Cours 3- TAAN

Question 1

Vrai ou faux. Il est impossible de séparer deux brins d’ADN en les portant à ébullition.

Answer 1

Faux. c’est possible.

Question 2

Vrai ou faux. Il est possible d’utiliser des amorces d’ADN pour initier la synthèse de l’ADN.

Answer 2

Vrai.

Question 3

Vrai ou faux. Pour la PCR, une seule amorce est nécessaire.

Answer 3

Faux. Deux amorces sont nécessaires et elles vont pointer une vers l’autre.

Question 4

Que délimitent les amorces dans la PCR?

Answer 4

La séquence a amplifier.

Question 5

Nommez les étapes de la PCR

Answer 5

1- On a l’ADN initial
2- On chauffe à environ 95 degrés pour provoquer la séparation des brins
3- Après refroidissement, il y a hybridation des amorces sur les régions complémentaires
4- Synthèse de l’ADN avec l’ADNpolymérase
5-On obtiens alors le produit du premier cycle avec le double de molécules d’ADN, et on recommence les mêmes étapes pour continuer l’amplification.

Question 6

Après 35 cycles d’amplification d’une seule séquence d’ADN, combien de fragments de cette séquence devrions-nous avoir?

Answer 6

2^36 copies

Question 7

À quelle température peut se développer la bactérie thermus aquaphilus?

Answer 7

entre 50 et 80 degrés (température optimale de 70)

Question 8

Comment se nomme l’ADN polymérase de la bactérie thermus aquaphilus?

Answer 8

Taq

Question 9

Vrai ou faux. La Taq est utile pour la PCR

Answer 9

Vrai

Question 10

De quoi dépend la taille du fragment amplifié?

Answer 10

De la durée de l’étape d’élongation.

Question 11

Vrai ou faux. L’open PCR est un thermocycleur qu’on peut assembler nous-même.

Answer 11

Vrai.

Question 12

Vrai ou faux. Il est possible de détecter le poids du fragment amplifié par PCR. Si oui, par quelle méthode, si non, pourquoi?

Answer 12

Vrai.

La méthode utilisée est l’EMI-MS (spectrométrie de masse avec ionisation par électronébulisation)

Question 13

Nommez 3 inconvénients de la détection sur gel d’agarose.

Answer 13

• Faible précision (différenciation basée sur la taille)
• Faible sensibilité (La coloration au bromure d’ethidium n’est pas quantitative.
• Pas d’automatisation (migration sur gel nécessaire)

Question 14

Pourquoi la PCR en temps réel a besoin d’un thermocycleur spécial?

Answer 14

Car la PCR en temps réel utilise la fluorescence. On a alors besoin d’un système inclut dans le thermocycleur qui inclut la détection de la fluorescence.

Question 15

Vrai ou faux. La PCR en temps réel ne fait que l’amplification, et on doit faire la détection sur gel.

Answer 15

Faux. La PCR en temps réel combine amplification et détection.

Question 16

À quel moment est-ce que le colorant SYBR-Green fluoresce?

Answer 16

Quand il est lié à l’ADNdb.

Question 17

Vrai ou faux. Il existe plusieurs techniques de détection post-PCR.

Answer 17

Vrai

Question 18

Quelle est la méthode de détection de la PCR en temps réel?

Answer 18

L’utilisation de la fluorescence.

Question 19

Vrai ou faux. Plus le Ct est grand, plus la quantité d’ADN est grande.

Answer 19

Faux. Plus le Ct est faible et plus la quantité d’ADN est grande.

Question 20

Sur quelles méthodes repose la PCR en temps réel avec sonde à hydrolyse?

Answer 20

La technologie de FRET et l’activité 5’ exonucléase de l’ADN polymérase.

Question 21

Comment fonctionne la FRET sur la sonde à hydrolyse?

Answer 21

Elle permet le transfère d’énergie entre le rapporteur (élevée) et le quencher (faible).

Question 22

Comment se nomme la sonde à hydrolyse?

Answer 22

Sonde Taqman.

Question 23

Que se passe-t-il lors de la dégradation de la sonde?

Answer 23

Il y a libération de fluorescence du rapporteur.

Question 24

Vrai ou faux. La quantité d’ADN va toujours être la même après la phase exponentielle en fin d’amplification.

Answer 24

Vrai.

Question 25

Quelles sont les variations de PCR possible?

Answer 25

1. PCR nichée
2. PCR multiplex
3. RT-PCR

Question 26

Quelles sont les causes de résultats faussement négatifs?

Answer 26

1. Détérioration d’un réactif.
2. Dysfonctionnement du thermocycleur.
3. Présence d’un inhibiteur dans l’échantillon.

Question 27

Que signifie l’obtention d’un résultat négatif sans contrôle interne?

Answer 27

Que la quantité de l’ADN recherché est sous le seuil de détection.

Question 28

Comment éviter une contamination?

Answer 28

1. Utiliser un contrôle interne négatif
2. Aliquoter les réactifs en petite quantité.
3. Séparer les étapes dans des pièces séparées

Question 29

Quels sont les trois types de contamination d’un échantillon?

Answer 29

1. Contamination inter-échantillon pré-PCR
2. Contamination inter-réactif et inter-échantillon lors d’amplification précédente
3. Contamination inter-échantillon post-PCR dans le thermocycleur

Question 30

Vrai ou faux. La technique d’amplification LAMP nécessite un themocycleur.

Answer 30

Faux, elle n’en a pas besoin.

Question 31

À quelle température se fait la RPA?

Answer 31

37 degrés

Question 32

Qu’a-t-on besoin pour faire une RPA?

Answer 32

D’une recombinase, de protéines de liaison SSB et d’une ADN polymérase ayant une activité de déplacement de brin.

Question 33

Quel est l’avantage d’utiliser l’ARN comme cible?

Answer 33

La transcription est beaucoup plus sensible et rapide.