Cours 7 Flashcards
a. Quelle est la différence entre la génomique structurale et la génomique fonctionnelle?
La génomique structurale caractérise la nature physique de génomes entiers (séquence; relations phylogéniques)
La génomique fonctionnelle caractérise le mode
d’expression des gènes (transcriptome) et l’ensemble des protéines codés par ces gènes (protéome; secrétome; interactome….)
- Qu’est ce que la génomique?
branche de la génétique consacrée à l’étude de génomes entiers
- Quelle approche de séquençage proposée par Craig Venter permit le séquençage du génome humain en 2003? Est-ce que cette approche est encore valide pour séquencer les génomes en 2022?
L’approche Shotgun, elle est encore utilisée de nos jours
b. Quelles avancées technologiques ont consolidé l’approche shotgun
une capacité accrue des nouveaux modèles de séquenceurs
la mise au point de nouveaux algorithmes bioinformatiques et la force de calcul
- Quelles sont les étapes requises pour l’approche de séquençage shotgun?
Fragmentation de l’ADN génomique
Clonage de fragments aléatoires dans une banque d’ADN
Séquençage du plus grand nombre de fragments possible, choisis au hazard
Assemblage virtuel des séquences qui se chevauchent en «contigs»
a. Qu’est-ce qu’une banque d’ADN?
Collection de fragments d’ADN provenant d’un individu, d’un échantillon ou d’une espèce.
Chaque fragment d’ADN est inséré dans un vecteur commun: la portion constante du vecteur sert d’ancrage pour l’amorce de séquençage
b. Qu’est-ce qu’un contig?
Un ensemble de séquences assemblées qui donne une séquence contiguës
c. Comment détermine-t-on la séquence des « trous » entre les contigs laissés dans un séquençage génomique?
Une banque avec des fragments d’ADN génomiques longs peut servir à combler les trous laissés par le séquençage shotgun
- Suite à l’obtention de la séquence brute du génome d’un organisme, comment procède-t-on pour identifier les gènes? Comment obtient-on l’ADN complémentaire?
ARNm -> transcriptase inverse -> Duplex ADNc/ARN -> Synthèse du 2e brin -> ADNc/ADNc -> Fabrication d’une banque d’ADNc -> séquençage et alignement
a. Quelle est la méthode la plus directe (et la plus populaire) pour identifier les régions codant pour des protéines dans un génome eucaryote?
Le séquençage de l’ADN complémentaire (cDNA)
est la méthode la plus directe pour identifier les portions codantes
i. Qu’est-ce que l’ADN complémentaire?
Une copie de l’ARNm
L’ADNc ne contient que les séquences d’exons
- La technologie des « puces à ADN » permet d’analyser quoi?
Ce type de séquençage nous permet de quantifier l’expression des gènes pour une espèce ou un tissu donné:
Quels sont les gènes exprimés et quels sont réprimés?
- Pouvez-vous donner un exemple d’intérêt de la biologie structurale?
La génomique structurale comparative permet de mieux tracer les arbres phylogéniques et comprendre l’origine des espèces
- Pouvez-vous donner un exemple d’intérêt de la biologie fonctionnelle?
Bâtir des profils d’expression des gènes pour l’ensemble du génome dans diverses conditions physiologiques. Identifier les motifs régulateurs responsables de cette expression
► établir les réseaux régulateurs régissant la physiologie de l’espèce
