Cours 8 - à la main

Question 1

Qu’est-ce qu’un patron d’expression de gènes viraux?

Answer 1

Un patron d’expression des gènes viraux décrit la manière dont les gènes d’un virus sont exprimés au cours de son cycle de vie à l’intérieur d’une cellule hôte.

Question 2

Traditionellement dans le patron d’expression des gènes viraux, comment étaient classés les gènes? Quelles techniques étaient utilisés pour determiner cela?

Answer 2

Traditionnellement, les gènes viraux étaient classés en deux catégories : précoces et tardifs. Cette classification était basée sur le moment de leur expression après l’infection de la cellule hôte.
Pour établir cette classification, on utilisait des techniques telles que le marquage radioactif des protéines virales nouvellement synthétisées avec de la 35S méthionine, la détection par anticorps et l’utilisation de drogues comme l’actinomycine D (inhibiteur de la transcription) et le cycloheximide (inhibiteur de la traduction) = Ces techniques permettaient de suivre l’apparition des protéines virales au cours du temps et d’établir une carte d’expression temporelle

Question 3

Dans le patron d’expression des gènes viraux, Quels gènes ont étés rajoutés à la classification après plus d’études? Pourquoi?

Answer 3

La classification initiale en gènes IE (immédiatement précoces), E (précoces) et L (tardifs) a été affinée pour inclure des sous-catégories de gènes tardifs, y1 et y2.
Car certains gènes peuvent être exprimés à des niveaux variables tout au long du cycle viral, et leur classification peut dépendre du type de cellule infectée, de la souche virale et d’autres facteurs. La diapositive met l’accent sur la nécessité d’adopter une vision globale et plus dynamique de l’expression des gènes viraux.

Question 4

Quelles sont les étapes de l’étude du VHS avec la méthode du transcriptome avec puces microarrays?

Answer 4

L’ARN total est extrait des cellules étudiées et converti en ADNc par transcription inverse. L’ADNc est ensuite marqué avec un fluorophore et hybridé aux sondes sur la puce. L’intensité de la fluorescence de chaque spot sur la puce est proportionnelle à la quantité d’ARNm correspondant au gène ciblé par la sonde.

Question 5

Donne un exemple d’utilisation des microarray

Answer 5

Cancer

Question 6

Quel est l’impact du cytomegalovirus sur nos cellules?

Answer 6

Cytomegalie ( grosse cellules )

Question 7

Qu’inclu le métabolome?

Answer 7

peptides, acides aminés, acides nucléiques, sucres, lipides,
vitamines, hormones, etc.

Question 8

Quelles approches sont liées au metabolome?

Answer 8

Résonance magnétique nucléaire et Chromatographie à la spectrométrie de masse

Question 9

Quel est le principe de la chromatographie?

Answer 9

Différents types de séparation (poids, charge, hydrophobicité, affinité)

Question 10

Quel est le concept de la spectrométrie de masse classique?

Answer 10

Digestion des PROTÉINES en fragments avec
de la trypsine
Mesure du ratio M/Z et analyse bioinformatique par comparaison avec une banque théorique ( Ex : Mascot )

Question 11

Quelles sont les interactions de la protéine VP24 du virus Ebola?

Answer 11

VP24 est une protéine multifonctionnelle impliquée dans la formation de la nucléocapside virale et dans l’évasion des réponses immunitaires de l’hôte. VP24 interfère avec le transport nucléaire des protéines STAT1 et STAT2, ce qui bloque la signalisation des interférons de type I et III (essentiels à la réponse antivirale).

Question 12

Qu’est-ce qu’un interactome?

Answer 12

Un interactome désigne l’ensemble des interactions biologiques, ici entre VP24 et les protéines cellulaires ou virales.

Question 13

QUelles sont les limites de la spectrométrie de masse classique?

Answer 13

Faux négatifs (protéines moins abondantes ou difficiles à détecter)
Faux positifs (très sensible aux contaminants)
La reproductibilité des résultats de spectrométrie de masse peut être un défi
L’analyse bioinformatique est indispensable pour interpréter les données brutes générées par la spectrométrie de masse

Question 14

Quels sont les avantages et inconvénients de SWATH-MS (Sequential Window Acquisition of All Theoretical Mass Spectra), une technique de spectrométrie de masse de nouvelle génération utilisée en protéomique.

Answer 14

Avantages :
Tous les peptides présents dans l’échantillon sont analysés, quelle que soit leur abondance. Cela permet de surmonter le biais de détection des protéines peu abondantes observé avec la spectrométrie de masse classique
La technique SWATH-MS est plus reproductible que la spectrométrie de masse classique
Inconvénients :
Cette limitation signifie que le SWATH-MS n’est pas adapté à la découverte de nouveaux peptides ou protéines.
Analyse bioinformatique plus complexe

Question 15

Explique le concept de la Cytométrie en temps de vol (CyTOF)

Answer 15

Elle combine la cytométrie en flux traditionnelle avec la spectrométrie de masse.
Dans la CyTOF, les cellules sont marquées avec des anticorps conjugués à des isotopes métalliques au lieu de fluorochromes. Les cellules marquées sont ensuite introduites dans un spectromètre de masse où elles sont vaporisées et ionisées. Les ions métalliques sont ensuite séparés en fonction de leur rapport masse/charge (m/z), ce qui permet d’identifier et de quantifier les différents marqueurs cellulaires.

Question 16

Question: Quelles composantes de la cellule sont requises pour la
propagation du virus (VIH )?

Answer 16

CD4 : Récepteur principal auquel le VIH se lie via sa glycoprotéine d’enveloppe gp120.
CCR5 ou CXCR4 : Co-récepteurs nécessaires à la fusion virale avec la membrane cellulaire.
Enzymes et cofacteurs cellulaires (comme CypA - Cyclophiline A) facilitent l’activité de la transcriptase inverse virale, convertissant l’ARN viral en ADN.
Protéines du pore nucléaire (ex. Nup153, Nup358) essentielles pour le transport de l’ADN proviral dans le noyau.
Facteurs de transcription comme NF-κB et Sp1 qui activent l’expression des gènes viraux intégrés.

Question 17

Qu’est-ce que l’ARN d’interférence (ARNi) ?

Answer 17

L’ARN d’interférence est un mécanisme biologique naturel par lequel des petits ARN interfèrent avec l’expression des gènes en ciblant spécifiquement les ARN messagers (ARNm) pour les dégrader, empêchant ainsi leur traduction en protéines.

Question 18

Explique le concept de CRISPR-Cas9

Answer 18

Utilise l’enzyme Cas9 des bactéries qui est un ciseaux moléculaire qui coupe à un endroit précis. Nécéssite un ARNg (ARN guide ) qui se faire guider vers la séquence d’ADN à couper. Naturellement, l’ARNg est produit à partir d’un locus qui possède l’ADN d’un virus d’une infection passée pour enmpĉher une réinfection future.
Peut désativer un gène ou le corriger.

Question 19

Qu’est-ce que l’ARNsi ( type d’ARNi) ? Quel virus ont été visés?

Answer 19

Les siRNA sont introduits dans les cellules.
Ils s’associent au complexe RISC (RNA-induced silencing complex) pour cibler spécifiquement un ARN messager (ARNm).
Cela entraîne la dégradation de l’ARNm et donc une diminution de la production de la protéine correspondante.
Zika et Dengue

Question 20

Quelle est la différence entre ARNsi et CRISPR-Cas9

Answer 20

ARNsi :
Pas permanent
utile pour gènes essentiels ( knock down incomplet )
CRISPR-Cas9 :
Permanent
Réduction complète du gène possible (« knock out »)
Utile pour gènes accessoires ( non essentiels )
Le succès de la modification génétique avec CRISPR-Cas9 dépend de la voie de réparation de l’ADN utilisée par la cellule. Si la cellule utilise la NHEJ, il est probable que le gène soit muté. Si la cellule utilise la HDR, il est possible de modifier le gène de manière précise.

Question 21

Dans CRISPR-Cas9 quelle est la différence entre NHEJ et HDR?

Answer 21

NHEJ (Réparation par jonction d’extrémités non homologues):
La NHEJ est un processus rapide qui relie directement les deux extrémités cassées de l’ADN. La NHEJ peut introduire des erreurs au site de la cassure, telles que des insertions ou des délétions de nucléotides. Ces erreurs peuvent conduire à des mutations qui inactivent le gène ciblé, ce qui est souvent l’objectif de la modification génétique avec CRISPR-Cas9.
La NHEJ ne nécessite pas de séquence d’ADN modèle pour effectuer la réparation.
HDR (Réparation dirigée par homologie):
La HDR utilise une séquence d’ADN modèle pour réparer la cassure double brin. Si un modèle d’ADN est fourni, la cellule peut l’utiliser pour réparer l’ADN de manière précise, introduisant ainsi des modifications spécifiques au gène
Donc NHEJ est pour inactiver un gène et HDR pour insérer un gène

Question 22

Comment le criblage de petites molécules est-il effectué? Quelle est l’utilité des petites molécules?

Answer 22

Le criblage de petites molécules est réalisé à l’aide de techniques de robotique et de haut débit
Certaines petites molécules peuvent bloquer les interactions entre les protéines virales et les récepteurs cellulaires, empêchant ainsi le virus de pénétrer dans la cellule, inhiber les enzymes virales impliquées dans la réplication du génome viral et stimuler le système immunitaire pour lutter contre l’infection virale.

Question 23

Quelle glycoprotéine est impliquée dans la fusion l’enveloppe virale avec la membrane cellulaire, permettant au virus de pénétrer dans la cellule hôte?

Answer 23

Glycoprotéine virale M (gM)

Question 24

Qu’est-ce qu’un tégument?

Answer 24

Le tégument est une couche protéique située entre la capside (qui contient le génome viral) et l’enveloppe (membrane lipidique externe) de certains virus enveloppés.

Question 25

Qu’est-ce que la signalisation?

Answer 25

Activation d’une cascade d’évènements dans la cellule suite à l’interaction de
celle-ci avec une molécule extracellulaire via le biais d’un récepteur.

Question 26

Qu’est-ce que la dimerisation?

Answer 26

Deux récepteurs cellulaires s’associent pour former un complexe, ce qui est souvent une étape clé dans l’activation de nombreuses voies de signalisation.

Question 27

Qu’est-ce qu’un homodimère vs hétérodimère?

Answer 27

Homodimères: Deux récepteurs identiques s’associent pour former un dimère.

Hétérodimères: Deux récepteurs différents s’associent pour former un dimère

Question 28

Qu’est-ce que la phosphorilation?

Answer 28

La phosphorylation est l’ajout d’un groupe phosphate (PO4) à une protéine. Cette modification est catalysée par des enzymes appelées kinases. La phosphorylation peut activer ou inhiber l’activité d’une protéine, modifier sa localisation cellulaire ou influencer ses interactions avec d’autres protéines.

Ex : La diapositive montre l’exemple de l’EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor), un récepteur tyrosine kinase. L’EGFR est un récepteur de surface cellulaire qui se dimérise et s’autophosphoryle sur des résidus tyrosine après la liaison de son ligand, le facteur de croissance épidermique (EGF).

Question 29

Qu’est-ce que l’ubiquitination? Quelles sont ces enzymes chez l’homme?

Answer 29

L’ubiquitination implique l’attachement covalent d’une petite protéine appelée ubiquitine à une protéine cible, modifiant ainsi sa fonction ou son destin.
E1 : Enzyme activatrice (1 seule) : L’E1 active l’ubiquitine dans une réaction dépendante de l’ATP, la préparant pour le transfert vers l’enzyme E2.

E2 : Enzymes de conjugaison (36 différentes) : Les enzymes E2 reçoivent l’ubiquitine activée de l’E1 et la transfèrent à l’enzyme E3 ou, dans certains cas, directement à la protéine cible.

E3 : Ligases (> 700 différentes) : Les ligases E3 sont les plus nombreuses et les plus diversifiées des enzymes d’ubiquitination. Elles reconnaissent spécifiquement les protéines cibles et catalysent le transfert final de l’ubiquitine de l’E2 à la protéine cible.

Question 30

Quelles sont les étapes de l’inductionde la signalisation par les virus?

Answer 30

Étapes principales :

Attachement et entrée dans la cellule :

Les protéines virales, comme l’hémagglutinine, se lient aux récepteurs de la surface cellulaire (liaison au “target cell”).
Endocytose : Le virus est internalisé dans une vésicule (endosome).
Les inhibiteurs comme AMANTADINE ou RIMANTADINE empêchent cette étape en bloquant les canaux ioniques (ex. M2).
Transport intracellulaire et fusion :

Dans l’endosome, l’acidification active les protéines virales, ce qui permet au virus de fusionner avec la membrane endosomale et libérer son matériel génétique dans le cytoplasme.
Ce processus implique des voies comme le transport des protons (H⁺) et le trafic endosomal.
Répliques virales dans le noyau :

Le génome viral peut être importé dans le noyau grâce au transport nucléaire (ex. ARN des virus comme la grippe).
Des étapes clés incluent :
La transcription et la synthèse de l’ARN messager viral (mRNA).
La réplication de l’ARN viral.
L’épissage (splicing) pour produire des ARN matures.
La signalisation de voies cellulaires, comme la voie Wnt, est détournée pour faciliter ces processus.
Synthèse des protéines virales :

Les ARN viraux sont traduits en protéines dans le cytoplasme.
Les ribosomes synthétisent les protéines nécessaires pour assembler de nouvelles particules virales.
Assemblage et libération des nouveaux virus :

Les nouvelles particules virales s’assemblent (formation des complexes ribonucléoprotéiques ou RNP).
Les protéines virales sont transportées vers le Golgi, où elles subissent des modifications.
Les virions quittent la cellule par bourgeonnement (budding) et sont libérés dans l’environnement extracellulaire.
Les inhibiteurs comme le ZANAMIVIR et l’OSELTAMIVIR (antiviraux contre la grippe) bloquent l’enzyme neuraminidase, empêchant la libération des nouveaux virions.

Question 31

Quels sont les mécanismes d’entrée des virus enveloppés vs non enveloppés?

Answer 31

Sans enveloppe : Le mécanisme d’entrée principal des virus sans enveloppe est la translocation à travers la membrane cellulaire. La capside se lie à des récepteurs spécifiques à la surface de la cellule hôte, ce qui déclenche un changement conformationnel permettant à la capside ou au génome viral de traverser la membrane.

Enveloppé :
Fusion: La fusion implique la fusion directe de l’enveloppe virale avec la membrane plasmique de la cellule hôte.

Endocytose: L’endocytose implique l’internalisation du virus dans une vésicule membranaire. Le virus se lie à des récepteurs à la surface de la cellule, ce qui déclenche l’invagination de la membrane plasmique et la formation d’une vésicule contenant le virus. Cette vésicule est ensuite transportée à l’intérieur de la cellule

Question 32

Quelles sont les deux voies d’entrées par endocytose!

Answer 32

CME (endocytose médiée par la clathrine) : La CME est la voie d’endocytose la plus courante. Elle est caractérisée par la formation de puits recouverts de clathrine à la surface de la membrane plasmique. La clathrine est une protéine qui s’assemble en une structure en forme de cage, recouvrant l’endosome en formation.

GEEC (compartiments endosomiaux précoces enrichis en GPI-AP) : La GEEC est une voie d’endocytose moins bien caractérisée que la CME. Elle implique des protéines ancrées au GPI (glycosylphosphatidylinositol), qui sont des protéines liées à la membrane cellulaire par une ancre lipidique.

Question 33

Comment les virus utilisent-ils le cytosquelette durant leur entrée?

Answer 33

Les sources indiquent que les virus peuvent utiliser le cytosquelette, en particulier les filaments d’actine, pour se déplacer à l’intérieur de la cellule et atteindre leur site de réplication

Question 34

Quel est le role de le protéine TIAM 1 dans la modulation du cytosquelette, spécifiquement dans la polymérisation de l’actine?

Answer 34

Tiam 1 se lie au complexe Arp2/3: Le complexe Arp2/3 est un facteur de nucléation de l’actine qui initie la formation de nouveaux filaments d’actine.

Tiam 1 active Rac: active la petite GTPase Rac en catalysant l’échange du GDP lié à Rac par du GTP. ( Étape IMPORTANTE )

Recrutement des effecteurs de Rac et CDC42: Rac activée recrute des protéines effectrices, notamment PAK1, WAVE et WASP. Ces protéines sont impliquées dans la régulation de la polymérisation de l’actine.

Activation du complexe Arp2/3 via PAK1: La kinase PAK1, activée par Rac, phosphoryle le complexe Arp2/3, augmentant ainsi son activité de nucléation de l’actine.

Polymérisation de l’actine: L’activation du complexe Arp2/3 et le recrutement d’autres protéines effectrices conduisent à la polymérisation de l’actine, un processus essentiel pour de nombreuses fonctions cellulaires, y compris le mouvement cellulaire, la division cellulaire et l’endocytose.

Question 35

Qu’est-ce qu’une GTPase?

Answer 35

Les GTPases sont une famille de protéines qui jouent un rôle crucial dans la régulation du cytosquelette. Elles agissent comme des interrupteurs moléculaires, passant d’un état inactif (lié au GDP) à un état actif (lié au GTP). Les GTPases actives peuvent interagir avec une variété de protéines effectrices pour moduler l’organisation et la dynamique du cytosquelette.

Question 36

Quel est le role de la protéine virale A36R dans l’interaction moléculaire entre le virus Vaccinia et le cytosquelette de la cellule hôte

Answer 36

Cette interaction est un exemple de la manière dont les virus peuvent manipuler le cytosquelette pour faciliter leur propagation.

La protéine virale A36R est phosphorylée

A36R phosphorylée se lie à une protéine cellulaire appelée Nck.

Activation de N-WASP par Nck: La liaison de A36R phosphorylée à Nck active une autre protéine cellulaire appelée N-WASP (Neural Wiskott-Aldrich Syndrome Protein).

N-WASP activée active le complexe Arp2/3, un complexe protéique qui initie la formation de nouveaux filaments d’actine.

L’activation du complexe Arp2/3 conduit à la polymérisation de l’actine, c’est-à-dire à l’assemblage de monomères d’actine en filaments.

Question 37

Qu’est-ce qu’une comète d’actine produite par un virus?

Answer 37

La force générée par la polymérisation de l’actine propulse les particules virales recouvertes de ces “comètes d’actine” à travers le cytoplasme, leur permettant de se déplacer rapidement d’une cellule à l’autre.

Question 38

Remplis les cases vides
L’infection d’une cellule induit une réponse immunitaire innée (1) et ultimement une réponse immunitaire acquise (2)

Answer 38

(interférons,
cytokines) et (CMH, anticorps)

Question 39

Qu’est-ce qu’un Toll-like receptor? Quel est leur ligand?

Answer 39

les Toll-like receptors (TLRs), une famille de récepteurs importants de l’immunité innée. Ils sont classés comme PRR (Pattern Recognition Receptors), c’est-à-dire qu’ils reconnaissent des motifs moléculaires spécifiques associés aux pathogènes, appelés PAMPs

Question 40

Ou se situent les TLR?

Answer 40

surface de la cellule, ancrés dans la membrane plasmique.
et
Endosomes

Question 41

TRICHE

Answer 41

Question 42

le facteur de transcription NF-κB active quels gènes impliqués dans la réponse immunitaire ( inné et adaptatif )

Answer 42

Les gènes activés par NF-κB incluent :
●
Interférons (IFNα, IFNλ, IFNγ) : Ces cytokines antivirales jouent un rôle clé dans l’activation des cellules dendritiques (DCs), des macrophages et dans la présentation des antigènes.
●
Cytokines pro-inflammatoires : Ces cytokines, telles que l’IL-12 et le TNFα, recrutent des cellules inflammatoires, comme les DCs, les macrophages et les neutrophiles, sur le site de l’infection.
●
Activation des lymphocytes T CD8+ : L’activation de NF-κB contribue indirectement à l’activation des lymphocytes T CD8+ cytotoxiques, qui sont essentiels pour éliminer les cellules infectées par un virus.

Question 43

Quels sont les méchanismes de la voie extrinsèque de l’apoptose, un mécanisme de mort cellulaire programmée déclenché par des signaux provenant de l’EXTERIEUR de la cellule.

Answer 43

Étapes de la voie extrinsèque (en utilisant l’exemple de Fas):
1.
Liaison du ligand au récepteur : Des trimères de FasL (ligand de Fas) se lient à trois récepteurs Fas, induisant leur agrégation.
2.
Formation du complexe DISC : L’agrégation de Fas, qui contient des domaines de mort (DD), permet le recrutement de la protéine adaptatrice FADD via des interactions DD-DD.
3.
Recrutement et activation de la caspase-8 : Le domaine effecteur de FADD (DED) lie la procaspase-8, la rapprochant d’autres procaspases-8. Cette proximité permet l’auto-clivage et l’activation de la caspase-8.
4.
Cascade des caspases : La caspase-8 activée active ensuite les caspases effectrices 3 et 7, qui déclenchent la mort cellulaire en clivant des protéines cellulaires clés.
5.
Lien avec la voie intrinsèque : La caspase-8 peut également activer la protéine BID, qui augmente la perméabilité de la membrane mitochondriale externe, reliant ainsi la voie extrinsèque à la voie intrinsèque de l’apoptose.

Question 43

Quelles sont les étapes de la voie intrinsèque de l’apoptose, un processus de mort cellulaire programmée déclenché par des signaux internes à la cellule (dommages à l’ADN ou un stress du réticulum endoplasmique (RE))

Answer 43

Voici les étapes de la voie intrinsèque, telles que décrites dans la diapositive :
1.
Stimulation : La voie est activée par des dommages à l’ADN ou un stress du RE.
2.
Perméabilisation de la membrane mitochondriale externe : Ces stress induisent des changements dans la perméabilité de la membrane mitochondriale externe.
3.
Libération du cytochrome C : La perméabilisation de la membrane permet la libération de composants de l’espace intermembranaire mitochondrial, notamment le cytochrome C, dans le cytoplasme.
4.
Activation d’APAF-1 : Le cytochrome C active APAF-1 (apoptosis protease-activating factor 1).
5.
Assemblage de l’apoptosome : L’activation d’APAF-1 conduit à l’assemblage d’un complexe multiprotéique appelé apoptosome.
6.
Activation de la caspase 9 : L’apoptosome recrute et active la caspase 9 par auto-clivage.
7.
Activation des caspases effectrices : La caspase 9 activée active ensuite les caspases effectrices 3 et 7.
8.
Apoptose : Les caspases effectrices déclenchent la mort cellulaire en clivant des protéines cellulaires clés.

Question 43

Qu’est-ce qu”une caspase? Quelle est la différence entre une caspase initiatrice et effectrice?

Answer 43

Les caspases, des enzymes protéolytiques qui jouent un rôle central dans l’apoptose, la mort cellulaire programmée.

Les caspases sont des protéases, c’est-à-dire des enzymes qui dégradent les protéines en coupant les liaisons peptidiques.

Les caspases sont initialement synthétisées sous une forme inactive appelée pro-caspases. Cette forme inactive permet de réguler leur activité et d’empêcher une activation inappropriée.

Elles reconnaissent et clivent les protéines au niveau d’un résidu aspartate (D) grâce à un résidu cystéine (C) présent dans leur site catalytique

Caspases initiatrices (8, 9 et 10) : Ces caspases sont activées en amont de la cascade d’activation des caspases. Elles clivent et activent les caspases effectrices.

Caspases effectrices (3, 6 et 7) : Une fois activées par les caspases initiatrices, les caspases effectrices clivent une variété de protéines cellulaires clés, conduisant aux changements morphologiques et biochimiques caractéristiques de l’apoptose.

Question 44

Explique le processus d’apoptose du virus herpes simplex

Answer 44

Dans les premières étapes de l’infection, l’inhibition de l’apoptose par HSV-1 est essentielle pour permettre au virus de se répliquer efficacement. Une fois que la réplication virale est achevée, l’apoptose peut être activée comme une conséquence naturelle du processus, ou parfois même être utilisée par le virus pour favoriser sa dissémination.

2-4 h p.i. : Le virus HSV-1 pénètre dans la cellule hôte, injecte son ADN dans le noyau, et active l’expression des gènes précoces immédiats (IE) comme ICP22 et ICP27, qui régulent l’expression des gènes suivants.
4-6 h p.i. : Les gènes précoces (E) sont exprimés, codant des protéines impliquées dans la réplication virale. Ces protéines peuvent intervenir dans le contrôle de l’apoptose (bien que leur rôle précis soit indiqué comme incertain ici, avec un “?”).
6-8 h p.i. : Les gènes tardifs (L) sont exprimés, produisant des protéines structurelles virales telles que US3 et US5, qui jouent un rôle dans l’inhibition ou l’activation de l’apoptose.

Les signaux d’apoptose déclenchent l’activation de la pro-caspase-3 en caspase-3 active, une enzyme centrale dans l’exécution de l’apoptose.
La caspase-3 cible des substrats cellulaires dans le cytoplasme (comme DFF, facteur de fragmentation de l’ADN) et le noyau (comme PARP, impliqué dans la réparation de l’ADN), provoquant la désintégration cellulaire.

Question 45

Quels sont les méchanismes utilisés par les virus pour moduler l’apoptose?

Answer 45

Les virus peuvent activer l’apoptose par deux méthodes principales :
● Insertion directe de protéines virales dans la membrane externe des mitochondries. Cette insertion perturbe la perméabilité mitochondriale, libérant des molécules pro-apoptotiques dans le cytoplasme et déclenchant la cascade apoptotique.
● Augmentation indirecte de la perméabilité mitochondriale. Les virus peuvent moduler l’expression de facteurs cellulaires ou imiter des protéines pro-apoptotiques, perturbant ainsi l’équilibre des protéines régulatrices de l’apoptose au niveau mitochondrial.

Pour survivre et se répliquer, certains virus ont développé des mécanismes pour inhiber l’apoptose :
● Homologie de séquence ou de structure avec des composants de la voie apoptotique. Certains virus expriment des protéines qui présentent une homologie avec des protéines cellulaires impliquées dans la régulation de l’apoptose. Ces protéines virales peuvent interférer avec les interactions protéine-protéine ou les cascades de signalisation essentielles à l’apoptose.

En plus des mécanismes pro- et anti-apoptotiques, les virus peuvent utiliser d’autres stratégies pour moduler l’apoptose :
● Dégradation des “death receptors”. Certains virus peuvent cibler les récepteurs de mort cellulaire, tels que Fas, pour la dégradation, empêchant ainsi l’activation de la voie apoptotique extrinsèque.
● Inhibition de la caspase-3. La caspase-3 est une enzyme effectrice clé de la voie apoptotique. Certains virus peuvent inhiber directement son activité, bloquant ainsi la progression de l’apoptose

Question 46

Quel est le rôle de la protéine E5 du VPH dans la croissance cellulaire

Answer 46

La protéine E5 du virus du papillome humain (VPH) joue un rôle crucial dans la croissance des cellules infectées en imitant le facteur de croissance dérivé des plaquettes (PDGF).

● La protéine E5 du VPH se lie au récepteur PDGF à la surface des cellules.

● Cette liaison active une cascade de signalisation intracellulaire similaire à celle déclenchée par le PDGF.

● Cette activation de la voie de signalisation du PDGF conduit à une augmentation de la prolifération cellulaire, contribuant ainsi à la formation de lésions et, dans certains cas, au développement de cancers.

Question 47

Explique la protéine E6 du VPH et son rôle dans la tumorigenèse

Answer 47

La protéine E6 du VPH est un facteur crucial dans le développement de cancers associés à l’infection par le VPH. Voici comment elle agit :

● Co-facteur de transcription (activateur) : E6 peut se lier à des facteurs de transcription cellulaires et moduler leur activité, conduisant à la dérégulation de l’expression des gènes et favorisant la prolifération cellulaire.

● Dégradation de p53 : E6 interagit avec la protéine p53, un suppresseur de tumeur clé, et induit sa dégradation via le système ubiquitine-protéasome. La perte de p53 prive la cellule de sa capacité à réparer son ADN endommagé ou à déclencher l’apoptose en cas de dommages importants. Cette perte de contrôle du cycle cellulaire et de la mort cellulaire programmée contribue grandement à la transformation maligne des cellules infectées.

● Dégradation de NFX1-91 : E6 cible également NFX1-91, un inhibiteur de la télomérase, pour la dégradation. La télomérase est une enzyme responsable du maintien de la longueur des télomères, les extrémités protectrices des chromosomes. En inhibant NFX1-91, E6 active la télomérase, permettant aux cellules infectées de se diviser indéfiniment sans subir de raccourcissement des télomères, ce qui est une caractéristique des cellules cancéreuses.

Question 48

Quel est la protéine E7 du VPH et son impact sur la régulation du cycle cellulaire

Answer 48

La protéine E7 du VPH, comme la protéine E6, contribue de manière significative au développement de cancers associés à l’infection par le VPH. La protéine E7 cible la protéine Rb, une protéine suppresseur de tumeur essentielle à la régulation du cycle cellulaire.
Voici comment E7 perturbe le cycle cellulaire:
●
Séquestration et inactivation de Rb: E7 se lie à Rb et l’inactive. La protéine Rb, lorsqu’elle est active, empêche la progression du cycle cellulaire en séquestrant les facteurs de transcription E2F. Ces facteurs E2F, une fois libérés, activent l’expression de gènes nécessaires à la réplication de l’ADN et à la division cellulaire. En inactivant Rb, E7 permet aux cellules de passer outre ce point de contrôle crucial et de se diviser de manière incontrôlée. L’inactivation de Rb par E7 perturbe l’équilibre délicat du cycle cellulaire, favorisant une prolifération cellulaire excessive et augmentant le risque de mutations et d’instabilité génétique.

Question 49

Qu’est-ce que la lignée cellulaire HeLa ?

Answer 49

La lignée cellulaire HeLa, dérivée d’une tumeur du col de l’utérus de Mme Henrietta Lacks, est positive pour les gènes E6 et E7 du VPH.