Diagnostic de laboratoire Flashcards
Qu’est ce que la phase pré-analytique
-Patient consulte avec symptômes cliniques pouvant suggérer maladie infectieuse
-Prescription de prélèvements selon le cas
- Examens directs
- Cultures
- Détection antigénique (PCR)
- Sérologie
-Prélèvement nécessitant la requête du prescripteur et identification du double spécimen
-Réception du prélèvement au laboratoire
La qualité du prélèvement pour la culture est indispensable pour un résultat diagnostique de qualité
Définir les notions de flore pathogène, colonisante et contaminante
Flore pathogène: Micro-organismes capables d’induire une infection active et des symptômes cliniques. Ils ne font normalement pas partie de la flore du corps
Flore colonisante:Bactéries qui s’installent de manière prolongée sur la peau ou les muqueuses sans provoquer d’infection. Elles peuvent être commensales (bénéfiques) ou opportunistes
Flore contaminante:Micro-organismes présents par accident dans un site donné, sans avoir réellement colonisé ou infecté l’hôte.
Nommer les 3 phases du cheminement diagnostic en infectiologie
Phase pré-analytique
Phase analytique
Phase post analytique
Qu’est ce que la phase analytique (étape de culture bactérienne)
1. Examen direct
Avant toute culture, un examen direct du prélèvement peut être effectué, par exemple, un frottis coloré au Gram.
2. Ensemencement et incubation
Ensemencement : L’échantillon est placé sur un milieu de culture adapté.
Incubation : La durée varie selon le spécimen et la bactérie recherchée :
Cultures urinaires → 48 à 72 heures.
Tuberculose (TB) → Jusqu’à 6 semaines.
3. Isolement et épuration
L’objectif est d’obtenir une culture pure à partir d’un mélange de bactéries.
L’image annotée indique qu’on doit isoler une colonie unique pour identifier précisément l’agent pathogène.
4. Lecture périodique
Les cultures sont vérifiées régulièrement (ex. : toutes les 24h pour les bactéries courantes).
Cela permet de repérer la croissance bactérienne et d’identifier d’éventuels pathogènes.
Phase analytique
Expliquer l’étape d’identification
-Apsect des colonies
-Hémolyse du sang (beta = complet et alpha = partiel)
-Test biochimique rapide
-Aspect au gram des colonies
- Staphylocoques: cocci gram + en amas
- Streptocoques: cocci gram + en chainette
- Entérobactéries: batonnet gram -
-Rapport préliminaire
-Rapport préliminaire selon les étapes analytiques
au besoin
-Analyse biochimique de l’isolat
-Malditof (spectromètre de masse)
-Antibiogramme
-Rapport sans délais si résultat critique
Expliquer la phase post-analytique
-Émission du rapport finale (validé par le microbiologiste infectiologue)
- Validité du résultat
- Délai de réalisation analytique
-Interprétation finale du médecin prescripteur
- Si c’était un site stérile qui était analysé (LCR, synovial, pleural): le/ les germes identifiés doivent être attentivement lus et une prise en charge doit être faite
- Si c’était un site non-stérile (bouche, peau, génital): connaître la flore normale pour bien interpréter le résultat et porter attention aux bactéries identifiées qui ne font pas partie de la flore normale ou qui est reconnue pathogène
Examens directs en microbiologie et les colorations
Expliquer qu’est-ce que la coloration GRAM
Pour l’examen microscopique des bactéries
Basé sur la différence des parois entre Gram + et gram -
Comment faire une coloration gram ?
1: Colorant crystal-violet
2: Lavage à l’eau puis à l’iode (Lugol)
3: Acétone/ alcool (décolorant)
4: Lavage à l’eau
5: Contre-colorant (sarfranine)
Quelle couleur est un GRAM + vs un GRAM -
GRAM +: mauve
GRAM-: rouge
Nommer les limites du GRAM pour la sensibilité (à l’examen)
-Densité bactérienne de prélévement (↑ densité = ↑ sensibilité)
-Résolution optique (> 0,2 microns)
-Présence ou non de paroi bactérienne
-Type de paroi bactérienne
Qu’est-ce qui peut affecter les bactéries habituellement visible ? (Phénomène des gram variable)
-Les conditions de culture
-L’exposition préalable aux antibiotiques
-Leur propriété intrinsèque à se décolorer
Quelle est l’utilité du Gram ?
-Reconnaître rapidement le ou les bactéries possiblement pathogènes
-Évaluer la présence ou l’absence de flore normale
-Évaluer la réponse inflammatoire car les GB sont colorés dans le processus
-Quantifier de façon relative les polynucléaires vs les cellules mononucléées et aider à distinguer une infection bactérienne d’une infection virale
Nommer 3 types de spécimen auquel la coloration Gram peut être faite
-Routine en urgence (liquide céphalo-rachidien)
-Routine non-urgente (expectorations)
-Sur demande spéciale (prélèvement urinaire)
Comment fonctionne les Gram sur des hémocultures ?
-Prélèvement incubé et coloration fait uniquement sur les bouteilles ciblées positives
-Résultat + = critique = appel urgent au MD prescripteur
-90% des bouteilles. + le seront dans les 48 premières heures d’incubation
Qu’est ce qu’une coloration acido-alcoolo-résistance ?
-Pour les bactéries dont la paroi est riche en acides mycoliques (acide gras à longue chaîne) qui difficile à colorer au Gram
-Coloration où les bactéries résistent à une décoloration par un alcool acidifié
- Bacille acido-alcoolo-résistant (BAAR)
- Mycobactéries tuberculeuses ou non
Nommer 3 colorations acido-alcoolo-résistantes
-Ziehl-Neelson (coloration à chaud) →mycobactérie
-Kinyoun (coloration à froid) mycobactérie →mycobactérie
-Kinyoun modifié → espèces partiellement acido-alcoolo-résistant (Nocardia)
Qu’est ce que la coloration auramine (rhodamine)
-Fluorochrome non spécifique qui se lie aux acides mycoliques et résistent à la décoloration par l’alcool acidifé
+: Batonnet fluorescent jaunâtre sur fond noirâtre
-Valeur diagnorstique équivalent au Zeil-Neelson (puisque les 2 servent à voir des mycobactéries), mais + rapide
-Pour les prélèvements pour la tuberculose:
- Sensibilité supérieure (50-60%) dans les prélèvements respiratoires que ceux extra-pulmonaires (10-30%) (À L’EXAMEN)
Qu’est ce que l’immunofluorescence ?
-Anticorps combiné à un marqueur fluorescent qui se lie à un antigène spécifique
-De plus en plus remplacé par d’autres méthodes immunologiques et les PCR
+: bactérie vert pomme granulaire sur fond noirâtre (Légionella)
Qu’est ce que la technique du KOH ?
Utilisation du KOH 10% directement sur les spécimens cliniques (peau, ongle, cheveux) pour digérer la kératine et rendre plus visible les éléments fongiques mycéliens
Qu’est ce que la technique du fond noir ?
-Utilisation de la diffraction de la lumière pour mettre en évidence les tréponèmes non visible au GRAM (syphilis)
-De moins en moins utilitée (meilleur test sérologiques disponibles)
-Examen direct au microscope avec condensateur
+: Bactérie brillante sur fond noir, mobile
Qu’est ce que la Calcofluor ?
-Azurant optique qui se lie à la cellulose et la chitine, fluoresent à une longueur d’onde dédiée aux UV
-Pour détection de champignons et d’amibe pathogène
-Parfois utilisé concomitamment avec KOH
-Coloration non-spécifique: risque de faux positif avec élément tissulaire (collagène) ou de l’environnement (fibre de coton)
+: Élément fogique blanc bleutés à verdâtre fluorescent sur fond noirâtre
Qu’est ce que les test de détection rapide d’antigène
-Détecte la présence d’antig;ne caractéristique de certains microorganismes
- Streptocoque b-hémolytique dans gorge
- Cryptococcus neoformans dams le sang ou les LCR
Qu’est ce que le test biomoléculaire (PCR)
-Amplification d’une partie du génome de l’agent microbien à identifier
-Détéction de la portion du gènome amplifié
-Sensibilité élevée, spécificité élevée, rapide, automatisé, monoplex ou multiplex
-Ex: covid, herpès
-Coute cher et pas toujours accessible
Qu’est ce que le test de sérologie ?
-Mettre en évidence des preuves indirectes de la présence d’un agent infectieux
-Détection anticorps spécifique contre un agent infectieux
-Utilisé dans les infections virales et parasitaires (hépatites, VIH, Rubéole, Toxoplasmose, EBV, CMV)
-Utilisé dans le dx d’infection aigue ou le dépistage d’immunité
Nommer les différents dosages effectués en sérologie
IgM:
- Phase aigue de la maladie
- Spécificité moindre que les igG
- Nécessite 1 sérum pour dx
IgG:
- Phase de convalescence de la maladie
- Spécificité élevée
- 2 sérums nécessaires à 2-3 semaines d’intervalle montrant un titre qui passe de negatif à positif ou le titre augmebte de 4 dilutions et plus
-
IgG neutralisant = signe d’immunité à long terme alors que IgG non-neutralisant = signe d’exposition sans immunité
