Cours 3- TAAN Flashcards
Vrai ou faux. Il est impossible de séparer deux brins d’ADN en les portant à ébullition.
Faux. c’est possible.
Vrai ou faux. Il est possible d’utiliser des amorces d’ADN pour initier la synthèse de l’ADN.
Vrai.
Vrai ou faux. Pour la PCR, une seule amorce est nécessaire.
Faux. Deux amorces sont nécessaires et elles vont pointer une vers l’autre.
Que délimitent les amorces dans la PCR?
La séquence a amplifier.
Nommez les étapes de la PCR
1- On a l’ADN initial
2- On chauffe à environ 95 degrés pour provoquer la séparation des brins
3- Après refroidissement, il y a hybridation des amorces sur les régions complémentaires
4- Synthèse de l’ADN avec l’ADNpolymérase
5-On obtiens alors le produit du premier cycle avec le double de molécules d’ADN, et on recommence les mêmes étapes pour continuer l’amplification.
Après 35 cycles d’amplification d’une seule séquence d’ADN, combien de fragments de cette séquence devrions-nous avoir?
2^36 copies
À quelle température peut se développer la bactérie thermus aquaphilus?
entre 50 et 80 degrés (température optimale de 70)
Comment se nomme l’ADN polymérase de la bactérie thermus aquaphilus?
Taq
Vrai ou faux. La Taq est utile pour la PCR
Vrai
De quoi dépend la taille du fragment amplifié?
De la durée de l’étape d’élongation.
Vrai ou faux. L’open PCR est un thermocycleur qu’on peut assembler nous-même.
Vrai.
Vrai ou faux. Il est possible de détecter le poids du fragment amplifié par PCR. Si oui, par quelle méthode, si non, pourquoi?
Vrai.
La méthode utilisée est l’EMI-MS (spectrométrie de masse avec ionisation par électronébulisation)
Nommez 3 inconvénients de la détection sur gel d’agarose.
- Faible précision (différenciation basée sur la taille)
- Faible sensibilité (La coloration au bromure d’ethidium n’est pas quantitative.
- Pas d’automatisation (migration sur gel nécessaire)
Pourquoi la PCR en temps réel a besoin d’un thermocycleur spécial?
Car la PCR en temps réel utilise la fluorescence. On a alors besoin d’un système inclut dans le thermocycleur qui inclut la détection de la fluorescence.
Vrai ou faux. La PCR en temps réel ne fait que l’amplification, et on doit faire la détection sur gel.
Faux. La PCR en temps réel combine amplification et détection.
À quel moment est-ce que le colorant SYBR-Green fluoresce?
Quand il est lié à l’ADNdb.
Vrai ou faux. Il existe plusieurs techniques de détection post-PCR.
Vrai
Quelle est la méthode de détection de la PCR en temps réel?
L’utilisation de la fluorescence.
Vrai ou faux. Plus le Ct est grand, plus la quantité d’ADN est grande.
Faux. Plus le Ct est faible et plus la quantité d’ADN est grande.
Sur quelles méthodes repose la PCR en temps réel avec sonde à hydrolyse?
La technologie de FRET et l’activité 5’ exonucléase de l’ADN polymérase.
Comment fonctionne la FRET sur la sonde à hydrolyse?
Elle permet le transfère d’énergie entre le rapporteur (élevée) et le quencher (faible).
Comment se nomme la sonde à hydrolyse?
Sonde Taqman.
Que se passe-t-il lors de la dégradation de la sonde?
Il y a libération de fluorescence du rapporteur.
Vrai ou faux. La quantité d’ADN va toujours être la même après la phase exponentielle en fin d’amplification.
Vrai.
Quelles sont les variations de PCR possible?
- PCR nichée
- PCR multiplex
- RT-PCR
Quelles sont les causes de résultats faussement négatifs?
- Détérioration d’un réactif.
- Dysfonctionnement du thermocycleur.
- Présence d’un inhibiteur dans l’échantillon.
Que signifie l’obtention d’un résultat négatif sans contrôle interne?
Que la quantité de l’ADN recherché est sous le seuil de détection.
Comment éviter une contamination?
- Utiliser un contrôle interne négatif
- Aliquoter les réactifs en petite quantité.
- Séparer les étapes dans des pièces séparées
Quels sont les trois types de contamination d’un échantillon?
- Contamination inter-échantillon pré-PCR
- Contamination inter-réactif et inter-échantillon lors d’amplification précédente
- Contamination inter-échantillon post-PCR dans le thermocycleur
Vrai ou faux. La technique d’amplification LAMP nécessite un themocycleur.
Faux, elle n’en a pas besoin.
À quelle température se fait la RPA?
37 degrés
Qu’a-t-on besoin pour faire une RPA?
D’une recombinase, de protéines de liaison SSB et d’une ADN polymérase ayant une activité de déplacement de brin.
Quel est l’avantage d’utiliser l’ARN comme cible?
La transcription est beaucoup plus sensible et rapide.
