Cours 1 Flashcards
Quelle est l’utilité d’utiliser du SDS dans l’extraction d’ADN bactérien?
Le SDS est un détergent qui va servir à dissoudre les lipides de la membrane plasmique.
Quelle est l’utilité du lysosyme dans l’extraction d’ADN bactérien?
Le lysosyme va permettre de dégrader le peptidoglycane de la paroi.
Qu’est ce que l’EDTA?
Un agent chélateur qui va permettre d’éliminer les ions métalliques qui retiennent les composants de la membrane bactérienne des Gram - ensemble.
Comment peut-on avoir un mélange contenant seulement des acides nucléiques après les premiers traitements de lyse de la membrane bactérienne?
On peut commencer par centrifuger, pour envoyer l’ADN et les grosses molécules dans un culot, et les fragments de paroi dans le surnagent. Après avoir vidé le surnagent, on peut procéder à une extraction au phénol. En ajoutant du phénol, il y a dénaturation des protéines. On se retrouve donc avec une couche dans le bas de phénol et de protéine, et au dessus, une couche avec seulement des AN purifié.
Comment fonctionne une résine de silice qui lie spécifiquement l’ADN pour le purifier?
Une résine de silice lie rapidement et spécifiquement l’ADN à bas pH et haute concentration de sels. Les acides nucléiques sont relâchés à haut pH et faible concentration de sels.
Pourquoi l’extraction au phénol a-t-elle été remplacée? Par quoi a-t-elle été remplacée?
À cause de sa toxicité.
Elle a été remplacée par des techniques de purification sur colonne avec une résine qui lie l’ADN
Vrai ou faux. L’ajout de RNAse élimine non seulement l’ARN d’une solution, mais également l’ADN
FAUX. L’ADN est intact.
Comment se nomme la technique physique la plus utilisée en biologie moléculaire? Quel est son principe de base?
Électrophorèse. Cette technique consiste à séparer différents fragments d’ADN, d’ARN ou de protéines selon leur charge.
Quel type de gel sépare de plus petits fragments d’ADN? Gel d’agarose ou de polyacrylamide?
Polyacrylamide
Sur un gel d’électrophorèse, un plasmide migrera-t-il plus loin sur le gel qu’une molécule d’ADN, ou moins loin?
Plus loin, car le plasmide est plus petit et a plus de facilité à migrer à travers les pores formé par le réseau de polymère.
Vrai ou faux. L’électrophorèse sert uniquement à purifier de l’ADN.
Faux! On peut aussi observer la taille des fragments.
Comment peut-on observer l’ADN sur un gel d’électrophorèse?
On va tremper le gel dans une solution de bromure d’éthidium, qui est un intercalant d’ADN. Le gel est ensuite photographié sous une lampe UV. Le bromure d’éthidium fluoresce et donne une coloration orangée à l’ADN
Quel type de technique d’électrophorèse doit-on utilser si on veut séparer des très grosses molécules d’ADN?
L’électrophorèse en champ pulsés.
En ce qui concerne la synthèse chimique de l’ADN, quelle molécule est utilisée pour bloquer le 5’ du nucléotide précédent?
DMT
Quel est le réactif de la synthèse chimique?
Nucléotide phorphoramidite
S’il y a des protéines en solution, quel sera le ratio A260/A280?
Il sera plus petit que 1.8
Qui absorbe plus la lumière UV? L’ADN db ou l’ARN sb?
L’ARN sb
Comment fonctionne une résine échangeuse d’anion pour la purification de l’ADN?
Une résine échangeuse d’anion est chargée négativement, et va donc lier spécifiquement les molécules négatives comme l’ADN. Il va lier l’ADN à des faibles concentrations de sels, et il va l’éluer à haute concentration de sels, car les liens ioniques vont se défaire.
Vrai ou faux. On peut utiliser l’alcool dès le début pour s’assurer qu’il n’y a pas d’ARN en solution mélangé avec notre ADN à purifier.
Faux!!! L’alcool précipite tous les gros hydrats de carbone.. donc si on ne fait pas les étapes de fragmentation de l’ARN et d’élimination des protéines, on va se retrouver avec un culot contaminé.
Quel est l’avantage d’utiliser la méthode QIA prep de Qiagen?
Cette méthode utilise une membrane de silice qui permet d’attacher énormément d’ADN. Les sels présents dans le milieu créent un environnement hydrophobe, et l’ADN peut se lier spécifiquement, tout en éliminant les autres macromolécules comme l’ARN ou les protéines. On évite les étapes d’extraction au phénol et précipitation à l’alcool.
des dNTP sont ajoutés uns à uns lors de la synthèse chimique de l’ADN. Vrai ou faux.
FAUX. ce sont des nucléotides phosphoramidite qui sont ajoutés (1 seul phosphate, car pas besoin de l’énergie fournie par les deux autres phosphate comme dans la biosynthèse)
