Cours 10 Flashcards
- Qu’est ce qu’un polymorphisme?
variation phénotypique ou génétique
considérée comme normale chez une espèce
Dépend de la fréquence de cette variation dans la population étudiée
Qu’est-ce qu’un polymorphisme moléculaire?
variation détectable par des techniques moléculaires comme l’hybridation, le clivage par enzymes de restriction, l’amplification par PCR ou le séquençage de nucléotides
b. Quel est un avantage d’analyser les marqueurs plutôt que le phénotype (d’un trait dominant par exemple)?
Les marqueurs sont utiles pour la cartographie des gènes, pour suivre les allèles dans les individus et pour l’identification de gènes responsables de phénotypes particuliers. Permettent de détecter des différences moléculaires, non perceptible sur le phénotype. Permet aussi l’observation avant le développement complet de l’organisme
Qu’est-ce qu’un marqueur moléculaire?
locus démontrant un polymorphisme moléculaire. Il est localisé à un endroit précis du génome, facilement détectable et varie dans la population étudiée.
a. Comment utilise-t-on un marqueur moléculaire en relation avec un gène d’intérêt?
En utilisant un test de liaison entre le marqueur et le gène d’intérêt.
- Peut-on calculer la distance génétique entre un marqueur et un gène particulier?
Si parentaux = recombinés; le marqueur n’est pas sur le même chromosomeque le gène déterminant la longueur des ailes
Si parentaux > recombinés; le marqueur est sur le même chromosome que le gène déterminant la longueur des ailes; le % de recombinaison donne la distance entre ce gène et le marqueur
a. Que signifie l’acronyme RFLP?
Restriction fragment length polymorphism
b. Que signifie les acronymes VNTR et STR?
Variable number of tandem repeats
Short tandem repeats
c. Que signifie l’acronyme SNP?
Single nucleotide polymorphism
d. Que signifie l’acronyme Indels?
Courtes insertions oudélétions
- RFLP : Qu’est-ce qu’un site de restriction?
une séquence spécifique de nucléotides reconnue par une enzyme de restriction. L’enzyme de restiction coupe le site de restriction en 2
a. Qu’arrive-t-il si une variation génétique survient dans un site de restriction?
L’enzyme ne peut plus couper le site (site non reconnu par l’enzyme)
b. Que fait-on avec l’échantillon d’ADN après avoir digéré avec une enzyme de restriction?
On peut faire une électrophorèse, mais elle indique pas de fragments spécifiques. On peut aussi révéler les fragments spécifiques à l’aide d’une sonde (buvardage Southern)
c. Dans un Southern blot, pourquoi doit-on utiliser une sonde (probe)?
Visualisation: La sonde est généralement marquée avec un élément radioactif ou fluorescent. Ce marquage permet de localiser avec précision les fragments d’ADN auxquels la sonde s’est hybridée. En utilisant des techniques d’autoradiographie ou de fluorescence, on peut créer une image où les bandes correspondant aux fragments d’intérêt apparaissent clairement.
d. Dans une approche par PCR, pourquoi n’a-t-on plus besoin d’une sonde?
Étant donné que l’ADN spécifique à été amplifié, on peut observer directement les fragments sans hybridation. (électrophorèse du fragment spécifique uniquement)
e. En comparant les exemples des diapos 14 (RFLP Southern) et 18 (PCR-RFLP), pourquoi observe-t-on une seule ou deux bandes par puits Southern, tandis qu’on observe jusqu’à trois bandes par PCR-RFLP?
RFLP Southern : Chaque sonde cible un locus spécifique. Si ce locus est homozygote, une seule bande apparaîtra. Si le locus est hétérozygote, deux bandes de tailles différentes apparaîtront, correspondant aux deux allèles.
PCR-RFLP : Un individu hétérozygote pour un polymorphisme situé à l’intérieur d’un site de restriction peut présenter trois bandes : une bande correspondant à l’allèle non coupé et deux bandes correspondant aux deux fragments générés par la digestion de l’autre allèle
- À la diapositive 15, quel suspect se trouvait probablement sur la scène de crime?
Le 3 (éllectrophorèse identique au suspect)
- À quoi sert l’approche de PCR?
Spécificité: En utilisant des amorces spécifiques, la PCR cible une séquence d’ADN précise, ce qui permet d’identifier et d’étudier des gènes ou des régions d’intérêt.
Sensibilité: La PCR est extrêmement sensible et peut détecter de très faibles quantités d’ADN, même dans des échantillons complexes.
Rapidité: La PCR est une technique rapide, permettant d’obtenir des résultats en quelques heures.
- Dans l’exemple de la diapo 19, avec quel marqueur l’allèle D est-il lié chez le parent 1?
M2
a. Pourquoi ce marqueur est-il lié à un autre allèle dans l’individu à droite?
recombinaison probable entre D et M2
- Que sont les VNTR et STR?
Séquence répétée en tandem de longueurs variables
a. Qu’est-ce qui rend ces régions (VNTR et STR) polymorphiques?
Le nombre de répétitions
- Dans le test de la diapo 21, quel individu est probablement le père de l’enfant?
Le F1
- Combien de SNPs trouve-t-on dans le génome humain (considérant une fréquence minimale de 5% dans la population)?
10 millions
a. Est-ce que les SNPs ont toujours un effet fonctionnel?
Non pas du tout
- Comment peut-on utiliser les marqueurs moléculaires comme les SNPs pour dresser des réseaux d’haplotypes?
Définition pratique: ensemble de SNPs observés
sur un segment de chromosome chez un individu
– La séquence d’ADN peut être réduite aux variations pour simplifier
Les relations entre haplotypes peuvent être représentées sous forme de réseau
a. Dans un réseau d’haplotype (comme celui de la diapo 29), que signifie un nœud et que signifie une branche?
Un nœud dans un réseau d’haplotypes représente un haplotype ancestral à partir duquel d’autres haplotypes ont évolué.
Une branche dans un réseau d’haplotypes représente une mutation qui a conduit à la formation d’un nouvel haplotype à partir d’un haplotype ancestral. La longueur d’une branche peut refléter le nombre de mutations qui séparent deux haplotypes.
- À partir de quel chromosome a-t-on établi le réseau haplotypique qui a permis d’identifier les descendants de Genghis Khan?
Le chromosome y
- À partir de quel chromosome a-t-on tracé la première carte des migrations humaines?
Le chromosome mitochondrial
- Que signifie le terme « fréquence allélique » dans une population?
la proportion d’un allèle dans une population par rapport au nombre total de copies du gène retrouvé dans la population
- Comment peut-on déterminer si un haplotype est en déséquilibre de liaison dans une population?
Le désiquilibre de liaison est une association non-aléatoire entre les allèles de deux loci à l‘échelle d’une population.
Pour le savoir on calcule la fréquence allélique observée et si elle est égale à la fréquence allélique attendue, il y a équilibre de liaison.
- Est-il est possible d’utiliser les marqueurs moléculaires pour identifier les variants (ou mutations) responsables de traits particuliers?
Oui
a. Comment se nomme cette analyse à l’échelle génomique?
GWAS
b. Quelles sont les étapes expérimentales requises pour accomplir cette analyse?
-Regrouper des personnes touchées par la maladie (un grand nombre)
-Établir les haplotypes des chromosomes pour des marqueurs moléculaires
connus (SNPs)
-Comparer les haplotypes avec un groupe témoin (non-malade)
-Déterminer les haplotypes surreprésentés dans le groupe de patients et en déséquilibre de liaison, mais absents ou en équilibre dans le groupe témoin
- Le gène dont l’allèle muté détermine la maladie devrait se trouver à proximité de ces marqueurs
- Les marqueurs dans ces haplotypes ainsi que l’allèle sont en déséquilibre de liaison
c. Que signifie le terme : haplotype en déséquilibre de liaison?
Un haplotype dont les allèles ne sont pas distribués aléatoirement dans la population
d. Le GWAS implique-t-elle que les individus qui présentent le trait (ou au moins un bonne proportion d’entre eux) possèdent la même mutation?
Non
e. Le GWAS implique-t-elle que les individus qui présentent le trait (ou au moins un bonne proportion d’entre eux) avaient un ancêtre commun qui est à l’origine de la mutation?
Oui
- Si on observe un déséquilibre de liaison pour un haplotype donné, que cela peut-il signifier?
Ces loci sont localisés à forte proximité sur le
chromosome
et/ou
L’haplotype est apparu récemment dans la population
