Cours 5- Séquençage 2 Flashcards
Décrivez ce qu’est le next generation sequencing
C’est l’usage de méthodes massives et en parallèle. Donc, c’est l’analyse d’un grand nombre d’échantillons d’ADN physiquement adjacent dans un même instrument.
Lors du pyroséquençage, quelle molécule permet la production de lumière?
Lorsque l’ATP se combine à la luciférase, il y a production de lumière
Quel enzyme dans le pyroséquençage permet de se débarasser des nucléotides entre chaque cycle?
L’Apyrase
Quelles portions de l’ADN génomiques vont se lier à la lame de verre durant la méthode illumina de séquençage de l’ADN?
Les portions P5 et P7
Les amorces durant la méthode Illumina doivent être complémentaires à quelles séquences?
Rd1 et Rd2
Pourquoi a-t-on besoin d’un index dans la méthode illumina?
C’est un genre de tag, qui va permettre de ne pas mélanger les différents échantillons d’ADN séquencés simultanément.
Vrai ou faux. Les séquences ajoutés aux extrémités de l’ADN génomiques peuvent se lier directement sur la plaque de verre, sans primer.
Faux. Elles ont besoin d’un primer pour se lier.
Vrai ou faux. La densité sur la plaque dans la méthode Illumina a peu d’importance.
Faux. La plaque ne doit pas être surchargée pour éviter la contamination des clusters.
Grâce à quelle technologie/science peut-on maintenant alignés les fragments séquencés lors du séquençage par Illumina?
Bio-informatique
Quelle est la longueur d’un cluster?
Entre 100 et 200 nt
Si une lecture d’un cluster illumina comporte une erreur, comment les autres lectures devraient-elles être?
1) Identiques entre elles
2) Différentes de celle avec l’erreur
Qu’est ce qu’un nanopore? Expliquez en bref ce qu’est la technologie d’utilisation des nanopores pour le séquençage de l’ADN.
Un nanopore est une petite ouverture dans la membrane, qui laisse passer une seule molécule à la fois. Comme la membrane sépare 2 compartiments de charges différentes, l’ADN ne va circuler que d’un seul côté (vers le +). Un détecteur va mesurer le courant au fur et à mesure que l’ADN va passer dans le pore. Comme chaque base modifie le courant différemment, on sera capable de séquencer l’ADN.
