Cours 10 - Quantification de l'expression génique

Question 1

De quoi résulte l’expression d’un gène?

Answer 1

De sa transcription suivi de sa traduction en protéine

Question 2

Comment peut-on évaluer l’expression d’un gène?

Answer 2

1- En mesurant directement le niveau de protéines : gel de polyacrylamide, anticorps, activité enzymatique = protéomique

2- En mesurant directement le niveau d’ARN : Hybridation (nothern blot), RT-PCR, gène rapporteur, RNA-seq…

Question 3

Pour quoi code lacZ?

Answer 3

Pour la béta-galactosidase

Question 4

Quel est le rôle de la béta-galactosidase?

Answer 4

Dégradation de substrats synthétiques comme le galactoside (ONPG, X-gal, FDG)

Question 5

Vrai ou faux. Pour mesurer l’activité de la béta-galactosidase, les bactéries doivent être lysées.

Answer 5

Vrai! On doit les lyser préalablement à l’ajout du substrat ONPG avec un tampon, du chloroforme et un détergent (SDS)

Question 6

Complétez :

Luciférase + Luciférine = …

Answer 6

photon!

Question 7

Nommez les deux gènes de luciférases existants et les organismes chez qui ont les a isolés.

Answer 7

lux (bactérie) et luc (mouche à feu)

Question 8

Vrai ou faux. La luciférase cause une perturbation de la cellule.

Answer 8

Faux! On ne remarque aucune perturbation de la cellule.

Question 9

Vrai ou faux. luxCDABE n’a pas de substrat.

Answer 9

Vrai.

Question 10

Vrai ou faux. On peut faire un dosage enzymatique ou un cofacteur pour doser le GFP.

Answer 10

Faux!

Question 11

Vrai ou faux. Le GFP est une protéine instable et toxique.

Answer 11

Faux. C’est une protéine stable et non-toxique.

Question 12

Nommez 3 utilisation des gènes rapporteurs.

Answer 12

1- Déterminer le niveau d’expression
2- Déterminer la condition favorisant l’expression maximale
3- Déterminer la localisation

Question 13

Qu’est ce que le transcriptome?

Answer 13

C’est l’ensemble des ARN (ARNm, ARNt, ARNr, etc)

Question 14

Vrai ou faux. Le transcriptome nous permet d’identifier des gènes exprimés.

Answer 14

Vrai

Question 15

Pourquoi est-ce que contrairement à l’ADN, la composition de l’ARN est variable?

Answer 15

Parce que les gènes ne sont pas tous exprimés simultanément et l’expression varie selon les différente conditions.

Question 16

Quelles méthodes peut-on utiliser lors de l’analyse du transcriptome?

Answer 16

• Biopuce (microarray)

- RNA-seq

Question 17

Quel est l’avantage de la biopuce?

Answer 17

Mesure simultanément l’expression de tous les gènes d’un organisme

Question 18

Quel sont les désavantages de la biopuce?

Answer 18

• Dégradation de l’ARN (courte 1/2 vie)
• Marquage (plusieurs mg de matériel)
• Interprétation

Question 19

Nommez les deux types de biopuce

Answer 19

• ORF (produit PCR)

- Oligonucléotide (amorce)

Question 20

Vrai ou faux. Il est possible de comparer l’activité transcriptionnelle de 2 organismes lors de l’utilisation des biopuces.

Answer 20

Vrai.

Question 21

Quelle technique devrions nous utiliser pour mesurer l’expression d’un gène bactérien durant l’infection?

Answer 21

q-RT-PCR

Question 22

Quelle technique devrions nous utiliser pour mesurer l’expression de tous les gènes bactériens durant l’infection?

Answer 22

Transcriptome.

Question 23

Comment peut-on optimiser le modèle d’infection de bactéries intracellulaire pour obtenir un profil d’expression global?

Answer 23

• Lyse différentielle des cellules eucaryotes
• Doses d’infection (MOI) de 100:1
• Opsonisation et grande quantité de cellules.