Cours 6 Flashcards
- Qu’est ce qu’une mutation?
un changement dans le matériel génétique
- Qu’est ce qu’une mutation génique?
mutations qui se produisent à l’intérieur de gènes individuels
b. Qu’est-ce qu’une mutation chromosomique?
changements qui affectent des chromosomes entiers ou des grandes parties de ceux-ci
- Qu’est-ce qu’une mutation de type transition?
purine remplacée par une autre purine;
pyrimidine remplacée par une autre pyrimidine
a. Pouvez-vous nommer les quatre exemples de transitions?
A/T -> G/C
T/A->C/G
G/C-> A/T
C/G -> T/A
a. Qu’est-ce qu’une mutation de type transversion?
purine remplacée par pyrimidine;
pyrimidine remplacée par purine
a. Pouvez-vous nommer les huit exemples de transversions?
A/T->T/A
T/A->A/T
G/C->C/G
C/G->G/C
T/A->G/C
A/T->C/G
G/C->T/A
C/G->A/T
- Que signifie le terme « indel »?
une ou plusieurs paires de nucléotides qui sont ajoutées ou enlevées à la séquence originale (insertions ou délétions)
- Comment une mutation dans une région codant pour une protéine peut-elle être silencieuse?
le triplet muté code pour le même acide aminé
a. Est-ce qu’une mutation de type « indel » dans une région codante peut être silencieuse?
Si indel est un multiple de 3 oui
- Qu’est-ce qu’une substitution faux-sens conservatrice ou neutre?
le triplet muté code pour un nouveau codon qui spécifie un acide aminé similaire à l’ancien
a. Qu’est-ce qu’une substitution faux-sens non conservatrice?
le triplet muté code pour un nouveau codon qui spécifie un acide aminé dfférent à l’ancien
- Qu’est ce qu’une mutation non-sens?
le triplet muté code pour un nouveau codon qui spécifie un acide aminé stop
- Quelle condition faut-il pour qu’une « indel » dans une région codante cause un changement de cadre de lecture?
non-multiple de 3
- Les mutations géniques peuvent-elles avoir un effet si elles ne touchent pas des nucléotides encodant pour une protéine?
a. Quels types de régions pourraient subir des mutations et causer des effets fonctionnels?
Oui surtout lorsque’elles touches des régions promotrices, amplificateurs, silençeurs ou des sites d’épissage dans les jonctions introns/exons
- Qu’est-ce qui distingue la réversion « vraie » de la réversion « équivalente »?
Réversion vraie – restaure le codon original (génotype original)
* Réversion équivalente – restaure un codon différent pour le même acide aminé ou un codon pour un acide aminé synonyme.
- Qu’est-ce qui distingue une suppression extragénique d’une suppression intragénique?
Extragénique: mutation dans un gène différent
Intragénique: mutation dans le même gène, mais à un endroit différent
a. Pourquoi la suppression intragénique est-elle plus difficile à identifier que la suppression extragénique? (indice : quel serait le résultat dans un croisement-test?)
Elle est liée à la mutation originale
Qu’est-ce qu’un tautomère?
formes chimiques interconvertibles: à l’équilibre, une structure prédomine généralement sur l’autre
a. Comment les tautomères de bases dans l’ADN affecte-t-ils l’appariement des brins?
La forme imino de la cytosine fait des liens avec l’adénine et le contraire est vrai
La forme énol de la thymine fait des liens avec la guanine et vice-versa
b. Quel type de mutation est généralement associé avec la tautomérisation? (transition ou transversion?
Des transitions
- Un dommage à l’ADN est-il la même chose qu’une mutation?
Les dommages à l’ADN peuvent causer des mutations en causant des erreurs de réplication
a. Quel événements (mécanisme) peuvent causer la transformation d’un dommage à l’ADN en mutation?
Formations de sites apuriniques, les lésions oxydatives et la déamination de la cytosine
- Pourquoi les régions répétées en tandem sont-elles plus à risque de mutations de type « indel »?
L’enzyme qui copie l’ADN peut “glisser” sur ces séquences répétitives, ajoutant ou supprimant des nucléotides par erreur.
- Quel type de mutations sont généralement causées par les analogues de bases? (transition ou transversion?
Les transitions
- Quel type de mutations sont généralement causées par les « agents intercalants »?
L’agent intercalant déforme la structure de l’ADN, provoquant l’insertion ou la déletion (Indels) d’un nucléotide lors de la réplication
- Quel est l’objectif du test d’Ames?
Pour détecter le pouvoir mutagénique d’un composé chimique
a. Sur quel organisme pratique-t-on le test d’Ames?
Sur des salmonelles histidine dépendantes
b. Comment détermine-t-on qu’une substance est mutagène dans le test d’Ames
Nombre de colonies ayant été dans la substance / nombre de colonies sur le pétri témoin
c. Pourquoi ajoute-t-on l’extrait de foie de rat dans le test d’Ames?
Parce que parfois un agent devient mutagène uniquement s’il est métabolisé par l’organisme
d. Quelle est l’utilité d’utiliser différentes souches bactériennes dans le test d’Ames?
Souches bactériennes différentes ont différents types de mutations qui ont causé le phénotype his-. Elles sont chacunes plus susceptible à un type de mutation (sustitution vs changement de cadre de lecture). Ainsi, si une souche susceptibe aux substitutions mutent beaucoup plus que la souche qui est susceptible aux indels, alors, c’est un mutagène susbtituant.
e. Quel témoin négatif faut-il pratiquer pour valider le test d’Ames?
Une souche bactérienne his dépendant dans le solvant qui va être mélangé avec le mutagène hypothétique
Qu’est-ce que la transposition?
désigne le déplacement d’une séquence d’ADN en un nouveau site dans le génome sans qu’il n’y ait aucun lien de séquence avec le locus cible
- Quels sont les deux types (modes) de mécanismes de transposition?
Transposition réplicative (« copier-coller »)
L’élément transposable est dupliqué et c’est une copie qui est insérée dans l’ADN cible. Le nombre de copies/génome du transposon peut ainsi augmenter
* Transposition conservative (« couper-coller »)
L’élément transposable se déplace d’un site à l’autre
a. Quel mécanisme mène à l’augmentation de la taille d’un génome?
Transposition réplicative
b. Quel type de mutation la transposition cause-t-elle?
Indel, décalage du cadre de lecture
- Dans le grain de maïs, quel type de transposon cause l’apparition des points de couleur pourpre dans le grain (voir p.32)?
Le transposon Ac est un transposon autonome
a. Pourquoi les grains ont-ils cette couleur et non l’inverse (pourpres avec des points jaunes)? (indice : c’est selon la nature dominante de l’allèle qui encode la couleur pourpre)
Pour que ça soit pourpre aux picots jaunes, il faudrait que la couleur sauvage soit jaune parce que l’apparition de picots est causée par la réactivation du gène savage par le transposon Ac.
- Quelle est la structure des deux types de transposons chez les procaryotes?
Transposon composite : flanqué par deux longues séquences répétées inversées (IS :un gène de transposase flanqué de courtes séquences répètées inversées)
Fait une transposition conservative
Transposon simple : Transposase + résolvase; autres gènes flanqué par deux courtes séquences répètées inversées (IR)
Fait une transpostion réplicative
Transposase: enzyme créant des coupures dans l’ADN au site d’insertion
Résolvase: enzyme agissant lors de la transposition réplicative ; “sépare” les copies “ancienne” et “nouvelle” du transposon
a. Quels gènes sont associés aux transposons (en plus de ceux qui permettent la transposition)?
b. En quoi ces gènes peuvent-ils être problématiques pour le domaine de la santé et de l’agro-alimentaire?
a) des gènes de résistances, de virulences, etc.
b) Ces gènes rendent les individus plus difficiles à contrôler ce qui peut créer des problèmes graves pour les deux domaines. de plus, puisque les gènes sont sur des transposons ils peuvent se déplacer ce qui rend leur élimination plus difficile.
- Quels sont les deux classes de transposons chez les eucaryotes?
Classe I: Éléments mobiles à transposition réplicative impliquant un intermédiaire d’ARN («rétrotransposons »); dont certains sont apparentés aux rétrovirus
* Classe II: Transposons d’ADN: Éléments mobiles similaires aux transposons des bactéries (conservatifs ou réplicatifs)
- Qu’Est-ce que le phénomène de dysgénèse hybride chez la drosophile?
a. Quel type de transposon cause ce phénomène?
Phénomène causé par la transposition des éléments P entre les lignées sauvages et lignées élevées en laboratoire
Il s’agit d’un transposon de classe 2
- Quelle classe de transposons sont les plus abondants dans le génome humains? (voir graphique p.40)
Les retrotransposons
- À partir de quel organisme simple les rétrotransposons ont-ils évolué?
À partir d’un rétrovirus
a. Quelles sont les similarités en le mécanisme de rétrotransposition et le cycle de vie des rétrovirus?
Conversion ARN en ADN : Tant les rétrotransposons que les rétrovirus possèdent un génome ARN. Pour s’intégrer dans le génome de la cellule hôte, cet ARN doit être converti en ADN. Cette étape cruciale est réalisée par l’enzyme transcriptase inverse.
Intégration dans le génome hôte : Une fois l’ADN complémentaire (ADNc) synthétisé, il est intégré dans le génome de la cellule hôte grâce à une enzyme appelée intégrase. Cette intégration permet au matériel génétique viral ou rétrotransposon d’être transmis aux cellules filles lors de la division cellulaire.
b. Quelle différence fondamentale existe-t-il entre le mécanisme de rétrotransposition et le cycle de vie des rétrovirus?
Le rétrotransposon n’a pas le gène env qui code pour l’enveloppe, il ne peut donc pas sortir de la cellule. Il n’y a pas non plus de capside dans un rétrotransposon
- Quelle expérience chez la levure a permis de conclure que les éléments mobiles Ty étaient des rétrotransposons et devaient passer par un intermédiaire d’ARN pour permettre la transposition?
On a ajouté un intron, du galactose et suite à la réplication, il y a eu l’épissage de l’intron
- Quelle est l’utilité des transposons en biotechnologie?
1 – Agent « mutagène » (outil pour créer des mutations aléatoires)
Exemples: transposons chez les bactéries ou chez la levure
2 – Vecteur de génie génétique – dans le but d’introduire des gènes étrangers dans un organisme
Exemples: élément P chez la drosophile; rétrovirus pour les cellules animales
- Quelle fraction du génome humain est composé d’éléments transposables?
Environ 45%
