Cours 8 Flashcards
Qu’est-ce que la biologie des systèmes?
La biologie des systèmes est une approche multidisciplinaire qui étudie les interactions complexes et le fonctionnement global des systèmes biologiques, tels que les cellules, les tissus ou les organismes, utilisant des outils holistiques.
Quels sont les objectifs de la biologie des systèmes en virologie?
Les objectifs incluent : se familiariser avec le concept et les outils, comprendre leurs avantages et limitations, et savoir comment ces outils aident à caractériser les virus.
Quels sont les différents « omes » utilisés en biologie des systèmes?
Les principaux « omes » sont : génome (génomique), protéome (protéomique), transcriptome (transcriptomique), métabolome (métabolomique), lipidome (lipidomique), et signalosome.
Quelles sont les approches classiques réductionnistes en virologie?
Les approches classiques comprennent l’isolation d’un virus, l’observation par microscopie, la classification morphologique, la mise en culture, l’expression protéique par marquage radioactif, la génération d’anticorps, la mutagénèse, et la co-immunoprécipitation.
Pourquoi les approches classiques sont-elles limitées pour étudier les virus?
Elles se concentrent souvent sur une seule molécule sans tenir compte de la complexité des interactions entre les virus et leurs hôtes.
Qu’est-ce que la génomique et quelles sont ses applications en virologie?
La génomique est l’étude des génomes. En virologie, elle est utilisée pour identifier des virus émergents, déterminer les séquences de génomes de pathogènes, prédire de futures souches virales, et déterminer les taux de mutations.
Quelles sont les différentes méthodes de séquençage de l’ADN?
Les méthodes incluent : 1ère génération (Sanger), 2ème génération (454, Illumina), 3ème génération (Helicos, Pacific Biosciences), et séquençage Nanopore.
Quels sont les avantages et les inconvénients des différentes méthodes de séquençage?
Sanger : fiable et lisible jusqu’à 1000 nucléotides, mais coûteux. 2ème génération : rapide mais avec des fragments d’ADN courts. 3ème génération : rapide et moins d’erreurs, mais des fragments courts. Nanopore : coût réduit et longue lecture mais nécessite des superordinateurs.
Quelles sont les applications et les limitations de la génomique?
Applications : abondance des données, algorithmes d’assemblage. Limitations : coût des appareils, erreurs de séquençage, considérations éthiques.
Qu’est-ce que le transcriptome et comment est-il étudié?
Le transcriptome est l’ensemble des ARNm d’une cellule. Il est étudié par des puces à ADN, le séquençage de l’ARN (RNA-Seq), et 10x Genomics.
Quelles sont les applications du transcriptome en virologie?
Déterminer le patron d’expression des gènes viraux, identifier les gènes importants pour la réplication, et étudier les interactions virus-hôte.
Quelles sont les limitations de l’analyse du transcriptome?
Limitations : biais en faveur des gènes les plus exprimés, limité aux gènes annotés, une différence d’expression ne signifie pas un rôle important, tous les ARNm ne sont pas traduits.
Qu’est-ce que le métabolome et comment est-il étudié?
Le métabolome est l’ensemble des petites molécules dans une cellule. Il est étudié par RMN et chromatographie liquide ou de gaz couplée à la spectrométrie de masse.
Comment la spectrométrie de masse est-elle utilisée pour étudier le protéome et le métabolome?
Elle mesure le rapport masse/charge des ions pour identifier et quantifier les protéines et les métabolites.
Comment les données de spectrométrie de masse sont-elles analysées?
Les données sont analysées avec des logiciels bioinformatiques permettant de comparer les spectres de masse à des bases de données de peptides ou de métabolites connus.
