Block 2: Methoden zur Analyse von Proteinen

Question 1

Gelfiltrationschromatographie: Was bewegt sich schneller durch die Säule, kleine oder große
Proteine?

Answer 1

große -> kleine bleiben in Gelporen hängen

Question 2

Was für ein Prinzip nutzt die Affinitätschromatografie?

Answer 2

spezifische Bindungsaffinität von Proteinen zu bestimmten Molekülen
Rest wird mit Puffer ausgespült
Lösung von der Säule durch Zugabe des Moleküls an das das Protein bindet

Question 3

Aufgrund welcher Eigenschaften erfolgt die Trennung von Proteinen auf einem Ionentauscher? Was
ist die Variable der Elution? Nennen Sie zwei Beispiele an Matrices.

Answer 3

AS mithilfe ihrer unterschiedlichen iP getrennt
Variable der Elution: Änderung der Ladung, Verdrängung durch Ionen höherer Ladungsdichte oder höherer Konzentration
Kationentauscher: carboxymethyl
Anionentauscher: Diethylaminoethyl

Question 4

Denaturierende Polyacrylamid-Gelelektrophorese: Was bewegt sich schneller durch das Gel, kleine
oder große Proteine?

Answer 4

Große Proteine

Question 5

Welche Parameter eines Protein beeinflussen die Laufgeschwindigkeit bei der native PAGE?

Answer 5

Ladung, Größe und Form

Question 6

Wie funktioniert 2D-PAGE (Zweidimensionale PA-Gelelektrophorese)?

Answer 6

Isoelektrische Fukussierung(Trennung nach iP) -> horizontal und dann SDS page(Trennung nach Molekulargewicht) -> vertikal

Question 7

Wozu wird der EdmanAbbau verwendet?

Answer 7

Abspaltung der N-terminalen AS -> Sequenzbestimmung bis eine Länge von 50 AS

Question 8

Berechnen Sie den pH Wert einer Mischung, die 0,1 mol/l Essigsäure und 0,2 mol/l Natriumacetat
enthält. Der pKa Wert von Essigsäure beträgt 4,76.

Answer 8

pH = pks - log (HA /A)
pH = 4,6 - log 0,1/0,2 = 5

Question 9

Welche Methode gehört jeweils zu den folgenden Trennungskriterien:
Molekülgröße
Länge der Peptidkette
Sedimentationskoeffizient
Bindungseigenschaften des Proteins

Answer 9

Molekülgröße: Gelfiltration
Oberflächenladung: Ionentauscher
Länge der Peptidkette: SDS-Page
Sedimentationskoeffizient: DIchtegradientzentrifugation
Bindungseigenschaften des Proteins: Affinitätschromatigraphie

Question 10

Welches Molekül initiiert die radikalische Polymerisation von Acrylamid?

Answer 10

Persulfat –> Sulfatradikal

Question 11

Nennen sie Methoden zum Aufschluss von Zellen

Answer 11

Zerreiben mit AL2O3
Schütteln mit Glasperlen
Ultraschall
Druckexpansion

Question 12

Wie ist ein Molekül des Detergens Natriumlaurylsulfat (SDS) geladen?

Answer 12

Negativ

Question 13

Wie wird die Gesamt-Aminosäurenzusammensetzung eines Proteins bestimmt?

Answer 13

Hydrolyse des Proteins durch 6 M HCL bei 110°C und Trennung der AS durch Ionenaustausch-Säulenchromatographie / beta-Mecaptoenol

Question 14

Wozu wird 2D-PAGE benutzt?

Answer 14

Auftrennung nach Isoelektrischen Punkt + Molekulargewicht ( AS mit gleichem Gewicht können versschiedene Seitenketten haben)

Question 15

Welche der folgenden Aussagen sind falsch?

a) Proteine mit negativer Gesamtladung binden an einen Anionentauscher.
b) An seinem isoelektrischen Punkt trägt ein Protein keinerlei Ladungen.
c) Die Carboxymethylgruppe ist positiv geladen.
d) Die Carboxymethylgruppe wird in Kationentauschern eingesetzt.

Answer 15

a) richtig
b) falsch, Nettoladung = 0
c) falsch, negativ geladen
d) richtig

Question 16

Acrylamid findet sich in SDS-PAGE-Gelen, Pommes frittes und Plexiglas und ist (als Monomer) ein
starkes Nervengift. Wie lautet die generelle Formel für ein Amid?

Answer 16

Wie eine Peptidbindung O=C-N

Question 17

Von welchem Ende wird die Peptidkette beim Edman-Abbau sequenziert?

Answer 17

N-terminal

Question 18

Proteasen spalten Peptidbindungen. Wie erkennen sie ihre Schnittstellen?

Answer 18

Hinter einer bestimmten AS(z.B. Lysin oder Arginin)

Question 19

Ist Bromcyan eine Protease?

Answer 19

Nein –> chemisches Verfahren mit Bromcyan

Question 20

Nennen Sie drei Methoden zur Bestimmung der 3D-Struktur von Proteinen.

Answer 20

Röntgenkristallstrukturanalyse
Massenspektroskopie
Elektronenspektroskopie -> Elektronendichte