basée sur l’aspect macro?
oui
Aspect macro de:
- staphylocoque
- streptocoque
- penumocoque
- entérobactérie
- pseudomonas
- Staphylocoques
= grosse colonie convexe, jaune,
hémolyse Bêta (complète) - Streptocoques
= petite colonie convexe, translucide, hémolyse Bêta large - Pneumocoques
= colonie plate, ombiliquée,
translucide, hémolyse alpha (incomplète - aspect verdâtre) - Entérobactérie
= colonie surélevée, semiopaque, grise - Pseudomonas
= colonie plate, opaque, verdâtre,
odeur fruitée
Étapes vers l’identification finale du microbe (5)
1 - performance de tests biochimiques à partir des colonies 2 - rapport partiel 3 - identification finale de la bactérie 4 - performance de l’antibiogramme 5 - émission du rapport final
2 types de prélèvements possibles pour éventuellement faire une culture
- Prélèvement à partir d’un site normalement stérile
- Prélèvement à partir d’un site non stérile
Prélèvement à partir d’un site normalement stérile: liquides stériles (3)
Le sang et tous les liquides biologiques tels :
liquide céphalo-rachidien
liquide synovial
liquide pleural
2 types de réponses possibles au prélèvement de site normalement stérile
- présence de pathogènes classiques
- présences de germes autres
Prélèvement à partir d’un site normalement stérile: présence de pathogènes classiques
Lorsqu’un pathogène classiquement associé à une infection d’un liquide normalement stérile est mis en évidence, le médecin qui prend connaissance du rapport considère que l’infection suspectée ou non est confirmée
Nommer le pathogène classique de ces 3 liquides normalement stériles
- céphalo-tachidien
- synovial
- pleural
liquide céphalo-rachidien
= méningocoque
liquide synovial
= Staphylococcus aureus
liquide pleural
= pneumocoque
Prélèvement à partir d’un site normalement stérile: présence de germes autres
Il s’agit ici de cas où des germes autres que les pathogènes
habituels sont retrouvés dans un liquide normalement stérile
Exemple de patho non classique dans le liquide céphalo-rachidien
Présence de Cutibacterium acnes (agent bactérien impliqué dans l’acné) dans le liquide céphalorachidien d’un adolescent chez qui on veut éliminer la présence d’une méningite.
Le Cutibacterium n’est pas un agent classiquement associé aux méningites bactériennes.
Comment prélever du liquide céphalo-rachidien?
Pour prélever le liquide céphalorachidien, on pique à travers la
peau vis-à-vis la colonne lombaire
Que peut-il arriver si la ponction est difficile (plusieurs piqûres avant d’obtenir le liquide)?
Si la ponction est difficile (plusieurs piqûres avant d’obtenir le liquide), il est possible d’introduire des germes dans le liquide qu’on prélève.
S’il y a eu contamination lors du prélèvement difficile, comment cela est considéré?
On parle alors de contamination lors du
prélèvement et le germe identifié n’est pas considéré comme
pathogène.
Site non stérile
- définition
- 4 exemples
= un site où il est connu qu’une flore
normale s’y retrouve
- bouche
- vagin
- peau
- rectum ou selles
2 critères à avoir pour bien interpréter les résultats de cultures obtenues à partir de sites non stériles
- connaître la flore normale de ces sites
- porter attention seulement aux bactéries qui ne font pas partie de cette flore ou qui sont reconnues pour causer des infections.
Exemple dans vagin
- microbe de flore normale
- pathogène
- maladie
- Lactobacillus
- levures en grande
quantité - vaginite à Candida
Exemple dans selles
- microbe de flore normale
- pathogène
- maladie
- entérobactéries
- Campylobacter
- gastroentérite
2 méthodes de dx rapide
- détection rapide d’antigènes
- méthode moléculaire
Détection rapide d’antigènes
Diverses méthodes existent sur une base commerciale pour détecter rapidement la présence d’antigènes (souvent des protéines de surface) caractéristique de certains micro-organismes.
2 exemples de détection rapide d’antigènes
- détection de pathogènes fongiques à partir du liquide
céphalorachidien
(Cryptococcus neoformans) - D’autres tests rapides sont disponibles pour identifier en quelques minutes la présence d’influenza de type A à partir d’échantillon respiratoire.
Méthode moléculaire: comment ça fonctionne? (2 étapes)
1) amplifier une partie du génome du germe à identifier dans un premier temps (amplifier = générer de multiples copies
d’une portion du génome)
2) appliquer une méthode de détection de la portion du
génome maintenant amplifiée pour confirmer la présence d’un pathogène
suspecté.
Dans quels cas (2) la méthode moléculaire sont utiles?
- quand le germe à détecter se
cultive difficilement- quand le germe se trouve en faible quantité dans un prélèvement
donné, ce qui rend sa détection difficile.
- quand le germe se trouve en faible quantité dans un prélèvement
Exemple de microbes qui nécessite une méthode moléculaire
virus herpès simplex (associé au « feux sauvages » et à
l’herpès génital) qui peut causer des encéphalites. La recherche d’herpès par
culture standard s’avère souvent infructueuse à partir d’un prélèvement de liquide céphalorachidien.
Exemples de méthodes moléculaires (2)
- méthode d’amplification de type PCR
- test d’amplification des acides nucléiques (TAAN)
Principe de la Sérologie
= mettre en évidence des preuves indirectes de la présence d’un agent infectieux.
Au lieu de détecter le germe directement, il s’agit ici de détecter la présence d’anticorps spécifiques produits par le patient colonisé ou infecté par un germe. Ces anticorps produits par le système immunitaire sont présents dans le sérum
de la personne atteinte d’où l’appellation générale « sérologie »
Utilité de la sérologie
utile pour faire le diagnostic des
infections virales, les virus étant en général plus longs et difficiles à mettre en
évidence par culture
Exemples de virus ou maladies où la sérologie est la méthode diagnostique la plus utilisée pour poser un diagnostic infectieux (5)
- virus d’immunodéficience humain (VIH)
- hépatite A, B, C
- rougeole
- rubéole
- varicelle
2 types d’anticorps recherchés en sérologie
- Anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type M ou IgM
- Anticorps (immunoglobulines ou Ig) de type G ou IgG
Anticorps de type M (IgM)
- apparaissent en phase aigue de la maladie
- présence indique une infection actuelle ou très récente
Anticorps de type G
- produit en phase de convalescence d’une infection
- donne une immunité à long terme contre l’agent infectieux
Donc, en début d’infection, les anticorps de type G sont ….
absents
Quand un deuxième
sérum est prélevé aux moins deux semaines plus tard, la présence
d’IgG spécifiques à l’infection en cause est documentée.
Comment s’appelle la phase de passage des IgG négatif à positif?
séroconversion
À quoi s’applique le principe de séroconversion?
s’applique à la vaccination
la recherche d’anticorps est effectuée sur un premier échantillon de sérum pris avant la vaccination et sur un deuxième échantillon prélevé
quelques semaines post-vaccination.
(il y en a peu avant la vaccination et bcp après la vaccination)
